부가가치세

같은 업종 회사 주식을 인수할 때 낸 자문수수료 부가세도 공제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 내 과세사업을 확장하려고 같은 업종 회사 주식을 인수하면서 받은 금융자문 용역의 부가가치세는 매입세액으로 공제할 수 있습니다. 매입세액 공제는 사업 관련성으로 판단하고, 과세사업을 위한 자본거래도 사업 활동에 포함됩니다. 인수 목적이 적힌 이사회 의사록과 자문계약서부터 확인하십시오.

주식 매매 자체가 부가가치세 과세대상이 아니라는 이유로 인수 자문수수료의 매입세액을 포기할 필요는 없습니다. 내 과세사업을 키우려는 인수라면 사업과 관련된 지출로 공제됩니다.

이런 상담이 많습니다

부품을 만드는 B사는 2025년 같은 업종의 경쟁사 지분 60퍼센트를 인수하면서 회계법인과 금융자문계약을 맺었습니다. 자문 범위는 대상 회사 실사, 가치평가, 인수 구조 설계였고, 자문수수료는 부가가치세 포함 11억원이었습니다. B사는 인수 후 대상 회사와 생산·영업을 통합할 계획이었고, 수수료에 붙은 부가가치세 1억원을 공제받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식 인수 자문수수료 부가세도 공제되나요?

네, 과세사업자가 자기 과세사업을 확장하려고 다른 회사 주식을 취득하면서 금융자문 용역을 받고 낸 수수료의 부가가치세는 매출세액에서 공제할 수 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 자기 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 용역의 부가가치세액을 공제합니다.

공제 기준은 사업 관련성입니다. 지출 대상이 과세되는 재화인지 아닌지보다, 그 지출을 한 사업이 과세사업인지가 기준이 됩니다. 과세사업자의 사업 활동에는 제조·판매뿐 아니라 사업을 위한 자금조달과 자본거래도 포함됩니다.

사업 관련성은 무엇으로 판단하나요?

사업 관련성은 지출의 목적과 경위, 사업의 내용에 비추어 그 지출이 사업 수행에 필요했는지를 개별적으로 살펴 판단합니다. 법원은 사업구역 토지 대부분을 가진 회사의 주식을 인수하려고 쓴 컨설팅 비용에 대해 사업 관련성을 인정했습니다.

이 판결은 회사가 추진하던 사업을 하려면 대상 회사를 인수할 필요가 있었다는 경위를 근거로 들었습니다. 같은 기준으로 동종 업체 인수를 통해 생산·영업을 통합하려 했다면 사업 수행에 필요한 지출로 설명할 수 있습니다.

• 인수 목적 - 이사회 의사록, 투자심의 자료에 사업 확장 목적이 적혀 있는지
• 업종 관련성 - 대상 회사가 같은 업종이거나 공급망에 있는지
• 통합 계획 - 인수 후 생산·영업·기술을 합칠 계획이 있는지

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사업자가 자기 과세사업 확장으로 시장 지배를 강화할 목적으로 다른 법인 주식 취득과 관련해 외부업체로부터 금융자문 용역을 받고 자문수수료를 지급하면서 부담한 부가가치세액은 매출세액에서 공제할 수 있다고 회신했습니다(기준-2019-법령해석부가-0479, 2019. 7. 11.).

회신은 다른 회사 주식 취득이 자신의 과세사업을 위한 것이라면 비과세사업이나 면세사업 투자로 볼 수 없다고 보았습니다. 이 회신은 동종 업체 인수라는 사실관계를 전제로 하므로, 인수 목적이 배당이나 시세차익에 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.

단순 투자 목적이면 결론이 달라지나요?

배당이나 매각 차익만을 노린 단순 투자 목적의 주식 취득이라면 과세사업과의 관련성을 인정받기 어려울 수 있습니다. 이 경우 자문수수료 매입세액은 사업과 직접 관련 없는 지출로 공제되지 않을 수 있습니다.

같은 인수라도 처음에는 사업 통합을 목표로 했다가 나중에 지분을 되판 경우가 있습니다. 공제 여부는 용역을 공급받을 당시의 목적으로 판단하므로, 그 시점의 의사결정 기록을 남겨 두어야 합니다.

공제가 거부되면 어떻게 다투나요?

인수 자문수수료 매입세액 공제가 거부되거나 세무조사에서 부인되어 고지를 받았다면, 고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 단순 예시로 수수료 11억원 중 부가가치세 1억원이 공제되면 납부세액이 1억원 줄고, 부인되면 1억원과 가산세를 부담할 수 있습니다.

처음부터 불공제로 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 공제를 구할 수 있습니다.

인수 자문수수료 매입세액 대응 순서

• 목적 기록 확보 - 인수 검토 단계의 이사회 의사록과 투자심의 자료를 모읍니다.
• 자문 범위 확인 - 자문계약서에 실사·가치평가·구조 설계 등 업무 범위가 적혀 있는지 봅니다.
• 세금계산서 수취 - 자문사로부터 회사 명의 세금계산서를 받아 공급시기 과세기간에 신고합니다.
• 통합 계획 정리 - 인수 후 생산·영업 통합 일정과 실행 내역을 남깁니다.
• 부인 시 불복 - 공제가 부인되면 조세심판청구서로 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 인수 목적이 사업 확장인지 투자인지는 의사록과 통합 실행 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 매입세액 불공제 처분 불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주식은 과세대상이 아닌데 왜 공제되나요?
  매입세액 공제 여부는 지출 대상이 과세되는 재화인지가 아니라 그 지출을 한 사업이 과세사업인지, 그 사업에 필요한 지출인지로 판단합니다. 과세사업 확장을 위한 주식 인수라면 자문수수료는 과세사업 관련 지출입니다.
• 사업 관련성은 누가 입증하나요?
  공제를 주장하는 사업자가 지출의 목적과 경위를 보여 주어야 합니다. 법원은 지출의 목적과 경위, 사업의 내용에 비추어 사업 수행에 필요했는지를 개별적으로 판단하므로 인수 당시 의사결정 기록이 중요한 증거가 됩니다.
• 다른 업종 회사를 인수해도 공제되나요?
  다른 업종이라도 원재료 공급처 확보나 판매망 확장처럼 내 과세사업 수행에 필요한 인수라면 사업 관련성을 주장할 수 있습니다. 다만 업종 연관이 약할수록 단순 투자로 볼 여지가 커지므로 인수 목적을 구체적으로 남겨야 합니다.
• 인수가 무산되면 공제가 취소되나요?
  공제 여부는 용역을 공급받을 당시 사업에 사용할 목적이었는지로 판단하므로, 검토 끝에 인수가 무산되었다는 사정만으로 공제가 당연히 취소되지는 않습니다. 검토 당시 사업 확장 목적이 있었다는 기록을 남겨 두어야 합니다.
• 지주회사가 자회사 주식을 살 때는요?
  지주회사가 경영자문 같은 과세사업 없이 배당만 받는다면 주식 취득 관련 매입세액은 과세사업 관련성을 인정받기 어려울 수 있습니다. 자회사에 과세 용역을 제공하는 지주회사라면 그 사업과의 관련성을 따로 검토해야 합니다.
• 법인세 비용 처리와 같은 기준인가요?
  부가가치세 매입세액 공제는 사업 관련성으로 판단하고, 법인세에서 자문수수료를 손금으로 볼지 주식 취득가액에 포함할지는 법인세법 기준으로 따로 판단합니다. 두 세목의 결론이 같지 않을 수 있으므로 각각 검토해야 합니다.
• 공제가 부인되면 언제까지 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 해야 하고, 이의신청은 선택 절차입니다. 세무조사 결과 통지 단계라면 고지 전에 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사로 먼저 다툴 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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