양도소득세

관리처분 뒤 넘겨받은 재개발 상가, 장기보유공제는 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

관리처분계획인가 뒤 조합원 지위를 넘겨받아 받은 재개발 상가는 장기보유특별공제 보유기간을 그 상가의 사용승인일부터 셉니다. 국세청은 인가 뒤 승계한 사람은 종전 토지 보유기간을 이어 셀 수 없고 상가도 주택과 같다고 보았습니다. 지금은 지분을 넘겨받은 날이 관리처분계획인가일 전인지 뒤인지부터 확인해야 합니다.

전 조합원이 땅을 오래 가지고 있었다는 기록을 모아 둘 필요는 없습니다. 관리처분계획인가 뒤에 조합원 지위를 넘겨받았다면 보유기간은 새 상가의 사용승인일부터 셉니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 재개발구역 안 토지를 함께 가진 지인에게서 2020년 그 토지 지분 일부를 증여받았습니다. 그 구역은 이미 2019년 관리처분계획인가를 받은 상태였고, 지분에는 새로 짓는 상가를 분양받을 권리가 붙어 있었습니다. 상가는 2023년 3월 사용승인을 받았고, A씨는 2026년 9월 상가를 팔았습니다. 지인은 2011년부터 그 땅을 가지고 있었는데, A씨는 장기보유특별공제를 계산할 때 지인의 보유기간이나 자신이 지분을 받은 날부터 셀 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

승계받은 입주권으로 받은 상가는 언제부터 보유기간을 세나요?

관리처분계획인가 뒤 조합원 지위를 승계해 받은 상가는 그 상가의 사용승인서 교부일부터 보유기간을 셉니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 자기가 건설한 건축물의 취득시기를 사용승인서 교부일로 정하고, 그 전에 사실상 사용했거나 임시사용승인을 받았다면 그 날 중 빠른 날로 봅니다. 승계 조합원은 인가 뒤 권리를 사들인 사람이어서 새로 지은 상가를 그때 취득한 것으로 봅니다.

장기보유특별공제의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지입니다. 그래서 취득일을 어디로 잡느냐가 공제율을 바로 바꿉니다.

국세청은 승계 조합원의 상가를 어떻게 해석했나요?

국세청은 관리처분계획인가일 이후 조합원 지위를 승계 취득해 받은 재건축 상가를 팔 때 장기보유특별공제 보유기간의 기산일은 그 상가의 사용검사필증 교부일이라고 답했습니다. 사전-2017-법령해석재산-0357(2017. 7. 11.) 사안에서 질의자는 2008. 2. 4. 관리처분계획인가 뒤인 2008. 3. 12. 공유자에게서 토지 지분을 증여받았고, 2011년 상가 사용승인을 거쳐 2017년 상가를 팔았습니다.

국세청은 원조합원이 종전 부동산을 내고 새 건물을 받는 것은 환지와 같아 종전 보유기간을 이어 세지만, 인가 뒤 승계한 사람은 부동산을 취득할 수 있는 권리를 산 것으로 보아 종전 기간을 통산하지 않는다고 설명했습니다. 소득세법이 장기보유특별공제 대상 조합원입주권에서 조합원으로부터 취득한 것을 빼고 있는 점도 같은 취지로 들었습니다. 새로 받은 것이 주택이 아니라 상가라고 해서 달리 볼 이유도 없다고 했습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 인가 전에 지분을 넘겨받았다면 결론이 달라질 수 있습니다.

장기보유특별공제율은 얼마나 달라지나요?

상가는 1세대 1주택이 아니므로 보유기간에 따른 일반 공제율표를 씁니다. 보유기간 3년 이상 4년 미만이면 양도차익의 100분의 6, 10년 이상 11년 미만이면 100분의 20, 15년 이상이면 100분의 30입니다. 사례처럼 2023년 3월 사용승인을 받고 2026년 9월 팔았다면 보유기간은 3년 이상 4년 미만이어서 100분의 6이 적용됩니다. 지인이 땅을 가진 2011년부터 셀 수 있었다면 15년 이상으로 100분의 30이었겠지만, 승계 취득자에게는 그 기간이 이어지지 않습니다.

• 원조합원 - 종전 토지·건물을 낸 사람은 종전 부동산 취득일부터 이어서 셉니다.
• 인가 뒤 승계 취득자 - 새 건물 사용승인일(사실상 사용일·임시사용승인일이 빠르면 그날)부터 셉니다.
• 인가 뒤 승계한 입주권 자체를 파는 경우 - 장기보유특별공제 대상에서 빠집니다.

증여받은 지분이면 증여일부터 셀 수는 없나요?

증여로 받은 자산의 취득시기는 원칙적으로 증여받은 날입니다. 그러나 인가 뒤 증여로 넘겨받은 것은 토지 그 자체라기보다 새 건물을 받을 권리이므로, 국세청은 그 권리로 지어진 상가의 사용승인일을 취득일로 보았습니다. 다만 배우자나 직계존비속에게서 증여받은 자산을 10년 안에 팔아 필요경비 계산 특례가 적용되면, 보유기간을 증여자가 취득한 날부터 세는 규정이 따로 있습니다. 증여자와의 관계와 증여일을 먼저 확인해야 하는 이유입니다.

재개발 상가 장기보유특별공제 대응 순서

• 취득 경위 확인 - 관리처분계획인가일과 지분을 넘겨받은 날을 비교합니다. 인가 전이면 원조합원 지위를 승계한 것인지 따로 따져야 합니다.
• 기산일 확정 - 사용승인서, 임시사용승인서, 실제 입점일을 모아 가장 빠른 날을 찾습니다. 이 날이 보유기간의 출발점입니다.
• 증여자 관계 점검 - 배우자·직계존비속에게서 받은 것이면 이월과세 규정이 보유기간과 취득가액 계산을 바꿀 수 있습니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고합니다. 보유기간과 공제율 계산 근거를 함께 남겨 둡니다.
• 다툼 준비 - 공제율이 줄어 고지를 받으면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고 뒤 공제를 덜 받은 사실을 알았다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지분 이전일이 관리처분계획인가일 전후로 걸쳐 있거나 공유물 분할이 끼어 있다면 등기부와 조합 명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 공제 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사용승인 전에 먼저 입점했다면 기산일은요?
  사용승인서 교부일 전에 사실상 사용했거나 임시사용승인을 받았다면 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날이 취득시기입니다. 입점일을 보여 주는 임대차계약서나 관리비 부과 내역, 영업 개시 기록을 모아 두면 보유기간을 조금이라도 앞당겨 계산할 수 있습니다.
• 원조합원에게서 산 경우와 원조합원 본인은 다른가요?
  네, 종전 토지·건물을 조합에 낸 원조합원은 환지와 같이 보아 종전 부동산을 취득한 날부터 이어서 셉니다. 관리처분계획인가 뒤 그 원조합원에게서 지위를 산 사람은 권리를 새로 취득한 것이어서 종전 기간을 통산하지 않습니다. 같은 상가라도 누가 파느냐에 따라 공제율이 달라집니다.
• 승계한 입주권을 상가 완공 전에 팔면요?
  조합원에게서 취득한 조합원입주권은 장기보유특별공제 대상에서 빠집니다. 원조합원의 입주권이라도 공제는 관리처분계획인가 전 토지분이나 건물분 양도차익에만 적용됩니다. 승계한 권리를 완공 전에 팔면 보유기간과 관계없이 공제를 받지 못한다고 보고 세액을 계산해야 합니다.
• 부모에게서 증여받은 지분이면 달라지나요?
  배우자나 직계존비속에게서 증여받은 자산을 10년 안에 팔아 필요경비 계산 특례가 적용되면, 취득가액은 증여자의 취득 당시 금액으로 보고 장기보유특별공제 보유기간도 증여자가 취득한 날부터 셉니다. 증여세와 양도소득세를 함께 비교해야 하므로 증여일과 관계를 먼저 확인해야 합니다.
• 상가를 3년 안 되어 팔면 공제가 전혀 없나요?
  네, 장기보유특별공제는 보유기간이 3년 이상인 토지·건물에만 적용됩니다. 사용승인일부터 3년이 되기 전에 팔면 공제율은 0입니다. 보유기간 3년 이상 4년 미만이면 100분의 6부터 시작하므로, 매도 시점을 정할 때 사용승인일부터 3년이 되는 날을 먼저 계산해 둡니다.
• 공제를 덜 받고 신고했다면 바로잡을 수 있나요?
  보유기간을 짧게 잡아 공제를 덜 받고 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 반대로 세무서가 공제를 줄여 고지했다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 기산일을 보여 주는 서류가 있어야 주장을 받아들일 여지가 생깁니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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