세금

이전가격 조사에서 비교회사 선정이 잘못되면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 비교회사가 우리 거래와 본질적으로 달라 영업이익률에 큰 영향을 준다면 다툴 수 있습니다. 그런데도 합리적인 차이 조정을 하지 않았다면 그 정상가격은 위법합니다. 다만 거래순이익률방법에서는 품목이나 거래단계 차이만으로는 부족합니다. 과세관청이 합리적으로 산출했다면 다른 정상가격 범위는 납세자가 증명해야 합니다.

네, 비교회사가 우리 거래와 본질적으로 달라 영업이익률에 큰 영향을 준다면 다툴 수 있습니다. 그런데도 합리적인 차이 조정을 하지 않았다면 그 정상가격은 위법합니다. 다만 거래순이익률방법에서는 품목이나 거래단계 차이만으로는 부족합니다. 과세관청이 합리적으로 산출했다면 다른 정상가격 범위는 납세자가 증명해야 합니다.

비교회사가 우리 회사와 다르면 정상가격이 틀린 것인가요?

본질적으로 다르고 그 차이가 이익률에 중대한 영향을 준다면 틀린 것입니다. 대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결이 이 기준을 세웠습니다. 상품이나 거래단계의 차이가 현저해 위험과 사용 자산 같은 다른 요소의 차이까지 생기는 경우입니다. 그 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미치면 합리적 조정 없이는 비교 가능성이 높다고 할 수 없습니다.

시행령도 같은 구조입니다. 차이가 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 않아야 비교 가능성이 높다고 봅니다. 영향을 주더라도 합리적으로 조정할 수 있으면 됩니다. 비교 가능성은 재화나 용역의 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험을 분석해 평가합니다. 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략도 함께 봅니다.

그래서 다툼은 비교회사와의 차이를 구체적으로 짚는 데서 시작합니다. 제조기능이 있는 회사와 단순 유통회사, 재고위험을 지는 회사와 지지 않는 회사를 그대로 비교했다면 다툴 지점이 됩니다.

품목이나 거래단계가 다르다는 것만으로 다툴 수 있나요?

거래순이익률방법이라면 그것만으로는 어렵습니다. 대법원은 이 방법이 영업비용을 반영한 영업이익률을 기준으로 하므로 상품이나 거래단계 차이의 영향이 적다고 봅니다. 과세관청이 유사한 거래를 하는 비교회사를 골라 합리적으로 산출했다면 사정이 다릅니다. 별도 조정이 없었다는 이유만으로 틀렸다고 단정할 수 없다고 했습니다.

최근 대법원 2025. 10. 16. 선고 2024두54065 판결도 같은 입장입니다. 의료장비를 수입해 국내에 판매한 회사의 이전가격이 쟁점이었습니다. 원심은 유지보수서비스 지원 거래를 따로 특정해 비교 가능성을 평가하지 않았다며 처분을 취소했습니다.

대법원은 그런 독립된 거래가 있었다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 과세관청은 해외 의료기기 국내 독점판매권을 가진 업체들을 비교회사로 골랐습니다. 이들은 판매 후 유상 유지보수로 추가 수익을 내는 업체였습니다. 대법원은 이 선정이 합리적일 여지가 충분하다며 원심을 파기했습니다. 결국 차이가 「있다」는 주장만으로는 부족하고, 그 차이가 영업이익률을 얼마나 바꾸는지 보여야 합니다.

우리 가격이 정상가격 범위 안이라는 것은 누가 증명하나요?

과세관청이 합리적으로 정상가격을 산출했다면 그 범위를 보여 줄 책임은 납세자에게 돌아갑니다. 대법원은 비교 가능한 독립 거래가격이 여러 개 있어 정상가격 범위를 이룬다는 점을 납세자가 증명해야 한다고 보았습니다. 우리 이전가격이 그 범위 안에 있어 경제적 합리성이 없다고 볼 수 없다는 점도 같습니다.

납세자에게 국제거래명세서 제출, 정상가격 산출방법 선택과 자료 보관 의무가 있기 때문이라는 이유입니다. 시행령도 둘 이상의 독립 거래로 정상가격 범위를 산정할 수 있다고 정합니다. 범위를 벗어난 거래가격을 조정할 때는 평균값, 중위값, 최빈값 등 합리적인 특정 가격을 기준으로 해야 합니다.

그래서 신고 단계에서 만든 이전가격 보고서가 가장 중요한 증거가 됩니다. 조사가 시작된 뒤에 새로 만든 분석은 비교회사 선정 경위를 설명하기 어렵습니다.

비교회사 선정을 다툴 때 무엇을 내야 하나요?

우리 회사의 기능·위험 분석과 비교회사별 차이표가 핵심입니다. 비교회사마다 수행 기능, 재고·신용 위험 부담, 무형자산 보유 여부를 정리합니다. 그 차이가 영업이익률에 어떤 영향을 주는지 수치로 보여야 합니다.

여러 해에 걸친 사업전략이나 경기 영향이 있다면 여러 사업연도 자료를 쓰자고 주장할 수 있습니다. 경기침체 같은 특수한 경제위기 상황이라면 손실이 난 기업의 거래도 비교대상으로 삼을 수 있습니다. 반대로 과세관청이 손실기업을 일괄 제외해 이익률이 높아졌다면 그 점도 다툴 지점이 됩니다.

이전가격 비교회사 다툼 대응 순서

• 산출 근거 확보 - 조사청이 쓴 비교회사 목록, 선정 기준, 재무자료와 이익률 계산표를 받습니다.
• 기능·위험 분석 - 우리 회사와 국외특수관계인의 기능, 위험, 자산을 정리해 비교 기준을 세웁니다.
• 차이 계량화 - 비교회사별 차이가 영업이익률에 주는 영향을 수치로 계산합니다.
• 대안 범위 제시 - 비교 가능한 독립 거래로 정상가격 범위를 다시 산정해 우리 가격이 그 안에 있음을 보입니다.
• 불복 제기 - 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 정상가격 산출의 위법을 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 비교회사와의 기능·위험 차이가 이익률에 미치는 영향을 얼마나 보여 주느냐에 따라 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 이전가격 세무조사 대응과 정상가격 조정 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 거래순이익률방법 말고 다른 방법을 쓰자고 주장할 수 있나요?
  네, 정상가격은 법이 정한 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산해야 합니다. 비교가능성, 자료 확보 가능성, 가정의 현실성 등에서 다른 방법이 더 적합하다면 그 점을 다툴 수 있습니다.
• 손실이 난 비교회사를 빼고 계산해도 되나요?
  원칙은 비교 가능성으로 판단합니다. 경기침체 같은 특수한 경제위기 상황이라면 손실기업의 거래도 비교대상으로 삼을 수 있도록 시행령이 정하고 있습니다.
• 여러 해 자료를 평균해서 비교할 수 있나요?
  네, 경제적 여건이나 사업전략의 영향이 여러 해에 걸쳐 나타나는 경우입니다. 해당 연도 자료만으로 산출하는 것이 합리적이지 않으면 여러 사업연도의 자료를 쓸 수 있습니다.
• 우리 가격이 정상가격 범위를 벗어나면 어디까지 조정되나요?
  정상가격 범위의 평균값, 중위값, 최빈값 등 합리적인 특정 가격을 기준으로 조정합니다. 조사청이 그중 어떤 값을 택했는지도 다툼의 대상이 될 수 있습니다.
• 조사청이 거래 자체를 다른 거래로 재구성할 수도 있나요?
  네, 상업적으로 합리적이지 않은 거래라면 가능합니다. 그 거래로 정상가격을 산출하기 현저히 곤란하면 거래를 없는 것으로 보거나 새 거래로 재구성할 수 있습니다.
• 여러 거래를 묶어서 정상가격을 볼 수도 있나요?
  네, 개별 거래들이 밀접하게 연관되거나 연속되어 거래별로 나누는 것이 합리적이지 않으면 통합해 평가할 수 있습니다. 2024두54065 사안도 유지보수 지원을 별도 거래로 보지 않았습니다.

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