법인세·소득세

완전자회사의 자산 매각손실을 모회사가 보전해 주면 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 모회사가 계약상·법률상 의무 없이 완전자회사의 자산 매각손실을 메워 준 보전금은 원칙적으로 모회사의 손금이 되지 않습니다. 다만 그 자산의 정상 영업기간을 보장하기로 약정해 보전이 불가피했다면 손금으로 볼 수 있습니다. 지금은 보전 의무를 정한 계약서가 손실 발생 전에 있었는지부터 확인하십시오.

모회사가 자회사 손실을 메워 주었다고 해서 모두 비용으로 부인되는 것은 아닙니다. 보전할 법적 의무가 처음부터 있었는지, 그 보전이 모회사 사업에 필요했는지를 나눠 보면 결론이 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

물류업을 하는 A법인은 100% 자회사인 B법인에 물류센터 운영을 맡기면서 2023년에 센터 부지와 설비를 B법인 명의로 사들이게 했습니다. 2025년 A법인이 물류 거점을 옮기기로 하면서 B법인은 센터를 장부가액보다 약 40억원 낮은 값에 팔았고, A법인은 이 손실 전액을 B법인에 보전금으로 지급했습니다. 2026년 법인세 조사에서 조사팀은 이 보전금을 손금불산입하겠다고 알려 왔습니다. A법인 대표는 센터를 짓게 한 것도, 거점을 옮긴 것도 모회사 결정이었는데 왜 비용이 아니냐고 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자회사 손실을 보전해 준 돈은 왜 손금이 안 될 수 있나요?

법인세법상 손금은 그 법인의 사업과 관련해 생긴 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 합니다. 자회사는 모회사와 별개 법인이므로, 자회사가 입은 손실은 원래 자회사가 부담하는 것이 원칙입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 이 구조를 그대로 두고 있습니다.

• 보전 의무가 없는 경우 - 계약이나 법률상 원인 없이 지급한 보전금은 모회사 사업과 관련된 비용으로 보기 어렵습니다.
• 특수관계인에 대한 지급 - 100% 자회사는 특수관계인이므로, 대가 없이 이익을 넘겨준 것으로 보면 부당행위계산 부인 대상이 됩니다.
• 회계처리와 별개 - 장부에 비용으로 잡았더라도 세무조정에서 손금불산입될 수 있습니다.

특수관계인과의 거래가 부당행위인지는 경제적 합리성으로 판단합니다. 대법원은 거래의 여러 사정을 구체적으로 고려해 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지에 따라 판단해야 한다고 보았습니다.

어떤 경우에는 보전금도 손금으로 인정되나요?

모회사가 그 자산의 정상적인 영업기간을 보장하기로 약정했고, 그 약정 때문에 보전이 불가피했다면 손금으로 볼 수 있습니다. 이 경우 보전금은 자회사에 이익을 나눠 준 것이 아니라 모회사가 스스로 진 의무를 이행한 비용이 되기 때문입니다.

• 사전 약정 - 자산 취득이나 사업 위탁 당시 운영기간·손실 부담을 정한 계약이 있는지 봅니다.
• 모회사의 사업상 결정 - 영업기간이 짧아진 원인이 모회사의 사업 조정인지 확인합니다.
• 금액의 적정성 - 보전액이 약정 범위와 실제 손실을 넘지 않는지 계산합니다.

반대로 손실이 난 뒤에 보전 합의서를 새로 만든 경우에는 사후 약정이라는 이유로 받아들여지지 않을 가능성이 큽니다. 문서의 작성 시점과 이사회 의사록이 중요한 이유입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 모회사가 완전자회사의 자산처분손실을 보전하는 금액이 계약상·법률상 원인 없이 지출한 것이라면 손금불산입 대상으로 보는 입장입니다. 다만 해당 자산의 정상영업기간 보장에 따른 불가피한 보전은 손금에 해당할 수 있고, 어느 쪽인지는 사실판단 사항으로 봅니다.

이 해석은 질의한 법인의 사실관계를 전제로 한 것입니다. 보전 약정의 존재와 내용, 영업기간 단축의 원인이 다르면 결론도 달라질 수 있으므로, 같은 결론을 기대하기 전에 자기 사안의 계약서부터 대조해야 합니다.

손금불산입되면 세금은 어떻게 늘어나나요?

보전금이 손금불산입되면 그 금액만큼 모회사의 각 사업연도 소득금액이 늘어나고, 법인세와 과소신고가산세·납부지연가산세가 함께 붙습니다. 자회사가 받은 보전금은 자회사 쪽에서 이미 익금으로 신고됐을 가능성이 높아 양쪽에서 세금이 생기는 결과가 됩니다.

자회사 손실 보전금 대응 순서

• 약정 문서 확보 - 자산 취득·사업 위탁 당시의 계약서, 이사회 의사록, 운영기간 보장 조항을 모읍니다. 보전 의무가 처음부터 있었는지가 결론을 가릅니다.
• 경위 정리 - 영업기간이 짧아진 원인이 모회사의 사업 결정이었다는 자료를 시간순으로 정리합니다. 내부 보고서와 거점 이전 결정 문서가 여기에 해당합니다.
• 과세전적부심사 청구 - 세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사청구서를 냅니다. 약정과 손실 계산 근거를 함께 붙입니다.
• 경정청구 검토 - 반대로 보전금을 손금에 넣지 않고 신고했는데 약정이 있었다면, 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 심판청구 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보전 약정이 여러 차례 바뀌었거나 자회사가 해외 법인이면 국제조세 규정까지 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분 취소소송과 과세전적부심사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자회사 손실을 보전해 주면 기부금으로 보나요?
  100% 자회사는 특수관계인이므로 대가 없이 보전한 금액은 기부금보다는 부당행위계산 부인 문제로 다뤄지는 경우가 많습니다. 어느 쪽이든 의무 없는 보전이면 손금으로 인정받기 어렵다는 점은 같으므로, 보전 의무를 뒷받침할 계약서가 먼저입니다.
• 손실이 난 뒤에 보전 합의서를 쓰면 안 되나요?
  사후에 만든 합의서만으로는 보전 의무가 처음부터 있었다고 보기 어렵습니다. 자산 취득이나 사업 위탁 당시의 계약 조건, 이사회 결의, 운영기간 보장 약속이 담긴 문서가 있어야 정상영업기간 보장에 따른 불가피한 보전으로 주장할 수 있습니다.
• 부당행위인지 판단하는 기준은 무엇인가요?
  대법원은 거래의 여러 사정을 구체적으로 고려해 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래인지를 기준으로 봅니다. 특수관계가 없는 회사 사이라도 같은 보전을 했을지가 판단의 출발점입니다.
• 자회사가 받은 보전금은 자회사에 과세되나요?
  네, 자회사가 받은 보전금은 자회사의 순자산을 늘리는 수익이므로 원칙적으로 익금이 됩니다. 모회사에서 손금불산입되면 같은 돈에 대해 양쪽에서 세금이 생기는 결과가 되므로, 자회사의 결손금 상황까지 함께 계산해 봐야 합니다.
• 조사팀 통지를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이 기간을 넘겨 납부고지서가 나오면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다.
• 보전금을 손금에서 빼고 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  정상영업기간 보장 약정 등 손금 요건을 갖췄는데도 손금에 넣지 않고 신고했다면, 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 보전액이 실제 손실보다 크면 어떻게 되나요?
  약정이 있더라도 실제 손실이나 약정 범위를 넘는 부분은 의무 이행으로 보기 어려워 손금불산입될 수 있습니다. 매각가액, 장부가액, 약정 산식을 맞춰 초과분이 없는지 미리 계산해 두는 편이 안전합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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