법인세·소득세

정부 연구과제 주관기관이 받은 정부출연금에도 계산서를 발급해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 연구주관기관이 전담기관으로부터 대가 없이 연구개발 사업비로 받는 정부출연금은 용역의 공급 대가가 아니어서 계산서 발급 대상이 아닙니다. 국세청은 연구에 실패해도 환수되지 않고 성과물이 연구기관에 귀속되는 협약 구조에서 이렇게 회신했습니다. 지금은 협약서의 환수 조건과 성과물 소유 조항부터 확인하십시오.

출연금을 받을 때마다 계산서를 끊어야 한다고 생각해 전담기관에 발급했다가 수정발급을 고민하는 경우가 있습니다. 대가 없이 받는 출연금이라면 계산서를 발급하지 않아도 되고, 대신 입금 사실을 금융기관 자료로 남겨 두면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

연구개발 전문 법인인 A법인은 2024년 3월 정부 산업기술개발사업의 연구주관기관으로 선정되어 전담기관과 3년짜리 연구협약을 맺었습니다. 전담기관은 해마다 약 6억원의 정부출연금을 연구비로 지급했고, 협약서에는 연구에 실패해도 환수하지 않으며 연구성과물은 A법인이 소유한다는 조항이 있었습니다. 2026년 법인세 신고를 준비하던 A법인 담당자는 첫해에 출연금 금액으로 계산서를 발급한 사실을 알고, 계산서를 계속 발급해야 하는지와 발급하지 않으면 가산세가 나오는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

정부출연금을 받으면 계산서를 발급해야 하나요?

연구주관기관이 전담기관으로부터 대가 없이 연구개발 사업비로 받는 정부출연금은 재화나 용역의 공급 대가가 아니므로 계산서 발급 대상이 아닙니다. 법인세법은 법인이 재화나 용역을 공급할 때 계산서를 발급하도록 정하고 있어, 공급이 없는 돈에는 발급 의무가 생기지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」 제121조 제1항은 법인이 재화나 용역을 공급하면 계산서나 영수증을 작성해 공급받는 자에게 발급하도록 정합니다. 출연금이 전담기관에 연구용역을 제공한 대가라면 공급이 있는 것이고, 연구 수행을 돕기 위해 대가 없이 주는 돈이라면 공급이 없는 것입니다.

부가가치세도 같은 구조입니다. 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 포함하지 않습니다. 따라서 대가성 없는 출연금에는 세금계산서도 발급하지 않습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 내국법인이 산업기술개발사업의 연구주관기관으로 선정되어 연구전담기관으로부터 정부출연금을 사업비로 대가 없이 받는 경우 그 출연금은 법인세법 제121조 제1항의 계산서 발급 대상이 아니라고 회신했습니다(사전-2018-법령해석법인-0572, 2018. 12. 26.). 받은 사실은 금융기관 입출금증명서 같은 객관적 자료로 장부에 기장하라고 덧붙였습니다.

판단의 근거는 협약 내용이었습니다. 출연금은 연구 수행이 극히 불량하거나 목적 외로 쓴 경우에만 환수되고 연구에 실패해도 환수되지 않았으며, 지식재산권과 보고서 같은 성과물은 연구를 수행한 기관이 단독으로 소유했습니다. 이런 구조라면 출연금은 국고보조금일 뿐 연구용역의 대가가 아니라고 본 것입니다.

회신은 질의한 협약 내용을 전제로 한 해석입니다. 성과물이 전담기관이나 정부에 귀속되거나, 출연금이 특정 결과물 납품의 대가로 정해져 있다면 용역 공급으로 보아 계산서나 세금계산서 발급 대상이 될 수 있습니다.

출연금이 용역 대가로 바뀌는 경우는 언제인가요?

출연금을 주는 쪽이 연구 결과물을 넘겨받거나 그 결과물 사용에 대한 대가로 돈을 지급하면 용역 공급으로 볼 가능성이 커집니다. 이름이 출연금이어도 실제 거래 구조가 용역 계약이면 계산서 발급 의무가 생깁니다.

• 성과물 귀속 - 지식재산권이 지급기관에 귀속되면 대가성이 있다고 볼 여지가 큽니다.
• 환수 조건 - 연구 실패만으로 전액을 돌려줘야 한다면 결과물에 대한 대가로 볼 수 있습니다.
• 납품 의무 - 특정 시제품이나 보고서를 납품해야 지급되는 구조인지 확인합니다.
• 지급 기준 - 연구비 집행 실적이 아니라 계약금액으로 지급되는지 봅니다.

용역의 대가인데 계산서를 발급하지 않았다면 공급가액의 100분의 2에 해당하는 가산세가 붙을 수 있고, 이 가산세는 산출세액이 없어도 적용됩니다. 반대로 공급이 없는데 계산서를 발급했다면 그 자체가 가산세 대상이 될 수 있으므로, 이미 발급한 계산서는 협약 구조를 확인해 정리해야 합니다.

계산서를 발급하지 않으면 장부에는 어떻게 남기나요?

계산서를 발급하지 않는 출연금도 법인의 소득에는 들어가므로, 입금 사실을 금융기관 입출금증명서와 협약서로 증빙하고 장부에 따로 기장해야 합니다. 법인세법은 납세의무가 있는 법인에게 복식부기로 장부를 기장하고 중요한 증명서류를 보관하도록 정합니다.

대가 없이 받은 출연금은 무상으로 받은 자산의 가액으로서 익금에 들어갑니다. 다만 연구개발 목적의 출연금을 2026. 12. 31.까지 받아 구분경리하면 받은 해에 익금에 넣지 않고, 실제로 연구개발비를 지출하는 해에 그 금액만큼 익금에 넣을 수 있습니다. 목적 외로 쓰거나 쓰기 전에 폐업·해산하면 남은 금액을 그때 익금에 넣습니다.

정부출연금 계산서 대응 순서

• 협약서 대조 - 환수 조건, 성과물 소유, 납품 의무 조항을 표시합니다. 대가성 판단의 출발점입니다.
• 발급 내역 정리 - 이미 발급한 계산서가 있다면 날짜와 금액을 목록으로 만듭니다. 공급이 없는 거래라면 수정 여부를 검토합니다.
• 증빙 보관 - 출연금 입금 내역은 금융기관 입출금증명서로 남기고 연구비 계정을 따로 둡니다. 세무조사에서 출연금 성격을 설명할 때 쓰는 자료입니다.
• 익금 시기 결정 - 연구개발출연금 과세특례를 적용할지 정하고, 적용하면 법인세 신고 때 연구개발출연금등 익금불산입명세서를 냅니다.
• 경정청구·불복 - 가산세나 법인세를 잘못 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 「과세표준 및 세액의 경정청구서」로 바로잡고, 고지를 받았다면 90일 안에 「조세심판청구서」를 냅니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 협약서마다 성과물 귀속과 환수 조건이 달라 협약서 원문과 지급 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분 취소소송과 가산세 불복, 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 정부출연금에 세금계산서도 발급하지 않나요?
  대가 없이 받는 출연금이라면 세금계산서도 발급하지 않습니다. 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세 공급가액에 포함하지 않기 때문입니다. 용역 대가 성격이 있으면 결론이 달라집니다.
• 이미 출연금에 계산서를 발급했다면 어떻게 하나요?
  공급이 없는 거래에 발급한 계산서는 가산세 대상이 될 수 있으므로 협약 구조를 먼저 확인해야 합니다. 대가성이 없다면 발급 내역을 정리하고, 그 계산서로 신고가 잘못됐다면 경정청구로 바로잡는 방법을 검토합니다.
• 출연금은 법인세 익금에 들어가나요?
  네. 대가 없이 받은 출연금은 무상으로 받은 자산의 가액으로 익금에 들어갑니다. 다만 연구개발 목적 출연금을 구분경리하면 받은 해가 아니라 연구개발비를 쓰는 해에 익금에 넣을 수 있습니다.
• 연구개발출연금 과세특례는 언제까지 받은 돈에 적용되나요?
  현행 조문은 2026. 12. 31.까지 국가, 지방자치단체, 공공기관 등으로부터 연구개발 목적으로 받은 출연금에 적용합니다. 구분경리를 해야 하고, 목적 외로 쓰면 남은 금액을 그 해에 익금에 넣습니다.
• 성과물을 정부가 가져가면 계산서를 발급하나요?
  성과물이 지급기관에 귀속되고 그 대가로 돈을 받는 구조라면 연구용역의 공급으로 볼 여지가 커져 계산서나 세금계산서 발급 대상이 될 수 있습니다. 협약서의 귀속 조항과 지급 조건을 함께 보고 판단합니다.
• 계산서 미발급 가산세는 얼마인가요?
  용역을 공급하고 발급시기에 계산서를 발급하지 않으면 공급가액의 100분의 2가 가산세입니다. 사업연도 말의 다음 달 25일까지 늦게 발급하면 100분의 1로 줄고, 산출세액이 없어도 적용됩니다.
• 출연금 증빙은 무엇으로 남기나요?
  계산서 대신 금융기관 입출금증명서와 연구협약서로 입금 사실을 증빙하고, 연구비 계정을 따로 두어 장부에 기장합니다. 법인은 복식부기 장부와 중요한 증명서류를 보관할 의무가 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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