양도소득세

재건축 조합원입주권을 팔 때도 장기보유특별공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 원조합원이 받은 조합원입주권을 팔 때도 관리처분계획인가 전 기존 집과 땅의 양도차익에는 장기보유특별공제가 적용되고, 1세대 1주택이면 최대 80%까지 공제됩니다. 소득세법 제95조 제2항은 조합원입주권의 인가 전 토지·건물분 양도차익을 공제 대상으로 정합니다. 지금은 기존주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지 보유·거주기간이 몇 년인지부터 확인해야 합니다.

입주권은 토지나 건물이 아니니 공제를 받을 수 없다고 생각해 일반 세율 계산만 해 둘 필요는 없습니다. 원조합원이 받은 입주권이면 관리처분계획인가 전까지 쌓인 양도차익에 장기보유특별공제가 적용됩니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2013년 2월 산 아파트에서 10년 넘게 살았습니다. 이 아파트가 2023년 재건축 조합을 설립했고 2024년 6월 관리처분계획인가를 받아 C씨의 집은 조합원입주권으로 바뀌었습니다. C씨는 2025년 10월 다른 주택 없이 입주권을 18억원에 팔았습니다. 12억원을 넘는 부분은 과세된다는 말을 듣고, 입주권에도 장기보유특별공제가 적용되는지, 적용된다면 공제율이 얼마인지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조합원입주권을 팔 때도 장기보유특별공제를 받나요?

네, 원조합원이 받은 조합원입주권은 관리처분계획인가 전 기존 토지·건물분 양도차익에 장기보유특별공제가 적용됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권을 넣으면서, 공제할 양도차익을 관리처분계획인가 또는 사업시행계획인가 전 토지분이나 건물분 양도차익으로 한정합니다. 다른 조합원에게서 사들인 입주권은 공제 대상에서 뺍니다.

입주권의 양도차익은 두 부분으로 나눠 계산합니다. 관리처분계획인가 당시 기존건물과 부수토지의 평가액에서 취득가액과 필요경비를 뺀 인가 전 양도차익, 그리고 입주권 양도가액에서 평가액과 납부한 청산금 등을 뺀 인가 후 양도차익입니다. 공제는 앞부분에만 적용됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 재건축 조합원이 기존 건물과 부수토지를 제공하고 받은 입주권을 팔 때 관리처분계획인가일까지의 양도차익에 장기보유특별공제를 적용한다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석재산-0012, 2015. 3. 20.). 공제율은 기존 건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간에 해당하는 율을 씁니다. 인가 뒤 입주권으로 보유한 기간은 공제율 계산에 들어가지 않는다는 뜻입니다.

1세대 1주택 요건을 갖춘 입주권에는 소득세법 제95조 제2항 단서의 1세대 1주택 공제율(표 2)이 적용된다는 것이 국세청 해석이고(서면법규과-501, 2013. 4. 30.), 국세청은 사전-2025-법규재산-0347(2025. 5. 29.)에서도 입주권의 공제는 입주권으로 바뀌기 전의 보유기간과 거주기간으로 산정한다고 답했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022)도 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합쳐 최대 80%까지 적용한다고 안내했습니다. 관리처분계획인가일까지 10년 이상 보유하고 10년 이상 거주했다면 보유 40%와 거주 40%를 더해 80%입니다. 이 회신과 안내는 원조합원이 기존 부동산을 제공한 사실관계를 전제로 하므로, 승계 입주권이거나 인가일 현재 다른 주택이 있었다면 결론이 달라집니다.

공제율 계산 기간은 언제부터 언제까지인가요?

공제율 계산 기간은 기존 건물과 부수토지를 취득한 날부터 관리처분계획인가일까지입니다. 인가일 뒤 입주권을 들고 있던 기간은 늘어나도 공제율이 올라가지 않습니다. 1세대 1주택이 아니면 보유기간별 공제율만 적용되어 3년 이상 6%에서 15년 이상 30%까지이고, 1세대 1주택이면 보유 최대 40%와 거주 최대 40%를 합산합니다.

예를 들어 인가 전 양도차익이 5억원이고 인가일까지 11년 보유했다면, 1세대 1주택으로 10년 이상 거주까지 채운 경우 공제율 80%로 4억원이 공제 대상 금액이 됩니다. 1세대 1주택이 아니면 11년 이상 12년 미만 공제율 22%가 적용되어 1억1천만원입니다. 인가 후 양도차익에는 어느 쪽이든 공제가 없습니다.

비과세 입주권인데 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?

입주권 비과세 요건을 갖췄더라도 양도가액이 12억원을 넘으면 12억원 초과분에 해당하는 양도차익은 과세되고, 그 부분에 장기보유특별공제가 적용됩니다. 그래서 80% 공제율은 주로 12억원이 넘는 입주권을 판 1세대 1주택자에게 실익이 있습니다. 양도가액이 12억원 이하이고 비과세 요건을 모두 갖췄다면 공제를 따질 것 없이 과세되지 않습니다.

조합원입주권 장기보유특별공제 대응 순서

• 원조합원 여부 확인 - 관리처분계획인가일 현재 기존 건물과 부수토지를 직접 소유하고 있었는지 확인합니다. 승계로 산 입주권은 공제 대상이 아닙니다.
• 기간 계산 - 기존주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지 보유기간과 그 사이 거주기간을 등기부등본과 주민등록초본으로 셉니다.
• 양도차익 분리 - 관리처분계획서의 권리가액(평가액)을 기준으로 인가 전 양도차익과 인가 후 양도차익을 나눕니다. 청산금 납부·수령 내역도 함께 반영합니다.
• 예정신고 - 과세되는 금액이 있으면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 공제율을 반영해 예정신고를 합니다.
• 불복 준비 - 공제율이 낮게 적용돼 고지를 받으면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를, 이미 신고한 세액은 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 기존 건물과 부수토지의 취득일이 서로 다르거나 청산금을 받은 경우에는 관리처분계획서와 취득 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조합원입주권 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 다른 조합원에게 산 입주권도 공제를 받나요?
  아니요, 조합원으로부터 취득한 승계 입주권은 장기보유특별공제 대상에서 빠집니다. 소득세법이 공제 대상 조합원입주권에서 조합원으로부터 취득한 것을 명시적으로 제외하기 때문입니다. 승계 입주권으로 완공된 새 아파트를 받은 뒤 팔 때는 주택 취득일부터 다시 보유기간을 따집니다.
• 인가 뒤 입주권으로 가진 기간도 공제율에 들어가나요?
  아니요, 입주권을 팔 때 공제율 계산 기간은 기존 건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지입니다. 인가일 뒤 입주권 상태로 보유한 기간은 공제율에 반영되지 않습니다. 인가 직전에 10년이나 15년 같은 구간 경계에 걸려 있다면 인가일을 정확히 확인해야 합니다.
• 새 아파트 완공 뒤 팔면 공제 기간이 달라지나요?
  네, 입주권이 아니라 완공된 신축주택을 팔면 기존건물분 양도차익의 보유기간은 기존 건물과 부수토지 취득일부터 신축주택 양도일까지입니다. 청산금을 낸 부분의 양도차익은 관리처분계획인가일부터 양도일까지로 따로 셉니다. 입주권으로 팔 때보다 공제 기간이 길어질 수 있습니다.
• 1세대 1주택이 아니면 공제율은 얼마인가요?
  1세대 1주택에 해당하지 않으면 보유기간별 공제율만 적용됩니다. 3년 이상 4년 미만 6%에서 시작해 1년마다 2%씩 올라 15년 이상이면 30%입니다. 거주기간 공제는 더해지지 않으므로, 같은 입주권이라도 1세대 1주택 여부에 따라 공제액 차이가 큽니다.
• 1세대 1주택 공제율 80%는 무엇을 보고 정하나요?
  보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합산합니다. 보유 10년 이상 40%, 거주 10년 이상 40%가 최대치입니다. 시행령은 1세대 1주택 공제를 받으려면 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 한다고 정하므로, 입주권도 인가일까지 기존주택 거주기간을 확인해야 합니다.
• 12억원 이하 입주권도 공제를 계산해야 하나요?
  입주권 비과세 요건을 모두 갖추고 양도가액이 12억원 이하이면 양도소득세가 과세되지 않으므로 공제를 계산할 일이 없습니다. 다만 비과세 요건을 갖추지 못했다면 12억원 이하라도 전체 양도차익이 과세되고, 인가 전 양도차익에 보유기간별 공제율을 적용합니다.
• 공제율을 잘못 적용해 신고했으면 어떻게 하나요?
  공제율을 낮게 적용해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 공제를 줄여 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 관리처분계획서와 거주 기록이 계산 근거가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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