주식·명의신탁

주식 손실은 세율이 높은 주식 이익에서 먼저 빼도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 주식 양도차손은 먼저 같은 세율이 적용되는 주식의 이익에서 빼고, 남은 손실만 다른 세율 주식의 이익에서 비율대로 뺍니다. 소득세법 시행령 제167조의2 제1항이 이 순서를 정하고 있어 세율이 높은 주식에서 먼저 빼는 방식은 허용되지 않습니다. 지금은 종목별 적용 세율부터 확정해 보십시오.

손실을 어느 주식 이익에서 뺄지는 납세자가 고르지 못합니다. 순서는 시행령에 정해져 있어 그대로 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 2026년 상반기에 비상장주식 세 종목을 팔았습니다. 중소기업 A사 주식에서 1억원 손실, 중소기업 B사 주식에서 1억원 이익이 났고 두 종목 모두 소액주주로 10% 세율 대상이었습니다. 중소기업이 아닌 C사 주식에서는 2억원 이익이 났고 20% 세율 대상이었습니다. G씨는 A사 손실을 세율이 높은 C사 이익에서 빼 B사 1억원, C사 1억원으로 계산해 3천만원을 예정신고했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식 손실은 어느 주식 이익에서 먼저 빼나요?

주식 양도차손은 먼저 손실이 난 주식과 같은 세율이 적용되는 주식의 이익에서 빼고, 그래도 남는 손실만 다른 세율 주식의 이익에서 뺍니다. 세율이 높은 주식에서 먼저 빼 세금을 줄이는 방식은 허용되지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제102조 제2항은 양도차손을 같은 소득 그룹의 다른 자산 양도소득금액에서 공제하되 공제 방법은 세율 등을 고려해 대통령령으로 정하도록 했고, 「소득세법 시행령」 제167조의2 제1항이 그 순서를 정합니다.

• 1순위 - 손실이 난 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액
• 2순위 - 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액. 다른 세율 자산이 둘 이상이면 각 세율별 양도소득금액 비율로 나눠 공제

사례의 세액은 어떻게 달라지나요?

사례에서 A사 손실 1억원은 같은 10% 세율인 B사 이익 1억원에서 먼저 빠집니다. B사 이익이 0이 되므로 C사 이익 2억원은 그대로 남고, 기본공제 250만원을 빼기 전 금액으로 단순 계산하면 20%를 적용한 4천만원이 본세입니다.

G씨가 신고한 방식은 B사 1억원에 10%, C사 1억원에 20%를 적용한 3천만원이었습니다. 1천만원을 적게 신고했으므로 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 더해집니다.

중소기업 소액주주 주식은 10%, 그 밖의 소액주주 주식은 20%입니다. 같은 비상장주식이라도 회사가 중소기업인지에 따라 세율이 달라지므로, 통산 전에 종목별 세율부터 확정해야 순서를 정할 수 있습니다.

같은 세율 주식이 없으면 어떻게 나누나요?

같은 세율을 적용받는 주식의 이익이 없거나 그 이익을 다 빼고도 손실이 남으면, 남은 손실을 다른 세율 주식들의 이익 비율대로 나눠 뺍니다. 한 종목에 몰아 빼지 않습니다.

예를 들어 10% 세율 주식에서 6천만원 손실이 났고, 20% 세율 주식 2억원과 30% 세율 주식(대주주가 1년 미만 보유한 중소기업 외 법인 주식) 1억원의 이익이 있다면 손실을 2대1로 나눠 4천만원과 2천만원씩 뺍니다. 감면소득이 섞여 있으면 감면소득금액과 그 밖의 소득금액 비율로 다시 나눕니다.

통산은 주식 양도소득 그룹 안에서만 합니다. 부동산 양도 손익이나 파생상품 손익과는 섞지 않고, 그해 남은 손실은 다음 해로 넘어가지 않습니다.

상·하반기에 나눠 판 경우는 어떻게 하나요?

상반기와 하반기에 나눠 팔았다면 예정신고는 반기별로 하지만, 다음 해 5월 확정신고에서 1년 전체 손익을 다시 모아 같은 순서로 통산합니다. 하반기 손실이 상반기 같은 세율 이익에서 빠지는 식으로 세액이 다시 계산될 수 있습니다.

예정신고를 두 번 이상 하면서 앞선 신고분과 합산하지 않았고 그 결과 세액이 달라진다면 확정신고를 따로 해야 합니다.

주식 손익통산 대응 순서

• 종목별 세율 확정 - 그해 대주주 여부, 중소기업 여부, 보유기간으로 종목마다 적용 세율을 정합니다.
• 같은 세율 먼저 통산 - 손실 종목을 같은 세율 이익 종목에서 먼저 빼고 남은 손실을 확인합니다.
• 남은 손실 안분 - 남은 손실은 다른 세율 종목의 이익 비율대로 나눠 뺍니다.
• 수정신고·확정신고 - 순서를 잘못 적용했다면 과세표준수정신고서로 바로잡고, 다음 해 5월 확정신고에서 연간 합산으로 다시 맞춥니다.
• 불복 검토 - 세율 분류나 안분 계산이 잘못된 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대주주 누진세율 구간이나 감면소득이 섞이면 계산이 달라지므로 종목별 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 같은 세율인지는 무엇으로 판단하나요?
  통산 순서는 손실 자산과 같은 세율을 적용받는 자산인지로 정하므로 종목별 적용 세율을 먼저 확정해야 합니다. 세율 분류가 애매하면 그해 대주주 여부와 중소기업 여부 자료로 근거를 정리해 계산합니다.
• 남은 손실은 어떤 비율로 나누나요?
  같은 세율 주식 이익을 다 빼고도 손실이 남으면 다른 세율 주식들의 세율별 양도소득금액 합계에서 각 금액이 차지하는 비율로 나눠 뺍니다. 한 종목에 몰아서 빼지 않으므로 종목별 이익 금액을 함께 정리합니다.
• 감면받는 주식이 섞이면 어떻게 하나요?
  공제 대상 양도소득금액에 감면소득금액이 들어 있으면 순양도소득금액과 감면소득금액의 비율로 손실을 나눠 공제한 것으로 봅니다. 감면소득금액도 그만큼 줄어들므로 감면세액이 함께 달라집니다.
• 부동산 손실도 주식 이익에서 빼나요?
  부동산과 주식은 양도소득 그룹이 달라 서로 통산하지 못합니다. 한 그룹에서 생긴 결손금은 다른 그룹의 소득금액과 합산하지 않으므로 주식 손익은 주식끼리만 계산하고 부동산 손실은 부동산 이익에서만 뺍니다.
• 하반기 손실로 상반기 세금을 줄일 수 있나요?
  다음 해 5월 확정신고에서 1년 전체 주식 손익을 모아 같은 순서로 다시 통산하므로 하반기 손실이 상반기 이익에서 빠질 수 있습니다. 그 결과 예정신고 때 더 낸 세액은 확정신고에서 정산합니다.
• 순서를 잘못 적용했다면 가산세가 얼마인가요?
  적게 신고한 세액의 10%가 과소신고가산세이고 적게 낸 기간만큼 납부지연가산세가 더해집니다. 세무서가 경정하기 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 최대 90%까지 감면받습니다.
• 통산 계산이 틀린 고지는 어떻게 다투나요?
  세율 분류나 안분 계산이 잘못된 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 종목별 세율 근거와 통산 계산표를 함께 내는 것이 중심입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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