법인세·소득세

공장 준공 뒤 허가를 준비 중인 사업부도 적격 물적분할이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 매출이 아직 없더라도 분할 전부터 공장과 인력을 갖춘 사업부를 그 조직 그대로 넘겨 분할 뒤 독립적으로 사업할 수 있다면 독립된 사업부문의 분할로 볼 수 있습니다. 법인세법은 적격분할 요건으로 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할할 것을 정할 뿐 매출 실적을 요구하지 않습니다. 지금은 분할계획서의 승계 목록이 분할 전 조직과 같은지, 근로자 승계 비율이 100분의 80 이상인지부터 확인하십시오.

매출이 아직 없다는 이유만으로 적격분할을 포기할 필요는 없습니다. 법은 매출 실적을 요건으로 두지 않고, 분리해도 사업을 할 수 있는 조직인지를 봅니다.

이런 상담이 많습니다

바이오 의약품 원료를 만들려는 A사는 2024년 말 산업단지 안에 전용 공장을 준공했습니다. 공장에는 생산·품질관리 인력 60여 명이 배치돼 시제품을 만들면서 의약품 제조업 허가를 준비하고 있고, 첫 매출은 허가가 나온 뒤인 2026년 하반기로 예상됩니다. A사는 기존 투자사업과 의약품 사업을 나누려고 2026년 상반기에 의약품 사업부를 물적분할해 100% 자회사를 세우기로 했습니다. 공장부지는 시가 기준으로 사업부 총자산의 100분의 20 이하라 A사에 남기고 나머지 설비와 인력, 권리·의무는 모두 넘길 계획입니다. 재무팀은 매출이 없는 사업부도 「분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문」인지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

매출이 없는 준비 단계 사업부문도 독립된 사업부문인가요?

네, 공장 건설이나 허가 준비처럼 사업을 시작하기 위한 활동이라도 분할 전부터 물적·인적 조직을 갖추고 있었고 그 조직이 그대로 옮겨져 분할 뒤 독립적으로 사업을 할 수 있다면 독립된 사업부문으로 볼 수 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 매출 발생을 요건으로 정하고 있지 않습니다.

판단의 출발점은 세 가지입니다.

• 조직의 실재 - 분할 전에 이미 공장, 기계장치, 담당 부서와 인력이 갖추어져 있었는지 봅니다.
• 동일성 유지 - 분할계획서상 설비와 인력, 권리와 의무가 한꺼번에 넘어가 분할 전 조직과 같은 모습인지 봅니다.
• 독립 수행 가능성 - 분할신설법인이 분할법인의 도움 없이 허가를 받고 생산을 시작할 수 있는지 봅니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 제조공장을 준공한 뒤 시제품 생산과 제조업 허가를 준비하던 사업부문을 물적분할하면서, 그 사업부문의 물적·인적 조직이 분할 전과 동일성을 유지하고 독립적으로 사업 수행이 가능하다면 독립된 사업부문의 분할 요건을 갖춘 것으로 본다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0089, 2015. 8. 10.).

회신은 사업 개시 전의 공장 건설, 연구개발, 기술 도입이 사업을 하기 위해 꼭 거쳐야 하는 준비 활동이라는 점에서 출발했습니다. 질의 법인은 공장 준공을 마쳤고 60명이 넘는 직원과 부서를 갖추었으며, 설비와 인력, 자산·부채를 포괄적으로 넘기는 분할계획서를 갖고 있었습니다. 이 회신은 그런 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 공장이 착공 단계에 머물러 있거나 인력이 따로 배치되지 않았다면 결론이 달라질 수 있습니다.

공장부지를 남겨 두고 분할해도 포괄승계로 보나요?

분할하는 사업부문이 넘겨야 할 자산 가운데 분할 당시 시가로 평가한 총자산가액의 100분의 20 이하인 자산은 넘기지 않아도 포괄승계 요건을 해치지 않습니다. 부채도 총부채가액의 100분의 20 이하라면 같습니다.

이 비율을 계산할 때 주식등과 변전시설·사무실처럼 시행령이 따로 정한 공동 사용 자산, 지급어음 같은 부채는 분모와 분자에서 뺍니다. 공장부지를 남기는 경우에는 분할신설법인이 그 부지를 임차해 계속 쓰는 계약을 함께 정해 두어야 독립 수행 가능성 판단에도 문제가 생기지 않습니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시와 달리 지금은 근로자 승계 요건이 추가되었습니다. 분할등기일 1개월 전 당시 분할하는 사업부문에 종사하는 근로자 중 분할신설법인이 승계한 근로자 비율이 100분의 80 이상이고, 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 비율을 유지해야 합니다.

물적분할 뒤의 사후관리도 함께 봐야 합니다. 분할법인이 양도차익 상당액을 손금에 산입했다면, 정해진 기간 안에 분할신설법인이 승계한 사업을 폐지하거나, 분할법인의 지분이 100분의 50 미만으로 떨어지거나, 근로자 수가 분할 전 100분의 80 미만으로 줄면 남은 금액을 익금에 산입합니다.

적격 물적분할이 부인되면 어떻게 다투나요?

세무조사에서 독립된 사업부문이 아니라는 이유로 과세특례가 부인되면, 세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 법인세가 고지된 뒤에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.

다툼에서는 분할 전 조직도, 인력 배치표, 공장 준공 서류, 허가 신청 진행 기록, 분할계획서의 승계 목록이 증거가 됩니다. 이의신청은 선택 절차이고, 심판청구 결정에 불복하면 행정소송을 제기할 수 있습니다.

준비 단계 사업부문 물적분할 대응 순서

• 조직 현황 고정 - 분할 결의 전에 사업부 조직도, 인력 명단, 설비 목록을 확정합니다. 분할등기일 1개월 전 인원이 근로자 승계 비율의 기준이 됩니다.
• 승계 목록 작성 - 분할계획서에 설비, 인력, 계약, 인허가 준비 서류를 모두 적습니다. 남기는 자산이 있으면 시가 기준 100분의 20 이하인지 계산표를 붙입니다.
• 잔류 자산 이용 계약 - 남긴 부지나 공용 시설은 임대차계약으로 분할신설법인이 계속 쓰게 합니다. 독립 수행 가능성 판단에 직접 쓰이는 자료입니다.
• 물적분할과세특례 신청 - 법인세 신고 때 분할신설법인과 함께 물적분할과세특례 신청서와 자산의 양도차익에 관한 명세서를 냅니다. 이 서류를 내야 양도차익 상당액을 손금에 산입할 수 있습니다.
• 사후관리와 불복 준비 - 지분, 사업 계속, 근로자 수를 매 사업연도 말에 점검합니다. 부인 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사, 고지 후 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 적격 여부는 분할계획서와 사업부의 인력·설비 현황을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 분할 과세특례 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 매출이 전혀 없으면 적격분할이 안 되나요?
  매출이 없다는 사정만으로 적격분할이 막히지는 않습니다. 법은 분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문인지를 요건으로 정하고 있어, 분할 전부터 설비와 인력을 갖춘 조직이 그대로 넘어가면 준비 단계라도 요건을 갖출 수 있습니다.
• 공장을 짓는 중에 분할해도 되나요?
  공사 진행 중인 사업부문이라도 분할법인 안에서 물적·인적 조직을 갖추고 영위하던 활동이고 그 동일성을 유지한 채 분리된다면 독립된 사업부문으로 볼 여지가 있습니다. 다만 담당 인력이나 계약 관계가 따로 없으면 독립성을 설명하기 어렵습니다.
• 공장부지만 남기고 분할해도 포괄승계인가요?
  남기는 자산이 분할 당시 시가로 평가한 총자산가액의 100분의 20 이하라면 포괄승계 요건을 해치지 않습니다. 주식등과 공동 사용 자산은 이 비율 계산에서 빼므로 계산표를 따로 만들어 두는 것이 좋습니다.
• 분할법인은 몇 년 이상 사업을 했어야 하나요?
  분할법인은 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속하던 내국법인이어야 합니다. 분할하는 사업부문 자체가 운영된 기간은 따로 요구하지 않고, 분할법인 전체의 사업 계속 기간을 봅니다.
• 직원 일부만 새 회사로 옮겨도 되나요?
  분할등기일 1개월 전 당시 그 사업부문에 종사하던 근로자 중 100분의 80 이상을 승계하고 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 그 비율을 유지해야 합니다. 두 사업부문에 모두 종사하던 근로자 등은 계산에서 제외할 수 있습니다.
• 물적분할 뒤 자회사 지분을 팔면 어떻게 되나요?
  분할법인이 손금에 산입한 양도차익 상당액은 받은 주식을 처분하는 사업연도에 처분 비율만큼 익금에 산입합니다. 정해진 기간 안에 지분이 100분의 50 미만으로 떨어지면 남은 금액 전부를 익금에 산입합니다.
• 적격분할이 부인되면 언제까지 다투나요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 법인세가 고지된 뒤에는 처분의 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 하고, 이의신청은 선택 절차입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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