양도소득세

임대주택이 재개발로 입주권 2개가 됐는데 살던 집을 팔면 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 등록한 장기임대주택이 재개발로 조합원입주권 2개로 바뀌었더라도 그 등록이 말소되기 전에 2년 이상 살던 집을 팔면 거주주택 비과세 특례를 받을 수 있습니다. 소득세법 시행령은 양도일 현재 사업자등록과 임대사업자등록을 유지하며 임대 중인 주택을 장기임대주택으로 봅니다. 지금은 살던 집의 잔금일이 임대주택 등록 말소일보다 앞서는지부터 확인해야 합니다.

임대주택이 재개발 구역에 들어갔다고 해서 살던 집을 서둘러 팔 필요는 없습니다. 관리처분계획 인가로 입주권이 되어도 등록이 살아 있고 임대가 이어지는 동안에는 장기임대주택으로 취급되므로, 등록 말소 예정일을 기준으로 잔금일을 잡으면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2008년 2월 서울의 아파트를 사서 가족과 함께 살았습니다. 배우자는 2014년 8월 읍 지역에 있는 농어촌주택을 한 채 샀습니다. A씨는 2024년 2월 재개발 구역 안의 다세대주택 한 채를 더 사서 장기일반민간임대주택으로 10년 등록하고 세를 놓았습니다. 2025년 가을 관리처분계획이 인가되면서 이 임대주택은 조합원입주권 2개로 바뀌었고, 아직 임대사업자등록은 그대로이며 세입자도 살고 있습니다. A씨는 2026년 안에 살던 아파트를 팔 계획인데, 임대주택이 입주권으로 바뀐 상태에서도 거주주택 비과세를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대주택이 입주권으로 바뀌어도 거주주택 특례가 되나요?

네, 임대 중이던 장기임대주택이 관리처분계획 인가로 조합원입주권으로 바뀌었어도 사업자등록과 임대사업자등록이 말소되기 전에 거주주택을 팔면 특례를 받을 수 있습니다. 거주주택 특례는 양도일 현재 장기임대주택이 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 유지한 채 임대 중이고, 임대료 증가율이 5%를 넘지 않을 것을 요구합니다. 입주권으로 바뀌었다는 사정만으로 이 요건이 깨지지 않습니다. 임대기간 요건을 아직 채우지 못한 상태라도 거주주택을 먼저 팔 수 있고, 이때는 임대주택을 장기임대주택으로 보아 특례를 적용합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제20항과 제21항이 그렇게 정하고 있습니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다.
• 장기임대주택 - 양도일 현재 사업자등록과 임대사업자등록을 하고 임대 중이며, 임대보증금과 임대료 증가율이 5% 이하여야 합니다.
• 입주권 전환 - 등록이 말소되기 전이면 입주권 2개로 바뀐 뒤에도 장기임대주택으로 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 거주주택, 농어촌주택, 장기임대주택을 차례로 취득한 1세대가 장기임대주택이 재개발로 조합원입주권 2개로 바뀐 뒤 그 임대주택의 사업자등록 등이 말소되기 전에 거주주택을 팔면 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 1세대1주택 특례를 받을 수 있다고 회신했습니다(서면-2023-법규재산-3394, 2025. 3. 28.). 질의자는 2006년 2월 A주택을 사서 2년 넘게 거주했고, 배우자가 2011년 8월 농어촌주택인 B주택을, 2023년 2월 C주택을 샀습니다. C주택을 장기일반민간임대주택으로 10년 등록한 뒤 재개발로 입주권 2개로 바뀌는 시점과 A주택 양도, C주택 멸실과 등록 말소가 차례로 예정된 사안이었습니다. 회신은 입주권 전환 여부를 따로 문제 삼지 않고, 임대 중이던 장기임대주택의 사업자등록 등이 말소되기 전에 거주주택을 양도하는지를 조건으로 삼았습니다.

이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 해석입니다. 거주주택을 팔기 전에 등록이 먼저 말소되었거나, 세입자가 나가 임대가 끊긴 상태였다면 결론이 달라질 수 있습니다.

농어촌주택이 한 채 더 있어도 괜찮은가요?

농어촌주택이 「조세특례제한법」 제99조의4의 요건을 갖추면 그 주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보고 비과세 여부를 판단합니다. 2003년 8월 1일부터 2028년 12월 31일까지 취득하여 3년 이상 보유한 농어촌주택이 대상이고, 농어촌주택을 사기 전부터 갖고 있던 일반주택을 팔 때 적용됩니다. 질의 사안도 B주택이 이 농어촌주택에 해당한다는 것을 전제로 거주주택과 장기임대주택만 남겨 두고 특례를 적용했습니다. 농어촌주택 요건은 취득 당시 소재지와 기준시가로 따지므로, 조정대상지역이나 도시지역에 있는 주택이면 다시 확인해야 합니다.

살던 집을 판 뒤 임대주택이 헐리면 세금을 다시 내나요?

임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 팔아 특례를 받았다면, 그 뒤 임대기간 요건을 채우지 못하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 특례로 줄어든 세액을 신고하고 내야 합니다. 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘겨도 같습니다. 다만 재개발사업이 있는 경우에는 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 임대하지 않은 기간에 넣지 않습니다. 재개발로 당초 임대주택이 멸실되어 새 주택을 취득하는 경우에도 새 주택을 다시 등록하지 않으면 당초 주택의 등록이 말소된 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보는 규정이 있으므로, 멸실 뒤 새 주택의 등록 여부가 추가 납부 여부를 가릅니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정된 「소득세법 시행령」은 다주택 중과를 피하는 장기임대주택 중 아파트 매입임대주택에 양도기한을 붙였습니다. 「소득세법 시행령」 제167조의3 제11항은 그 기한을 2027년 12월 31일로 하되, 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택은 등록 말소일부터 1년이 되는 날, 재개발·재건축 인가가 있는 경우에는 이전고시일부터 1년이 되는 날 중 가장 늦은 날로 정했습니다. 거주주택 특례에 관한 제155조 제20항과 제23항도 같은 날 함께 개정되었습니다. 제20항은 장기임대주택 범위에서 적용하지 않는 기한 제한을 같은 호 가목 1)과 다목 단서로 나누어 정리했고, 제23항은 등록 말소 뒤 5년 안에 거주주택을 팔 때 이 아파트 양도기한 요건을 적용하지 않는다고 못 박았습니다. 회신이 다룬 임대 중 입주권 전환 사안의 결론은 개정 뒤에도 그대로입니다.

재개발 임대주택 거주주택 특례 대응 순서

• 등록 상태 확인 - 임대사업자등록증과 사업자등록증으로 등록이 살아 있는지, 말소 예정일이 언제인지 확인합니다. 거주주택 잔금일이 말소일보다 앞서야 합니다.
• 임대 이력 정리 - 임대차계약서, 임대료 증가율 5% 이내 여부, 세입자 전입세대 열람내역을 날짜순으로 모읍니다. 관리처분계획 인가일도 적어 둡니다.
• 거주주택 2년 확인 - 주민등록 초본으로 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인지 봅니다. 직전거주주택이 있으면 그 양도일 이후 기간만 계산됩니다.
• 예정신고와 서류 제출 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하면서 장기임대주택 임대차계약서 사본과 임차인 주민등록표 등본을 냅니다.
• 사후관리 - 임대주택 멸실, 새 주택 등록 여부, 임대하지 않은 기간을 계속 기록합니다. 특례가 부인되면 경정청구나 심판청구로 다툴 수 있는지 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 관리처분계획 인가 뒤 세입자가 이미 나갔거나 등록 말소 신청을 먼저 한 경우에는 임대차계약서·등록증·전입세대 열람내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 비과세 특례 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 입주권 2개로 바뀌면 주택 수가 늘어나나요?
  거주주택 특례에서는 양도일 현재 등록을 유지한 채 임대 중인 장기임대주택을 1세대의 다른 주택으로 보지 않고 거주주택만 소유한 것으로 봅니다. 국세청은 임대주택이 조합원입주권 2개로 바뀐 사안에서도 등록 말소 전에 거주주택을 팔면 특례를 적용한다고 회신했으므로, 입주권 개수가 늘었다는 이유만으로 특례가 막히지는 않습니다.
• 임대기간 10년을 아직 못 채웠는데 집을 팔아도 되나요?
  됩니다. 장기임대주택의 임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 팔더라도 그 임대주택을 장기임대주택으로 보아 특례를 적용합니다. 다만 그 뒤 임대기간 요건을 채우지 못하게 되면 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 특례로 줄어든 세액을 신고하고 내야 하므로, 등록 유지와 임대 지속을 계속 관리해야 합니다.
• 재개발 공사 중 세입자가 없는 기간은 어떻게 보나요?
  재개발사업이 있는 경우 임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 셀 때 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지는 넣지 않습니다. 그 밖의 기간에 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘으면 임대기간 요건을 채우지 못한 것으로 보아 추가 납부 사유가 되므로, 세입자 퇴거일과 인가일을 함께 기록해 두어야 합니다.
• 농어촌주택은 어떤 요건이어야 주택 수에서 빠지나요?
  2003년 8월 1일부터 2028년 12월 31일까지 취득하여 3년 이상 보유한 농어촌주택으로, 취득 당시 수도권·도시지역·조정대상지역 등이 아닌 읍·면 지역 등에 있고 기준시가가 법정 한도 안이어야 합니다. 이 요건을 갖추면 농어촌주택 취득 전부터 보유한 일반주택을 팔 때 그 농어촌주택은 1세대의 소유주택으로 보지 않습니다.
• 거주주택 특례는 서류를 따로 내야 하나요?
  네, 거주주택을 양도한 과세기간의 과세표준신고서와 함께 특례 신고서를 내면서 장기임대주택의 임대차계약서 사본과 임차인의 주민등록표 등본 또는 전입세대 열람내역을 첨부해야 합니다. 세무서는 주민등록표, 등기사항증명서, 임대사업자 등록증을 행정정보 공동이용으로 확인하되, 동의하지 않으면 직접 내야 합니다.
• 거주주택이 12억원을 넘는 고가주택이면요?
  거주주택 특례는 1세대1주택으로 보아 비과세 규정을 적용하는 것이므로, 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘는 부분은 고가주택으로 과세됩니다. 그 부분에는 보유기간과 거주기간에 따른 1세대1주택 장기보유특별공제가 적용될 수 있으므로, 거주기간을 증명할 주민등록 초본을 준비해 두어야 합니다.
• 특례가 부인되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  신고한 세액이 많았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 고지서 수령일을 기록해 두고 기한 안에 대응해야 다툴 길이 남습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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