법인세·소득세

영업권 대가 중 부가세 명목으로 먼저 준 돈도 원천징수해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 개인사업자에게 영업권 대가를 나눠 주면서 약정에 따라 부가가치세 명목으로 먼저 지급한 돈도 그 금액의 110분의 100 상당액은 영업권 대가로 보아 기타소득 원천징수를 해야 합니다. 부가가치세는 공급대가에 포함돼 함께 변제되는 것으로 보므로 당사자가 이번 돈은 부가세라고 정해도 원천징수 대상 금액이 줄지 않습니다. 지금은 분할 지급 일정마다 지급액을 공급가액과 부가가치세로 나눠 원천징수했는지부터 확인해 보시기 바랍니다.

영업권을 넘긴 개인사업자가 받는 돈 전부에 세금이 붙는 것은 아닙니다. 기타소득금액은 받은 금액에서 필요경비 60%를 뺀 나머지이므로, 원천징수세액은 지급액 전체에 20%를 곱한 금액보다 훨씬 작습니다.

이런 상담이 많습니다

개인으로 도매업을 하던 A씨는 2025년 6월 법인을 세우고 영업권을 포함한 사업 일체를 법인에 넘겼습니다. 영업권 평가액은 5억원, 부가가치세는 5천만원이었고, 법인은 대금을 5년에 나눠 주되 부가가치세 5천만원은 2025년 7월에 먼저 지급하기로 약정했습니다. 법인 담당자는 첫 지급액은 부가세이니 원천징수할 것이 없다고 보고 그대로 지급했습니다. 다음 해 원천세 점검 과정에서 이 처리가 맞는지 문제가 됐습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

영업권 대가는 어떤 소득으로 과세되나요?

개인이 영업권을 양도하고 받는 대가는 원칙적으로 기타소득이고, 지급하는 법인이나 사업자는 지급할 때 소득세를 원천징수해야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」은 영업권을 양도하고 받는 금품을 기타소득으로 정하고 있습니다.

이 기타소득은 받은 금액의 60%를 필요경비로 인정하고, 나머지 기타소득금액에 원천징수세율 20%를 적용합니다. 실제 필요경비가 60%를 넘으면 그 초과분도 필요경비로 인정됩니다.

다만 사업에 쓰던 토지나 건물과 함께 영업권을 넘기면 그 영업권은 기타소득이 아닌 양도소득 과세 대상이 됩니다. 이때는 기타소득 원천징수 대신 양도한 사람이 양도소득세를 신고합니다.

부가세 명목으로 먼저 준 돈은 원천징수 대상에서 빠지나요?

빠지지 않습니다. 영업권 대가를 나눠 지급하면서 부가가치세부터 먼저 주기로 약정했더라도, 지급한 금액의 110분의 100 상당액은 영업권 대가로 보아 원천징수해야 합니다.

부가가치세는 공급하는 사업자가 공급받는 자로부터 거래징수해 신고·납부하는 세금입니다. 대금을 실제로 주고받았는지와 관계없이 공급이 있으면 납부의무가 생기므로, 일부만 지급된 돈을 부가세인지 공급가액인지 당사자가 고를 수 없다고 봅니다.

그래서 분할 지급된 돈은 매번 공급가액과 부가가치세가 섞인 공급대가로 지급된 것으로 봅니다. 기타소득의 원천징수 시기도 이와 같은 기준으로 맞춰 판단하는 것이 세법을 통일적으로 해석하는 방법이라는 것이 국세청의 설명입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 부가가치세 과세 대상 영업권을 양수한 사업자가 대가를 나눠 지급하면서 약정에 따라 부가가치세 명목으로 돈을 주더라도, 그 금액의 110분의 100 상당액은 원천징수해야 한다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석소득-0632, 2019. 1. 30.).

질의 사안은 개인사업자가 법인을 세우고 영업권을 포함한 권리·의무 일체를 넘기면서 대금은 5년간 5회에 나눠 받고 부가가치세는 먼저 받기로 한 경우였습니다. 국세청은 당사자가 임의로 정한 변제 순서를 세법상 주장할 수 없다고 보았습니다. 이 회신은 영업권만 기타소득으로 넘긴 사실관계를 전제로 한 것이므로, 사업용 부동산을 함께 넘긴 경우에는 결론이 달라집니다.

원천징수세액은 얼마나 되나요?

A씨 사례에서 먼저 지급한 5천만원 가운데 110분의 100인 약 4,545만원이 영업권 대가입니다. 필요경비 60%를 빼면 기타소득금액은 약 1,818만원이고, 여기에 20%를 곱한 약 364만원이 원천징수할 소득세입니다. 지방소득세는 따로 계산합니다.

담당자처럼 전액을 부가세로 보고 원천징수하지 않았다면 이 364만원을 납부하지 않은 셈이 됩니다. 원천징수의무자인 법인에는 미납세액의 3%와 경과일수에 따른 이자 상당액을 더한 납부지연가산세가 붙고, 이 두 부분의 합계는 미납세액의 10%가 한도입니다. 납부고지 뒤에도 내지 않으면 이자 상당액이 더 붙어 전체 가산세는 미납세액의 50%까지 늘 수 있습니다.

기타소득금액이 300만원을 넘으므로 A씨는 원천징수로 끝나지 않고 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 다른 소득과 합산해 신고해야 합니다.

영업권 대가 원천징수 대응 순서

• 양도 대상 확인 - 영업권만 넘겼는지, 사업용 토지·건물을 함께 넘겼는지 계약서로 확인합니다. 함께 넘겼다면 양도소득으로 처리합니다.
• 지급 일정 정리 - 분할 지급일마다 지급액을 적고 각각 110분의 100을 공급가액으로 나눕니다.
• 원천징수와 신고 - 지급한 달의 다음 달 10일까지 원천징수이행상황신고서를 내고 세액을 납부합니다. 거주자의 기타소득 지급명세서도 기한 안에 제출합니다.
• 빠뜨린 분 정리 - 원천징수를 빠뜨렸다면 고지 전에 자진 납부해 가산세 기간을 줄입니다. 과다하게 원천징수했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 불복 절차 검토 - 세무조사 결과통지를 받았으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업 양도가 포괄양도에 해당하는지, 영업권 평가가 적정했는지는 계약서와 평가서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원천징수 처분을 둘러싼 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 영업권을 법인에 넘기면 양도소득세인가요, 기타소득인가요?
  영업권만 넘기면 기타소득이고, 사업에 쓰던 토지나 건물과 함께 넘기면 양도소득입니다. 기타소득이면 법인이 지급할 때 원천징수하고, 양도소득이면 양도한 사람이 양도소득세를 직접 신고합니다. 계약서에 넘긴 자산 목록을 확인해야 합니다.
• 영업권 기타소득은 필요경비를 얼마나 인정하나요?
  받은 금액의 60%를 필요경비로 인정합니다. 실제로 든 필요경비가 60%보다 많다는 증빙이 있으면 그 초과분도 필요경비에 넣을 수 있습니다. 원천징수할 때는 보통 60%를 빼고 남은 기타소득금액에 20%를 적용합니다.
• 원천징수 세율은 몇 퍼센트인가요?
  영업권 양도 대가 같은 일반 기타소득의 원천징수세율은 20%입니다. 이 세율은 받은 금액 전체가 아니라 필요경비를 뺀 기타소득금액에 적용합니다. 지방소득세는 소득세의 10%가 따로 붙습니다.
• 부가세를 나중에 주기로 하면 처리가 달라지나요?
  달라지지 않습니다. 세법은 당사자가 정한 변제 순서와 관계없이 분할 지급액마다 공급가액과 부가가치세가 함께 지급된 것으로 봅니다. 따라서 지급할 때마다 그 금액의 110분의 100 상당액을 기준으로 원천징수합니다.
• 원천징수를 빠뜨리면 가산세는 얼마인가요?
  미납세액의 3%에 법정납부기한 다음 날부터 납부일 전날(그 전에 납부고지를 받았다면 고지일 전날)까지의 이자 상당액을 더한 금액이 원천징수 납부지연가산세입니다. 3% 부분과 이 이자 부분을 합한 금액은 미납세액의 10%를 넘지 않지만, 고지 뒤 납부기한까지 내지 않으면 이자 상당액이 더 붙어 전체로는 50%까지 늘 수 있습니다. 빨리 납부할수록 이자 부분이 줄어듭니다.
• 영업권을 넘긴 개인은 따로 신고해야 하나요?
  기타소득금액이 300만원 이하이고 원천징수됐다면 분리과세를 선택해 신고하지 않을 수 있습니다. 300만원을 넘으면 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 다른 소득과 합산해 신고하고, 원천징수된 세액은 기납부세액으로 뺍니다.
• 원천징수를 너무 많이 했다면 돌려받을 수 있나요?
  지급명세서를 기한 안에 냈다면 원천징수의무자나 소득자가 원천징수세액 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 공급가액 계산을 잘못해 과다하게 원천징수한 경우에 이 절차를 씁니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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