취득세·보유세

조정대상지역에서 해제되면 등록 임대주택 종부세 합산배제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 조정대상지역 해제 공고가 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 과세기준일부터는 취득 당시 조정대상지역이었던 장기일반민간임대주택도 다른 요건을 갖추면 종합부동산세 합산배제를 받을 수 있습니다. 국세청은 2023년 3월 2일 회신에서 제외 규정은 과세기준일 현재 조정대상지역에 있는 주택에 적용된다고 보았습니다. 지금은 해제 공고일과 다음 6월 1일 과세기준일, 주택이 아파트인지부터 확인해 두십시오.

취득 당시 조정대상지역이었다는 사실만으로 합산배제를 영영 포기할 필요는 없습니다. 제외 규정은 과세기준일 현재 조정대상지역에 있는 주택에 적용되므로, 해제된 뒤의 과세기준일부터는 다른 요건만 갖추면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 아파트 한 채를 가진 상태에서 2021년 조정대상지역에 있는 도시형 생활주택 두 채와 주거용 오피스텔 한 채를 더 샀습니다. 취득 당시 조정대상지역이라 장기일반민간임대주택으로 등록해도 종합부동산세 합산배제를 받을 수 없다는 말을 듣고 등록을 미뤘는데, 2024년 하반기 그 지역이 조정대상지역에서 해제되었습니다. A씨는 2025년 초 세 채를 모두 장기일반민간임대주택으로 등록하고 세무서 사업자등록을 한 뒤 임대를 시작했고, 2025년 6월 1일 과세기준일부터 합산배제를 신고할 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 조정대상지역 해제 후 임대주택 합산배제를 어떻게 해석했나요?

조정대상지역 지정 해제 공고가 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터는 합산배제 제외 규정이 적용되지 않고, 시행령 제3조 제1항 본문과 제8호의 요건을 갖추면 합산배제를 받을 수 있다고 보았습니다. 국세청은 2023년 3월 2일 서면질의 회신(서면-2022-부동산-5052)에서, 1주택 이상을 가진 사람이 2018년 9월 14일 이후 취득 당시 조정대상지역에 있던 도시형 생활주택과 오피스텔을 보유하다가 그 지역이 해제된 뒤 장기일반민간임대주택으로 등록해 다음 과세기준일부터 합산배제를 받으려는 사안에 대해 이렇게 답했습니다. 제외 규정이 1주택 이상 보유 세대의 세대원이 새로 취득한 주택으로서 과세기준일 현재 조정대상지역에 있는 주택을 빼는 규정이라는 점을 이유로 들었습니다. 이 회신은 오피스텔이 취득 직후부터 계속 주거용으로 쓰였고 아파트가 아닌 주택이라는 사실관계를 전제로 한 것이므로, 아파트를 2020년 7월 11일 이후 등록한 경우처럼 다른 제외 사유가 있으면 결론이 달라집니다.

법인 소유 주택에 관한 제외 규정에 대해서도 국세청은 같은 기준을 썼습니다. 과세기준일이 지난 뒤 해제된 사안에서는 해제 공고일 이후 납세의무가 성립하는 분부터 합산배제를 받을 수 있다고 했고(서면-2022-부동산-4613, 2023. 3. 21.), 해제 뒤 재지정된 사안에서는 실효된 공고가 아니라 매 과세연도 과세기준일 현재 유효한 공고를 기준으로 판단한다고 했습니다(서면-2025-부동산-3811, 2025. 10. 31.). 해제와 재지정이 오간 지역이라면 과세기준일마다 지정 여부를 따로 확인해야 합니다.

장기일반민간임대주택 합산배제 요건은 무엇인가요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「종합부동산세법 시행령」은 과세기준일 현재 임대사업자등록과 사업자등록을 한 사람이 임대하는 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택으로서 세 가지 요건을 모두 갖춘 주택을 합산배제 대상으로 정합니다.

• 공시가격 - 임대개시일 또는 최초 합산배제 신고 연도의 과세기준일 기준으로 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하(30호 이상 임대 시 9억원·6억원)
• 임대기간 - 10년 이상 계속 임대. 기존 임차인 퇴거일부터 다음 임차인 입주일까지 2년 이내면 계속 임대로 봅니다.
• 임대료 증가율 - 5% 이하. 증액 청구는 계약 체결이나 증액 후 1년 안에는 할 수 없습니다.
• 제외 주택 - 1주택 이상 보유 세대가 새로 취득한 과세기준일 현재 조정대상지역 주택(공고 전 취득·계약은 제외), 2020년 7월 11일 이후 등록한 아파트 매입임대주택, 단기에서 변경신고한 주택

합산배제가 부인되거나 취소되면 어떻게 되나요?

임대료 증가율 요건을 어기면 그 과세연도를 포함해 연속하는 2개 과세연도까지 합산배제 대상에서 제외됩니다. 임대기간 10년을 채우지 못하고 양도하거나 등록을 말소하면 그동안 합산배제로 덜 낸 세액이 추징될 수 있으므로, 등록 전에 10년 임대 계획이 실제로 가능한지부터 따져야 합니다. 합산배제가 부인되어 고지서가 오면 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

조정대상지역 해제 후 임대주택 합산배제 대응 순서

• 해제 공고일 확인 - 국토교통부 공고에서 해당 지역의 해제 공고일을 확인하고 다음 과세기준일(6월 1일)이 그 뒤인지 봅니다. 양도·취득 당시 조정대상지역인지는 그때그때 공고로 확인합니다.
• 등록 유형 확인 - 아파트인지, 도시형 생활주택이나 오피스텔인지에 따라 등록 가능 여부와 제외 사유가 다르므로 건축물대장으로 유형을 확정합니다.
• 등록과 임대 개시 - 과세기준일 전에 임대사업자등록·사업자등록을 마치고 임대차계약으로 임대를 시작합니다.
• 합산배제 신고 - 9월 16일부터 9월 30일까지 보유현황 신고서에 임대차계약서 사본 등을 붙여 제출합니다.
• 요건 유지와 불복 - 임대료 5% 제한과 10년 임대를 지키고, 부인 통지가 오면 90일 안에 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 주택 유형이 아파트인지, 등록 신청일이 2020년 7월 11일 전후인지, 해제 뒤 다시 지정되었는지에 따라 등록증·건축물대장·공고문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 종합부동산세 합산배제 부인에 따른 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해제 공고일과 과세기준일 사이에 등록해도 되나요?
  됩니다. 제외 규정은 과세기준일 현재 조정대상지역에 있는 주택에 적용되므로 해제 공고일 뒤 첫 과세기준일인 6월 1일 전에 등록과 임대를 시작하면 그해부터 요건 판정 대상이 됩니다. 과세기준일에 임대를 시작했다면 사업자등록은 9월 30일까지 해도 과세기준일에 한 것으로 봅니다.
• 아파트도 해제 후 등록하면 합산배제가 되나요?
  되지 않습니다. 2020년 7월 11일 이후 등록 신청한 장기일반민간임대주택 중 아파트 매입임대주택은 조정대상지역 여부와 관계없이 제외됩니다. 회신 사안은 도시형 생활주택과 오피스텔이어서 가능했던 것이고, 아파트는 등록 자체도 임대의무기간 종료 시 자동말소되는 유형입니다.
• 공시가격 기준은 언제를 기준으로 보나요?
  30호 미만을 임대하면 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 합산배제 신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하여야 합니다. 그 뒤 공시가격이 올라도 기준 시점의 가격으로 판정하므로 임대개시일의 공시가격을 확인해 두어야 합니다.
• 세입자가 바뀌는 사이 공실이 있으면 임대기간이 끊기나요?
  기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지가 2년 이내면 계속 임대하는 것으로 봅니다. 그 이상 비어 있으면 10년 계속 임대 요건이 끊길 수 있으므로 공실 기간을 임대차계약서와 전입 기록으로 관리해야 합니다.
• 임대료를 5% 넘게 올리면 어떻게 되나요?
  임대료 증가율 요건을 충족하지 않게 된 때에는 그 과세연도를 포함하여 연속하는 2개 과세연도까지 합산배제 임대주택에서 제외됩니다. 증액 청구는 계약 체결이나 약정한 증액이 있은 뒤 1년 안에는 할 수 없고, 보증금과 월세를 바꾸면 민간임대주택에 관한 특별법의 전환 기준으로 계산합니다.
• 해제됐다가 다시 조정대상지역으로 지정되면요?
  다시 지정된 뒤의 과세기준일에는 제외 규정이 다시 문제될 수 있습니다. 국세청은 법인 소유 주택 사안에서 조정대상지역 공고가 여러 차례 있으면 실효된 공고가 아니라 매 과세연도 과세기준일 현재 유효한 공고를 기준으로 제외 규정을 적용한다고 보았습니다(서면-2025-부동산-3811, 2025. 10. 31.). 재지정 지역은 과세기준일별 공고를 확인해야 합니다.
• 합산배제 신고는 매년 해야 하나요?
  처음에는 9월 16일부터 9월 30일까지 보유현황 신고서를 내야 하고, 다음 해부터는 신고한 내용 중 재정경제부령으로 정하는 사항에 변동이 없으면 신고하지 않을 수 있습니다. 임차인 변경이나 임대료 변동이 있으면 다시 신고하는 편이 안전합니다.

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