양도소득세

임대의무기간 중에 임대사업자 등록을 자진말소하고 팔면 2년 거주해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 2020년 2월 11일 개정 전 시행령의 임대사업자 거주요건 면제를 적용받는 임대주택을 민간임대주택법 제6조 제1항 제11호에 따라 임대의무기간 안에 자진말소했다면 2년 거주요건이 붙지 않는다고 볼 여지가 큽니다. 개정 전 시행령은 민간임대주택법 제43조를 위반해 임대의무기간 중에 양도하는 경우만 면제에서 뺐기 때문입니다. 지금은 등록 신청일과 구청 말소 통지서의 근거 조항, 등록 기간 중 임대료 증액률부터 확인하십시오.

임대의무기간을 다 채우지 못하고 등록을 말소했다고 해서 곧바로 2년 거주요건이 되살아나지는 않습니다. 먼저 법이 허용한 방식으로 자진말소했는지를 확인합니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2018년 조정대상지역에서 아파트를 사서 그해 구청에 단기민간임대주택으로, 세무서에 주택임대사업자로 등록하고 세를 주었습니다. 2020년 법 개정 뒤 아파트 단기임대 제도가 폐지되자, 2021년 세입자의 동의를 받아 임대의무기간이 끝나기 전에 구청에 등록 말소를 신청했습니다. 2026년 이 집을 팔려고 하는데, 한 번도 살지 않았고 임대의무기간도 못 채웠으니 비과세가 안 될 것 같다며 상담을 요청했습니다. 상담에서는 등록 신청일, 말소 근거 조항, 등록 기간 중 임대료 증액률을 차례로 확인했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

임대의무기간 중 자진말소하고 팔면 2년 거주해야 하나요?

아니요, 개정 전 시행령의 임대사업자 거주요건 면제를 적용받는 임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조 제1항 제11호에 따라 임대의무기간 안에 자진말소했다면 1세대1주택 비과세에 2년 거주요건이 붙지 않는다고 볼 여지가 큽니다. 법이 허용한 말소 뒤의 양도는 임대의무기간 중 위반 양도와 성격이 다르기 때문입니다.

2020. 2. 11. 개정 전 시행령은 임대사업자 등록 주택에 거주요건을 두지 않으면서, 임대의무기간 중에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제43조를 위반해 양도하는 경우만 제외했습니다. 법이 정한 자진말소 신청으로 등록이 말소된 뒤 파는 것은 이 위반 양도와 다르게 보는 것이 문언에 맞습니다.

다만 자진말소 뒤 양도를 직접 정한 조문은 없으므로, 말소 사유나 등록 시점이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

어떤 주택이 자진말소 대상이었나요?

2026. 10. 11. 기준 현행 「민간임대주택에 관한 특별법」은 2020. 8. 18. 개정 전 장기일반민간임대주택 중 아파트 매입임대와 단기민간임대주택에 대해 임대의무기간 안에도 등록 말소를 신청할 수 있게 했습니다. 신청 당시 임대차계약이 있으면 임차인의 동의가 있어야 합니다.

같은 유형의 주택은 임대의무기간이 끝나면 등록이 자동으로 말소됩니다. 자진말소와 자동말소는 근거 조항이 다르므로, 구청의 말소 통지서에 적힌 근거 조항을 확인해 두어야 합니다.

자진말소해도 거주요건 면제를 못 받는 경우는?

등록 기간 중 임대보증금이나 임대료를 연 5%를 넘게 올렸다면 자진말소와 상관없이 면제를 받기 어렵습니다. 개정 전 시행령은 이 경우를 거주요건 면제에서 빼고 있었습니다.

이 면제 규정은 2020. 2. 11. 개정으로 삭제됐으므로, 등록 신청일이 개정 시행령 부칙의 경과조치 범위에 드는지 먼저 확인해야 합니다. 범위 밖이라면 이 경로는 쓸 수 없습니다. 또 임대의무기간 중에 등록을 말소하지 않은 채 그냥 팔았다면 위반 양도에 해당할 수 있어 결론이 달라집니다.

• 등록 신청일 - 세무서와 구청 등록 신청일이 2020. 2. 11. 개정 시행령 부칙의 경과조치 범위에 들어야 합니다.
• 임대료 증액 - 등록 기간 중 연 5%를 넘는 증액이 없어야 합니다.
• 말소 근거 - 임대의무기간 내 자진말소 조항에 따른 말소여야 합니다.
• 양도일 현재 요건 - 1세대1주택이고 보유기간 2년 이상이어야 합니다.

말소 뒤 바로 팔지 않으면 문제가 되나요?

2020. 2. 11. 개정 전 시행령의 거주요건 면제 규정에는 말소 뒤 언제까지 팔아야 한다는 기한이 없었습니다. 다만 비과세 요건은 양도일 현재 1세대1주택인지로 판단하므로, 그사이 다른 주택을 취득하면 1주택 요건을 따로 따져야 합니다.

말소 뒤에도 임대를 계속한다면 등록 임대주택이 아니어도 임대차계약서와 보증금 변동 기록을 남겨 두는 편이 좋습니다. 상생임대주택 특례를 함께 검토할 수도 있는데, 이 특례는 2026. 10. 1.부터 임대기간 종료일부터 1년과 2029. 12. 31. 중 빠른 날까지 팔아야 합니다.

임대사업자 자진말소 주택 양도 대응 순서

• 등록·말소 이력 확인 - 임대사업자 등록증, 사업자등록증, 구청 말소 통지서로 신청일과 말소 근거 조항을 확인합니다.
• 임대료 증액 점검 - 등록 기간의 임대차계약서를 연도별로 놓고 연 5%를 넘게 올린 적이 있는지 계산합니다.
• 양도일 현재 요건 - 다른 주택 보유 여부와 보유기간 2년을 확인합니다.
• 예정신고 - 양도 후 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서를 내면서 등록·말소 서류를 근거로 적습니다.
• 사후 정정 - 과세로 신고했다면 5년 안에 경정청구를, 비과세가 배제돼 고지를 받으면 90일 안에 조세심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 자동말소와 자진말소가 섞여 있거나 증액 이력이 애매하면 등록 서류와 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 등록·말소에 따른 양도소득세 비과세 쟁점의 경정청구와 조세심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대의무기간이 끝나 자동말소된 경우는 어떻게 되나요?
  자동말소는 임대의무기간이 끝난 날 등록이 말소되는 것이어서 임대의무기간 중 위반 양도 문제가 생기지 않습니다. 다만 말소 뒤 임대료 증액 등 사정에 따라 판단이 달라질 수 있어 말소 통지서와 계약서를 함께 확인해야 합니다.
• 세입자 동의 없이 말소 신청을 했다면요?
  신청 당시 임대차계약이 있었다면 임차인의 동의가 자진말소의 요건입니다. 동의 없이 말소가 처리됐다면 말소의 근거와 효력이 다투어질 수 있으므로 구청 처리 서류를 먼저 확인해야 합니다.
• 등록 기간 중 보증금을 6% 올렸다면요?
  개정 전 시행령은 임대보증금이나 임대료의 연 증가율이 5%를 넘으면 거주요건 면제에서 제외했습니다. 전월세를 전환했다면 전환 기준으로 다시 계산해 실제 증가율이 5%를 넘었는지부터 확인해야 합니다.
• 구청에는 등록했는데 세무서 등록을 안 했다면요?
  개정 전 시행령은 세무서 사업자등록과 구청 임대사업자등록을 모두 하도록 정했으므로, 한쪽만 했다면 거주요건 면제를 받기 어렵습니다. 구청과 세무서의 등록 신청일을 각각 등록증으로 확인해야 합니다.
• 말소 뒤 다른 집을 샀다가 이 집을 팔면요?
  거주요건 면제와 별개로 양도일 현재 1세대1주택이어야 비과세가 됩니다. 다른 집을 산 상태라면 일시적 2주택 처분기한 등 다른 특례 요건을 따로 갖춰야 하므로 새 집 취득일부터 기한을 계산해 두어야 합니다.
• 이미 과세로 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  자진말소 주택인데 거주요건이 있다고 보고 과세로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 등록증, 말소 통지서, 등록 기간의 임대차계약서를 함께 제출합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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