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세무조사 연기신청은 어떤 사유로 받아들여지나요? 2026년 개정 사유와 신청서 작성법

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

세무조사 연기는 천재지변에 따른 생명·재산·공급망 피해, 사업의 현저한 손실이나 부도·도산 우려, 질병·장기출장, 장부 압수 같은 사유가 있을 때 받아들여집니다. 2026. 8. 11. 국세기본법 개정으로 사업 손실 사유가 법률에 직접 들어왔으므로, 사전통지를 받으면 조사 시작 전에 별지 제55호서식에 사유와 증명 자료를 붙여 내십시오.

연기신청을 한다고 조사 대상에서 빠지거나 불리한 평가를 받는 것은 아닙니다. 법이 정한 사유를 증명하면 조사 시작 시점을 늦출 수 있고, 그동안 자료를 정리할 시간을 확보할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2026년 9월 세무서로부터 양도소득세 세무조사 사전통지서를 받았습니다. 통지서가 온 주에 B씨는 척추 수술 일정이 잡혀 있었고, 운영하던 식자재 납품업은 주요 거래처가 부도를 내면서 받을 돈 수억원이 묶여 직원 급여를 걱정해야 하는 형편이었습니다. B씨는 수술 뒤 회복 기간에는 조사에 응하기 어렵고 사업 정리에도 시간이 필요하다며, 세무조사를 미룰 수 있는지, 어떤 서류를 내야 하는지 물어 왔습니다. 상담에서는 질병 사유와 사업 손실 사유를 나누어 증명 자료를 정리하고, 원하는 연기 기간을 사유별로 산정했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

2026년 8월 개정으로 연기 사유가 어떻게 바뀌었나요?

2026. 8. 11. 국세기본법 개정으로 세무조사 연기 사유가 법률에 직접 적혔습니다. 종전 법률은 "천재지변이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"라고만 정하고 나머지는 시행령에 맡겼습니다. 개정 법률은 제1호에서 천재지변으로 납세자의 생명·신체, 재산 또는 공급망 등에 상당한 피해가 발생한 경우를, 제2호에서 납세자가 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도 또는 도산의 우려가 있는 경우를 정하고, 제3호에서 그 밖의 사유를 시행령에 맡깁니다.

시행령은 아직 종전 네 가지 사유를 그대로 두고 있습니다. 화재나 그 밖의 재해로 사업상 심각한 어려움이 있을 때, 납세자나 납세관리인의 질병·장기출장 등으로 조사가 곤란할 때, 권한 있는 기관에 장부·증거서류가 압수되거나 영치되었을 때, 그리고 이에 준하는 사유가 있을 때입니다. 2026. 10. 11. 현재 국가법령정보센터에 올라 있는 현행 시행령 기준으로 시행령의 이 조문은 2026. 8. 11. 법률 개정에 맞춘 정비가 확인되지 않습니다. 결국 지금은 법률 제1호·제2호와 시행령 제1호~제4호를 모두 연기 사유로 주장할 수 있다고 보는 것이 자연스럽습니다.

실무상 가장 큰 변화는 사업상 어려움이 독립된 법률상 사유가 되었다는 점입니다. 종전에는 화재·재해로 인한 어려움이 아니면 "이에 준하는 사유"로 설명해야 했는데, 이제는 사업의 현저한 손실이나 부도·도산 우려를 그 자체로 들 수 있습니다. 또 천재지변 사유에 공급망 피해가 명시되어, 직접 재해를 입지 않았더라도 원자재 공급이 끊겨 사업이 마비된 경우를 설명할 근거가 생겼습니다.

여기서 공급망은 「경제안보를 위한 공급망 안정화 지원 기본법」 제2조 제2호가 정하는 공급망을 말합니다. 다만 법률 제1호는 어디까지나 천재지변으로 피해가 생긴 경우이므로, 단순한 경기 침체나 거래처의 경영난만으로는 제1호가 아니라 제2호 사업 손실 사유로 주장해야 합니다. 태풍이나 지진으로 해외 협력업체 공장이 멈춰 부품 조달이 끊긴 경우처럼 천재지변과 피해 사이의 연결을 자료로 보여 줄 수 있을 때 제1호를 쓰는 것이 적절합니다.

질병·장기출장은 어떤 자료로 입증하나요?

질병 사유는 조사를 받기 어려운 정도와 기간이 드러나야 받아들여지기 쉽습니다. 진단서에는 병명보다 입원·수술 일정, 예상 회복 기간, 장시간 면담이나 외출이 어렵다는 의사 소견이 들어가야 합니다. 납세관리인이나 세무대리인이 대신 응대할 수 있는 상황이라면 질병만으로 연기가 받아들여지지 않을 수 있으므로, 본인이 직접 설명해야 할 사안인지도 함께 적습니다.

장기출장은 출장 명령서, 항공권, 해외 체류 일정표처럼 기간을 특정할 수 있는 자료로 증명합니다. 단순한 바쁜 업무 일정이나 휴가 계획은 시행령이 말하는 장기출장으로 인정받기 어렵습니다. 권한 있는 기관에 장부가 압수되었다면 압수목록이나 압수조서 사본을 첨부합니다. 형사사건과 세무조사가 겹치는 경우의 쟁점은 별도 가이드에서 다룹니다.

질병과 장기출장 사유는 납세자 본인뿐 아니라 납세관리인에게 생긴 경우도 포함됩니다. 해외에 사는 상속인을 대신해 납세관리인으로 신고된 가족이 입원했다면 그 사정도 연기 사유로 들 수 있습니다. 반대로 납세자 본인이 아프더라도 이미 위임한 세무대리인이 자료 제출과 설명을 맡을 수 있다면, 관서는 연기보다 대리인을 통한 진행을 권할 수 있다는 점을 염두에 두십시오.

사업이 어려워진 것도 연기 사유가 되나요?

네, 2026. 8. 11. 개정 이후에는 납세자가 경영하는 사업에 현저한 손실이 발생하거나 부도·도산의 우려가 있으면 법률상 연기 사유가 됩니다. 다만 "현저한 손실"이나 "부도 우려"를 판단하는 구체적 기준은 법령에 없습니다. 최근 결산서와 월별 손익, 매출 급감 내역, 거래처 부도 통지, 금융기관의 대출 상환 독촉, 체불 임금 현황처럼 손실의 규모와 시기를 숫자로 보여 주는 자료가 필요합니다.

양도소득세나 상속세처럼 개인의 재산제세 조사라도 납세자가 사업을 경영하고 있다면 이 사유를 들 수 있습니다. 다만 세무관서는 연기 기간에 재산 은닉이나 조세채권 일실 우려가 없는지도 함께 봅니다. 부도 우려를 주장하면서 동시에 재산을 처분하고 있다면 오히려 조세채권 확보를 이유로 조사가 빨리 시작될 수 있으므로, 연기를 구하는 이유와 실제 자산 처분 일정이 서로 맞는지 점검해야 합니다.

연기신청서는 언제, 어떻게 내나요?

연기신청은 문서로 합니다. 시행령은 연기를 받으려는 사람의 성명과 주소, 연기받으려는 기간, 연기 사유 등을 적은 문서를 내도록 정하고, 서식은 국세기본법 시행규칙 별지 제55호서식 세무조사연기신청서입니다. 사전통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 내고, 사유를 증명하는 자료를 붙입니다.

서식의 연기 사유란은 2019년에 개정된 양식이어서 "시행령 제63조의7제1항 제○호"를 적도록 되어 있습니다. 법률 개정으로 생긴 사업 손실 사유를 들 때는 이 칸에 "국세기본법 제81조의7제2항 제2호"라고 적고 구체적인 사정을 별지로 붙이는 방식이 무난합니다. 연기를 원하는 기간은 사유가 해소될 것으로 예상되는 날까지로 특정합니다. 막연히 길게 적기보다 수술 후 회복 6주, 거래처 회생 절차 첫 기일까지처럼 근거가 있는 기간을 제시하는 편이 받아들여지기 쉽습니다.

붙일 자료는 사유별로 묶습니다. 질병이면 진단서와 입원 확인서, 수술 예약 내역을, 장기출장이면 출장 명령서와 항공권, 현지 일정표를, 사업 손실이면 최근 2개 사업연도 재무제표와 월별 매출 추이, 거래처 부도 통지서나 회생 개시 결정문, 금융기관 상환 독촉 문서를, 장부 압수면 압수목록과 사건번호가 적힌 문서를 냅니다. 사유가 둘 이상이면 각각 별지로 나누어 쓰고, 어느 사유가 받아들여지지 않더라도 다른 사유로 판단받을 수 있게 정리합니다.

관서는 승인 여부와 연기 기간을 조사 개시 전까지 통지해야 하며, 결과는 별지 제55호의2서식 세무조사 연기신청 결과 통지로 옵니다. 국세청은 조사 예정일 전날까지 결정하지 못하면 그 사유를 알리고 결정할 때까지 조사 착수를 보류하도록 운영합니다. 이 운영 방식은 추후 변동될 수 있습니다.

연기가 받아들여진 뒤 조사가 앞당겨질 수도 있나요?

있습니다. 연기 사유가 없어졌거나 조세채권을 확보하기 위해 조사를 긴급히 시작할 필요가 있으면, 세무관서는 연기 기간이 끝나기 전이라도 조사를 시작할 수 있습니다.

사유가 없어져 조사를 시작하는 경우에는 조사를 시작하기 5일 전까지 연기 사유가 소멸한 사실과 조사기간을 알려야 합니다. 조세채권 확보를 위한 긴급 개시라면 조사를 시작하면서 긴급히 개시해야 하는 사유가 적힌 세무조사통지서를 교부합니다. 예정보다 일찍 퇴원했다거나 거래처 대금이 회수되었다는 사정이 알려지면 재개 통지가 올 수 있으므로, 연기 기간에도 준비를 멈추지 않는 것이 좋습니다.

연기 기간에 세무관서는 무엇을 하나요?

연기는 조사 시작일을 늦추는 것이지 선정을 취소하는 것이 아닙니다. 국세청은 상속세와 자금출처조사에서 조사계획을 세운 뒤에는 착수 전이라도 금융기관에 거래정보를 요구할 수 있게 하고, 금융조회를 한 뒤에는 연기신청 같은 부득이한 경우가 아니면 2개월 안에 조사를 시작하도록 운영합니다. 연기 기간에도 금융기관 조회 결과나 다른 과세자료는 이미 조사팀에 쌓여 있을 수 있다는 뜻입니다. 금융회사에서 거래정보 제공사실 통보서를 받았다면 그 사실을 기록해 두고, 해당 계좌 거래부터 설명 자료를 준비하는 것이 좋습니다. 이 운영 방식은 추후 변동될 수 있습니다.

연기 기간이 끝나면 조사는 지체 없이 시작됩니다. 국세청은 연기 기간 종료 후 곧바로 착수하고, 사유가 일찍 없어져 앞당겨 시작할 때는 세무조사 재개(개시) 통지에 사유와 기간을 적어 보내도록 합니다. 연기 결과 통지서에 적힌 변경된 조사기간을 달력에 표시해 두고, 그 전까지 준비를 마치는 일정표를 만들어 두십시오.

연기가 어렵다면 어떤 방법을 함께 검토하나요?

연기 사유가 약하거나 일부만 해당한다면 다른 방법을 함께 검토합니다. 사업장 대신 세무대리인 사무실이나 조사관서에서 조사받기를 원하면 조사사무처리규정 별지 제15호 서식 세무조사 장소 신청서로 장소를 신청할 수 있습니다. 거동이 불편하지만 조사 자체는 진행할 수 있는 경우에 쓸모가 있습니다.

조사가 시작된 뒤에 연기 사유와 같은 사정이 생기면 조사중지를 신청할 수 있습니다. 시행령은 연기신청 사유에 해당하는 사유로 납세자가 중지를 신청한 경우를 중지 사유로 정하고 있고, 법률 개정으로 사업 손실 사유도 여기에 포함됩니다. 중지기간은 조사기간에 산입되지 않습니다.

해명할 자료를 준비할 시간이 더 필요하다는 이유는 연기나 중지 사유가 아니라 조사기간 연장 신청 사유입니다. 세무조사 대상자가 해명을 위해 연장을 신청하고 납세자보호관이나 담당관이 인정하면 기간이 늘어납니다. 국세청도 납세자의 해명기간 요구는 중지 사유가 아니라 연장 사유로 정리합니다.

세무조사 연기신청 대응 순서

• 사유 분류 - 천재지변·공급망 피해, 사업 손실·부도 우려, 질병·장기출장, 장부 압수 중 어디에 해당하는지 나눕니다. 둘 이상이면 모두 적습니다.
• 증명 자료 확보 - 진단서와 입원 일정, 결산서와 거래처 부도 자료, 압수목록처럼 기간과 정도를 보여 주는 자료를 모읍니다.
• 연기 기간 산정 - 사유가 해소될 것으로 예상되는 날을 근거와 함께 특정합니다.
• 신청서 제출 - 별지 제55호서식에 사유 조항을 적고 증명 자료를 붙여 통지한 관서에 냅니다. 접수일을 확인할 수 있게 제출 기록을 남깁니다.
• 결과 통지 확인 - 결과 통지서의 연기 여부와 변경된 조사기간을 확인합니다. 받아들여지지 않았다면 장소 신청이나 착수 후 중지 신청을 검토합니다.
• 연기 기간 중 준비 - 재개 통지는 5일 전에 올 수 있으므로 계약서, 금융자료, 신고서를 미리 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 승인 여부는 사유의 정도와 증명 자료, 조세채권 확보 필요성에 대한 관서의 판단에 따라 달라집니다. 사업 손실 사유는 법률에 새로 들어온 사유여서 아직 판단 기준이 쌓여 있지 않으므로, 자료를 숫자 중심으로 구성하는 것이 중요합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 연기·중지 신청과 조사 일정 조율을 포함한 조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 연기신청은 몇 번까지 할 수 있나요?
  법령에 횟수 제한은 없습니다. 다만 연기 기간이 끝났는데 같은 사유로 다시 신청하려면 사유가 계속되고 있음을 새 자료로 보여 주어야 하고, 관서는 조세채권 확보 필요성도 함께 봅니다. 반복 신청보다 처음부터 근거 있는 기간을 특정하는 편이 낫습니다.
• 연기신청을 하면 조사 강도가 세지나요?
  연기신청은 법이 보장한 절차이고, 신청했다는 이유로 불이익을 주는 규정은 없습니다. 다만 연기 기간에 재산을 처분하는 등 조세채권 확보가 어려워질 사정이 보이면 관서는 연기 기간 만료 전에 긴급히 조사를 시작할 수 있습니다. 연기 사유와 실제 행동이 일치하도록 관리하십시오.
• 세무대리인이 바빠서 일정을 미루고 싶은데 연기 사유가 되나요?
  세무대리인의 일정은 법령이 정한 연기 사유에 포함되지 않습니다. 이 경우에는 조사팀과 착수 일정을 협의하거나, 다른 대리인을 함께 선임하는 방법을 검토하는 것이 현실적입니다. 납세관리인 본인의 질병이나 장기출장은 시행령상 사유가 될 수 있습니다.
• 연기신청 결과를 조사 시작일까지 못 받으면 어떻게 하나요?
  세무관서는 연기신청 승인 여부와 연기 기간을 조사 개시 전까지 통지해야 합니다. 조사 예정일이 다가오는데 결과가 없다면 조사팀에 접수 여부와 처리 상황을 문의하고, 문의 일시를 기록해 두십시오. 국세청은 결정이 늦어지면 결정 시까지 착수를 보류하도록 운영합니다.
• 연기가 거부되면 다툴 수 있나요?
  연기 거부 자체에 대한 별도 불복 절차는 법률에 정해져 있지 않습니다. 거부가 부당하다고 보면 납세자보호담당관에게 권리보호요청을 하거나, 조사가 시작된 뒤 같은 사유로 조사중지를 신청하는 방법을 검토합니다. 결과 통지서에 적힌 거부 사유를 먼저 확인하십시오.
• 조사 장소를 바꾸는 신청도 연기신청서로 하나요?
  아닙니다. 장소 변경은 조사사무처리규정 별지 제15호 서식 세무조사 장소 신청서로 따로 신청합니다. 조사받고자 하는 장소와 그 장소를 고른 사유를 적고, 처리 결과는 구두로 안내받는 것으로 되어 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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