양도소득세

자동말소된 임대주택을 판 뒤 남은 임대주택만 있으면 거주주택을 5년 안에 팔아야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 임대기간 요건을 다 채운 임대주택이 자동말소돼 먼저 팔았고 남은 임대주택이 자동말소되지 않는 유형뿐이라면, 거주주택을 말소일부터 5년 안에 팔아야 하는 제한은 적용되지 않습니다. 국세청은 기획재정부 해석을 인용해 5년 처분기한은 임대기간 요건을 못 채운 채 말소된 임대주택을 구제하는 규정이라고 회신했습니다. 지금은 남은 임대주택이 폐지된 유형인지, 거주주택 양도일 현재 임대 중인지부터 확인해야 합니다.

먼저 판 임대주택의 말소일부터 5년을 세어 거주주택 양도를 서두를 필요는 없습니다. 5년 처분기한은 말소 때문에 임대기간 요건을 못 채운 임대주택을 구제하는 규정이지, 요건을 다 채우고 판 임대주택에는 걸리지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2008년부터 살아온 집 외에 다세대주택 한 채를 2017년에 사서 2018년 단기 매입임대주택으로 등록했고, 오피스텔 한 채와 다세대주택 한 채를 2019년과 2020년에 각각 장기일반민간임대주택 8년으로 등록해 세를 주고 있습니다. 2018년 등록한 단기임대주택은 2024년 5월 임대의무기간이 끝나 자동말소됐고, 임대기간 등 거주주택 특례 요건을 모두 채운 상태였으므로 2024년 8월 팔았습니다. A씨는 오피스텔과 다세대주택 임대를 이어 가면서 2026년에 살던 집을 팔려고 하는데, 자동말소일부터 5년 안에 팔아야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자동말소된 임대주택을 판 뒤 거주주택에 5년 제한이 붙나요?

아니요, 임대기간 요건을 다 채운 임대주택이 자동말소돼 먼저 팔았고 남은 임대주택이 자동말소되지 않는 유형이라면, 거주주택 양도에 말소일부터 5년이라는 처분기한은 붙지 않습니다. 시행령 제155조 제23항은 폐지된 유형의 임대주택이 자진말소나 자동말소된 뒤 5년 안에 거주주택을 팔면 임대기간 요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 거주주택 특례를 적용한다는 규정입니다. 말소로 임대기간을 못 채운 임대주택을 구제하는 조항이므로, 이미 요건을 채운 임대주택을 팔고 남은 임대주택으로 거주주택 특례를 받는 경우에는 이 조항이 적용될 자리가 없습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」도 제23항을 「임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다」는 구조로 두고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 폐지된 유형의 임대주택이 임대의무기간 종료로 등록 말소된 뒤 양도되어 거주자가 거주주택과 폐지되지 않은 유형의 장기임대주택만 가진 상태에서 거주주택을 팔면 시행령 제155조 제23항은 적용되지 않는다고 회신했습니다(서면-2023-법규재산-1160, 2024. 12. 19.). 회신은 기획재정부 재산세제과-1420(2024. 12. 11.) 해석을 인용했습니다. 질의자는 2005년부터 살던 집 외에 2015년 매입임대 5년으로 등록한 다세대주택, 2016년과 2017년 준공공임대 8년으로 등록한 오피스텔과 다세대주택을 가졌고, 2021년 5월 자동말소된 다세대주택을 2021년 8월 판 뒤 살던 집을 팔 예정이었습니다.

판단 이유는 이렇습니다. 제23항은 법률 제17482호 민간임대주택법 개정 부칙 제5조 제1항이 적용되는 임대주택을 대상으로 2020. 10. 7. 신설된 규정이고, 조문 끝에 「등록이 말소된 이후 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한정하여 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아」라고 적혀 있습니다. 즉 임대기간 요건을 못 채운 채 말소된 경우를 말소일부터 5년간 요건을 채운 것으로 봐 주는 규정이므로, 이미 요건을 채운 뒤 말소된 임대주택은 대상이 아닙니다. 이 회신은 먼저 판 임대주택이 임대기간 등 요건을 모두 채운 뒤 자동말소됐다는 사실관계를 전제로 하므로, 요건을 못 채운 채 말소된 임대주택이 있었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

남은 임대주택으로 거주주택 특례를 받으려면 무엇을 봐야 하나요?

거주주택 양도일 현재 남은 임대주택이 사업자등록과 민간임대주택 등록을 유지한 채 임대 중이어야 하고, 임대료 증가율이 5%를 넘지 않아야 합니다. 거주주택에는 보유기간 중 2년 이상 거주해야 합니다. 임대기간 요건을 아직 못 채운 상태에서 거주주택을 팔아도 장기임대주택으로 보아 특례를 적용하되, 나중에 임대기간 요건을 못 채우게 되면 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 추가 세액을 신고·납부해야 합니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간 2년 이상.
• 남은 임대주택 - 양도일 현재 사업자등록·임대등록 유지, 임대 중, 임대료 증가율 5% 이하.
• 임대기간 사후관리 - 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘기면 요건 미충족으로 봅니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정된 시행령은 제155조 제23항의 문구를 「임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다」로 고쳐 이 조항이 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보는 규정임을 더 분명히 했습니다. 같은 개정으로 제167조의3 제1항 제2호의 아파트 장기일반·단기민간임대주택에는 양도기한 요건이 붙었고, 그 기한은 2027. 12. 31.을 기본으로 임대의무기간 종료일이 2027. 1. 1. 이후인 주택은 등록 말소일부터 1년이 되는 날 등으로 정해졌습니다. 거주주택 특례의 장기임대주택 범위는 제155조 제20항이 따로 정하므로, 남은 임대주택이 어느 유형인지에 따라 적용 조문을 다시 확인해야 합니다.

거주주택 특례 자동말소 5년 처분기한 대응 순서

• 임대주택 유형 분류 - 등록증으로 각 임대주택이 단기·아파트 장기일반 등 폐지된 유형인지, 그 밖의 장기일반 유형인지 나눕니다.
• 먼저 판 임대주택 요건 확인 - 자동말소 전에 임대기간·임대료 5%·등록 요건을 모두 채웠는지 임대차계약서와 등록 이력으로 확인합니다. 못 채웠다면 제23항의 5년 기한이 문제됩니다.
• 남은 임대주택 점검 - 거주주택 양도일 현재 임대 중인지, 임대 공백이 6개월을 넘지 않았는지 봅니다.
• 예정신고와 첨부서류 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하며 특례 신고서와 임대차계약서 사본 등을 냅니다.
• 불복 준비 - 세무서가 5년 처분기한을 들어 특례를 부인하면 이 회신과 임대 이력 자료를 근거로 경정청구나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 남은 임대주택 중에 폐지된 유형이 섞여 있거나 먼저 판 임대주택이 요건을 못 채운 채 말소됐다면 등록증·임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 먼저 판 임대주택이 요건을 못 채웠다면요?
  임대기간 요건을 못 채운 채 폐지된 유형의 임대주택이 자진말소나 자동말소됐다면, 그 말소일부터 5년 안에 거주주택을 팔아야 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보아 거주주택 특례를 받을 수 있습니다. 임대주택이 둘 이상이면 처음 말소된 임대주택의 말소일부터 5년을 셉니다. 자진말소는 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대한 경우에만 인정됩니다.
• 자동말소되는 임대주택 유형은 무엇인가요?
  2020년 민간임대주택법 개정으로 폐지된 단기민간임대주택과 아파트를 임대하는 장기일반민간임대주택(민간매입임대주택)은 임대의무기간이 끝나는 날 등록이 자동으로 말소됩니다. 오피스텔이나 다세대주택을 임대하는 장기일반민간임대주택은 폐지된 유형이 아니어서 자동말소되지 않고, 등록을 유지하며 계속 임대할 수 있습니다.
• 남은 임대주택이 임대기간을 아직 못 채웠어도 되나요?
  네, 장기임대주택의 임대기간 요건을 채우기 전에 거주주택을 팔아도 그 임대주택을 장기임대주택으로 보아 거주주택 특례를 적용합니다. 다만 특례를 받은 뒤 임대기간 요건을 못 채우게 되면 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 시행령 계산식에 따른 세액을 신고·납부해야 하므로 임대를 중단하지 않는 것이 전제입니다.
• 거주주택 특례는 생애 한 번만 되나요?
  아니요, 장기임대주택을 가진 세대의 거주주택 특례를 생애 한 차례로 제한하던 문구는 2025. 2. 28. 개정으로 삭제됐고, 부칙에 따라 2025. 2. 28. 이후 양도하는 분부터 적용됩니다. 다만 임대주택이나 어린이집으로 쓴 사실이 있는 집을 거주주택으로 팔 때 그 보유기간 중 먼저 판 직전거주주택이 있으면 직전거주주택 양도일 뒤의 기간분에만 비과세를 적용합니다. 살던 집을 임대주택으로 등록한 적이 없다면 이 안분은 적용되지 않습니다.
• 임대료를 5% 넘게 올리면 어떻게 되나요?
  거주주택 양도일 현재 장기임대주택의 임대보증금이나 임대료 증가율이 5%를 넘으면 거주주택 특례 요건을 갖추지 못합니다. 임대료 증액은 임대차계약 체결이나 약정한 증액이 있은 뒤 1년 안에는 청구할 수 없고, 보증금과 월세를 서로 바꿀 때는 민간임대주택법의 전환 규정을 준용해 증가율을 계산합니다.
• 특례 신고서는 무엇을 내야 하나요?
  거주주택 특례를 적용받으려면 거주주택을 판 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 재정경제부령으로 정하는 신고서에 장기임대주택의 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록표 등본 등을 붙여 납세지 관할 세무서장에게 내야 합니다. 예정신고 기한인 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 함께 내는 것이 안전합니다.
• 세무서가 5년 기한을 들어 과세하면요?
  세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 과세로 신고한 뒤 특례 요건을 갖춘 사실을 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 먼저 판 임대주택이 요건을 모두 채운 뒤 말소됐다는 자료가 핵심 증거입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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