양도소득세

조정대상지역 지정 전에 계약한 재개발 청산금도 다주택 중과를 피하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 조정대상지역 공고 전에 조합과 청산금 계약을 맺고 계약금을 받은 사실이 증빙서류로 확인되면 청산금 양도소득에는 다주택 중과세율이 적용되지 않습니다. 국세청은 이런 청산금을 공고 전 매매계약 주택과 같게 보아 소득세법 시행령의 중과배제 규정을 적용했습니다. 지금은 청산금 계약일과 계약금 입금일이 공고일보다 앞서는지부터 확인해야 합니다.

조정대상지역 지정 뒤에 잔금을 받았다고 해서 중과세율을 각오할 필요는 없습니다. 지정 공고 전에 청산금 계약을 맺고 계약금까지 받았다면 일반세율로 신고할 수 있는지부터 따져 봅니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2009년에 산 단독주택이 재개발구역에 들어가 2023년 관리처분계획인가를 받았고, 같은 해 다른 아파트를 사서 이사했습니다. 2024년 3월 조합과 종전주택 대가로 조합원입주권 2개와 청산금 7억원을 받기로 계약했고, 2024년 4월 계약금 1억 4천만원을 받았습니다. 청산금은 2026년 하반기까지 여러 번 나눠 받기로 했는데, 그 사이 2025년 10월 구역 일대가 조정대상지역으로 지정되었습니다. A씨는 잔금을 받는 2026년에는 다주택 중과가 다시 적용된다는 말을 듣고 청산금에도 중과세율이 붙는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재개발 청산금도 양도소득세 과세 대상인가요?

네, 조합에 종전주택을 내고 입주권과 함께 청산금을 받으면 청산금에 해당하는 부분은 양도로 봅니다. 관리처분계획에 따라 받는 새 주택과 대지는 환지처분과 같이 보아 양도가 아니지만, 청산금은 종전주택 일부를 조합에 넘기고 돈으로 받는 것이기 때문입니다. 그래서 청산금 부분은 종전주택을 판 것과 같은 방식으로 세율과 공제를 따집니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 환지처분을 양도로 보지 않는다고 정합니다. 청산금 부분은 이 예외에 들어가지 않습니다.

청산금에 다주택 중과세율이 붙는 경우는 언제인가요?

청산금 부분을 양도할 때 세대가 가진 주택과 조합원입주권·분양권의 수가 합쳐 3 이상이고 그 주택이 조정대상지역에 있으면 원칙적으로 중과세율이 적용됩니다. 이 경우 기본세율에 100분의 30을 더합니다. 주택과 입주권·분양권을 합쳐 2개라면 100분의 20을 더합니다. 중과 대상 주택은 장기보유특별공제도 받지 못합니다.

보유기간 2년 이상 주택에 대한 중과 한시 배제는 2026년 5월 9일까지 양도한 주택에만 적용되었습니다. 그 뒤 잔금을 받는 청산금은 아래 예외에 해당하는지를 따로 확인해야 합니다.

• 주택+입주권 합계 2개 - 기본세율에 100분의 20을 더합니다.
• 주택+입주권 합계 3개 이상 - 기본세율에 100분의 30을 더합니다.
• 공고 전 계약 - 조정대상지역 공고가 있은 날 이전에 계약을 맺고 계약금을 받은 사실이 증빙서류로 확인되면 중과에서 빠집니다.
• 1세대 1주택 비과세 대상 - 비과세 요건을 모두 갖춘 주택은 중과 대상에서 빠집니다.

국세청은 공고 전 청산금 계약을 어떻게 해석했나요?

국세청은 조정대상지역 공고일 이전에 청산금 계약을 맺고 계약금을 받은 사실이 증빙서류로 확인되면 중과배제 대상이라고 답했습니다. 사전-2019-법령해석재산-0097(2019. 6. 11.) 사안에서 질의자는 2015년 관리처분계획인가 뒤 다른 주택을 사서 이주했고, 2016년 11월 입주권 2개와 청산금 계약을, 2016년 12월 계약금 수령을 마쳤습니다. 조정대상지역 지정은 2017년 9월이었고 잔금은 2018년 12월에 받았습니다.

국세청은 잔금일 현재 다른 주택 1채와 입주권 2개를 가진 상태여서 청산금 양도소득이 원칙적으로 중과 대상이라고 보았습니다. 그러면서도 청산금 계약을 조정대상지역 지정 전 주택 매매계약과 같게 보아, 공고 전 계약·계약금 수령 주택을 중과에서 빼는 시행령 규정을 적용했습니다. 이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 해석이므로 계약금 수령일이 공고일 뒤이거나 계약 내용이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

중과세율의 크기가 커졌습니다. 회신 당시에는 기본세율에 100분의 10 또는 100분의 20을 더했지만, 지금은 100분의 20 또는 100분의 30을 더합니다. 공고 전 계약을 중과에서 빼는 규정은 현행 시행령에도 같은 문구로 남아 있어 회신의 결론은 지금도 그대로 쓸 수 있습니다. 중과에서 빠지면 일반세율이 적용되고 보유기간에 따른 장기보유특별공제도 받을 수 있어 세액 차이가 큽니다.

재개발 청산금 중과배제 대응 순서

• 계약서 확보 - 조합과 맺은 청산금 계약서와 분할 지급 일정을 확보합니다. 계약 체결일이 조정대상지역 공고일보다 앞서는지가 출발점입니다.
• 계약금 입금 증빙 - 계약금이 들어온 통장 내역을 출력합니다. 시행령은 계약금을 받은 사실이 증빙서류로 확인될 것을 요구합니다.
• 보유 현황 확정 - 마지막 청산금을 받는 날 현재 세대가 가진 주택, 입주권, 분양권 수를 정리합니다. 수도권 밖 3억원 이하 주택 등 산입하지 않는 것도 따로 봅니다.
• 세율·공제 계산 - 중과배제가 되면 일반세율과 장기보유특별공제를 적용해 예정신고합니다. 신고기한은 잔금을 받은 달의 말일부터 2개월입니다.
• 다툼 준비 - 세무서가 중과세율로 경정하면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고 뒤 더 낸 세금은 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 청산금 계약이 여러 번 변경되었거나 계약금이 공고일 전후로 나뉘어 들어왔다면 계약서와 입금 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 중과세율 적용에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 청산금을 나눠 받으면 양도시기는 언제인가요?
  청산금도 양도대금이므로 대금을 청산한 날, 곧 마지막 회차를 받은 날을 기준으로 양도시기를 봅니다. 그래서 계약은 공고 전이어도 잔금은 공고 뒤에 받는 일이 생기고, 이때 중과배제 규정이 의미를 갖습니다. 회차별 입금일과 금액을 계약서 일정과 맞춰 정리해 두어야 합니다.
• 계약만 하고 계약금을 공고 뒤에 받았다면요?
  중과배제 규정은 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류로 확인될 것을 요구합니다. 계약은 공고 전이라도 계약금이 공고 뒤에 들어왔다면 문언상 요건을 채우지 못해 중과배제를 주장하기 어렵습니다. 계약금 입금일을 통장으로 먼저 확인해야 합니다.
• 다주택 중과 한시 배제는 지금도 적용되나요?
  보유기간 2년 이상 주택의 중과 한시 배제는 2026년 5월 9일까지 양도한 주택을 기본으로 했고, 그날까지 계약하거나 토지거래허가를 신청한 경우에 한해 정해진 기간 안의 양도를 인정했습니다. 그 뒤 잔금을 받는 청산금은 공고 전 계약 같은 다른 중과배제 사유에 해당해야 중과를 피할 수 있습니다.
• 주택 수를 셀 때 빠지는 것도 있나요?
  수도권과 광역시·특별자치시 밖에 있는 주택이나 입주권·분양권으로 양도 당시 기준시가 등이 3억원 이하인 것은 주택 수 계산에서 빠집니다. 시행령 제167조의3 제1항 제12호의 소형 신축주택 등도 산입하지 않습니다. 이것을 빼고 셌을 때 합계가 3 미만이면 100분의 30 중과는 적용되지 않습니다.
• 입주권 1개와 청산금만 받는 경우는요?
  다른 주택 없이 종전주택이 관리처분계획인가일 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 갖췄고 입주권 1개와 청산금을 받는다면 청산금 부분도 비과세를 먼저 검토합니다. 비과세 요건을 모두 갖춘 주택은 중과 대상에서도 빠집니다. 다만 양도가액이 12억원을 넘는 부분은 과세됩니다.
• 중과에서 빠지면 장기보유특별공제도 받나요?
  네, 중과세율이 적용되는 주택은 장기보유특별공제 대상에서 빠지지만, 중과배제가 되면 일반 주택처럼 보유기간에 따른 공제를 받습니다. 보유기간 3년 이상이면 100분의 6부터 공제율이 올라갑니다. 종전주택 취득일부터 기간을 세므로 취득 등기일을 확인해 둡니다.
• 세무서가 중과로 고지하면 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지를 받았다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 이미 중과세율로 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 일반세율 적용을 구할 수 있습니다. 어느 쪽이든 공고 전 계약과 계약금 수령을 보여 주는 서류가 바탕이 됩니다.

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