불복·환급

전산 입력 실수로 다른 사업장 매출로 신고했는데 과소신고가산세를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

원칙적으로 내야 합니다, 전산시스템 입력 오류로 한 사업장의 매출을 다른 사업장 매출로 잘못 신고했다면 주의로 막을 수 있었던 실수여서 가산세를 면할 정당한 사유로 보기 어렵습니다. 국세기본법 제48조 제1항 제2호는 의무 불이행에 정당한 사유가 있을 때만 가산세를 부과하지 않고, 대법원 2010두16622 판결은 가산세에서 고의·과실은 고려하지 않되 의무를 게을리한 것을 탓할 수 없는 사정이 있어야 면제된다고 보았습니다. 지금은 오류를 발견한 날과 수정신고 가능 여부부터 확인하십시오.

전산 담당자의 경위서만으로 가산세 전액 면제를 기대하고 기다릴 필요는 없습니다. 면제보다 감면을 먼저 챙기는 편이 현실적입니다.

이런 상담이 많습니다

U주식회사 회계 담당자는 2025년 1월 2024년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서, 전산시스템 설정 오류로 본사 사업장 매출 일부를 지점 사업장 매출로 입력했습니다. 그 결과 본사 사업장의 과세표준은 적게, 지점 사업장은 많게 신고됐습니다. 2025년 가을 세무서는 본사 사업장에 과소신고가산세를 부과했고, 회사는 회사 전체로 보면 낸 세금이 같은데 단순 전산 오류까지 가산세를 물리는 것은 지나치다며 다툴 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

가산세는 실수여도 부과되나요?

부과됩니다. 가산세는 납세자가 정당한 이유 없이 신고·납부 같은 세법상 의무를 어긴 경우 부과하는 행정상 제재이고, 납세자의 고의나 과실은 따지지 않습니다. 다만 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었거나 이행을 기대하기 어려운 사정처럼 정당한 사유가 있으면 부과하지 않습니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」 제48조 제1항 제2호가 이 예외를 정합니다.

대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결은 이 사례와 같은 부가가치세 신고 불성실 가산세 사건에서, 의무를 게을리한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아니면 가산세를 부과해야 한다는 기준을 확인했습니다. 주의를 기울였다면 막을 수 있었던 전산 오류는 정당한 사유로 보기 어렵습니다.

회사 전체 세금이 같아도 가산세가 붙나요?

붙을 수 있습니다. 부가가치세는 원칙적으로 사업장마다 신고·납부하므로, 한 사업장의 과세표준을 적게 신고했다면 다른 사업장에 많이 신고한 금액과 서로 상계되지 않고 그 사업장에 과소신고가산세가 붙습니다. 부정행위가 없는 과소신고의 가산세는 과소신고납부세액의 100분의 10입니다.

정당한 사유로 인정될 수 있는 경우는요?

과세관청의 잘못된 안내를 따랐거나, 법령 해석이 엇갈려 납세자가 의무를 알기 어려웠던 경우, 천재지변이나 국세정보통신망 장애처럼 납세자가 통제할 수 없는 사정이 있었던 경우가 대표적입니다. 회사 내부 전산 설정이나 담당자 입력 실수는 회사가 관리할 수 있는 영역이어서 인정되기 어렵습니다.

가산세를 줄일 방법은 없나요?

수정신고로 줄일 수 있습니다. 법정신고기한까지 신고한 사람이 과세관청의 경정을 미리 알기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 감면받습니다. 1개월 이내 100분의 90, 3개월 이내 100분의 75, 6개월 이내 100분의 50, 1년 이내 100분의 30, 1년 6개월 이내 100분의 20, 2년 이내 100분의 10입니다.

전산 오류 가산세 대응 순서

• 오류 범위 확인 - 어느 사업장의 어느 과세기간이 얼마나 과소신고됐는지 계산합니다. 가산세 기준 금액이 됩니다.
• 수정신고 검토 - 세무서의 경정 전이라면 곧바로 수정신고합니다. 빠를수록 감면 비율이 큽니다.
• 다른 사업장 환급 - 과다신고된 사업장은 경정청구로 환급을 요청합니다. 기한은 법정신고기한부터 5년입니다.
• 정당한 사유 자료 - 시스템 공급사의 오류 통지나 과세관청의 안내 자료가 있으면 모읍니다. 면제 주장의 근거가 됩니다.
• 불복 제기 - 가산세 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사업자단위과세나 주사업장 총괄납부를 신청했는지, 오류가 외부 전산 공급사의 잘못인지에 따라 판단이 달라지므로 신고서와 시스템 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 가산세 불복과 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 실수였다는 사정은 고려되지 않나요?
  가산세에서는 고의나 과실을 고려하지 않습니다. 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결은 가산세를 의무 위반에 대한 행정상 제재로 보고, 의무를 게을리한 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있을 때만 면제된다고 했습니다. 실수라는 사정만으로는 면제 사유가 되지 않습니다.
• 과소신고가산세는 얼마인가요?
  부정행위가 없는 과소신고는 과소신고납부세액의 100분의 10입니다. 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호의 기준이고, 이중장부나 거짓 증빙 같은 부정행위가 있으면 100분의 40으로 올라갑니다. 여기에 납부지연가산세가 따로 더해지므로 고지서 항목을 나눠 확인해야 합니다.
• 수정신고하면 얼마나 줄어드나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 경정을 알기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 감면합니다. 국세기본법 제48조 제2항 제1호에 따라 1개월 이내 100분의 90, 3개월 이내 100분의 75, 6개월 이내 100분의 50, 1년 이내 100분의 30, 2년 이내까지 단계적으로 줄어듭니다.
• 세무조사 통지를 받은 뒤 수정신고해도 되나요?
  할 수는 있지만 감면을 받기 어렵습니다. 국세기본법 제48조 제2항 제1호는 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우를 감면에서 뺍니다. 조사 통지 전에 스스로 오류를 발견해 수정신고했다는 날짜 기록이 중요한 이유입니다.
• 다른 사업장에 더 낸 세금은요?
  과다신고된 사업장은 경정청구로 돌려받습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 관할 세무서장에게 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있습니다. 한 사업장의 과소신고가산세와 다른 사업장의 환급은 따로 처리되므로 두 절차를 함께 진행해야 합니다.
• 어떤 경우 정당한 사유가 인정되나요?
  과세관청의 잘못된 안내를 따른 경우, 법령 해석에 다툼이 있어 의무를 알기 어려웠던 경우, 국세정보통신망 장애 같은 외부 사정이 있었던 경우가 대표적입니다. 국세기본법 제48조 제1항 제2호의 정당한 사유는 납세자가 의무를 이행하지 못한 것을 탓할 수 없는 사정을 말하므로, 회사 내부의 입력 오류는 인정되기 어렵습니다.

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