감면·공제

해외 비영리재단 지원금으로 쓴 연구비도 연구개발비 세액공제를 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 외국 비영리기구 지원금으로 보전한 연구개발비도 별표 6의 연구·인력개발 비용이면 세액공제 대상입니다. 시행령이 공제에서 빼는 것은 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업 출연금과 연구개발출연금등뿐입니다. 지금은 지원금을 준 곳의 법적 성격과 경정청구 기한부터 확인하십시오.

지원금을 받았다는 이유만으로 연구비 전체를 공제 대상에서 미리 빼 둘 필요는 없습니다. 돈을 준 곳이 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업인지, 연구개발출연금인지부터 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

바이오 의약품을 개발하는 B법인은 2023년부터 2025년까지 해외 비영리 보건재단과 지원 계약을 맺고 백신 후보물질 연구비 일부를 사후 정산 방식으로 보전받았습니다. 재단은 연구비가 계약대로 쓰였는지 확인한 뒤 돈을 보냈고, B법인은 받은 돈을 선수금으로 따로 관리하다가 승인된 비용만큼 차감했습니다. 신고 당시에는 남의 돈으로 쓴 연구비라 공제가 안 된다고 보고 세액공제를 신청하지 않았습니다. 2026년에 이 연구비도 공제 대상이 되는지, 지금이라도 돌려받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

해외 비영리기구 지원금으로 쓴 연구비도 세액공제를 받나요?

네, 외국 비영리기구에서 받은 지원금으로 보전한 연구개발비도 세법이 정한 연구·인력개발 비용에 해당하면 세액공제를 받을 수 있습니다. 시행령은 연구·인력개발비를 별표 6의 비용으로 정하면서 제외 대상을 두 가지로 한정합니다. 하나는 「조세특례제한법」 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 받아 지출한 금액이고, 다른 하나는 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업에서 출연금 등을 받아 지출한 금액입니다. 외국 민간 비영리기구는 어느 쪽에도 들어 있지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제1항도 이 두 가지만 제외하고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 내국법인이 외국 비영리기구에서 받은 지원금으로 보전한 연구개발비가 별표 6의 비용에 해당하면 연구·인력개발비 세액공제가 적용된다고 회신했습니다(기준-2025-법규법인-0041, 2025. 7. 28.). 질의 법인은 백신 연구를 하며 해외 감염병 대응 연합체에서 연구비를 사후 보전받았고, 그 금액에 대해 세액공제를 구하는 경정청구를 했습니다. 처분청은 「지출한 금액」은 기업이 자기 돈으로 부담한 비용만 뜻한다고 보았습니다.

국세청은 그렇게 읽을 근거가 없다고 판단했습니다. 법이 공제 대상을 정한 뒤 단서로 국가 등에서 받은 출연금을 따로 빼고 있는데, 자기 부담분만 공제된다면 그 단서를 둘 이유가 없다는 것입니다. 국가 출연금 배제는 보조금과 세제지원이 겹치는 것을 막으려는 취지라서 민간 지원금까지 막을 이유는 없다고 보았습니다. 회신은 국외특수관계자로부터 무상으로 받은 원재료의 비용도 민간으로부터의 무상취득을 배제하는 규정이 없으므로 공제 대상이라고 본 조세심판원 결정(조심-2021-전-1124, 2021. 10. 27.)도 함께 들었습니다.

이 회신은 질의 법인의 지원 계약과 회계처리를 전제로 한 해석입니다. 지원 주체가 외국 정부기관이거나 국내 공공기관을 거쳐 들어온 돈이라면 결론이 달라질 수 있습니다.

세액공제에서 빠지는 연구비는 어떤 것인가요?

연구비를 댄 곳이 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업이거나, 연구개발출연금등을 받아 쓴 경우에만 그 금액이 공제에서 빠집니다. 민간 기업이나 외국 민간 재단의 지원금, 회사 자기 자금으로 쓴 연구비는 별표 6 비용이면 공제 대상입니다. 연구비가 여러 재원에서 섞여 들어왔다면 재원별로 금액을 나눠 두어야 합니다. 신성장·원천기술이나 국가전략기술 연구개발비로 공제받으려면 일반 연구·인력개발비와 구분경리도 해야 합니다.

이미 신고를 끝냈다면 어떻게 공제를 받나요?

신고 때 공제를 신청하지 않았더라도 법정신고기한부터 5년 안이면 경정청구로 공제를 구할 수 있습니다. 경정청구서에는 세액공제신청서와 연구및인력개발비명세서, 연구개발계획서·보고서·연구노트 같은 증거서류를 붙입니다. 세무서가 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려 주지 않거나 거부하면, 그때부터 90일 안에 심판청구 등으로 다툴 수 있습니다. 지원 계약서와 재단의 정산 승인 문서는 별표 6 비용인지를 보여 주는 자료가 됩니다.

연구개발비 세액공제 경정청구 대응 순서

• 재원 확인 - 지원금을 준 곳이 국가·공공기관인지, 외국 민간 비영리기구인지 계약서와 정관으로 확인합니다. 국내 공공기관을 거쳐 받은 돈이면 출연금 배제 대상인지 따로 봅니다.
• 비용 분류 - 지원금으로 보전받은 비용이 인건비·재료비·위탁연구비 등 별표 6 항목에 들어가는지 나눕니다. 별표 6에 없는 비용은 지원금 여부와 관계없이 공제되지 않습니다.
• 기한 계산 - 사업연도별 법정신고기한을 적고 5년이 끝나는 날을 계산합니다. 가장 오래된 연도부터 경정청구서를 냅니다.
• 증빙 정리 - 연구개발계획서, 연구노트, 지원 계약서, 재단의 정산 승인서, 선수금 차감 내역을 한 묶음으로 만듭니다. 사전심사 제도를 이용할 수 있는지도 봅니다.
• 거부 시 불복 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 기각되면 행정소송으로 갑니다. 이의신청은 거칠지 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지원 주체의 법적 성격과 계약상 정산 방식에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 지원 계약서와 회계 처리 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구 거부처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국 정부기관에서 받은 연구비도 공제되나요?
  시행령이 공제에서 빼는 것은 국가·지방자치단체·공공기관·지방공기업에서 받은 출연금과 연구개발출연금등입니다. 외국 정부기관 지원금이 여기에 해당하는지는 회신이 직접 다루지 않았습니다. 지원 주체의 법적 성격과 국내 공공기관을 거쳤는지를 계약서로 확인한 뒤 판단해야 합니다.
• 국내 대기업에서 받은 연구 지원금은 어떤가요?
  민간 기업에서 받은 지원금으로 지출한 연구비도 제외 목록에 없으므로 별표 6의 비용이면 공제 대상이 될 수 있습니다. 다만 위탁연구로 받은 용역대가라면 그 연구비는 위탁한 쪽의 비용이 될 수 있으므로, 계약이 지원인지 용역인지부터 구분해야 합니다.
• 정부 과제 협약금으로 쓴 연구비는 공제되나요?
  국가나 공공기관에서 연구개발 목적의 출연금 등을 받아 연구개발비나 인력개발비로 쓴 금액은 공제 대상에서 빠집니다. 같은 과제에 회사가 자기 부담금을 따로 냈다면 그 부담분은 별표 6 비용인 범위에서 공제를 검토할 수 있으므로 재원별로 나눠 관리해야 합니다.
• 신고 때 빠뜨린 공제는 언제까지 청구하나요?
  법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 12월 결산 법인이라면 사업연도 다음 해 3월 말 신고기한에서 5년을 셉니다. 여러 해가 걸려 있으면 가장 오래된 사업연도의 기한이 먼저 끝나므로 그 연도부터 청구서를 내야 합니다.
• 경정청구에 세무서가 답하지 않으면요?
  세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 2개월이 지나도 통지가 없으면 그 다음 날부터 심판청구 등 불복을 할 수 있습니다. 거부 통지를 받았다면 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 하므로 통지서 수령일을 기록해 두어야 합니다.
• 공제를 받으려면 어떤 증빙이 있어야 하나요?
  연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트 같은 증거서류를 작성해 보관해야 하고, 신고 때 세액공제신청서와 연구및인력개발비명세서를 내야 합니다. 지원금으로 보전한 비용이라면 지원 계약서와 정산 승인 문서, 선수금 차감 내역을 함께 갖춰 두는 것이 좋습니다.
• 공제 대상인지 미리 확인받을 방법이 있나요?
  연구·인력개발비 세액공제를 받으려는 내국인은 신고 전에 지출한 비용이 연구·인력개발비에 해당하는지 국세청장에게 미리 심사해 달라고 요청할 수 있습니다. 지원 계약 구조가 복잡하다면 이 사전심사나 사전답변을 이용해 판단을 받아 두면 나중에 분쟁을 줄일 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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