감면·공제
농공단지에 새로 지은 공장을 빌려 입주해도 법인세 감면을 받나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신
네, 농공단지 부지를 적법하게 빌리고 새로 지은 공장 건물을 처음 임차해 자기 설비로 사업을 하면 농공단지 입주기업 세액감면을 받을 수 있습니다. 법은 공장을 직접 신축하라는 요건을 두지 않습니다. 지금은 공장 건물의 준공일과 최초 임차일, 감면을 빠뜨린 연도의 경정청구 기한부터 확인하십시오.
신고 때 농공단지 감면을 신청하지 않았다면 사업연도마다 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구로 감면을 구할 수 있습니다. 감면기간 5년 가운데 앞선 연도의 청구 기한이 먼저 끝납니다.
공장 건물을 직접 짓지 않았다고 감면을 미리 포기할 필요는 없습니다. 법이 요구하는 것은 시행령이 정한 농공단지에 입주해 농어촌소득원개발사업을 하는 것이고, 건물을 자기 소유로 신축하라는 요건은 없습니다.
이런 상담이 많습니다
반도체 소재를 만드는 H법인은 2023년 농공단지에 입주했습니다. 부지는 지방자치단체에서 빌렸고, 공장 건물은 H법인의 사업을 위해 모회사가 새로 지은 것을 처음으로 임차했으며, 생산설비는 H법인이 직접 사서 설치했습니다. 공장을 빌려 쓰는 기업은 감면이 안 된다는 말을 듣고 2023년부터 2025년까지 감면을 신청하지 않았습니다. 2026년에 지금이라도 감면을 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
새로 지은 공장을 빌려 입주해도 농공단지 감면을 받나요?
네, 농공단지 부지를 적법하게 임차하고 자기 사업을 위해 새로 지은 공장 건물을 처음으로 임차한 뒤 자기 소유 제조설비를 갖춰 사업을 한다면 농공단지 입주기업 세액감면을 받을 수 있습니다. 법은 농공단지라는 지역 요건과 그곳에서 농어촌소득원개발사업을 할 것만 정하고 있을 뿐, 공장 건물을 직접 신축하라는 요건을 두지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」 제64조는 2028. 12. 31.까지 입주한 기업에 이 감면을 적용합니다.
국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?
국세청은 농공단지 안의 토지를 적법하게 임차하고, 해당 법인의 사업을 위해 모법인이 그 농공단지에 새로 지은 건물을 처음 임차한 뒤 자기 소유 제조시설을 갖춰 한 사업의 소득은 농공단지 감면을 받을 수 있다고 회신했습니다(기준-2024-법규법인-0127, 2024. 12. 24.). 질의 법인은 반도체 제조용 고순도 인산을 만드는 회사로, 당초 감면을 신청하지 않았다가 2018~2021 사업연도분 감면을 경정청구했습니다.
국세청은 문언상 자기 소유 공장 신축이 요건이 아니고, 감면 취지가 농어촌 지역에 산업을 유치해 일자리를 만드는 데 있으므로 새 공장을 빌려 설비를 갖춘 경우에도 그 효과가 생긴다고 보았습니다. 공장 건물은 질의 법인이 입주하기 때문에 비로소 지어진 것이라는 점도 들었습니다. 회신 요지에도 기존 공장을 매입하는 것이 아니므로 감면 대상으로 본다고 적었습니다.
이 회신은 신축 건물을 최초로 임차한 사실관계를 전제로 합니다. 다른 기업이 쓰던 기존 공장을 사들이거나 이어서 빌린 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.
감면은 얼마나, 언제까지 받나요?
감면대상사업에서 처음 소득이 생긴 과세연도 개시일부터 5년 안에 끝나는 과세연도까지 법인세의 50%를 감면합니다. 사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 없으면 그 과세연도부터 셉니다. 감면 총액에는 한도가 있어, 투자누계액의 50%와 해당 연도 상시근로자 수에 1천5백만원(청년·서비스업 상시근로자는 2천만원)을 곱한 금액을 더한 금액까지만 감면됩니다.
| 항목 | 내용 |
|---|---|
| 입주기한 | 2028. 12. 31.까지 입주 |
| 감면율 | 법인세의 50% |
| 감면기간 | 첫 소득 과세연도부터 5년 |
| 한도 1 | 투자누계액의 50% |
| 한도 2 | 상시근로자 수 × 1천5백만원(청년·서비스업 2천만원) |
출처 - 조세특례제한법 제64조 제1항부터 제3항까지
감면받은 뒤 다시 내야 하는 경우는 언제인가요?
감면받은 뒤 감면대상 사업장을 폐업하거나 법인이 해산한 경우, 사업장을 농공단지 밖으로 옮긴 경우에는 그 사유가 생긴 과세연도 신고 때 감면세액을 이자상당가산액과 함께 냅니다. 상시근로자 수 한도를 적용받아 감면받은 뒤 2년 안에 상시근로자가 줄어도 감면세액 상당액을 냅니다.
농공단지 입주기업 감면 대응 순서
- 입주 경위 정리 - 부지 임대차계약, 공장 건물 준공일과 최초 임차일, 설비 구매 내역을 날짜순으로 정리합니다. 신축 건물을 처음 빌렸는지가 판단의 중심입니다.
- 농공단지 요건 확인 - 입주한 단지가 시행령이 정한 농공단지인지 입주계약서와 관리기관 확인서로 확인합니다.
- 감면기간 계산 - 처음 소득이 생긴 과세연도를 정하고 5년 감면기간과 연도별 한도를 계산합니다.
- 경정청구 - 감면을 빠뜨린 연도마다 법정신고기한부터 5년 안에 세액감면신청서를 붙여 경정청구합니다.
- 거부 시 불복 - 임차 공장이라는 이유로 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.
여기까지는 일반 기준이고, 공장 건물이 신축 직후 최초 임차인지, 다른 기업이 쓰던 건물인지에 따라 결론이 달라질 수 있으므로 건축물대장과 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구 거부처분과 감면 배제 처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.
실무상 착안점
공장을 빌려 쓰는 기업은 농공단지 감면이 안 된다고 여겨 신청조차 하지 않는 경우가 많습니다. 하지만 법이 묻는 것은 농공단지에 들어와 사업을 하는지이고, 건물 소유는 묻지 않습니다. 새로 지은 공장을 처음 빌렸다면 감면 대상이 될 수 있습니다.
판단은 날짜로 갈립니다. 공장 건물의 사용승인일, 최초 임대차계약일, 설비 설치일, 사업개시일이 서로 어떻게 놓이는지가 신축 건물의 최초 임차인지 기존 공장의 승계인지를 정합니다. 건축물대장과 임대차계약서, 설비 구매 계약서를 함께 보관해야 합니다.
이 기록은 경정청구가 거부된 뒤 심판청구와 소송에서 그대로 증거가 됩니다. 과세관청이 기존 공장 임차라고 보면, 건물이 입주를 위해 지어졌고 처음 쓴 기업이 자신이라는 점을 날짜순 서류로 보여 줘야 다툴 여지가 생깁니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 법인세 경정거부처분 취소소송과 조세불복을 수행해 왔으며, 농공단지 감면 배제 사안은 공장 건물의 준공·임차 기록과 설비 투자 내역을 날짜순으로 정리해 대응합니다.
- 법인세 경정거부처분 취소소송
- 법인세 부과처분 취소소송
- 과세처분 고지 후 조세불복 병행
- 후발적 경정청구 및 관련 민사 조정
이 상황에서 자주 묻는 것
법무법인 윤성 × Lexle
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법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요
비슷한 상황
출처
- 조세특례제한법 제64조 제1항 제1호·제2항·제3항·제4항·제5항·제7항
- 국세기본법 제45조의2 제1항
- 국세청 기준-2024-법규법인-0127(2024. 12. 24.)
- 국세기본법 제68조 제1항
2026.10.07 기준으로 조문을 확인했습니다.
이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지