취득세·보유세

임대주택 있는 1주택자, 직장 때문에 혼자 전출하면 종부세 공제가 빠지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 합산배제 임대주택과 다른 집 한 채를 가진 사람은 6월 1일 현재 그 집에 소유자 본인의 주민등록과 실제 거주가 있어야 종합부동산세 1세대1주택자로 계산됩니다. 종합부동산세법 시행령 제2조의3 제2항 단서는 이 요건에 근무지 이전 같은 부득이한 사유의 예외를 두지 않습니다. 지금은 다음 6월 1일 현재 누가 그 집에 살고 누가 소유자인지부터 맞춰 보십시오.

가족이 계속 그 집에 살고 있어도 소유자 본인이 전출하면 1세대1주택자 혜택이 빠질 수 있습니다. 이 특례는 집을 소유한 사람 본인이 그 집에 살아야 적용됩니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2009년에 산 아파트에 가족과 함께 살면서, 2017년 산 소형 주택 한 채를 임대주택으로 등록해 종합부동산세 합산배제를 받아 왔습니다. 그동안은 1세대1주택자로 12억원 공제와 장기보유 세액공제를 받았습니다. 2024년 9월 회사가 지방으로 근무지를 옮기면서 I씨만 회사 근처 전셋집으로 주민등록을 옮겼고, 아내와 자녀는 원래 아파트에 남았습니다. 2025년 11월 받은 고지서에서 1세대1주택자 공제가 빠져 있었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

직장 때문에 혼자 이사하면 1세대1주택자가 안 되나요?

네, 합산배제 임대주택과 다른 집 한 채를 가진 경우에는 그 집을 소유한 사람이 6월 1일 현재 그 집에 주민등록을 두고 실제로 거주해야 1세대1주택자로 계산됩니다. 근무지 이전 같은 부득이한 사정이 있어도 소유자 본인이 거주하지 않으면 예외가 없습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「종합부동산세법 시행령」은 1세대1주택자 여부를 판단할 때 합산배제 신고를 한 임대주택을 주택 수에서 빼 줍니다. 다만 그 단서에서, 임대주택 외의 주택을 소유하는 자가 과세기준일 현재 그 주택에 주민등록이 되어 있고 실제로 거주하고 있는 경우에만 이를 적용한다고 정합니다.

사례의 I씨는 6월 1일 현재 회사 근처로 주민등록을 옮겨 그곳에 살고 있었으므로, 가족이 남아 있어도 단서 요건을 갖추지 못했습니다. 그 결과 임대주택이 주택 수에 다시 들어가 2주택으로 계산되었습니다.

양도소득세의 부득이한 사유는 왜 인정되지 않나요?

양도소득세는 근무상 형편이나 질병 요양 같은 부득이한 사유가 있으면 거주요건을 완화하는 규정을 두고 있지만, 종합부동산세의 이 단서에는 그런 예외 규정이 없습니다. 조문이 주민등록과 실제 거주를 함께 요구하므로, 사정이 딱하더라도 요건을 넓혀 해석하기 어렵습니다.

• 양도소득세 - 1세대1주택 거주요건과 각종 특례에서 취학·근무상 형편·질병 요양 등 부득이한 사유를 따로 규정합니다.
• 종합부동산세 임대주택 단서 - 소유자의 주민등록과 실제 거주만 정하고 예외를 두지 않습니다.
• 판단 시점 - 매년 6월 1일 하루의 상태로 봅니다.

그래서 양도소득세 상담에서 들은 부득이한 사유 기준을 종합부동산세에 그대로 옮겨 오면 판단이 틀어집니다. 두 세금의 거주요건은 따로 확인해야 합니다.

1세대1주택자에서 빠지면 무엇이 달라지나요?

1세대1주택자가 아니면 기본공제가 12억원에서 9억원으로 줄고, 고령자·장기보유 세액공제도 받을 수 없습니다. 사례처럼 2009년부터 15년 넘게 보유한 집이라면 그동안 받던 장기보유 세액공제가 한꺼번에 빠집니다.

1세대1주택자의 세액공제는 연령별 공제와 보유기간별 공제를 합쳐 산출세액의 100분의 80까지 적용됩니다. 임대주택은 여전히 합산배제되므로 과세표준에 들어가지 않지만, 공제 차이만으로도 세액이 크게 달라집니다.

다시 1세대1주택자가 되려면 어떻게 해야 하나요?

다음 6월 1일 현재 그 집의 소유자가 그 집에 주민등록을 두고 실제로 살면 다시 1세대1주택자로 계산될 수 있습니다. 근무지 사정으로 소유자 본인이 돌아오기 어렵다면, 실제로 그 집에 살 가족이 그 집을 소유하는 구조를 검토할 수 있습니다.

배우자에게 그 집을 증여하면 배우자 증여재산공제 6억원을 넘는 부분에 증여세가 나오고, 받는 사람에게 취득세도 부과됩니다. 세대원 중 1명만 주택을 소유해야 하는 요건과 임대주택 명의도 함께 맞춰 봐야 하므로, 소유 구조를 바꾸기 전에 절감되는 보유세와 이전 비용을 비교합니다.

이미 받은 고지는 6월 1일 현재 상태로 정해진 것이어서 다투기 어렵습니다. 다만 실제로는 그 집에 계속 살았는데 주민등록만 잠시 옮겨진 것처럼 사실관계가 다르다면, 거주 자료를 갖추어 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

임대주택 보유자 종부세 1주택 대응 순서

• 거주 확인 - 6월 1일 현재 임대주택 외 집의 소유자 주민등록과 실제 거주가 그 집에 있는지 확인합니다.
• 전출 전 판단 - 근무지 이전 등으로 전출해야 한다면 6월 1일과의 관계, 공제 차이를 먼저 계산합니다.
• 소유 구조 검토 - 소유자 본인이 돌아오기 어렵다면 실제 거주할 가족 명의로 바꿀지 비용과 함께 검토합니다.
• 합산배제 신고 유지 - 임대주택 합산배제 요건과 9월 16일부터 30일까지의 신고 내용을 함께 점검합니다.
• 고지서 대조 - 11월 말 고지서에 1세대1주택자 공제가 반영됐는지 확인하고, 사실관계가 다르면 90일 안 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소유자와 임대주택 명의가 세대원마다 다르거나 공동명의인 경우에는 등기와 주민등록 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 등록 임대주택 보유자의 종합부동산세 1세대1주택자 판단과 합산배제를 둘러싼 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주민등록만 두고 실제로는 따로 살면 되나요?
  아니요. 시행령은 그 집에 주민등록이 되어 있고 실제로 거주하고 있을 것을 함께 요구합니다. 주민등록만 남겨 두고 다른 곳에 살면 요건을 갖추지 못하므로, 생활 근거가 어디에 있는지가 함께 확인됩니다.
• 6월 2일에 전출하면 그해는 괜찮나요?
  종합부동산세는 6월 1일 하루의 상태로 판단하므로, 6월 1일 현재 소유자가 그 집에 주민등록을 두고 실제로 살고 있었다면 그해에는 요건을 갖춘 것으로 볼 수 있습니다. 다음 해 6월 1일에는 다시 판단합니다.
• 임대주택이 없으면 혼자 전출해도 되나요?
  임대주택 없이 한 채만 가진 1세대1주택자라면 이 거주 단서가 적용되지 않아 소유자의 거주 여부와 관계없이 1세대1주택자로 계산됩니다. 거주요건은 합산배제 임대주택을 주택 수에서 빼 줄 때 붙는 조건입니다.
• 임대주택은 계속 합산배제되나요?
  임대주택 자체의 합산배제 요건을 갖추고 신고했다면 그 주택은 과세표준 합산에서 계속 빠집니다. 다만 1세대1주택자를 판단할 때 주택 수에서 빠지지 않아 공제와 세액공제에서 불리해집니다.
• 배우자 명의로 바꾸면 해결되나요?
  실제로 그 집에 사는 배우자가 그 집을 소유하고 6월 1일 현재 주민등록과 거주를 갖추면 요건을 맞출 수 있습니다. 다만 세대원 중 1명만 주택을 소유해야 하는 요건과 증여세·취득세 부담을 함께 검토해야 합니다.
• 양도세처럼 근무상 형편 예외는 없나요?
  양도소득세는 근무상 형편 등 부득이한 사유를 따로 규정하지만, 종합부동산세의 임대주택 거주 단서에는 그런 예외가 없습니다. 같은 사정이어도 두 세금의 결론이 다를 수 있으므로 각각 확인합니다.
• 실제로는 살았는데 공제가 빠졌다면요?
  주민등록과 실제 거주를 모두 갖추고 있었다는 자료가 있다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 공과금, 카드 사용, 출퇴근 기록처럼 생활 근거 자료를 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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