양도소득세

살던 집과 상속받은 집의 소수지분이 입주권 하나로 합쳐졌는데 팔면 비과세인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 오래 살던 집 한 채와 형제들과 함께 상속받은 집의 소수지분이 재개발 관리처분계획 인가로 조합원입주권 하나가 됐다면, 그 입주권을 팔아 생긴 소득은 1세대1주택 비과세 양도소득에 해당합니다. 국세청은 기획재정부 해석을 인용해 이런 입주권의 양도는 소득세법 제89조 제1항 제4호의 비과세 대상이라고 회신했습니다. 지금은 양도일 현재 다른 주택이나 분양권이 없는지, 양도가액이 12억원을 넘는지부터 확인해야 합니다.

상속받은 집의 소수지분 때문에 2주택자라고 미리 단정하고 중과세율로 신고할 필요는 없습니다. 공동상속주택의 소수지분은 다른 주택을 팔 때 그 사람의 주택으로 세지 않기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 1999년에 산 다세대주택에 25년 넘게 살았습니다. 2016년 어머니가 돌아가시면서 같은 동네에 있던 어머니 집을 형제 네 명이 4분의 1씩 상속받았고, 어머니와 함께 살던 맏형이 가장 나이가 많아 그 집의 주된 상속인이 됐습니다. 2020년 재개발 관리처분계획이 인가되면서 A씨가 살던 집과 어머니 집의 4분의 1 지분이 합쳐져 조합원입주권 하나로 바뀌었고, 형제 세 명의 나머지 지분은 다른 입주권 하나가 됐습니다. A씨는 2025년 11월 자기 입주권을 9억원에 팔면서 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

살던 집과 상속 소수지분이 입주권 하나가 되면 비과세가 되나요?

네, 2년 이상 보유한 집 한 채와 공동상속주택의 소수지분이 관리처분계획 인가로 조합원입주권 하나가 된 뒤 그 입주권을 팔면 1세대1주택 비과세 양도소득으로 봅니다. 소득세법은 관리처분계획 인가일 현재 1세대1주택 요건을 갖춘 기존주택을 가진 세대가 입주권 하나를 보유하다가 양도일 현재 다른 주택이나 분양권 없이 그 입주권을 팔면 양도소득세를 매기지 않습니다. 공동상속주택은 상속지분이 가장 큰 상속인의 주택으로 보고, 소수지분자가 다른 주택을 팔 때는 그 상속주택을 소수지분자의 주택으로 세지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제3항도 이 내용을 그대로 두고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 1주택을 가진 세대가 공동상속주택의 소수지분을 상속받고 그 주택과 소수지분이 관리처분계획 인가로 입주권 하나로 바뀐 경우, 그 입주권을 팔아 생긴 소득은 소득세법 제89조 제1항 제4호의 비과세 양도소득이라고 회신했습니다(사전-2024-법규재산-0020, 2025. 3. 24.). 회신은 기획재정부 재산세제과-266(2025. 3. 20.) 해석을 인용했습니다. 질의자는 1996년부터 살던 집이 있었고 2013년 어머니 사망으로 형제 넷이 4분의 1씩 상속받은 집의 소수지분을 가졌는데, 2017년 같은 지역 재개발 관리처분계획 인가로 두 재산이 입주권 하나가 됐고 2023년 11월 그 입주권을 팔았습니다.

검토 이유는 이렇습니다. 입주권 하나를 파는 것은 기존 두 주택을 같은 날 함께 파는 것과 같다고 보았고, 같은 날 두 주택을 팔면 납세자가 고른 순서대로 판 것으로 봅니다. 소수지분은 주택 수에서 빠지므로 살던 집을 먼저 판 것으로 보아 비과세하고, 남은 상속 소수지분도 2년 이상 보유했으므로 비과세 대상이 되어 결국 입주권 전체가 비과세라는 결론입니다. 이 회신은 질의자가 소수지분자이고 양도일 현재 다른 주택이 없다는 사실관계를 전제로 한 것이므로, 질의자가 최대지분자이거나 양도 당시 다른 주택이나 분양권이 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

공동상속주택은 누구의 주택으로 보나요?

공동상속주택은 상속지분이 가장 큰 상속인의 주택으로 봅니다. 지분이 가장 큰 사람이 두 명 이상이면 그 주택에 사는 사람, 그다음은 가장 나이가 많은 사람 순서로 소유자를 정합니다. 그 밖의 상속인은 소수지분자가 되어 자기가 가진 다른 주택을 팔 때 공동상속주택이 주택 수에서 빠집니다. 다만 피상속인이 집을 두 채 이상 남겼다면 이 특례는 시행령 제155조 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택에만 적용됩니다.

• 최대지분자 - 공동상속주택을 자기 주택으로 보아 다른 주택 양도 때 주택 수에 넣습니다.
• 소수지분자 - 다른 주택을 팔 때 공동상속주택을 주택 수에서 뺍니다.
• 같은 날 두 주택 양도 - 납세자가 선택한 순서대로 양도한 것으로 봅니다.

상속 소수지분만 따로 입주권 소수지분이 된 경우에 관한 후속 해석도 있습니다. 국세청은 서면-2026-법규재산-0109(2026. 6. 8.)에서 공동상속주택의 소수지분이 재건축 관리처분계획인가로 공동소유 조합원입주권의 소수지분으로 바뀐 뒤 다른 주택을 양도하는 경우, 그 입주권 소수지분은 주택 수에서 빼고 1세대 1주택 비과세를 판단한다고 답했습니다. 상속주택 소수지분의 성격이 입주권으로 바뀐 뒤에도 유지된다고 본 것입니다.

입주권 비과세는 어떤 요건을 봐야 하나요?

관리처분계획 인가일 현재 기존주택이 1세대1주택 요건을 갖추고 있어야 하고, 양도일 현재 입주권 하나 외에 다른 주택이나 분양권이 없어야 합니다. 기존주택의 보유기간은 2년 이상이어야 하고, 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주기간도 2년 이상이어야 합니다. 양도일 현재 주택 한 채를 더 가진 경우에는 그 주택을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 팔아야 합니다. 입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 그 넘는 부분에는 양도소득세가 붙습니다.

입주권 비과세 공동상속 소수지분 대응 순서

• 상속지분 확인 - 상속등기부와 협의분할서로 각 상속인의 지분, 피상속인과 함께 살던 사람, 나이 순서를 확인해 누가 최대지분자인지 정합니다.
• 관리처분 인가일 기준 점검 - 인가일 현재 살던 집의 보유기간과 거주기간이 요건을 갖췄는지 등기부와 주민등록초본으로 맞춰 봅니다.
• 양도일 현재 보유 현황 정리 - 입주권 외에 다른 주택이나 분양권이 없는지, 있다면 그 취득일부터 3년 안인지 확인합니다.
• 12억원 초과분 계산 - 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분의 양도차익을 계산해 예정신고 기한 안에 신고합니다.
• 불복 준비 - 세무서가 소수지분을 주택 수에 넣어 과세하면 상속지분 자료와 이 회신을 근거로 경정청구나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 상속주택이 협의분할 전이거나 피상속인이 집을 두 채 이상 남겼다면 상속등기부와 관리처분계획서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 제가 최대지분자라면 결론이 달라지나요?
  네, 달라질 수 있습니다. 공동상속주택은 상속지분이 가장 큰 상속인의 주택으로 보므로, 최대지분자는 살던 집 외에 상속주택도 자기 주택으로 세게 됩니다. 이때는 상속주택과 일반주택을 각각 한 채씩 가진 세대가 일반주택을 파는 경우의 특례를 따로 따져야 하며, 입주권 전체가 비과세된다고 바로 보기 어렵습니다. 지분이 같은 상속인이 여럿이면 그 집에 사는 사람, 최연장자 순으로 최대지분자를 정합니다.
• 입주권 양도가액이 12억원을 넘으면요?
  입주권의 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 비과세 대상이라도 그 넘는 부분에 대해서는 양도소득세를 냅니다. 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하면서 초과분 양도차익과 장기보유특별공제를 계산해 신고해야 합니다. 12억원 이하라면 비과세 양도소득이므로 세액이 없습니다.
• 양도일에 다른 집이 한 채 더 있으면요?
  양도일 현재 입주권 하나 외에 주택 한 채를 더 가진 경우에는 그 주택을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 팔아야 비과세 요건을 갖춥니다. 분양권을 함께 가진 경우에는 이 요건을 쓸 수 없습니다. 3년 안에 팔지 못한 경우에도 시행령이 정한 부득이한 사유에 해당하면 인정될 수 있으므로 취득일과 양도일을 먼저 대조해야 합니다.
• 상속주택을 아직 협의분할하지 않았다면요?
  다른 주택을 팔 때까지 상속주택을 협의분할해 등기하지 않았다면 민법상 법정상속분에 따라 지분을 가진 것으로 봅니다. 다른 주택을 판 뒤 부과제척기간 안에 협의분할 등기를 해서 특례를 받지 못하게 된 사람은 등기일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 추가 세액을 신고·납부해야 합니다. 분할 전이라면 법정상속분으로 최대지분자를 먼저 가려야 합니다.
• 살던 집에 2년 거주 요건도 필요한가요?
  관리처분계획 인가일 현재 기존주택이 1세대1주택 요건을 갖춰야 하므로 보유기간 2년 이상은 필요하고, 그 집을 취득할 당시 조정대상지역이었다면 보유기간 중 거주기간 2년 이상도 필요합니다. 취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 거주 요건 없이 보유 2년만 봅니다. 취득일 기준 지역 지정 여부를 확인해야 합니다.
• 어머니가 집을 두 채 남겼다면요?
  피상속인이 상속개시 당시 두 채 이상을 가졌다면 소수지분 특례는 시행령 제155조 제2항 각 호의 순위에 따른 1주택에만 적용됩니다. 피상속인이 가장 오래 가진 집, 그다음 가장 오래 산 집, 상속개시 당시 살던 집, 기준시가가 가장 높은 집 순으로 정합니다. 그 순위에 들지 않는 상속주택의 지분은 주택 수에 들어갈 수 있으므로 상속재산 전체를 먼저 정리해야 합니다.
• 세무서가 2주택으로 과세하면 어떻게 다투나요?
  신고한 세액이 많았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 상속지분 자료와 관리처분계획서, 이 사안의 국세청·기획재정부 해석을 함께 제출해 소수지분자임을 밝히는 것이 쟁점입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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