양도소득세

살던 집이 재개발로 입주권이 됐는데 입주권을 팔아도 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 살던 집이 재개발로 조합원입주권이 된 뒤 입주권을 팔아도 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖췄고 팔 때 다른 주택이나 분양권이 없으면 양도소득세 비과세가 적용됩니다. 소득세법 제89조 제1항 제4호가 원조합원의 입주권 양도를 1세대 1주택처럼 비과세합니다. 지금은 인가일 현재 기존주택을 2년 이상 보유했는지, 취득 당시 조정대상지역이었다면 2년 이상 거주했는지부터 확인해야 합니다.

새 아파트가 준공될 때까지 기다려야만 비과세를 받는 것은 아닙니다. 살던 집이 입주권으로 바뀐 상태에서 팔아도 요건을 갖추면 비과세가 적용됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2020년 3월 취득 당시 조정대상지역이던 단독주택을 사서 가족과 함께 4년 넘게 살았습니다. 이 동네가 2022년 재개발 조합을 설립했고 2025년 4월 관리처분계획인가를 받으면서 A씨의 집은 조합원입주권으로 바뀌었습니다. A씨는 이주비를 받아 전세로 옮긴 뒤 2025년 9월 입주권을 10억원에 팔았습니다. A씨 세대는 그 밖에 집이나 분양권이 없었고, 집이 아니라 입주권을 판 것이어서 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

살던 집이 재개발 입주권으로 바뀐 뒤 팔아도 비과세가 되나요?

네, 관리처분계획인가일 현재 살던 집이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖췄고 입주권을 팔 때 다른 주택이나 분양권이 없으면 비과세가 적용됩니다. 소득세법은 입주권을 하나 가진 세대가 이 요건을 채워 양도하면 그 양도소득에 과세하지 않습니다. 다만 입주권 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분에는 과세합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」도 같은 구조입니다.

• 판정 기준일 - 기존주택의 비과세 요건은 관리처분계획인가일 현재로 봅니다. 인가일 전에 기존주택이 철거됐다면 철거일 현재로 봅니다.
• 보유·거주 요건 - 기존주택 보유기간이 2년 이상이어야 하고, 취득 당시 조정대상지역이었다면 보유기간 중 거주기간도 2년 이상이어야 합니다.
• 양도일 요건 - 입주권을 팔 때 세대가 다른 주택이나 분양권을 갖고 있지 않아야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 4년 이상 거주한 집이 재개발 관리처분계획인가로 입주권이 된 뒤 그 입주권을 판 사안에서 비과세 적용이 가능하다고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과가 펴낸 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022)의 사례로, 질의자는 기존주택에서 2년 이상 보유·거주해 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖췄고, 입주권을 판 날 다른 주택이나 분양권이 없었습니다. 국세청은 이 두 가지를 근거로 실지거래가액 12억원 초과분을 뺀 나머지에 비과세를 적용할 수 있다고 답했습니다.

같은 자료는 다른 조합원에게서 사들인 승계 입주권은 이 비과세 대상에서 뺀다고 밝혔습니다. 승계취득자는 관리처분계획인가일 현재 기존주택을 가진 세대가 아니기 때문입니다. 이 안내는 질의자가 밝힌 사실관계를 전제로 한 것이어서, 인가일 현재 보유기간이 2년에 못 미쳤거나 양도일에 분양권을 갖고 있었다면 결론이 달라집니다.

입주권 말고 집이 하나 더 있으면 어떻게 되나요?

입주권 외에 1주택을 함께 가진 경우에도 그 주택을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 팔면 비과세가 적용됩니다. 재개발 기간 동안 살 집을 사 둔 경우가 여기에 해당합니다. 다만 분양권을 하나라도 갖고 있으면 이 특례를 받을 수 없습니다. 경매처럼 3년 안에 팔지 못한 부득이한 사유가 있으면 시행령이 정한 범위에서 기간을 넘겨도 인정됩니다.

12억원이 넘는 입주권은 세금이 어떻게 나오나요?

입주권 양도가액이 12억원을 넘으면 비과세에서 제외되는 부분의 양도차익과 장기보유특별공제액을 소득세법 제95조 제3항에 따라 대통령령으로 정하는 방법으로 계산해 과세합니다. 입주권의 양도차익은 관리처분계획인가 전 기존주택분 양도차익과 인가 뒤 권리분 양도차익을 합쳐 계산합니다. 장기보유특별공제는 원조합원의 입주권이면 인가 전 기존주택분 양도차익에만 적용되고, 보유기간은 기존주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지로 셉니다.

재개발 입주권 양도 비과세 대응 순서

• 인가일 확인 - 관리처분계획인가 고시일과 기존주택 철거일 중 먼저인 날을 확인합니다. 그날이 비과세 요건을 판정하는 기준일이 됩니다.
• 보유·거주 기록 - 등기부등본과 주민등록초본으로 기준일 현재 보유 2년, 거주 2년을 채웠는지 확인합니다. 취득 당시 조정대상지역이었는지도 함께 봅니다.
• 양도일 주택 수 점검 - 잔금일 현재 세대원 전체의 주택과 분양권 보유 여부를 확인합니다. 이주 기간에 산 집이 있다면 취득일부터 3년 안에 입주권을 팔아야 합니다.
• 신고 여부 결정 - 양도가액이 12억원을 넘으면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다. 12억원 이하이면 비과세 근거 자료를 보관해 둡니다.
• 불복 준비 - 비과세가 부인돼 고지를 받으면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고분은 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 인가일 전후로 세대 분리나 합가가 있었거나 상가를 함께 갖고 있었다면 관리처분계획인가서와 주민등록 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조합원입주권 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 다른 조합원에게 산 입주권도 비과세가 되나요?
  아니요, 승계로 산 입주권은 이 비과세 특례를 받을 수 없습니다. 소득세법은 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖춘 기존주택을 소유한 세대가 가진 입주권만 비과세합니다. 승계취득자는 인가일에 기존주택을 갖고 있지 않았으므로 요건을 채울 수 없고, 입주권을 팔면 일반 세율로 과세됩니다.
• 인가 전에 집이 철거됐으면 기준일은 언제인가요?
  관리처분계획인가일 전에 기존주택이 철거됐다면 철거일 현재로 비과세 요건을 판단합니다. 철거로 집이 없어진 뒤에는 보유·거주기간이 더 쌓이지 않기 때문입니다. 철거일은 멸실 신고나 건축물대장 말소 기록으로 확인하므로, 이주 시점과 철거 시점을 기록해 두어야 합니다.
• 이주 기간에 산 집이 있으면 비과세가 안 되나요?
  이주 기간에 산 집이 하나 있어도 그 집을 취득한 날부터 3년 안에 입주권을 팔면 비과세가 적용됩니다. 다만 분양권을 함께 갖고 있으면 이 특례를 받을 수 없습니다. 3년을 넘기면 원칙적으로 과세되므로, 새로 산 집의 잔금일을 기준으로 입주권 매각 일정을 잡아야 합니다.
• 입주권도 2년 거주를 다시 채워야 하나요?
  입주권 자체에 대해 거주기간을 다시 채울 필요는 없습니다. 거주요건은 기존주택을 기준으로 관리처분계획인가일 현재 판단하며, 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택이면 보유기간 중 2년 이상 거주했어야 합니다. 인가 뒤 이주해 다른 곳에 살았더라도 그 사정만으로 비과세가 부인되지는 않습니다.
• 입주권을 갖고 있으면서 다른 집을 팔면 어떻게 되나요?
  주택과 입주권을 함께 가진 세대가 주택을 팔면 원칙적으로 1세대 1주택 비과세가 적용되지 않습니다. 입주권도 주택 수에 들어가기 때문입니다. 다만 재개발 사업기간 중 거주하려고 산 대체주택 등 시행령이 정한 경우에는 예외가 인정되므로, 취득 경위와 거주 기록을 확인해야 합니다.
• 입주권 장기보유특별공제는 언제까지 기간을 세나요?
  원조합원의 입주권을 팔 때 장기보유특별공제는 관리처분계획인가 전 기존주택분 양도차익에만 적용됩니다. 보유기간은 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지로 셉니다. 인가 뒤 권리분 양도차익에는 공제가 적용되지 않으므로 인가 시점의 평가액 자료를 확보해 두어야 합니다.
• 비과세가 부인되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 비과세를 부인하고 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 이미 신고해 세금을 냈는데 비과세 대상이었다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 고지서 수령일을 기록해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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