불복·환급

재조사 결정 뒤 세무서가 새 감정 없이 경정청구 거부를 유지해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

재조사 결정 주문이 감정평가를 요구하지 않았고 재조사 결과 객관적인 감정가액이 없다면, 세무서가 새 감정 없이 경정청구 거부처분을 유지해도 기속력 위반이 아닐 수 있습니다. 대법원 2022두60745 판결은 처분청이 보충적 평가방법을 쓸 수 있고 새 감정을 의뢰할 의무는 없다고 보았습니다. 지금은 재조사 결정서 주문이 조사 방법을 어디까지 정했는지부터 확인하십시오.

재조사 결정을 받았다고 해서 감액경정이 당연히 따라온다고 기대할 필요도, 처분청이 새 감정을 의뢰할 때까지 기다릴 필요도 없습니다. 주문이 무엇을 시켰는지부터 읽으면 다음 수순이 정해집니다.

이런 상담이 많습니다

A재개발조합은 2023년 준공 뒤 법인세를 신고하면서 조합원들이 현물출자한 토지·건물의 취득가액을 사업시행계획인가일 기준 감정가 460억원으로 손금에 넣었습니다. 2025년 조합은 관리처분계획인가일 기준 감정가 570억원이 맞다며 경정청구를 했지만 거부됐습니다. 조세심판원은 두 감정가 모두 시가로 볼 수 없다며 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하라는 결정을 했고, 지방국세청은 객관적인 감정가가 없어 보충적 평가방법을 써야 하는데 그러면 조합에 더 불리하다며 거부처분을 그대로 유지한다고 통지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재조사 결정 뒤 당초 처분을 그대로 유지하면 무조건 위법인가요?

무조건 위법은 아닙니다. 처분청이 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 판단에 반해 당초 처분을 유지하면 기속력에 어긋나지만, 결정의 취지에 따라 재조사한 결과 당초 처분을 바꿀 수 없게 됐다면 유지할 수 있습니다. 대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두60745 판결은 이 사안의 거부처분 유지가 기속력에 저촉된다고 본 원심판결을 파기환송했습니다.

재조사 결정은 처분청의 재조사 결과를 기다려 그 후속 처분을 심판 결정의 일부로 삼는 변형결정입니다. 그래서 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사한 뒤 그 내용을 보완하는 후속 처분만 할 수 있다는 것이 대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 이래의 기준입니다.

재조사하면 새로 감정평가를 받아야 하나요?

재조사 결정 주문이 재조사 방법을 감정평가로 제한하지 않았다면, 처분청에게 새 감정평가를 의뢰할 의무는 없습니다. 현물출자로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가이고, 시가가 불분명하면 감정평가법인등의 감정가액을 먼저, 그다음 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법을 차례로 적용합니다. 판결은 재조사 결과 객관적이고 합리적인 감정가액이 없다면 보충적 평가방법으로 취득가액을 산정할 수 있다고 보았습니다.

판결이 적용한 법령은 2013 사업연도 당시의 구 법인세법과 시행령입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 법인세법 시행령도 현물출자 자산의 취득가액을 시가로 정하고 시가가 불분명할 때 감정가액, 보충적 평가방법 순서로 정하는 구조가 같습니다.

불이익변경금지 때문에 감액만 해야 하나요?

아닙니다. 조세심판원은 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못하지만, 그렇다고 재조사 결정에서 말하는 「경정」이 감액경정만 뜻하지는 않습니다. 판결 사안처럼 보충적 평가방법을 적용하면 오히려 세액이 늘어나는 경우, 처분청이 증액은 못 하고 당초 거부처분을 그대로 두는 것도 재조사 결정의 취지에 따른 처리일 수 있습니다.

재조사 뒤 처분은 무엇을 대상으로 소송하나요?

판결은 재조사 결과 통지가 아니라 당초 경정거부처분을 대상으로 낸 소송이 적법하다고 본 원심 판단을 유지했습니다. 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 심사청구나 심판청구를 다시 거치지 않아도 됩니다. 파기환송된 이 사건의 최종 결론은 환송심에서 정해집니다.

재조사 결정 대응 순서

• 주문 확인 - 재조사 결정서 주문이 조사 기준일과 방법을 어디까지 정했는지 봅니다. 주문이 정하지 않은 방법은 처분청이 고를 수 있습니다.
• 전제 판단 정리 - 심판원이 어떤 감정가를 시가로 보지 않았는지 이유 부분을 정리합니다. 처분청은 이 판단에 반하는 처분을 못 합니다.
• 보충적 평가 시산 - 보충적 평가방법으로 계산하면 세액이 어떻게 되는지 미리 계산합니다. 불리하면 재조사 전략을 다시 세웁니다.
• 자료 제출 - 재조사 기간 60일 안에 시가를 뒷받침하는 감정서와 거래 자료를 냅니다.
• 소송 대상 정리 - 처리결과 통지를 받으면 당초 처분과 후속 처분 가운데 무엇을 다툴지 정해 제소기간 안에 소송을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재조사 결정 주문이 특정 감정 방법이나 기준일을 지정했거나 처분청이 주문 범위를 넘어 조사했다면 결정서와 처리결과 통지를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정거부처분 취소소송과 조세심판 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사 결정이 나면 이긴 건가요?
  확정적으로 이긴 것은 아닙니다. 재조사 결정은 처분청이 다시 조사해 그 결과에 따라 취소·경정하거나 필요한 처분을 하라는 결정입니다. 국세기본법 제65조 제1항 제3호 단서가 정한 이 결정은 결과가 재조사에 달려 있어, 재조사 결과에 따라 당초 처분이 그대로 유지될 수도 있습니다.
• 처분청이 재조사 결정과 다르게 처분하면요?
  기속력 위반으로 위법이 될 수 있습니다. 국세기본법 제80조 제1항은 심판 결정이 관계 행정청을 기속한다고 정하고, 대법원 2015두37549 판결은 재조사 결정의 주문과 그 전제가 된 요건사실의 인정·판단에 반해 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 기속력에 저촉된다고 했습니다.
• 재조사 기간은 얼마나 되나요?
  처분청은 재조사 결정일부터 60일 안에 결정서 주문에 적힌 범위에 한정해 조사하고 그 결과에 따라 처분해야 합니다. 국세기본법 제65조 제5항이 이렇게 정하고, 조사 연기나 기간 연장도 정해진 규정에 따라 할 수 있습니다. 이 기간 안에 필요한 자료를 내는 편이 좋습니다.
• 시가가 불분명하면 무엇으로 정하나요?
  감정평가법인등이 감정한 가액을 먼저 적용하고, 그것이 없으면 상속세 및 증여세법의 평가 규정을 준용한 가액을 적용합니다. 법인세법 시행령 제89조 제2항이 이 순서를 정합니다. 감정가액이 시가로 인정되려면 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 것이어야 합니다.
• 현물출자 받은 재산의 취득가액은 어떻게 정하나요?
  적격합병·적격분할이 아닌 현물출자로 취득한 자산은 취득 당시의 시가가 취득가액입니다. 법인세법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목이 이렇게 정하고, 판결은 여기의 시가가 법인세법 제52조의 시가와 같은 의미라고 보았습니다. 재개발조합의 조합원 현물출자 자산도 같은 기준이 쓰입니다.
• 불이익변경금지는 처분청에도 적용되나요?
  판결 사안에서는 재조사 결정에 불이익변경금지 원칙이 적용돼 처분청이 증액경정을 할 수 없었습니다. 국세기본법 제79조 제2항은 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 정합니다. 다만 대법원은 그렇다고 경정이 감액경정만을 뜻하는 것은 아니라고 했습니다.
• 재조사 후 처분에 또 심판청구를 해야 하나요?
  행정소송을 바로 낼 수 있습니다. 국세기본법 제56조 제2항 단서는 심사청구나 심판청구에 대한 재조사 결정에 따른 처분청의 처분에 대한 행정소송은 다시 전심 절차를 거치지 않아도 된다고 정합니다. 판결도 당초 경정거부처분을 대상으로 한 소송을 적법하다고 보았습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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