주식·명의신탁

중소기업 비상장주식도 대주주가 팔면 10% 세율을 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 중소기업 비상장주식이라도 양도하는 사람이 대주주이면 10% 세율은 적용되지 않고 과세표준 3억원까지 20%, 넘는 부분은 25%가 적용됩니다. 소득세법 제104조 제1항 제11호가 10% 세율을 대주주가 아닌 사람의 중소기업 주식에만 두고 있기 때문입니다. 신고 전에 직전 사업연도 말 기준으로 본인과 가족 지분율 합계가 4% 이상인지, 시가총액이 10억원 이상인지부터 확인하십시오.

투자한 회사가 중소기업이라는 사실만으로 세율이 정해지지는 않습니다. 세율은 회사 규모와 함께 양도하는 사람이 대주주인지를 같이 보아 정해지므로, 신고 전에 지분율과 시가총액을 한 번 더 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019년 지인이 세운 중소기업의 비상장주식을 사 두었다가 2026년 3월 다른 투자자에게 팔았습니다. 지분이 크지 않다고 생각해 소액주주 세율 10%를 적용해 과세표준 1억원, 세액 1,000만원으로 예정신고했습니다. 그런데 직전 사업연도 말 기준으로 A씨와 배우자, 아버지가 가진 주식을 합하면 지분율이 4%를 넘었습니다. 세무서에서 대주주에 해당한다는 안내를 받고 무엇을 해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중소기업 주식이면 누구나 10% 세율을 받나요?

아니요, 중소기업 비상장주식의 10% 세율은 대주주가 아닌 사람이 양도할 때만 적용됩니다. 대주주가 양도하면 회사가 중소기업이어도 양도소득과세표준 3억원 이하 부분은 20%, 3억원을 넘는 부분은 25%가 적용됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제104조 제1항 제11호는 주식 세율을 두 갈래로 나눕니다. 대주주가 아닌 사람은 중소기업 주식 10%, 그 밖의 주식 20%이고, 대주주는 중소기업 여부와 관계없이 20%와 25%의 2단계 세율을 씁니다.

대주주라도 중소기업 외의 법인 주식을 1년 미만 보유하고 팔면 30%가 적용되는데, 중소기업 주식에는 이 30% 세율이 없습니다. 중소기업인지 여부는 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단합니다.

비상장주식 대주주는 어떻게 판단하나요?

비상장주식은 직전 사업연도 종료일 현재 본인과 특수관계에 있는 주주의 지분율 합계가 4% 이상이거나, 그 주식의 시가총액이 10억원 이상이면 대주주입니다. 본인 지분만으로 따지지 않고 가족 등 기타주주의 주식을 합산한다는 점에서 계산이 달라집니다.

• 지분율 기준 - 본인과 기타주주의 소유주식 비율 합계 4% 이상
• 시가총액 기준 - 본인과 기타주주가 가진 주식의 평가액 합계 10억원 이상
• 판단 시점 - 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재
• 중간 취득 - 직전 사업연도 말에는 4% 미만이었어도 그 뒤 주식을 더 사서 4% 이상이 되면 취득일 이후 양도분은 대주주로 봅니다

합산하는 기타주주의 범위는 본인 그룹이 그 회사의 최대주주인지에 따라 다릅니다. 최대주주 그룹이면 친족 범위가 넓어지고, 최대주주가 아니면 직계존비속과 배우자 등으로 좁혀집니다. 시가총액을 계산할 때는 비상장주식 평가액을 씁니다.

세율을 잘못 적용하면 얼마를 더 내나요?

과세표준 1억원이라면 10%로 낸 세액은 1,000만원이고 대주주 세율 20%로 다시 계산하면 2,000만원이어서, 차액 1,000만원을 더 내야 합니다. 여기에 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙습니다.

과소신고가산세는 부정행위가 없으면 덜 낸 세액의 10%이므로 이 예에서는 100만원입니다. 납부지연가산세는 예정신고 납부기한 다음 날부터 실제로 내는 날까지 날수에 따라 늘어나므로, 늦게 낼수록 커집니다.

세무서가 경정할 것을 미리 알기 전에 수정신고하면 과소신고가산세를 줄일 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 1개월 이내 수정신고는 90%, 1개월 초과 3개월 이내는 75%, 3개월 초과 6개월 이내는 50%를 감면합니다.

거꾸로 소액주주인데 20%로 신고했다면요?

가족 지분을 잘못 합산해 소액주주인데도 대주주 세율로 신고했다면 경정청구로 차액의 환급을 청구할 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 청구할 수 있고, 지분 계산 근거로 주주명부와 가족관계 자료를 함께 냅니다.

비상장주식 세율 적용 대응 순서

• 지분 계산 - 주식등변동상황명세서와 주주명부로 직전 사업연도 말 본인과 가족 지분율을 합산합니다. 그 뒤 추가 취득으로 4%를 넘었는지도 봅니다.
• 회사 규모 확인 - 직전 사업연도 말 기준으로 「중소기업기본법」상 중소기업에 해당하는지 회사에 확인서를 받아 둡니다.
• 신고 - 주식등 양도소득금액 계산명세서를 붙여 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 반기 말일부터 2개월 안에 예정신고합니다.
• 수정신고 - 대주주인데 10%로 신고했다면 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서로 빨리 고쳐 가산세 감면을 받습니다.
• 다툼 - 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 최대주주 그룹 여부나 가족 간 지분 이동이 겹치면 주주명부와 가족관계 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 부과처분에 대한 과세전적부심사·심판청구와 경정청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 가족 지분은 어디까지 합산하나요?
  본인 그룹이 그 회사의 최대주주이면 친족 등 특수관계인의 지분을 넓게 합산하고, 최대주주가 아니면 직계존비속, 배우자, 경영지배관계 법인 등으로 좁혀 합산합니다. 그래서 같은 4% 기준이라도 최대주주 그룹인지에 따라 대주주 여부가 달라질 수 있습니다.
• 올해 중간에 지분을 늘렸다면요?
  직전 사업연도 말에는 4% 미만이었어도 그 뒤 주식을 더 사서 본인과 기타주주의 지분율 합계가 4% 이상이 되면, 그 취득일 이후 양도하는 주식은 대주주 주식으로 봅니다. 취득일과 양도일의 앞뒤를 날짜별로 정리해 두어야 합니다.
• 중소기업 여부는 언제 기준인가요?
  주식 세율에서 중소기업인지는 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재를 기준으로 판단합니다. 그해에 새로 설립된 법인은 양도일 현재를 기준으로 합니다. 회사가 직전 연도 말에 매출 증가로 중소기업을 벗어났다면 20% 세율이 적용될 수 있습니다.
• 대주주 세율 25%는 언제 붙나요?
  대주주가 양도하는 주식의 양도소득과세표준이 3억원을 넘으면 3억원까지는 20%, 넘는 금액에는 25%를 적용해 6천만원에 초과액의 25%를 더한 금액이 세액이 됩니다. 같은 해 여러 번 팔았다면 과세표준을 합산해 3억원 초과 여부를 봅니다.
• 장외 K-OTC에서 팔아도 과세되나요?
  대주주가 아닌 사람이 한국금융투자협회 장외매매거래로 중소기업·중견기업 주식을 팔면 양도소득세 과세대상에서 빠집니다. 다만 대주주가 팔거나 그 밖의 장외 직접 거래로 팔면 과세대상이므로 거래 방식과 대주주 여부를 함께 확인합니다.
• 수정신고 대신 기다리면 어떻게 되나요?
  세무서가 결정·경정해 납부고지하면 덜 낸 세액에 과소신고가산세 10%와 날수에 따른 납부지연가산세가 붙고, 수정신고 가산세 감면도 받을 수 없습니다. 대주주 해당이 분명하다면 고지 전에 수정신고하는 편이 부담이 적습니다.
• 대주주가 아니라고 다투려면 무엇이 필요한가요?
  합산된 가족 명의 주식이 실제로는 다른 사람 소유라는 사실, 직전 사업연도 말 지분 수치가 잘못 집계됐다는 사실을 주주명부, 주식 대금 이체 내역, 약정서로 보여야 합니다. 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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