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법인세·소득세

개인사업을 법인으로 바꾸며 받은 영업권 대가, 법인 비용과 대표 세금은 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신


법인전환 때 법인이 사들인 영업권은 5년 정액법으로 감가상각해 비용이 되고, 대표가 받은 대가는 60% 필요경비를 빼는 기타소득으로 법인이 원천징수해야 합니다. 사업용 부동산과 함께 넘기면 양도소득이 되고, 시가보다 부풀린 금액은 세무조사에서 부인되어 대표 상여 등으로 처분될 수 있습니다.

기한

법인이 대표에게 영업권 대가를 지급하면 지급한 달의 다음 달 10일까지 기타소득세를 원천징수해 납부해야 합니다. 대표는 기타소득금액이 300만원을 넘으면 다음 해 5월 종합소득세 신고에 합산합니다.

개인사업을 법인으로 바꾸면서 그동안 쌓은 거래처와 브랜드 가치를 영업권으로 평가해 법인이 사들이는 경우가 많습니다. 적정하게 평가하고 세금 절차를 지키면 법인은 비용을, 대표는 낮은 실효세율의 소득을 얻는 정당한 거래입니다. 문제는 평가액이 부풀려졌거나 원천징수를 빠뜨린 경우로, 법인전환 뒤 세무조사에서 자주 검토되는 항목입니다. 거래 전이라면 평가 근거와 세금 처리 순서를 미리 정해 두는 것만으로 대부분의 위험을 줄일 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

음식점 3곳을 개인사업으로 운영하던 M씨는 2025. 7. 1. 법인을 세워 사업 전부를 넘겼습니다. 매장은 모두 임차였고, 감정평가법인이 평가한 영업권 3억원을 법인이 M씨에게 지급했습니다. 법인은 2025 사업연도 결산에 영업권 감가상각비 3,000만원을 잡았지만 영업권 대가에 대한 원천징수는 하지 않았습니다. 2026. 9. 세무대리인에게 원천징수 누락을 지적받은 M씨는 지금 무엇을 해야 하는지, 영업권 금액 자체가 문제 될 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

법인은 영업권을 몇 년 동안 비용으로 처리하나요?

사업을 넘겨받으면서 허가 등 법률상 지위, 입지, 영업 비법, 신용과 거래처 같은 이점을 적절한 방법으로 평가해 유상으로 사들인 금액은 영업권입니다. 영업권은 감가상각자산으로, 내용연수 5년 정액법으로 상각합니다.

스스로 점검해 보기

해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.

  1. 법인이 대표에게 영업권 대가를 주면서 원천징수를 하지 않았나요?

    고지 전에 원천징수분을 납부하고 지급명세서를 정리합니다.

    소득세법 제129조 제1항 제6호 라목

  2. 사업용 토지나 건물도 함께 법인에 넘겼나요?

    영업권 대가가 양도소득이 되는지 먼저 확인합니다.

    소득세법 제94조 제1항 제4호 가목

  3. 영업권 평가에 쓴 이익이 실제 신고한 소득보다 큰가요?

    시가 초과 여부가 조사에서 문제 될 수 있어 근거를 점검합니다.

    법인세법 시행령 제89조 제2항

  4. 영업권을 5년보다 짧은 기간으로 상각했나요?

    상각범위액을 넘는 부분이 손금불산입될 수 있습니다.

    법인세법 시행규칙 별표 3

사업연도 중에 취득하면 사용한 달부터 월할로 계산합니다. 사례에서 3억원을 5년에 나누면 연 6,000만원이고, 2025. 7.부터 6개월분인 3,000만원이 2025 사업연도 상각범위액입니다. 감가상각비는 결산 때 비용으로 잡은 금액만 이 한도 안에서 손금이 됩니다. 영업권으로 인정받으려면 적절한 평가방법으로 산정해 유상으로 취득해야 하므로, 평가 근거 없이 정한 금액은 영업권 자체가 부인될 수 있습니다.

대표가 받은 영업권 대가에는 어떤 세금이 붙나요?

영업권을 양도하고 받은 대가는 기타소득이고, 받은 금액의 60%를 필요경비로 뺍니다. 3억원이면 기타소득금액은 1억 2,000만원이고, 법인은 그 20%인 2,400만원을 원천징수해야 합니다. 기타소득금액이 300만원을 넘으므로 분리과세를 고를 수 없고, 대표는 다음 해 종합소득세 신고 때 다른 소득과 합산해 정산합니다. 다른 소득이 많아 높은 세율 구간에 있다면 원천징수된 20%보다 세금이 더 나올 수 있습니다.

영업권 대가 3억원의 기타소득 원천징수

단위 원

영업권 대가 3억원의 기타소득 원천징수 (단위 원)
영업권 대가300,000,000
빼기필요경비(받은 금액의 60%)180,000,000
합계기타소득금액120,000,000
곱하기원천징수세율20%
합계법인이 원천징수할 소득세24,000,000

지방소득세는 별도이고, 대표는 다음 해 종합소득세 신고 때 합산해 정산합니다.

단순 예시 계산

영업권만 넘길 때와 부동산과 함께 넘길 때

영업권만 양도(매장 임차)

(중립)기타소득

  • 받은 금액의 60% 필요경비
  • 법인이 20% 원천징수
  • 종합소득세 신고 때 합산

사업용 토지·건물과 함께 양도

(중립)양도소득

  • 영업권도 양도소득세 신고 대상
  • 기타소득 60% 경비 적용 안 됨

출처 - 소득세법 제21조 제1항 제7호, 제94조 제1항 제4호 가목

다만 사업용 토지나 건물과 함께 영업권을 넘기면 기타소득이 아니라 양도소득으로 과세됩니다. 매장 건물을 소유한 채 함께 넘겼다면 영업권 대가도 양도소득세 신고 대상이 되므로, 어느 쪽인지부터 확인해야 합니다.

원천징수를 빠뜨리면 어떻게 되나요?

원천징수 의무는 법인에 있으므로, 기한까지 내지 않으면 법인에 원천징수 등 납부지연가산세가 붙습니다. 미납세액의 3%에 기간 이자를 더하되, 이 둘을 합쳐 미납세액의 10%가 한도입니다.

기타소득 지급명세서도 지급한 해의 다음 해 2월 말일까지 내야 합니다. 내지 않으면 지급금액의 1%, 기한 후 3개월 안에 내면 0.5%가 법인세에 가산세로 붙어, 3억원이면 300만원입니다.

사례처럼 2025. 7. 지급분을 아직 내지 않았다면, 세무서 고지 전에 법인이 원천징수분을 납부하고 지급명세서를 내야 기간 이자가 더 늘지 않습니다. M씨 본인은 2025년 귀속 종합소득세 신고에서 영업권 기타소득을 빠뜨렸다면 수정신고를 함께 검토합니다.

영업권 금액이 부풀려지면 세무조사에서 어떻게 되나요?

대표는 법인의 지배주주라서 법인과 특수관계인입니다. 법인이 영업권을 시가보다 비싸게 사면 부당행위계산 대상이 되고, 시가를 넘는 금액은 영업권 취득가액에서 빠집니다. 그만큼 감가상각비가 부인되고, 시가 초과액은 대표의 상여나 배당으로 처분될 수 있습니다.

영업권 시가를 넘는 금액의 처리
구분처리
시가 판단 순서감정가, 없으면 상속세 및 증여세법 평가액
시가 초과액 (핵심 행)영업권 취득가액에서 제외
감가상각비시가 초과액에 해당하는 부분 부인
시가 초과액의 귀속대표의 상여나 배당 등으로 처분

시가와의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 적용합니다.

출처 - 법인세법 시행령 제72조 제4항 제3호, 제88조, 제89조 제2항, 제106조

시가는 감정평가법인의 감정가가 있으면 그 가액을, 없으면 상속세 및 증여세법의 평가 방법을 따릅니다. 이 방법은 최근 3년 순손익 가중평균액의 50%에서 자기자본에 일정 이율을 곱한 금액을 뺀 초과이익을 원칙적으로 5년에 걸쳐 환산합니다. 감정가가 있더라도 평가 근거가 된 매출과 이익 자료가 실제와 맞는지 조사에서 다시 확인되는 경우가 있습니다.

영업권 거래 세무조사 대응 순서

  • 거래 구조 확인 - 영업권만 넘겼는지, 사업용 부동산과 함께 넘겼는지 확인해 기타소득과 양도소득을 가릅니다.
  • 원천징수와 신고 정리 - 원천징수 누락분을 납부하고 지급명세서와 대표의 종합소득세 신고를 맞춥니다.
  • 평가 근거 점검 - 감정평가서의 매출·이익 자료와 실제 신고 내역, 상속세 및 증여세법상 평가액을 비교해 둡니다.
  • 상각 내역 점검 - 취득 월, 5년 정액법, 결산 계상액을 대조해 상각부인액이 없는지 봅니다.
  • 소명과 과세전적부심사 - 조사에서 영업권 시가를 다투면 평가 근거 의견서를 내고, 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 넘긴 자산의 범위, 영업권 평가 방법과 근거 자료, 원천징수 이행 시기에 따라 법인과 대표의 세금이 달라집니다. 법무법인 윤성은 법인전환 거래 구조 검토, 영업권 관련 세무조사 소명과 과세전적부심사, 조세불복을 수행합니다.

실무상 착안점

법인전환 영업권은 대표가 법인 자금을 정당하게 가져오는 통로로 쓰이는 만큼, 국세청도 평가액의 근거를 꼼꼼하게 대조합니다. 감정평가서만 믿기보다 평가에 쓰인 매출과 이익이 종합소득세 신고 내역과 일치하는지 먼저 맞춰 보십시오.

원천징수 누락은 가장 흔하면서도 가장 바로잡기 쉬운 실수입니다. 고지 전에 납부하면 가산세가 늘어나는 것을 막을 수 있고, 대표의 종합소득세 신고와도 연결해 한 번에 정리할 수 있습니다.

매장 건물을 대표 명의로 남겨 두고 임대하는 구조라면 영업권만 넘긴 것이라 기타소득이 되지만, 건물까지 넘기면 양도소득으로 바뀌어 계산 방식이 완전히 달라집니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 개인사업자의 법인전환 거래 구조 검토, 영업권 평가와 원천징수에 관한 세무조사 소명, 부당행위계산 부인 처분에 대한 과세전적부심사와 조세불복을 수행해 왔습니다.

  • 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)
  • 법인세 부과처분 취소소송
  • 종합소득세 부과처분 취소소송
  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.


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