법인세·소득세

물적분할 과세이연 요건, 차입금 일부를 남겨도 충족되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

공동으로 쓰던 차입금 일부를 분할법인에 남겨도 물적분할 과세이연의 포괄승계 요건이 바로 깨지지는 않습니다. 대법원 2016두40986 판결의 실질적 동일성 기준과 신탁등기·업무위탁 판단, 현행법에서 더해진 5년·근로자 80% 요건을 정리했습니다.

네, 다른 사업부문과 함께 쓰던 차입금 일부를 분할법인에 남겼다는 사정만으로 포괄승계 요건이 깨지지는 않습니다. 대법원은 물적분할 과세이연 요건을 조직형태만 바뀌고 기업의 실질적 동일성이 유지되는지를 기준으로 해석했습니다. 다만 현행법은 남길 수 있는 자산·부채를 시행령에 열거하고 요건도 늘렸으므로, 판결만 믿고 분할 계획을 짜서는 안 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2025. 3. 공장을 쓰는 제조 사업부를 물적분할해 B사를 세우고, 공장 부지를 담보로 받았던 차입금 중 회사채 상환에 쓸 부분은 A사에 남겼습니다. B사는 2025. 9. 운영자금을 빌리면서 승계받은 공장에 담보신탁 등기를 했고, 생산 일부는 외부 업체에 위탁했습니다. 2026. 8. 세무조사에서 조사팀은 차입금을 다 넘기지 않았고 공장을 신탁했으니 적격 물적분할이 아니라며 양도차익 과세를 예고했습니다. A사 재무담당자는 이 예고에 어떻게 대응해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떤 물적분할을 과세이연 대상으로 보았나요?

화학회사는 2008. 5. 인천공장의 화학제품제조 사업부문과 도시개발 사업부문을 물적분할해 완전자회사를 세우고, 자산양도차익 약 7,485억 원을 압축기장충당금으로 손금에 넣었습니다. 세무서는 과세이연 요건이 갖추어지지 않았다며 2013. 8. 법인세 약 3,000억 원을 경정 고지했습니다.

대법원은 과세이연 규정이 지분관계 등 실질적 이해관계에 변동이 없는 조직 변경을 과세 계기로 삼지 않으려는 것이고, 개별 요건은 그 실질적 동일성 기준을 구체화한 것이라고 보았습니다. 독립된 사업부문은 기능적 관점에서 분할 뒤 사업을 독립해 영위할 수 있는지로 판단하고, “독립적으로 사업이 가능하다면 단일 사업부문의 일부를 분할하는 것도 가능하다.”라고 했습니다. 화학제품제조와 도시개발 사업부문은 기존 사업과 독립해 영위할 수 있는 부문이었고, 회사는 분할대가로 신설법인 주식만 받았습니다. 결론적으로 네 요건을 모두 갖추었다고 본 원심을 유지하고 세무서의 상고를 기각했습니다.

차입금 일부를 남기거나 승계 자산을 신탁하면 요건이 깨지나요?

판결 사안에서는 깨지지 않는다고 보았습니다. 공장 부지 담보 차입금은 다른 사업부문에도 공통으로 관련된 것이어서, 회사채 상환·법인세 납부에 쓸 일부를 남긴 것을 포괄승계 요건 불비로 보기 어렵다고 했습니다. 분할하기 어려운 공동 자산·부채는 승계되지 않아도 실질적 동일성을 해치지 않는다는 이유입니다.

승계 자산을 실제 사업에 쓰는 한 업무위탁 방식으로 운영해도 직접 사용으로 보았고, 대출 담보를 위한 신탁등기도 사업 폐지로 보는 고정자산 처분에 해당하지 않는다고 했습니다. 차입금 일부가 남은 것은 포괄승계 문제일 뿐 분할대가가 전액 주식인지와는 관련이 없다고도 밝혔습니다. 기존 종업원 일부가 새 회사로 옮기지 않았다는 점도 사업의 기능적 특성상 독립 사업부문을 부정할 사유가 아니라고 보았는데, 이 부분은 지금은 근로자 승계 요건으로 따로 따집니다.

현행 법령에서는 무엇을 더 갖추어야 하나요?

판결이 해석한 독립된 사업부문, 포괄승계, 승계사업 계속, 분할대가 전액 주식 요건은 지금도 법인세법 제46조 제2항과 제47조 제1항에 그대로 있습니다. 여기에 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속한 법인일 것, 분할 사업부문 근로자 80% 이상을 승계해 그해 말까지 유지할 것이 더해졌고, 부동산임대업을 주업으로 하거나 부동산 비중이 80% 이상인 사업부문은 적격분할에서 빠집니다.

포괄승계에서 빼도 되는 공동 시설과 지급어음, 명의변경이 제한된 차입금, 분할 사업부문에 직접 쓰이지 않은 공동 차입금 등은 시행령이 열거합니다. 승계 자산가액의 2분의 1 이상을 그해 말까지 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 사업 계속 요건을 잃습니다. 요건을 갖춘 분할은 부가가치세에서도 재화의 공급으로 보지 않습니다. 부동산 비율 계산은 「분할 직전에 지은 새 공장과 짓고 있는 공장 땅도 적격분할 부동산 비율에서 빠지나요?」에서 자세히 설명했습니다.

물적분할 과세이연 대응 순서

• 분할 범위 정리 - 분할 사업부문의 자산·부채 목록을 만들고 남길 항목이 시행령 열거 사유에 해당하는지 표시합니다.
• 요건별 증빙 - 사업기간 5년, 근로자 승계 비율, 분할대가 구성, 부동산 비중을 분할등기일 기준으로 계산해 둡니다.
• 신고서 제출 - 법인세 신고 때 특례신청서와 양도차익 명세서를 분할신설법인과 함께 냅니다.
• 사후관리 점검 - 2년간 사업 유지와 지분 50% 이상, 3년간 근로자 80% 이상을 매년 말 확인합니다.
• 조사 대응 - 요건 불비 지적을 받으면 실제 사용관계와 공동 자산·부채의 성격을 자료로 소명합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 분할 사업부문의 독립성, 남긴 자산·부채의 성격, 분할 뒤 승계 자산의 실제 사용관계에 따라 과세이연 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 물적분할 구조 검토와 적격분할 요건 세무조사 대응, 법인세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 한 사업부문의 일부만 떼어 물적분할해도 되나요?
  독립적으로 사업이 가능하다면 됩니다. 대법원은 독립된 사업부문 요건을 기능적 관점에서 분할 뒤 사업을 독립해 영위할 수 있는지로 보고, 단일 사업부문의 일부 분할도 가능하다고 했습니다.
• 분할신설법인이 승계 공장을 담보신탁하면 사업 폐지인가요?
  대출 담보를 위한 신탁등기만으로는 사업 폐지로 보는 고정자산 처분에 해당하지 않는다고 본 판결이 있습니다. 다만 승계 자산가액의 2분의 1 이상을 실제로 처분하거나 사업에 쓰지 않으면 요건을 잃습니다.
• 분할 사업부문 직원이 일부만 옮겨 가도 되나요?
  현행법에서는 분할등기일 1개월 전 분할 사업부문 근로자의 80% 이상을 승계해 그해 말까지 유지해야 합니다. 판결 당시에는 없던 요건이어서 직원 이동 계획을 미리 세워야 합니다.
• 과세이연을 받은 뒤 자회사 주식을 팔면 어떻게 되나요?
  처분한 주식 비율 등에 따라 손금에 넣었던 양도차익 상당액을 익금에 넣습니다. 분할신설법인이 승계한 감가상각자산·토지·주식을 처분해도 같습니다.
• 적격 물적분할이면 부가가치세도 내지 않나요?
  법인세법 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할은 재화의 공급으로 보지 않는 사업 양도에 포함됩니다. 요건을 못 갖추면 이전 자산에 부가가치세 문제가 생길 수 있습니다.
• 부동산임대 사업부를 물적분할해도 과세이연이 되나요?
  되지 않습니다. 부동산임대업을 주업으로 하는 사업부문이나 승계 사업용 자산 중 부동산 등의 비중이 80% 이상인 사업부문은 적격분할로 보지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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