부가가치세

입찰방해로 공사계약이 무효가 되면 끝낸 공사의 부가세는 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

입찰방해 유죄판결로 공사계약이 소급해 무효가 되더라도 이미 끝낸 공사용역은 부가가치세 과세대상이고 각각의 공급시기에 세금계산서를 발급해야 합니다. 용역은 반품할 수 없고 부가가치세법은 계약상 또는 법률상 모든 원인에 따른 역무 제공을 용역의 공급으로 봅니다. 지금은 현장별 기성 범위와 이미 주고받은 세금계산서부터 표로 정리하십시오.

계약이 무효가 됐다고 해서 이미 받은 세금계산서를 모두 취소하거나 마이너스 세금계산서를 받아야 하는 것은 아닙니다. 용역은 되돌려 받을 수 없으므로 이미 끝낸 공사는 공급된 것으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

F공사는 전자입찰로 시설공사를 발주하는 공공기관입니다. 2024년 입찰 담당 직원과 일부 공사업체가 공모해 낙찰 결과를 조작한 사실이 드러났고, 2025년 1심에서 입찰방해 등으로 유죄판결이 선고됐습니다. F공사는 입찰 유의서에 따라 해당 업체와의 공사계약이 무효라고 통보했는데, 공사는 이미 준공된 현장, 기성금을 지급한 현장, 기성금을 아직 주지 않은 현장으로 나뉘어 있었습니다. F공사는 지급한 공사대금 중 실제 공사원가를 뺀 이윤 약 4억원을 부당이득으로 돌려받을 계획이었고, 기존 세금계산서와 돌려받는 돈의 부가가치세 처리를 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공사계약이 무효가 되면 이미 끝낸 공사도 부가가치세 대상인가요?

네, 입찰방해 유죄판결로 공사계약이 소급해 무효가 되더라도 이미 제공이 끝난 공사용역은 부가가치세 과세대상이고, 각각의 공급시기에 세금계산서를 발급해야 합니다.

부가가치세법은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 역무를 제공하는 것을 용역의 공급으로 봅니다. 재화와 달리 용역은 반품할 수 없으므로, 계약이 나중에 무효가 돼도 이미 제공한 역무가 없었던 일이 되지는 않습니다.

공급시기는 일반적으로 역무 제공이 완료되는 때입니다. 완성도기준지급조건부나 중간지급조건부로 공사대금을 나눠 받기로 했다면 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기가 됩니다. 공사가 중단돼 대가가 나중에 확정되는 부분은 역무 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때를 기준으로 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 공사도급업체가 입찰방해 등 유죄판결을 받아 공사계약이 무효로 된 경우에도 공사용역이 완료된 부분은 각각의 공급시기에 세금계산서를 발급해야 한다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석부가-0376, 2015. 12. 11.). 발주자가 업체의 귀책사유로 돌려받는 부당이득금은 부가가치세 과세대상이 아니라고 함께 보았습니다.

국세청은 돌려받는 부당이득금을 업체의 귀책으로 발주자가 입은 손실을 보상받는 일종의 위약금이나 손해배상금으로 설명했습니다. 이 회신은 계약이 공사 진행 중 무효가 됐고 그때까지는 당초 계약대로 공사진척도에 따라 대가를 지급한 사실관계를 전제로 합니다. 공사대금 자체를 감액하기로 다시 합의했다면 다르게 볼 수 있습니다.

돌려받는 이윤 부분은 세금계산서를 고쳐야 하나요?

발주자가 업체의 귀책사유로 돌려받는 부당이득금은 재화나 용역 공급의 대가가 아니어서 부가가치세 과세대상이 아닙니다. 회신 취지대로라면 이미 발급된 세금계산서의 공급가액을 줄이는 수정세금계산서를 따로 발급할 대상으로 보지 않습니다.

부가가치세는 재화나 용역을 공급하고 받는 대가에 붙습니다. 발주자가 받는 돈은 무언가를 공급한 대가가 아니라 손실을 메우는 돈이므로 과세되지 않습니다. 반대로 업체 쪽에서는 이미 신고한 매출이 줄어드는 것이 아니므로 당초 신고를 그대로 두게 됩니다.

다만 공사대금 자체를 깎기로 다시 합의하거나 판결에서 계약금액 감액으로 정리된 경우는 공급가액 변동으로 볼 여지가 있습니다. 돌려받는 돈의 명목과 산정 근거를 합의서나 판결문에 분명히 적어 두어야 합니다.

공사계약 무효 부가가치세 대응 순서

• 기성 범위 확정 - 준공, 기성 지급, 기성 미지급 현장을 나눠 공사진척도와 기성 확인서를 정리합니다.
• 세금계산서 점검 - 완료된 공사는 당초 공급시기의 세금계산서를 유지합니다. 아직 발급하지 않은 완료분은 공급시기에 맞춰 발급합니다.
• 반환금 명목 정리 - 돌려받는 돈이 귀책에 따른 부당이득이나 손해배상인지, 공사대금 감액인지 합의서나 판결문에 분명히 적습니다.
• 신고 정정 - 반환금을 공급가액 감소로 잘못 처리해 신고했다면 수정신고나 5년 안의 경정청구로 바로잡습니다.
• 고지 대응 - 세무서가 다르게 보고 고지하면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약 무효 사유와 기성 정산 방식, 반환금 산정 근거에 따라 결론이 달라지므로 계약서와 판결문, 기성 자료를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」 제11조·제16조와 시행령 제29조도 회신 당시와 같은 구조입니다. 법무법인 윤성은 공사계약 분쟁과 관련한 부가가치세 과세 다툼과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 기성금을 아직 못 받은 완료분은 어떻게 하나요?
  완료된 공사분은 공급시기에 세금계산서를 발급해야 합니다. 공사 중단으로 대가가 나중에 확정되는 부분은 역무 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때를 공급시기로 보아 그때 발급합니다.
• 계약이 무효면 세금계산서도 무효인가요?
  아닙니다. 용역은 반품 개념이 없어 이미 제공이 끝난 공사는 공급된 것으로 봅니다. 계약 무효와 관계없이 완료분에 대해 발급한 세금계산서는 그대로 유지하는 것이 국세청 회신의 결론입니다.
• 발주자가 받은 부당이득금을 매출로 신고하나요?
  아닙니다. 업체의 귀책으로 계약이 무효가 돼 발주자가 돌려받는 부당이득금은 재화나 용역 공급의 대가가 아니어서 부가가치세 과세대상이 아니고 세금계산서도 발급하지 않습니다. 반환 합의서에 그 명목을 적어 두십시오.
• 업체는 돌려준 이윤만큼 매출을 줄일 수 있나요?
  회신 취지에 따르면 돌려주는 돈은 공급가액 감소가 아니라 손해배상 성격이므로 당초 매출을 줄이지 않습니다. 공사대금 감액으로 합의했다면 다르게 볼 여지가 있으니 합의 문구를 확인하십시오.
• 중간지급조건부 공사의 공급시기는 언제인가요?
  중간지급조건부나 완성도기준지급조건부로 용역을 공급하면 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기입니다. 역무 제공 완료일 뒤에 받기로 한 부분은 완료일이 공급시기가 되므로 계약서의 지급 조건을 확인하십시오.
• 1심 유죄 뒤 무죄가 되면 어떻게 하나요?
  계약 무효의 근거가 된 판결이 뒤집히면 계약 효력과 반환금 정산이 다시 문제 됩니다. 그 결과 이미 낸 세금이 과다해졌다면 경정청구 기한과 사유를 다시 따져야 하므로 판결 확정 경과를 기록해 두십시오.
• 세무서가 반환금을 매출 감소로 보지 않으면요?
  세무서가 신고 내용을 다르게 보아 부가가치세를 고지하면 고지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 합의서와 판결문의 반환금 명목이 판단의 중심이 됩니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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