양도소득세

땅을 판 뒤 등기가 몇 년 늦어졌는데 이제 와서 양도세를 매길 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

등기를 늦게 넘긴 사정만으로 세무서의 부과 기간이 늘어나지 않으므로, 잔금을 받은 해 기준으로 부과제척기간이 지났다면 양도소득세를 매길 수 없습니다. 대법원은 이전등기 지연으로 과세관청이 양도 사실을 몰랐더라도 기간 진행에 영향이 없다고 보았고, 현행법은 중단이 없는 부과제척기간을 둡니다. 지금은 잔금일과 신고 여부, 세무서 고지일을 확인해 두십시오.

등기를 늦게 넘겨 세무서가 늦게 알았다는 사정 때문에 기간이 늘어나는 것은 아닙니다. 부과 기간은 등기일이 아니라 잔금을 받은 날을 기준으로 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 9월 토지를 매도하고 잔금까지 받은 뒤 이전등기 서류를 매수인에게 넘겼습니다. 매수인이 등기를 미루다 인감증명서 유효기간이 지났고, 결국 매수인이 소송을 내 2022년 판결로 이전등기를 마쳤습니다. 세무서는 2026년 3월 A씨에게 2017년 양도분 양도소득세를 고지했습니다. A씨가 신고하지 않았고 부정행위가 없다면, 2018년 5월 확정신고기한 다음 날부터 7년이 지나 부과할 수 있는 기간이 이미 끝난 것으로 볼 수 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

등기를 늦게 넘겨 세무서가 몰랐다면 부과 기간이 늘어나나요?

아니요, 늘어나지 않습니다. 소유권이전등기가 늦어져 세무서가 양도 사실을 알지 못했더라도 그 사정만으로 세금을 매길 수 있는 기간이 멈추거나 늘어나지 않습니다.

대법원은 이전등기를 하지 않아 과세관청이 자료 수집에 장애를 받고 부과권의 존재를 몰랐더라도 이는 중단 사유가 되지 않는다고 판단했습니다. 이 판결은 부과권에도 소멸시효를 적용하던 옛 제도에서 나왔습니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」은 부과권에 중단이 없는 부과제척기간을 두고 있어, 등기 지연이 기간을 늘리지 못한다는 결론은 더 분명합니다.

양도소득세 부과 기간은 언제부터 계산하나요?

양도소득세 확정신고기한의 다음 날부터 계산합니다. 확정신고기한은 양도한 해의 다음 연도 5월 31일이고, 예정신고기한은 기산일 계산에 포함하지 않습니다.

양도시기는 등기일이 아니라 대금을 청산한 날입니다. 대금을 청산한 날이 분명하지 않거나 대금 청산 전에 등기를 한 경우에만 등기접수일이 기준이 됩니다. 그래서 잔금을 먼저 받고 등기가 몇 년 늦어진 사안은 잔금일이 속한 해를 기준으로 신고기한과 부과 기간을 계산합니다.

부과 기간이 7년이 아니라 10년이 되는 경우는?

부정행위로 세금을 포탈한 경우입니다. 이중계약서 작성, 장부 조작처럼 적극적으로 과세를 피하는 행위가 있으면 10년이 적용됩니다. 단순히 신고하지 않은 것이나 매수인이 등기를 미룬 것은 부정행위에 해당하지 않습니다.

부과된 뒤의 징수 기간은 따로 계산하나요?

따로 계산합니다. 부과제척기간 안에 적법하게 고지가 되었다면, 그 뒤 징수는 국세징수권 소멸시효로 다룹니다. 징수권 소멸시효는 5억원 미만 국세는 5년, 5억원 이상 국세는 10년입니다.

늦은 양도소득세 고지 대응 순서

• 잔금일 확인 - 매매계약서와 잔금 영수증, 계좌이체 기록으로 대금 청산일을 확정합니다. 이 날이 양도시기입니다.
• 신고 여부 확인 - 예정신고나 확정신고를 했는지 확인합니다. 신고 여부에 따라 5년과 7년이 갈립니다.
• 부정행위 여부 점검 - 계약서 금액을 낮춰 적었는지 등 세무서가 주장하는 부정행위가 있는지 봅니다. 있으면 10년이 적용됩니다.
• 만료일 대조 - 확정신고기한 다음 날부터 기간을 계산해 고지일과 대조합니다. 고지일이 만료일 뒤라면 부과처분의 효력을 다툽니다.
• 불복 기간 관리 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 매수인과 잔금일을 두고 다툼이 있었거나 계약이 중간에 해제·변경된 경우라면 매매계약서와 판결문을 보고 양도시기를 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분에 대한 불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 양도시기는 등기일인가요, 잔금일인가요?
  원칙은 잔금일입니다. 소득세법 제98조는 자산의 양도시기를 대금을 청산한 날로 하고, 같은 법 시행령 제162조 제1항은 대금 청산일이 분명하지 않거나 청산 전에 등기한 경우에만 등기접수일 등을 기준으로 삼습니다. 잔금 후 등기가 늦어졌다면 잔금일이 기준입니다.
• 부과제척기간 중간에 멈추는 사유가 있나요?
  부과제척기간은 소멸시효처럼 중단되지 않습니다. 국세기본법 제26조의2는 기간과 기산일만 정하고, 불복 결정이나 판결에 따른 경정 등 특례 기간을 따로 둡니다. 세무서가 몰랐다거나 자료가 부족했다는 사정은 특례 사유가 아닙니다.
• 예정신고기한부터 계산하면 안 되나요?
  안 됩니다. 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호 후단은 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 않는다고 정합니다. 양도소득세는 다음 연도 5월 31일 확정신고기한의 다음 날부터 계산합니다.
• 다운계약서를 썼다면 결과가 달라지나요?
  달라질 수 있습니다. 실제보다 낮은 금액으로 계약서를 써 세금을 줄였다면 부정행위로 보아 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호의 10년이 적용될 수 있습니다. 이 경우 7년이 지났어도 10년 안이면 부과가 가능합니다.
• 기간이 지난 뒤의 고지는 어떻게 다투나요?
  부과제척기간이 지난 뒤의 부과처분은 효력이 없으므로 불복이나 무효확인으로 다툽니다. 고지서를 받은 날부터 90일 안이면 국세기본법에 따른 심사청구나 심판청구를 거쳐 취소소송을 내는 것이 일반적입니다. 이미 냈다면 반환 청구도 검토합니다.
• 매수인이 등기를 안 해 가서 손해가 생겼다면?
  세금 문제와 별개로 매수인에게 책임을 물을 수 있는지 봐야 합니다. 등기 지연으로 재산세 부과나 제3자 압류 같은 손해가 생겼다면 매매계약서의 등기 이행 조항과 지연 경위를 근거로 손해배상을 검토합니다. 양도시기는 여전히 잔금일 기준입니다.

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