양도소득세

소수지분 상속주택 2채 중 1채를 증여하면 살던 집 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

같은 부모에게서 소수지분 상속주택 2채를 받은 경우 후순위 지분을 증여로 정리했다고 해서 살던 집 비과세를 장담할 수는 없습니다. 조문상 주택 수에서 빠지는 것은 선순위 공동상속주택 지분 1개뿐이고, 증여로 정리한 뒤 파는 구조는 과세관청이 특례를 부인할 수 있어 양도 전 확인이 필요합니다. 두 지분 중 어느 쪽이 선순위인지와 증여 시점부터 확인해 보십시오.

소수지분이라도 상속받은 집이 2채라면 두 지분이 모두 주택 수에서 빠지는 것은 아닙니다. 후순위 지분을 정리하기 전에 그 방법이 비과세 판단에 어떤 영향을 주는지부터 따져 보는 것이 순서입니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2016년부터 아파트 한 채에 살고 있습니다. 따로 살던 아버지가 2023년 돌아가시면서 아버지 명의 주택 2채를 형제들과 나눠 상속받았고, C씨는 두 집 모두 5분의 1 지분만 받았습니다. C씨는 2025년 후순위 주택 지분을 따로 사는 조카에게 증여한 뒤 자기 아파트를 팔려고 하는데, 이제 비과세가 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소수지분 상속주택이 2채면 왜 문제가 되나요?

공동상속주택 특례로 주택 수에서 빠지는 것은 공동상속주택 1채의 소수지분뿐이고, 피상속인이 2주택 이상을 가졌다면 그중 선순위 1주택만 공동상속주택이 됩니다. 후순위 주택의 소수지분은 일반 주택 지분과 같이 주택 수에 들어갑니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제3항은 공동상속주택을 상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택으로 정하고, 피상속인이 2주택 이상이면 제2항 순위에 따른 1주택으로 한정합니다. 그래서 일반주택과 소수지분 2채를 함께 가진 상태에서 일반주택을 팔면 후순위 지분 때문에 2주택으로 판단됩니다.

선순위는 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 주택, 소유기간이 같으면 거주기간이 가장 긴 주택 순으로 정합니다. 두 지분의 순위를 먼저 확정해야 어느 지분을 정리할지 판단할 수 있습니다.

후순위 지분을 증여한 뒤 팔면 비과세가 되나요?

후순위 지분을 증여하고 양도일 현재 일반주택과 선순위 소수지분만 남았다면, 조문 문언만 보면 선순위 소수지분은 주택 수에서 빠집니다. 그러나 같은 피상속인에게서 받은 지분 2채 중 하나를 증여로 정리한 뒤 일반주택을 파는 구조는 과세관청이 특례 적용을 부인할 수 있어 결론을 단정하기 어렵습니다.

이 구조는 상속개시 당시 이미 일반주택을 가진 1세대가 같은 피상속인에게서 지분 2개를 받아 주택 수에 들어가는 후순위 지분을 함께 가진 상태를 전제로 합니다. 그 뒤 양도 직전에 후순위 지분만 떼어 낸 것이어서 특례 취지에 맞는 정리인지가 쟁점이 됩니다. 특례 범위를 어디까지 볼지를 두고 과세관청과 다툼이 생길 수 있는 영역이므로, 양도 전에 국세청에 서면질의나 사전답변을 신청해 이 사실관계에 대한 해석을 받아 두는 편이 안전합니다.

일반주택 자체의 요건도 따로 갖춰야 합니다. 보유기간 2년 이상, 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주기간 2년 이상이 필요하고, 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다.

증여 말고 다른 정리 방법은 없나요?

후순위 지분을 정리하는 방법은 증여 외에도 양도가 있고, 방법마다 세금 부담이 다릅니다. 후순위 지분을 다른 사람에게 팔면 그 지분 양도에는 양도소득세가 과세될 수 있고, 증여하면 받는 사람에게 증여세가 생깁니다.

어느 방법이든 일반주택 비과세로 줄어드는 세액보다 정리 과정에서 생기는 세액이 크면 실익이 없습니다. 일반주택을 과세로 팔 때의 세액과 후순위 지분 정리 비용을 함께 계산해 보고 순서를 정합니다.

이미 신고했다가 비과세가 부인되면 어떻게 하나요?

비과세로 신고했는데 세무서가 후순위 지분을 주택 수에 넣어 과세하겠다고 하면, 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

소수지분 상속주택 2채 대응 순서

• 순위 확정 - 피상속인이 두 주택을 산 날과 거주기간으로 선순위와 후순위를 정합니다.
• 정리 방법 비교 - 후순위 지분을 증여할지, 양도할지, 그대로 두고 일반주택을 과세로 팔지 세액을 비교합니다.
• 사전 확인 - 정리 뒤 일반주택을 팔기 전에 서면질의나 사전답변으로 특례 적용 여부를 확인합니다.
• 양도 신고 - 일반주택을 판 뒤 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 예정신고를 합니다.
• 사후 대응 - 과세예고통지를 받으면 과세전적부심사를, 부과처분을 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 두 지분을 서로 다른 피상속인에게서 받았거나 상속 뒤 지분을 사고판 경우에는 결론이 달라질 수 있어 등기 경과를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 상속주택이 걸린 1세대1주택 비과세 부인 처분에 대한 과세전적부심사와 심판청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 소수지분 2채를 그대로 두고 팔면요?
  같은 피상속인에게서 받은 소수지분 2채를 그대로 둔 채 일반주택을 팔면 선순위 지분만 주택 수에서 빠지고 후순위 지분은 들어가므로 2주택으로 보아 비과세를 받기 어렵습니다. 먼저 두 지분의 선후순위부터 확인합니다.
• 어느 지분이 선순위인지 어떻게 아나요?
  피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 주택이 선순위이고, 같으면 거주기간이 긴 주택, 그다음 상속개시 당시 거주한 주택, 기준시가가 높은 주택 순입니다. 상속인 지분 크기와는 관계가 없습니다.
• 서로 다른 부모에게 받았다면 다른가요?
  부부가 각자 다른 피상속인에게서 소수지분을 1채씩 받은 경우에는 각 지분이 그 피상속인의 공동상속주택이 될 수 있어 판단 구조가 달라집니다. 누가 누구에게 받았는지부터 나눠 확인해야 합니다.
• 증여 말고 팔아서 정리하는 건 어떤가요?
  후순위 지분을 팔면 그 지분 양도에 양도소득세가 과세될 수 있습니다. 정리 방법에 따라 일반주택 비과세 판단이 달라질 수 있으므로 증여와 양도의 세액, 이후 특례 적용 가능성을 함께 비교합니다.
• 일반주택 2년 보유는 언제부터 세나요?
  일반주택의 보유기간은 그 주택을 취득한 날부터 셉니다. 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이면 보유기간 중 거주기간도 2년 이상이어야 하고, 양도가액 12억원 초과분은 과세됩니다.
• 과세예고통지를 받으면 어떻게 하나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구해 고지 전에 다툴 수 있습니다. 청구서에는 피상속인의 주택별 소유·거주 기록으로 선순위 판단을 뒷받침하고, 지분 정리 경과를 날짜순으로 적어 의견을 냅니다.
• 납부고지서를 이미 받았다면요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청을 먼저 거칠 수도 있지만 선택 절차이고, 기간을 넘기면 다투기 어려워지므로 고지서 수령일을 기록해 둡니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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