불복·환급

재산세 불복에서 이겼는데 제척기간 지난 종부세도 바로잡을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 재산세 과세대상 구분이 불복 결정으로 바뀐 것을 안 날부터 3개월 안에 경정청구를 하면 부과제척기간이 지난 종부세도 다시 계산을 구할 수 있습니다. 국세청은 재산세 불복 결정만으로 세무서가 종부세를 직권으로 고칠 수는 없다고 보지만, 납세자의 후발적 경정청구로 환급한 사례가 있습니다. 지금 재산세 결정문을 받은 날짜부터 확인해 보십시오.

재산세 결정문을 받았다고 해서 세무서가 종합부동산세를 알아서 고쳐 줄 때까지 기다릴 필요는 없습니다. 납세자가 먼저 경정청구서를 내면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2024년 5월 구청으로부터 소유 토지를 종합합산과세대상으로 다시 분류한 2020년 귀속 재산세 증액 경정을 받았고, 세무서도 같은 달 이 자료를 받아 2020년분 종합부동산세를 늘려 고지했습니다. A법인은 재산세 처분에 대해 감사원 심사청구를 냈고, 2026년 3월 별도합산과세대상으로 보아야 한다는 취지의 결정을 받아 구청이 재산세를 줄였습니다. 그런데 2020년분 종합부동산세는 부과제척기간이 이미 지났다며 세무서가 직권으로 고칠 수 없다고 했습니다. A법인은 더 낸 종합부동산세를 돌려받을 길이 없는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 재산세 불복 결정을 어떻게 보았나요?

국세청은 재산세 처분에 대한 불복 결정은 종합부동산세의 부과제척기간을 늘려 주는 결정에 해당하지 않는다고 회신했습니다(서면-2016-법령해석기본-3008, 2016. 5. 30.). 불복 결정이나 판결의 효력은 그 대상이 된 과세단위에만 미치므로, 재산세 결정의 효력이 종합부동산세에까지 미친다고 볼 수 없다는 이유였습니다. 결정에 따른 1년의 특례기간도 결정 대상인 재산세에만 적용되고, 과세단위가 다른 종합부동산세를 새로 고치는 데에는 쓸 수 없다고 보았습니다.

이 회신은 세무서가 직권으로 종합부동산세를 경정할 수 있는지를 물은 사안에 대한 해석입니다. 납세자가 스스로 경정청구를 하는 경우를 다룬 것은 아니고, 2022. 1. 1. 연동 세목 조정 규정이 생기기 전의 해석이라는 점도 함께 보아야 합니다.

종합부동산세 부과제척기간은 언제 끝나나요?

종합부동산세의 부과제척기간은 납세의무가 성립한 날부터 5년입니다. 신고로 세액이 정해지는 세목은 신고기한 다음 날부터 기간을 세지만, 종합부동산세는 고지로 부과하는 세목이어서 과세기준일에 납세의무가 성립하면 그날부터 셉니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「국세기본법」은 불복 결정이나 판결이 확정되면 확정일부터 1년 안에는 기간이 지났어도 경정할 수 있게 하지만, 국세청은 이 특례를 결정 대상인 세목에 한정해 왔습니다.

제척기간이 지난 종부세도 경정청구로 바로잡을 수 있나요?

네, 재산세 과세대상 구분이 바뀐 것은 종합부동산세의 후발적 경정청구 사유로 보아 환급한 사례가 있습니다. 국세청 심사 사건에서 구청이 2012년부터 2016년까지의 재산세 과세유형을 종합합산에서 별도합산으로 바꾸자, 세무서는 부과제척기간이 지난 2012년분 종합부동산세까지 경정청구를 받아 환급했습니다. 국세청은 이 사안을 후발적 경정청구 사유로 보고 환급가산금은 경정청구일 다음 날부터 계산한다고 보았습니다.

경정청구가 있으면 부과제척기간이 지났더라도 세무서는 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 경정할 수 있습니다. 결정문을 받은 날부터 3개월 기한을 넘기면 이 길도 막힐 수 있으므로 결정문 수령일을 기준으로 일정을 잡아야 합니다.

2022년부터 무엇이 바뀌었나요?

2022. 1. 1.부터는 불복 결정이나 판결이 확정돼 그 대상 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간)의 세액 조정이 필요하면 확정일부터 1년 안에 경정할 수 있다는 규정이 생겼습니다. 이 규정은 2022. 1. 1. 이후 결정이나 판결이 확정되는 경우부터 적용되고, 그 전에 종전 규정으로 부과제척기간이 끝난 경우는 제외됩니다. 2016년 회신은 이 규정이 생기기 전 해석이므로, 지금 재산세 결정을 받았다면 세무서의 직권 경정을 기다리기보다 경정청구를 직접 내 두는 편이 확실합니다.

재산세 불복 후 종부세 경정청구 대응 순서

• 결정문 수령일 기록 - 재산세 불복 결정문을 받은 날을 남겨 둡니다. 후발적 경정청구 3개월은 이날을 기준으로 셉니다.
• 연도별 제척기간 정리 - 종합부동산세를 귀속 연도별로 나눠 5년이 지났는지 표로 만듭니다. 지나지 않은 연도는 통상 경정청구 대상입니다.
• 경정청구서 제출 - 재산세 결정문과 구청의 재산세 변동 통보를 첨부해 관할 세무서에 냅니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 환급가산금 확인 - 환급 결정이 나면 가산금 기산일을 확인합니다. 경정청구에 따른 환급은 청구일 다음 날부터 계산된 사례가 있습니다.
• 거부 시 불복 - 세무서가 거부하면 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토하고, 2개월 안에 답이 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재산세 결정이 일부 인용이거나 재조사 결정이라 과세대상 구분이 아직 확정되지 않은 경우는 결정문과 구청 통보를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 재산세·종합부동산세 과세에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재산세에서 이기면 종부세도 자동으로 줄어드나요?
  자동으로 줄어들지는 않습니다. 국세청은 재산세 처분에 대한 불복 결정은 종합부동산세의 부과제척기간을 늘려 주는 결정이 아니어서, 기간이 지난 종부세를 세무서가 직권으로 고칠 근거가 되지 않는다고 회신했습니다. 납세자가 경정청구를 직접 내야 합니다.
• 경정청구는 언제까지 해야 하나요?
  재산세 과세대상 구분이 불복 결정으로 바뀐 것을 안 날부터 3개월 안에 후발적 경정청구를 해야 합니다. 이 기한은 법정신고기한 뒤 5년이라는 일반 경정청구 기간과 별도로 적용되므로, 5년이 지난 해의 종합부동산세도 청구할 수 있습니다.
• 종부세 부과제척기간은 어떻게 세나요?
  종합부동산세는 고지로 부과하는 세목이어서 신고기한이 아니라 납세의무가 성립한 날부터 부과제척기간을 셉니다. 기간은 5년이므로 귀속 연도별 과세기준일부터 5년이 지났는지 따로 계산해야 합니다.
• 제척기간이 지났는데 세무서가 경정할 수 있나요?
  경정청구가 있으면 세무서는 부과제척기간이 지났더라도 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있습니다. 그래서 기간이 지난 해의 종합부동산세는 경정청구를 내는 것이 출발점입니다.
• 환급가산금은 언제부터 붙나요?
  국세청 심사 사건에서 재산세 과세유형 변경을 이유로 한 경정청구에 따라 종합부동산세를 환급할 때 환급가산금은 경정청구일 다음 날부터 계산한다고 보았습니다. 그러므로 결정문을 받으면 경정청구를 서둘러 내는 것이 가산금 계산에도 유리합니다.
• 2022년에 어떤 규정이 생겼나요?
  2022. 1. 1.부터 불복 결정이나 판결이 확정돼 그 대상 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간)의 조정이 필요하면 확정일부터 1년 안에 경정할 수 있는 규정이 생겼습니다. 2016년 회신은 이 규정 전의 해석이므로 지금은 경정청구와 함께 이 규정도 주장해 볼 수 있습니다.
• 세무서가 경정청구를 거부하면요?
  세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 거부 통지를 받았다면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있고, 재산세 결정문과 구청의 변동 통보를 근거로 다툽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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