감면·공제

주거지역에 편입된 지 오래된 농지를 사서 농사짓다 수용됐는데 대토 감면이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 이미 주거지역·상업지역·공업지역에 편입된 지 3년이 지난 시 지역 농지를 사서 직접 경작하다 수용된 경우에는 농지대토 양도소득세 감면이 적용되지 않습니다. 국세청은 2024년 1월 31일 사전답변(사전-2024-법규재산-0019)에서 편입 뒤에 취득해 4년 이상 자경한 농지가 수용된 사안에 대해 조세특례제한법 제70조의 감면 대상이 아니라고 보았습니다. 지금은 토지이용계획확인원으로 그 땅이 언제 주거지역 등에 편입됐는지와 농지 소재지가 시 지역인지 군 지역인지부터 확인해 두십시오.

편입된 지 오래된 농지라도 양도일 현재 군 지역이나 도농복합시의 읍·면에 있다면 감면 배제 대상이 아니므로, 지번만 보고 미리 포기할 일은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2020년 3월 경기도의 한 시 지역에 있는 밭 2,000제곱미터를 3억원에 샀습니다. 이 땅은 1990년에 이미 주거지역으로 편입된 농지였지만 A씨는 거기서 5년 넘게 직접 채소를 길렀습니다. 2025년 11월 도로 개설 사업으로 그중 800제곱미터가 수용되어 보상금 2억 5천만원을 받았고, A씨는 2년 안에 인근 농지를 사서 농사를 이어갈 계획입니다. A씨는 4년 넘게 자경했으니 수용분에 농지대토 감면을 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 편입 뒤에 산 농지가 수용된 경우를 어떻게 해석했나요?

주거지역·상업지역·공업지역에 편입된 농지를 취득해 4년 이상 직접 경작한 뒤 수용되어 대토하는 경우, 조세특례제한법 제70조의 농지대토 감면은 적용되지 않는다고 보았습니다. 국세청은 사전-2024-법규재산-0019(2024. 1. 31.) 사전답변에서 1978년 도시지역 안 주거지역·상업지역에 편입된 토지를 2018년에 사서 경작하다가 2023년 일부가 수용된 사안을 두고, 감면 규정이 2010년에 개정되기 전에 편입된 땅이라도 결론이 같다고 답했습니다. 법 제70조 제2항이 주거지역 등에 편입된 농지로서 시행령이 정하는 토지에는 제1항의 감면 자체를 적용하지 않는다고 정하고 있고, 시행령은 양도일 현재 특별시·광역시·시 지역의 주거지역 등 안에 있으면서 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 그 대상으로 들고 있기 때문입니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 농지가 군 지역에 있거나 편입 뒤 3년 안에 양도하는 경우처럼 사실관계가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

편입 전부터 농지를 가지고 있다가 편입된 경우라면 법 제70조 제1항 단서에 따라 편입일까지 발생한 소득만 감면됩니다. 그런데 편입된 뒤에 산 농지는 취득 시점이 편입일보다 늦어 편입일까지 발생한 소득 자체가 없습니다. 어느 쪽으로 보아도 감면액이 나오지 않는 구조입니다.

농지대토 감면은 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법」은 농지 소재지에 거주하며 직접 경작한 사람이 경작상 필요로 다른 농지로 바꾸는 경우 양도소득세의 100분의 100을 감면합니다. 시행령이 정한 요건은 다음과 같습니다.

• 거주·경작 기간 - 종전 농지를 양도할 때까지 4년 이상 농지 소재지(같은 시·군·구, 연접 시·군·구, 직선거리 30킬로미터 이내)에 거주하며 직접 경작했어야 합니다.
• 대토 취득 기한 - 종전 농지 양도일부터 1년 안에 새 농지를 취득해야 하고, 공익사업으로 협의매수·수용된 경우에는 2년입니다. 상속·증여로 받은 농지는 새 농지로 인정되지 않습니다.
• 새 농지의 규모 - 새 농지 면적이 종전 농지의 3분의 2 이상이거나, 가액이 2분의 1 이상이어야 합니다.
• 경작 개시와 합산 기간 - 새 농지를 취득한 날부터 1년 안에 그곳에 거주하며 경작을 시작하고, 종전 농지와 새 농지의 경작기간을 합쳐 8년 이상이어야 합니다. 새 농지를 취득한 뒤 4년 안에 다시 수용되면 4년을 경작한 것으로 봅니다.
• 사후관리 - 위 요건을 채우지 못하면 그 사유가 생긴 달의 말일부터 2개월 안에 감면받은 세액과 이자상당액을 내야 합니다.

주거지역에 편입된 농지는 언제 감면에서 빠지나요?

양도일 현재 특별시·광역시 또는 시 지역에 있는 농지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역·공업지역에 들어 있고, 편입된 날부터 3년이 지났으면 감면 대상에서 빠집니다. 광역시 안의 군, 도농복합시의 읍·면, 제주 행정시의 읍·면은 이 배제 규정에서 제외되므로 같은 조건이라도 감면 가능성이 남습니다. 토지소유자 1천명 이상이거나 일정 면적 이상인 대규모개발사업지역 안에서 사업시행자의 단계적 시행이나 보상 지연 때문에 3년이 지난 경우, 국가·지방자치단체·공공기관이 시행하는 개발사업지역 안에서 부득이한 사유가 있는 경우도 예외로 인정됩니다. 환지예정지로 지정된 날부터 3년이 지난 농지도 같은 취급을 받습니다.

8년 이상 직접 경작한 농지에 적용되는 자경농지 감면도 주거지역 등에 편입된 경우에는 편입일까지 발생한 소득에만 감면이 적용되므로, 편입 뒤에 취득한 농지는 같은 한계를 가집니다.

농지대토 감면 대응 순서

• 편입일 확인 - 토지이용계획확인원과 도시관리계획 결정 고시로 주거지역 등에 편입된 날짜를 확인합니다. 취득일보다 앞서면 감면이 어렵다고 보고 계획을 세웁니다.
• 소재지 구분 확인 - 양도일 현재 농지가 특별시·광역시·시 지역인지, 군이나 도농복합시 읍·면인지 확인합니다. 군·읍·면이면 배제 규정이 적용되지 않습니다.
• 개발사업 예외 검토 - 대규모개발사업지역이나 공공기관 시행 사업지역에서 보상 지연으로 3년이 지난 경우인지 사업인정고시와 보상 일정으로 확인합니다.
• 예정신고와 감면신청 - 감면 가능성이 있으면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고서와 세액감면신청서를 함께 냅니다. 수용 사안은 2년 안에 새 농지를 취득해야 합니다.
• 경정청구·불복 - 감면 없이 신고한 뒤 예외 사유가 확인되면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구를 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 편입 시점과 개발사업의 사업인정고시일이 엇갈리는 땅이나 필지가 분할된 땅은 토지이용계획확인원과 보상계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 농지 양도소득세 감면 부인에 따른 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 편입 전부터 갖고 있던 농지가 수용되면 감면이 되나요?
  편입일까지 발생한 소득에 한해 감면될 수 있습니다. 법 제70조 제1항 단서는 농지가 주거지역 등에 편입된 경우 편입된 날까지 발생한 소득으로서 시행령이 정한 금액에만 감면을 적용합니다. 그 금액은 양도소득금액에 편입일 기준시가와 취득 당시 기준시가의 차이가 양도 당시 기준시가와 취득 당시 기준시가의 차이에서 차지하는 비율을 곱해 계산합니다.
• 군 지역 농지는 주거지역에 편입돼도 감면이 되나요?
  배제 규정에서 빠지므로 다른 요건을 갖추면 감면 가능성이 있습니다. 시행령은 양도일 현재 특별시·광역시 또는 시 지역에 있는 농지만 편입 3년 경과 배제 대상으로 정하고, 광역시 안의 군과 도농복합시의 읍·면, 제주 행정시의 읍·면은 제외합니다. 농지가 군 지역이나 읍·면에 있다면 4년 자경과 대토 요건으로 다시 따져야 합니다.
• 수용되면 새 농지는 언제까지 사야 하나요?
  종전 농지의 양도일부터 2년 안에 취득해야 합니다. 일반 매매로 넘긴 경우에는 1년이지만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수·수용이면 2년으로 늘어납니다. 새 농지를 취득한 날부터 1년 안에 그 농지 소재지에 거주하며 경작을 시작해야 하고, 상속이나 증여로 받은 농지는 새 농지로 인정되지 않습니다.
• 대토 감면을 받은 뒤 요건을 못 채우면 어떻게 되나요?
  감면받은 양도소득세에 이자상당액을 더해 내야 합니다. 새 농지를 기한 안에 취득하지 않거나, 면적·가액 요건에 미달하거나, 1년 안에 경작을 시작하지 않거나, 합산 경작기간이 8년 미만이면 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고·납부해야 합니다. 이자상당액은 예정신고 납부기한 다음 날부터 납부일까지 계산합니다.
• 개발사업 때문에 보상이 늦어져 3년이 지난 경우는요?
  예외로 감면이 가능할 수 있습니다. 토지소유자 1천명 이상이거나 일정 면적 이상인 대규모개발사업지역 안에서 사업시행자의 단계적 시행이나 보상 지연으로 편입 뒤 3년이 지난 농지, 국가·지방자치단체·공공기관이 시행하는 개발사업지역 안에서 부득이한 사유가 있는 농지는 배제 대상에서 빠집니다. 사업인정고시일과 보상 일정 자료가 필요합니다.
• 감면 없이 신고했는데 나중에 예외가 확인되면요?
  경정청구로 돌려받을 길이 있습니다. 법정신고기한까지 신고한 사람은 그 기한이 지난 뒤 5년 안에 과세표준과 세액을 줄여 달라는 경정청구를 할 수 있고, 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정해야 합니다. 거부 통지를 받으면 그날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.
• 8년 자경 감면은 편입된 농지에도 되나요?
  편입일까지 발생한 소득에만 적용됩니다. 자경농지 감면 규정도 농지가 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지로 지정된 경우에는 그날까지 발생한 소득으로서 시행령이 정하는 금액에 한해 감면하도록 정하고 있습니다. 편입된 뒤에 취득한 농지는 편입일까지의 소득이 없으므로 자경 감면으로도 세액이 줄지 않습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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