법인세·소득세

제척기간 지난 해의 결손금이 과다 신고됐다면 이월공제를 줄여야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 부과제척기간이 지나 신고 내용대로 확정된 결손금은 귀속시기 착오로 과다 계상되었더라도 신고한 금액대로 이월결손금 공제를 받는다는 것이 국세청 해석입니다. 법인세법은 신고나 결정·경정으로 확정된 결손금만 이월공제 대상으로 삼기 때문입니다. 다만 오래된 결손금을 공제한 사업연도의 신고기한부터 1년 동안은 결손금 발생연도가 다시 경정될 수 있으니 당초 신고 자료를 보관해 두십시오.

과거 사업연도의 손금 귀속시기 오류를 뒤늦게 알았다고 해서 법인이 스스로 이월결손금을 다시 계산해 줄여 신고해야 하는 것은 아닙니다. 제척기간이 지나 확정된 결손금은 신고한 금액 그대로 공제하는 것이 국세청 해석입니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2025년 반기 결산과 중간예납을 준비하면서 이월결손금 잔액을 점검하다가, 2017사업연도에 신고한 세무상 결손금 약 92억원 가운데 약 42억원이 원래 2015·2016사업연도에 귀속되어야 할 매입할인 등이라는 사실을 알게 되었습니다. 2017사업연도 신고 때 이 금액을 손금불산입하고 앞선 연도의 결손금을 늘렸어야 했지만, 담당자가 이를 빠뜨려 전액이 2017사업연도 결손금으로 신고되어 있었습니다. 2017사업연도 법인세의 일반 부과제척기간은 이미 끝난 상태였습니다. 재무담당자는 남은 결손금을 줄여서 공제해야 하는지, 그대로 공제해도 되는지를 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

부과제척기간이 지난 사업연도의 결손금은 왜 고칠 수 없나요?

부과제척기간이 지나면 세무서는 그 사업연도의 과세표준과 세액을 더 이상 결정하거나 경정할 수 없어, 그 해 신고한 결손금도 신고 내용대로 확정됩니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」상 법인세의 일반 부과제척기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이고, 신고서를 내지 않았으면 7년, 부정행위가 있으면 10년입니다.

법인 쪽에서 고칠 길도 막혀 있습니다. 결손금을 실제보다 크게 신고한 경우의 수정신고는 부과제척기간이 끝나기 전까지만 할 수 있고, 반대로 앞선 연도의 결손금을 늘려 달라는 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 해야 합니다. 두 기간이 모두 지났다면 그 해의 결손금 숫자는 신고한 대로 굳어집니다.

국세청은 이 사례를 어떻게 해석했나요?

국세청은 손금 귀속시기를 잘못 적용해 결손금이 과다하게 계상되었더라도, 부과제척기간 경과로 경정하지 못해 신고 내용대로 확정된 결손금은 이후 사업연도에 이월결손금으로 공제한다고 회신했습니다(법규법인2012-218, 2012. 7. 19.). 법인이 스스로 결손금을 줄여 다시 계산할 필요가 없다는 결론입니다.

회신은 2009. 12. 31. 개정된 「법인세법」 제13조를 이유로 들었습니다. 그 전에는 제척기간이 지난 결손금도 늘리거나 줄일 수 있다는 기획재정부 해석이 있어 제척기간 제도가 무력해질 수 있었고, 개정법은 이월결손금으로 공제할 결손금을 신고나 결정·경정으로 확정된 것으로 한정했습니다. 이 회신은 손금 귀속시기 착오라는 사실관계를 전제로 한 것이므로, 매출 누락이나 가공 경비처럼 부정행위가 섞여 있으면 10년 제척기간이 적용되어 결론이 달라질 수 있습니다.

이월결손금으로 공제받을 수 있는 결손금은 무엇인가요?

현행 법인세법은 각 사업연도 개시일 전 15년 안에 개시한 사업연도에 생긴 결손금으로서, 신고하거나 결정·경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 이월공제를 허용합니다. 장부상 손실이 있어도 신고서에 결손금으로 잡히지 않았다면 뒤늦게 공제할 수 없습니다.

공제 한도도 있습니다. 일반법인은 각 사업연도 소득의 100분의 80까지만 이월결손금을 공제하고, 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100까지 공제합니다. 결손금 발생연도마다 공제할 수 있는 기간이 다를 수 있으므로 발생연도별 잔액표를 따로 관리해 두는 편이 안전합니다.

결손금을 공제한 해에는 발생연도 제척기간이 다시 열리나요?

네, 일반 부과제척기간이 끝난 뒤의 사업연도에 이월결손금을 공제하면 그 결손금이 생긴 사업연도의 부과제척기간은 공제한 사업연도의 법정신고기한부터 1년으로 정해집니다. 오래된 결손금을 공제할 때마다 세무서가 그 결손금의 존재와 금액을 다시 확인할 수 있는 기간이 생깁니다.

그래서 2012년 회신을 근거로 과다 계상된 결손금을 그대로 공제하더라도, 결손금 발생연도에 대한 경정 가능성까지 사라진다고 단정하기는 어렵습니다. 세무조사에서 결손금 금액이 다투어지면 귀속시기 착오의 경위, 부정행위가 없었다는 점, 당초 신고 자료를 정리해 두어야 합니다. 이 조항과 2012년 회신이 함께 적용되는 범위는 아직 사안별 판단이 필요한 부분입니다.

세무조사에서 과다 결손금이 문제 되면 어떻게 다투나요?

세무조사 결과 결손금이 줄어 법인세가 추가로 나온다는 통지를 받았다면, 고지 전에는 과세전적부심사를, 고지 후에는 심판청구 등 불복을 검토합니다. 과세전적부심사는 세무조사 결과 통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 청구합니다.

납부고지를 받은 뒤에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 하거나 국세청에 심사청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 다툼의 중심은 결손금 발생연도의 부과제척기간이 언제 끝났는지, 공제연도의 신고기한부터 1년 안에 경정이 이루어졌는지, 부정행위로 볼 사정이 있는지입니다.

이월결손금 오류 대응 순서

• 발생연도별 잔액표 작성 - 결손금이 생긴 사업연도, 금액, 이미 공제한 금액, 남은 금액을 연도별로 정리합니다. 귀속시기 착오가 있었던 금액은 따로 표시해 둡니다.
• 제척기간 계산 - 결손금 발생연도의 법정신고기한을 기준으로 5년이 지났는지 확인합니다. 부정행위나 무신고가 의심되는 사정이 있으면 7년·10년 기간도 함께 따져 봅니다.
• 수정신고·경정청구 가능 여부 확인 - 기간이 남아 있는 사업연도라면 과세표준수정신고서나 경정청구서로 바로잡을 수 있는지 검토합니다. 기간이 지났다면 신고 내용대로 공제합니다.
• 공제연도 신고와 자료 보관 - 오래된 결손금을 공제하는 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고서에 공제 내역을 정확히 적고, 당초 결산서와 세무조정계산서를 보관합니다. 공제연도 신고기한부터 1년 동안은 발생연도 경정이 가능하기 때문입니다.
• 조사 통지 시 불복 준비 - 결손금 감액 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 후에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결손금 오류의 원인과 금액, 제척기간 계산은 결산서와 세무조정계산서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 세무조사 대응과 경정청구, 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 결손금이 실제보다 적게 신고됐다면 늘릴 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안이라면 경정청구로 결손금을 늘려 달라고 할 수 있습니다. 5년이 지나면 그 해 결손금은 신고한 대로 확정되어 늘릴 수 없고, 이후 사업연도에서 공제할 수 있는 금액도 신고 금액을 넘지 못합니다.
• 과다 신고한 결손금을 수정신고로 줄일 수 있나요?
  부과제척기간이 끝나기 전이라면 결손금액이 세법상 금액을 넘는 경우 과세표준수정신고서를 낼 수 있습니다. 세무서가 결정·경정해 통지하기 전이어야 하고, 기간이 지난 뒤에는 수정신고 대상이 아닙니다.
• 이월결손금은 몇 년 동안 공제할 수 있나요?
  현행 법인세법은 각 사업연도 개시일 전 15년 안에 개시한 사업연도에 생긴 결손금을 공제 대상으로 정합니다. 결손금 발생 시점에 따라 적용 기간이 다를 수 있으므로 발생연도별로 확인하는 것이 안전합니다.
• 이월결손금을 소득 전액에서 공제받을 수 있나요?
  일반법인은 각 사업연도 소득의 100분의 80까지만 공제할 수 있습니다. 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인은 100분의 100까지 공제합니다. 한도를 넘는 금액은 다음 사업연도로 넘어갑니다.
• 부정행위가 있었다면 제척기간은 어떻게 되나요?
  사기나 그 밖의 부정한 행위로 법인세를 포탈하거나 환급·공제를 받았다면 부과제척기간은 10년입니다. 단순한 귀속시기 착오는 부정행위로 보지 않는 것이 일반적이지만, 매출 누락이나 가공 경비가 함께 있으면 판단이 달라질 수 있습니다.
• 오래된 결손금을 공제하면 세무서가 다시 볼 수 있나요?
  네. 일반 제척기간이 끝난 뒤의 사업연도에 이월결손금을 공제하면, 그 결손금이 생긴 사업연도의 부과제척기간은 공제한 사업연도의 법정신고기한부터 1년이 됩니다. 이 기간에는 결손금 발생연도도 경정 대상이 될 수 있습니다.
• 결손금 감액 통지를 받으면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 납부고지를 받은 뒤에는 90일 안에 심판청구나 심사청구를 해야 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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