양도소득세

새집을 산 뒤 재건축 입주권까지 샀다면 옛집 팔 때 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 종전주택과 신규주택에 조합원입주권이나 분양권까지 함께 가진 상태에서 종전주택을 팔면 일시적 2주택 특례와 입주권·분양권 특례를 겹쳐 적용할 수 없어 비과세를 받지 못합니다. 국세청은 2024년 8월 기획재정부 해석을 인용해 같은 취지의 특례끼리 결합할 법적 근거가 없다고 회신했습니다. 지금은 종전주택 양도일에 세대가 가진 주택·입주권·분양권이 몇 개인지부터 확인해야 합니다.

이미 입주권이나 분양권을 샀다고 해서 종전주택 비과세를 바로 포기할 필요는 없습니다. 비과세는 양도일 현재 보유 상태로 판정하므로, 종전주택을 팔기 전에 무엇을 먼저 정리하느냐에 따라 결론이 달라집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년 3월 조정대상지역이 아닌 곳에 아파트(종전주택)를 샀고, 2023년 6월 역시 조정대상지역이 아닌 곳에 두 번째 아파트를 샀습니다. 2024년 9월에는 재건축 조합원입주권을 승계해 취득했습니다. 2026년 4월 종전주택을 팔면서, 두 번째 아파트를 산 날부터 3년 안이고 입주권을 산 날부터도 3년 안이니 일시적 2주택 특례와 입주권 특례를 함께 적용해 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 두 특례를 겹쳐 쓰는 것을 어떻게 해석했나요?

일시적 2주택 특례와 일시적 1주택·1조합원입주권 특례, 일시적 2주택 특례와 일시적 1주택·1분양권 특례는 겹쳐 적용할 수 없다는 것이 결론입니다. 국세청은 기준-2024-법규재산-0029(2024. 8. 5.)에서 기획재정부 재산세제과-906(2024. 7. 31.) 해석을 참조하라고 답했고, 기획재정부는 두 질의 모두 「중첩 적용 불가」(제2안)가 타당하다고 회신했습니다. 질의 사안은 종전주택, 신규주택, 승계취득한 재건축 조합원입주권을 함께 가진 세대와, 종전주택과 2021. 1. 1. 이후 취득한 분양권·신규주택을 가진 세대였습니다.

판단 이유는 세 가지입니다. 첫째, 1세대 1주택 특례 규정들은 나란히 정해져 있을 뿐 둘 이상을 결합해 적용할 법적 근거가 없습니다. 둘째, 상속·혼인·동거봉양처럼 불가피한 사정으로 주택이 늘어난 경우에 한해 기본통칙이 예외적으로 두 특례를 겹쳐 쓰도록 허용하지만, 같은 취지의 「갈아타기」 특례끼리 겹치는 것까지 넓히는 것은 지나친 확장해석입니다. 셋째, 겹쳐 쓰면 대체주택을 사는 과정에서 입주권이나 분양권까지 더 사들여 3주택 상태로 비과세를 받게 되어 1주택 비과세 제도가 사실상 무너진다고 보았습니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이라, 입주권이 상속으로 생긴 경우처럼 사정이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

입주권이나 분양권이 있으면 왜 비과세가 원칙적으로 안 되나요?

1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 함께 갖고 있다가 주택을 팔면 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않는 것이 원칙입니다. 입주권과 분양권은 주택 수에 들어가므로, 시행령이 정한 특례에 해당할 때만 예외가 인정됩니다. 그 특례 중 하나가 1주택 세대가 입주권이나 분양권을 사서 일시적으로 1주택과 1입주권(분양권)이 된 경우, 입주권(분양권)을 취득한 날부터 3년 안에 종전주택을 팔면 비과세하는 규정입니다.

세 가지 갈아타기 특례는 각각 어떤 상태를 전제로 하나요?

세 특례는 모두 「한 채를 갖고 있다가 하나를 더 산」 상태, 즉 일시적으로 둘이 된 상태만 전제로 합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 신규주택·입주권·분양권을 사야 하고, 그 취득일부터 정해진 기간 안에 종전주택을 팔도록 합니다. 셋 이상을 보유하면 어느 특례에도 들어가지 않습니다.

• 일시적 2주택 - 1주택 + 신규주택, 종전주택·신규주택 모두 조정대상지역이면 2년, 그 밖에는 3년 안에 종전주택 양도
• 1주택 + 1조합원입주권 - 입주권 취득일부터 3년 안에 종전주택 양도
• 1주택 + 1분양권 - 분양권 취득일부터 3년 안에 종전주택 양도
• 2주택 + 1입주권(분양권) - 3개 보유 상태로 어느 특례도 적용 안 됨

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정 시행령으로 일시적 2주택 처분기한이 나뉘었습니다. 조정대상지역에 종전주택이 있는 상태에서 조정대상지역 신규주택을 취득하면 2년, 그 밖의 경우는 3년입니다. 이 2년 기한은 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 파는 경우부터 적용됩니다. 입주권·분양권 특례의 3년 기한은 바뀌지 않았고, 두 특례를 겹쳐 쓸 수 없다는 결론도 그대로입니다.

일시적 2주택 입주권 중첩 대응 순서

• 양도일 기준 보유 목록 작성 - 종전주택을 팔 날짜에 세대가 가진 주택·입주권·분양권을 등기부와 계약서로 정리합니다. 세 개 이상이면 특례가 걸리지 않습니다.
• 정리 순서 검토 - 종전주택을 팔기 전에 입주권이나 분양권, 신규주택 중 하나를 먼저 처분하면 남은 두 개로 특례를 다시 따질 수 있습니다. 먼저 처분하는 쪽의 세금도 함께 계산합니다.
• 처분기한 확인 - 신규주택은 조정대상지역 여부에 따라 2년 또는 3년, 입주권·분양권은 3년 안에 종전주택을 팔아야 합니다.
• 예정신고 - 비과세가 안 되는 양도는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다.
• 부인 시 불복 - 비과세로 신고했다가 과세 통지를 받으면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 이미 낸 세금은 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 입주권이나 분양권을 상속받았거나 혼인·동거봉양으로 합가하면서 보유 수가 늘어난 경우에는 등기부와 공급계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 따른 양도소득세 불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 입주권을 먼저 팔면 일시적 2주택이 되나요?
  비과세는 양도일 현재 보유 상태로 판정하므로, 종전주택을 팔기 전에 입주권을 처분해 종전주택과 신규주택만 남았다면 일시적 2주택 특례를 다시 따질 수 있습니다. 신규주택을 취득한 날부터 처분기한 안에 종전주택을 팔아야 하고, 먼저 판 입주권의 양도소득세는 따로 계산합니다.
• 분양권도 주택 수에 들어가나요?
  네, 주택과 분양권을 함께 갖고 있다가 주택을 팔면 1세대 1주택 비과세가 원칙적으로 적용되지 않고, 1주택 + 1분양권 특례처럼 시행령이 정한 경우에만 예외가 인정됩니다. 회신의 질의 사안도 2021. 1. 1. 이후 취득한 분양권을 가진 세대였으므로, 분양권 공급계약일과 취득일부터 확인합니다.
• 1주택 + 1분양권 특례의 기한은 몇 년인가요?
  종전주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 분양권을 취득하고, 분양권을 취득한 날부터 3년 안에 종전주택을 팔면 1세대 1주택으로 봅니다. 3년이 지났더라도 완성된 주택으로 3년 안에 세대 전원이 이사해 1년 이상 거주하고, 완성 전후 3년 안에 종전주택을 팔면 비과세 특례를 따로 받을 수 있습니다.
• 어떤 특례는 겹쳐 쓸 수 있나요?
  회신은 상속·혼인·동거봉양처럼 불가피한 사정으로 주택이 늘어난 경우에는 기본통칙 등으로 예외적으로 두 특례를 겹쳐 쓸 수 있다고 설명했습니다. 반대로 일시적 2주택과 입주권·분양권 특례처럼 같은 「갈아타기」 취지의 특례끼리는 겹쳐 쓸 수 없습니다. 어느 쪽인지는 주택이 늘어난 원인을 보고 따로 판단합니다.
• 일시적 2주택 기한이 2년으로 줄었나요?
  2026. 10. 1. 시행 개정으로 종전주택과 신규주택이 모두 조정대상지역에 있으면 2년, 그 밖에는 3년입니다. 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 파는 경우부터 적용되고, 2026. 8. 3. 이전에 조정대상지역 신규주택(취득할 수 있는 권리 포함)을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 지급한 사실이 증명서류로 확인되면 종전 규정인 3년을 따릅니다.
• 비과세로 신고했는데 과세 통지를 받았어요.
  과세 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 양도일 현재 입주권·분양권을 실제로 보유했는지, 상속처럼 불가피한 사정이 있었는지를 등기부와 계약서로 먼저 정리해야 합니다. 이의신청은 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.
• 과세로 낸 세금을 나중에 다툴 수 있나요?
  과세로 신고·납부한 뒤 특례 요건을 갖춘 것으로 판단되면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 회신과 다른 사실관계, 예컨대 양도일 전에 입주권을 이미 처분했다는 점을 계약서와 잔금 영수증으로 보여야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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