법인세·소득세

주식교환 대가로 자기주식을 주면 시가와 장부가 차이에 법인세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 주식의 포괄적 교환에서 신주 대신 자기주식을 교부하는 거래는 자본거래여서 시가와 장부가액 차이를 원칙적으로 익금에도 손금에도 넣지 않습니다. 처분이익은 주식의 포괄적 교환차익 범위에서 익금에서 빠지고, 조세심판원은 처분손실도 손금으로 인정하지 않았습니다. 지금은 교환차익 계산과 교부한 자기주식의 장부가액부터 확인하십시오.

자기주식을 넘겼으니 일반 매각처럼 처분이익에 법인세를 내야 한다고 볼 필요는 없습니다. 주식의 포괄적 교환은 자본거래로 따로 다룹니다.

이런 상담이 많습니다

상장회사 E사는 계열사 F사를 100% 자회사로 만들기 위해 2025년 「상법」에 따른 주식의 포괄적 교환을 했습니다. E사는 F사 주주들에게 교환 대가로 신주 일부와 함께 몇 년 전 사들인 자기주식을 넘겼고, 교환 당시 시가가 취득가보다 높아 장부상 처분이익이 생겼습니다. 재무 담당자는 이 처분이익을 익금에 넣어 법인세를 계산해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

교환 대가로 준 자기주식의 처분손익은 익금·손금인가요?

원칙적으로 익금에도 손금에도 넣지 않습니다. 주식의 포괄적 교환에서 신주 발행 대신 자기주식을 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 거래는 자본거래이므로, 교환 당시 자기주식의 시가와 장부가액 차이는 각 사업연도 소득금액 계산에서 빠집니다.

법인세법은 주식의 포괄적 교환차익을 익금에 넣지 않는 자본거래 수익으로 정합니다. 교환차익은 「상법」상 완전모회사의 자본금 증가 한도액이 실제로 증가한 자본금을 넘는 금액이고, 그 한도액은 완전자회사 순자산액에서 교부금과 이전하는 자기주식의 장부가액을 빼서 계산합니다.

자기주식의 장부가액이 이 계산 안에 들어가 있으므로, 시가가 장부가액보다 높아 생긴 차익은 교환차익의 범위 안에서 익금에서 빠지는 구조입니다. 신주를 발행해 교부하든 자기주식을 교부하든 경제적 실질이 같다는 점도 같은 결론의 이유입니다.

자기주식 양도금액을 익금으로 정한 규정과는 어떻게 맞물리나요?

2019. 2. 12. 법인세법 시행령 개정으로 자기주식의 양도금액이 수익의 범위에 명시되었지만, 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 법과 시행령에서 달리 정한 것은 제외한다고 정하고 있습니다. 포괄적 교환차익의 익금불산입은 법률이 따로 정한 예외이므로, 교환 대가로 넘긴 자기주식의 처분이익은 교환차익 범위 안에서 여전히 익금에서 빠집니다.

일반적인 자기주식 매각은 다릅니다. 회사가 보유하던 자기주식을 시장이나 제3자에게 팔아 생긴 처분손익은 익금·손금에 들어갑니다. 같은 자기주식이라도 어떤 거래로 넘겼는지에 따라 세무처리가 갈리므로, 교환 대가 교부분과 일반 매각분을 장부에서 나누어 두어야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2015-법령해석법인-0158(2015. 9. 9.)에서, 주권상장법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따라 산정된 교환가액으로 포괄적 교환을 하면서 신주 발행에 갈음해 자기주식을 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 거래는 자본거래이므로, 교환 당시 자기주식의 시가와 장부가액 차액은 익금 또는 손금에 산입하지 않는다고 회신했습니다.

회신 근거였던 「상법」 제360조의6(신주발행에 갈음한 자기주식 이전)은 2015. 12. 1. 개정으로 삭제되었고, 지금은 같은 법 제360조의2 제2항이 신주 배정과 자기주식 이전을 나란히 정합니다. 2019년 시행령 개정 뒤에도 국세청은 사전-2020-법령해석법인-1089(2020. 12. 29.)에서 같은 취지로 회신한 것으로 조세심판원 결정에 나타납니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로 교환가액이 시가와 크게 다르면 부당행위계산 등 다른 쟁점이 생길 수 있습니다.

처분손실이 났다면 경정청구로 손금에 넣을 수 있나요?

현재로서는 어렵습니다. 조세심판원은 2020년 포괄적 교환에서 교부한 자기주식의 처분손실을 손금에 넣어 달라는 경정청구 거부에 대한 심판청구에서, 처분이익이 교환차익 범위 안에서 익금불산입 대상이라면 처분손실도 자본거래 관련 손실로서 손금에 넣지 않는다고 보아 청구를 기각했습니다.

청구법인은 2019년 시행령 개정과 자기주식 처분손익을 과세 대상으로 본 대법원 판례를 들었지만, 심판원은 합병으로 취득한 자기주식을 양도한 사안과 포괄적 교환 대가 교부는 사실관계가 다르다고 보았습니다. 2026. 10. 11. 기준으로 이 쟁점에 대한 대법원 판단은 확인되지 않으므로, 소송까지 갈지는 손실 규모와 증빙을 보고 정해야 합니다. 2027. 1. 1.부터 시행되는 「상법」 개정으로 자기주식 처분 절차가 바뀌므로 앞으로의 교환 계획은 회사법 절차도 함께 확인해야 합니다.

주식교환 자기주식 교부 세무 대응 순서

• 교환 구조 확인 - 교환계약서에서 신주와 자기주식의 교부 비율, 교환가액 산정 근거를 확인합니다.
• 교환차익 계산 - 완전자회사 순자산액, 이전한 자기주식 장부가액, 증가한 자본금으로 「상법」상 한도액과 교환차익을 계산해 처분손익이 그 범위 안인지 봅니다.
• 세무조정 - 법인세 과세표준 및 세액신고서에서 교환 대가 교부분의 처분손익을 익금불산입·손금불산입으로 조정하고, 일반 매각분과 나누어 적습니다.
• 기존 신고 점검 - 처분이익을 익금에 넣어 신고했다면 5년 안에 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서로 바로잡기를 검토합니다.
• 불복 판단 - 처분손실 손금 부인으로 다툴 때는 위 심판 결정을 전제로 실익을 따지고, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 교환가액과 순자산 계산에 따라 교환차익 범위가 달라지므로 교환계약서와 재무제표를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식교환·합병 등 자본거래의 법인세 과세 문제와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주식의 포괄적 교환차익은 무엇인가요?
  포괄적 교환을 한 경우 「상법」상 완전모회사의 자본금 증가 한도액이 실제로 증가한 자본금을 넘는 금액입니다. 법인세법은 이 금액을 자본거래로 인한 수익으로 보아 익금에 넣지 않습니다.
• 자본금 증가 한도액은 어떻게 계산하나요?
  교환일에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액에서 그 주주에게 주는 금전 등 재산 가액과, 이전하는 자기주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액입니다. 이미 일부 주식을 갖고 있었다면 이전 비율을 곱해 계산합니다.
• 일반적인 자기주식 매각도 같은가요?
  아닙니다. 회사가 보유하던 자기주식을 시장이나 제3자에게 팔면 그 양도금액은 수익이 되고 장부가액은 손비가 되어 처분손익이 법인세에 반영됩니다. 포괄적 교환 대가로 넘긴 경우만 자본거래로 따로 다룹니다.
• 처분손실은 손금으로 넣을 수 있나요?
  조세심판원은 포괄적 교환 대가로 교부한 자기주식의 처분손실은 자본거래와 관련된 것이어서 손금에 넣지 않는다고 보아 경정청구 거부에 대한 심판청구를 기각했습니다. 처분이익과 처분손실을 같은 원리로 본 것입니다.
• 교환가액이 시가와 다르면 문제가 되나요?
  교환비율이 시가와 크게 다르게 정해지면 특수관계인에게 이익을 나누어 준 것으로 보아 부당행위계산이나 주주의 증여세 문제가 생길 수 있습니다. 상장법인은 법령에 따른 교환가액 산정 근거를 보관해 두어야 합니다.
• 처분이익을 익금에 넣어 신고했다면요?
  교환차익 범위 안의 처분이익을 익금에 넣어 법인세를 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 경정청구서에는 교환차익 계산표와 주식교환계약서, 자기주식 장부가액 자료를 함께 냅니다.
• 세무서 처분은 어떻게 다투나요?
  납부고지서나 경정청구 거부 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이 쟁점은 심판 결정이 이미 있으므로 다툴 실익과 논리를 먼저 따져 보아야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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