양도소득세

임대주택 두 채를 차례로 거주주택으로 바꿔 팔면 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 2025년 2월 28일 이후 양도분부터는 임대주택이었던 집에 2년 이상 살다 팔아도 거주주택 비과세 특례를 다시 받을 수 있지만, 처음 판 거주주택의 양도일 뒤의 몫만 비과세됩니다. 생애 한 차례 제한이 삭제되었고 비과세 몫은 기준시가 상승분 비율로 계산합니다. 지금은 처음 판 거주주택의 양도일과 그날의 기준시가부터 확인하십시오.

임대주택을 거주주택으로 바꿔 팔 때 전체 양도차익을 비과세로 신고하거나, 반대로 전부 과세로 신고하는 것 모두 맞지 않을 수 있습니다. 비과세는 처음 거주주택을 판 날 뒤의 몫에만 적용됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 살던 아파트 외에 2019년 5월 다세대주택 두 채를 사서 단기임대로 등록했고, 2021년 거주주택 비과세 특례로 아파트를 팔았습니다. 두 채의 임대등록이 2023년 자동말소된 뒤 그중 한 채에 들어가 2년 넘게 살았고, 2026년 그 집을 팔려고 합니다. A씨는 2019. 2. 12. 이후 산 주택은 거주주택 비과세를 한 번만 받을 수 있다고 들어 양도소득금액 약 2억원 전부에 세금을 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대주택에 들어가 살다 팔면 비과세를 받을 수 있나요?

네, 2025. 2. 28. 이후 양도하는 경우에는 임대주택이었던 집에 2년 이상 살다 팔아도 거주주택 비과세 특례를 다시 받을 수 있습니다. 다만 처음 판 거주주택의 양도일 뒤의 몫에 대해서만 비과세되고, 그 전 몫은 과세됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 이런 집을 「직전거주주택보유주택」으로 부릅니다.

A씨의 다세대주택은 임대주택으로 등록한 사실이 있고, 그 보유기간 중에 먼저 판 아파트(직전거주주택)가 있으므로 직전거주주택보유주택입니다. 이 집의 거주기간은 사업자등록과 임대사업자 등록을 한 날 이후의 거주기간으로 2년 이상이어야 합니다.

양도일 현재 남은 다세대주택 한 채가 장기임대주택으로 인정되어야 한다는 요건도 그대로입니다. 그 집이 자동말소되었다면 최초 등록 말소일부터 5년 안에 양도해야 장기임대주택으로 봅니다.

2025. 2. 28. 전후로 무엇이 바뀌었나요?

2025. 2. 28. 시행령 개정으로 「장기임대주택을 보유한 경우 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다」는 제한과, 임대주택이었던 거주주택은 「1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우로 한정한다」는 제한이 삭제되었습니다. 이 개정은 2025. 2. 28. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다.

개정 전에는 2019. 2. 12. 이후 취득한 임대주택을 거주주택으로 바꿔 다른 임대주택을 보유한 채 팔면 비과세가 적용되는 기간이 없었습니다. 지금은 A씨처럼 2026년에 양도하면 직전거주주택 양도일 뒤의 몫이 비과세됩니다. 2025. 2. 27. 이전에 이미 판 경우에는 개정 전 규정이 적용됩니다.

비과세되는 부분은 어떻게 계산하나요?

비과세 범위는 기간이 아니라 기준시가 상승분의 비율로 나눕니다. 전체 양도소득금액 중 「취득 당시부터 직전거주주택 양도 당시까지의 기준시가 상승분」이 차지하는 비율만큼은 과세되고, 나머지가 비과세됩니다.

A씨의 집이 취득 당시 기준시가 1억원, 아파트를 판 날 1억 6천만원, 이번 양도 당시 2억 5천만원이고 양도소득금액이 2억원이라면, 과세되는 양도소득금액은 2억원 × 6천만원 ÷ 1억 5천만원으로 8천만원입니다. 나머지 1억 2천만원이 비과세 몫입니다. 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택이면 비과세 몫 중에서도 12억원 초과분 비율만큼은 과세됩니다.

마지막 남은 임대주택은 어떻게 과세되나요?

마지막으로 남은 임대주택을 1주택 상태에서 팔 때도 같은 계산을 합니다. 임대주택으로 등록한 사실이 있는 직전거주주택보유주택이면, 가장 나중에 판 거주주택의 양도일 뒤의 몫에 대해서만 1세대 1주택 비과세를 적용합니다.

A씨가 위 집을 2026년에 판 뒤 나머지 다세대주택을 팔면, 그 집은 2026년 양도일 뒤의 기준시가 상승분만 비과세됩니다. 2년 이상 보유 요건과, 취득 당시 조정대상지역이었다면 2년 이상 거주 요건도 함께 갖춰야 합니다.

임대주택 순차 양도 비과세 대응 순서

• 처분 순서와 날짜 정리 - 거주주택, 임대주택별 취득일, 등록일, 말소일, 양도일을 한 표로 만듭니다.
• 기준시가 확인 - 임대주택별 취득 당시, 직전거주주택 양도 당시, 이번 양도 당시 기준시가를 공동주택가격 등으로 확인합니다.
• 특례 신고 - 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서와 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례적용신고서를 함께 내고 과세 몫을 계산해 신고합니다.
• 이미 과세로 신고한 경우 - 2025. 2. 28. 이후 양도분을 전부 과세로 신고했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 비과세 몫의 환급을 구합니다.
• 부인 시 불복 - 세무서가 특례를 부인해 납부고지서를 보내면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택 등록·말소 시점이 여러 번 겹치거나 고가주택이면 계산식을 실제 기준시가로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주택임대사업자의 양도소득세 경정청구와 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직전거주주택보유주택이 무엇인가요?
  임대주택으로 등록한 사실이 있고, 그 집을 보유하는 동안 다른 거주주택을 판 적이 있는 거주주택을 말합니다. 이 집은 가장 나중에 판 거주주택의 양도일 뒤의 몫에 대해서만 1주택으로 보아 비과세합니다.
• 거주 2년은 언제부터 세나요?
  직전거주주택보유주택은 세무서 사업자등록과 구청 임대사업자 등록을 한 날 이후의 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 등록 전에 살았던 기간은 이 요건에서 세지 않으므로 전입일과 등록일을 함께 확인하십시오.
• 2025년 2월 전에 팔았다면 어떻게 되나요?
  2025. 2. 27. 이전 양도분은 개정 전 규정이 적용되어, 2019. 2. 12. 이후 취득한 주택의 생애 한 차례 제한 등을 그대로 따릅니다. 개정 규정은 2025. 2. 28. 이후 양도분부터 적용됩니다.
• 고가주택이면 계산이 달라지나요?
  네, 양도가액이 12억원을 넘으면 직전거주주택 양도일 이전 몫은 그대로 과세하고, 이후 몫 중에서도 양도가액 대비 12억원 초과분 비율만큼 과세합니다. 장기보유특별공제도 두 몫에 다른 표를 적용합니다.
• 이미 전부 과세로 신고했는데 돌려받을 수 있나요?
  2025. 2. 28. 이후 양도분이고 요건을 갖췄다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 비과세 몫에 해당하는 세액의 환급을 구할 수 있습니다. 기준시가 자료와 등록·말소 서류를 함께 냅니다.
• 남은 임대주택이 자동말소됐어도 되나요?
  네, 남은 임대주택이 임대의무기간 종료로 자동말소되었더라도 최초 등록 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도하면 장기임대주택으로 보아 특례를 적용합니다. 5년이 지나면 이 특례를 받을 수 없습니다.
• 마지막 한 채는 전부 비과세되나요?
  아니요. 임대주택으로 등록한 사실이 있는 마지막 한 채도 가장 나중에 판 거주주택의 양도일 뒤의 몫만 비과세됩니다. 일반 1세대 1주택 비과세의 보유·거주 요건도 함께 갖춰야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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