주식·명의신탁

회사를 세운 해에 주식을 팔면 설립등기일 지분으로 대주주를 따지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 회사를 세운 그해에 주식을 팔면 설립등기일 현재 지분으로 대주주인지 판단합니다. 소득세법 시행령은 양도한 해에 새로 설립된 법인이면 설립등기일을 직전 사업연도 종료일로 보도록 정하고 있습니다. 지금은 설립등기일 지분율과 그 뒤 유상증자나 매수로 지분이 늘었는지부터 확인해야 합니다.

직전 사업연도 결산이 없다고 대주주 판단을 미루거나 양도일 현재 지분으로 따로 계산해 둘 필요는 없습니다. 설립등기일 현재 주주명부와 그 뒤 주식을 더 취득한 내역이면 판단할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2025년 3월 동업자 두 사람과 비상장 중소기업을 세웠습니다. 설립 때 발행주식은 1만 주였고, 같은 해 7월 회사가 유상증자를 하면서 A씨도 신주를 인수해 지분이 18%가 됐습니다. A씨는 2025년 11월 이 가운데 일부를 투자자에게 넘겼습니다. 회사에 직전 사업연도가 없으니 대주주가 아니라고 보고 100분의 10 세율로 신고하면 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

설립한 해에 판 주식은 무엇을 기준으로 대주주를 가리나요?

회사를 세운 그해에 주식을 팔았다면 설립등기일 현재 지분으로 대주주인지 판단합니다. 대주주 여부는 원래 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 지분으로 봅니다. 설립 첫해에는 직전 사업연도가 없으므로, 시행령은 양도한 해에 새로 설립된 법인이면 설립등기일을 그 기준일로 삼도록 정하고 있습니다. 비상장법인의 대주주 범위를 정한 조항도 같은 기준일을 씁니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」의 내용입니다.

설립 뒤 유상증자로 지분이 늘어나면 어떻게 되나요?

설립등기일에는 기준에 못 미쳤더라도 그 뒤 주식을 더 취득해 기준을 넘기면, 그 취득일 이후 양도하는 주식부터 대주주로 봅니다. 비상장법인은 주주 본인과 합산 대상 기타주주의 지분 합계가 100분의 4 이상이거나, 보유 주식의 시가총액이 10억원 이상이면 대주주입니다. 유상증자에 참여하거나 다른 주주 지분을 사들여 100분의 4를 넘겼다면 그날 이후 판 주식에는 대주주 세율이 붙습니다.

• 지분율 기준 - 설립등기일 현재 본인과 기타주주의 지분 합계가 100분의 4 이상
• 시가총액 기준 - 설립등기일 현재 보유 주식의 평가액이 10억원 이상
• 추가 취득 - 설립등기일에는 미달이었지만 증자나 매수로 100분의 4 이상이 되면 그 취득일 이후 대주주

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 설립한 사업연도에 주식을 판 주주의 대주주 여부를 설립등기일을 직전 사업연도 종료일로 보고 판단한다고 회신했습니다(서면-2016-법령해석재산-6158, 2017. 8. 22.). 질의 회사는 2016. 6. 1. 사업을 시작한 비상장 중소기업으로 설립 때 1만 주를 발행했고, 같은 해 8월 1,875주를 유상증자했습니다. 주주 한 사람이 11월에 전체의 18.16%인 2,156주 가운데 625주를 팔면서 직전 사업연도가 없을 때 대주주를 어떻게 가리는지 물었습니다. 국세청은 직전 사업연도 종료일 현재 주주 현황은 다음 사업연도 개시일 현재와 같으므로, 신설법인은 설립 당시 현황을 기준으로 보는 것이 합리적이라고 설명했습니다.

이 회신은 질의자가 밝힌 지분 변동을 전제로 한 해석입니다. 설립 직후 주주 구성이 바뀌었거나 합병·분할로 생긴 법인이라면 기준일이 달라질 수 있습니다.

회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시에는 조문에 설립 첫해 기준일이 없어 해석으로 메웠지만, 2020. 2. 11. 개정된 시행령이 「새로 설립된 법인은 설립등기일」이라는 괄호를 넣어 같은 결론을 조문으로 옮겼습니다. 비상장법인 대주주 기준은 지금 지분 100분의 4 또는 시가총액 10억원이고, 장외에서 거래되는 벤처기업 주식은 시가총액 40억원입니다. 가족이나 관계 법인 지분을 얼마나 합산하는지는 본인 쪽 지분 합계가 그 회사에서 가장 많은지에 따라 달라집니다.

대주주가 되면 세율은 얼마나 달라지나요?

중소기업 주식을 대주주가 아닌 사람이 팔면 양도소득과세표준의 100분의 10이지만, 대주주가 팔면 과세표준 3억원까지 100분의 20, 3억원을 넘는 부분은 100분의 25가 적용됩니다. 예를 들어 과세표준이 2억원이면 대주주가 아닐 때 2,000만원, 대주주일 때 4,000만원으로 세액이 두 배가 됩니다. 중소기업이 아닌 법인 주식을 대주주가 1년 안에 팔면 100분의 30입니다.

신설법인 주식 양도 대주주 판단 대응 순서

• 설립등기일 지분 확인 - 법인 등기사항증명서와 설립 당시 주주명부로 기준일 지분율을 확인합니다. 합산될 수 있는 가족과 관계 법인의 지분도 함께 적어 둡니다.
• 추가 취득일 정리 - 유상증자 납입일과 다른 주주에게서 주식을 산 날을 날짜순으로 적습니다. 100분의 4를 넘긴 날 이후 판 주식이 대주주 세율 대상입니다.
• 세율 선택 - 회사가 중소기업인지, 본인이 대주주인지로 세율을 고릅니다. 과세표준이 3억원을 넘으면 넘는 부분에 100분의 25가 붙습니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 신고하고 납부합니다. 주식 양도계약서와 대금 입금 내역을 함께 보관합니다.
• 다툼 대비 - 세율 차이로 세금이 고지되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 신고한 세액이 많았다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 설립 직후 주주끼리 지분을 주고받았거나 합병·분할로 생긴 회사라면 주주명부와 등기 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 부과처분에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 설립 때 3%였는데 증자로 5%가 되면요?
  증자로 주식을 더 취득해 지분 합계가 100분의 4 이상이 됐다면 그 취득일 이후 양도하는 주식부터 대주주로 봅니다. 설립등기일 현재 기준에 못 미쳤다는 사정만으로 그해 전체를 대주주 아닌 것으로 보지 않습니다. 증자 납입일과 양도일 중 어느 쪽이 먼저인지 확인해야 합니다.
• 비상장주식은 대주주가 아니면 세금이 없나요?
  아니요, 비상장주식은 대주주가 아니어도 양도소득세 과세대상입니다. 대주주 여부는 세율을 가릅니다. 다만 대주주가 아닌 사람이 한국금융투자협회 장외매매거래로 중소기업·중견기업 주식을 파는 경우처럼 법이 따로 정한 예외는 과세대상에서 빠집니다.
• 가족 지분도 합쳐서 대주주를 보나요?
  네, 일정 범위의 특수관계인 지분을 합산합니다. 본인 쪽 지분 합계가 그 회사에서 가장 많으면 친족관계와 경영지배관계에 있는 자를 넓게 합산하고, 가장 많지 않으면 직계존비속, 배우자, 경영지배관계 법인만 합산합니다. 합산 범위에 따라 100분의 4를 넘는지가 달라집니다.
• 시가총액 기준 10억원은 어떻게 계산하나요?
  비상장주식은 시세가 없으므로 시행령이 정한 평가 방법에 따른 평가액으로 시가총액을 계산합니다. 설립 첫해라면 설립등기일 현재 본인과 기타주주가 가진 주식의 평가액이 10억원 이상인지를 봅니다. 장외에서 거래되는 벤처기업 주식은 기준이 40억원입니다.
• 합병이나 분할로 생긴 회사 주식은요?
  합병으로 받은 합병법인 신주를 합병등기일이 속하는 사업연도에 팔면 피합병법인의 합병등기일 현재 주식보유 현황으로 대주주를 판단합니다. 분할신설법인 주식을 설립등기일이 속하는 사업연도에 파는 경우에는 분할 전 법인의 분할등기일 현재 현황을 따릅니다.
• 비상장주식 예정신고는 언제까지 하나요?
  주식을 양도한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 해야 합니다. 1월부터 6월 사이에 팔았다면 8월 말일까지, 7월부터 12월 사이에 팔았다면 다음 해 2월 말일까지입니다. 양도차익이 없거나 손해를 본 경우에도 신고 의무는 있습니다.
• 대주주 세율로 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 반대로 본인이 대주주 세율로 많이 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 고지서를 받은 날을 기록해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 중소기업 비상장주식도 대주주가 팔면 10% 세율을 못 받나요?
• 국외전출세 대주주 여부는 언제 기준으로 판단하나요?
• 대주주가 산 지 1년 안 된 상장주식을 팔면 세율이 30%인가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기