취득세·보유세

주택임대업이 아닌 업종으로 사업자등록한 임대주택도 종부세 합산배제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

받을 수 있습니다. 2026. 2. 27. 개정 종합부동산세법 시행령은 합산배제 요건 중 「주택임대업 사업자등록」을 소득세법·법인세법상 사업자등록으로 바꾸어 업종 제한을 없앴습니다. 2026년분부터 적용되고, 업종 때문에 합산되어 낸 지난 연도분도 납부기한 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다.

시·군·구에 임대사업자로 등록하고 세무서에도 사업자등록을 했는데, 업종이 주택임대업이 아니라는 이유로 임대주택이 종부세 합산배제에서 빠진 분들이 있습니다. 2026. 2. 27. 시행된 개정 시행령은 「주택임대업」이라는 문구를 빼고 소득세법·법인세법에 따른 사업자등록만 있으면 되도록 바꾸었습니다. 임대기간, 공시가격, 임대료 증가율 같은 다른 요건은 그대로이므로, 업종 때문에만 배제되었는지부터 확인합니다. 법인 임대사업자도 법인세법에 따른 사업자등록이면 같은 기준이 적용됩니다. 다만 구청 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록은 서로 다른 등록이므로 둘 다 갖추어야 합니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2019. 5. 서울의 다세대주택 두 채를 장기일반민간임대주택으로 구청에 등록하고 세무서에 사업자등록을 했습니다. 그런데 이미 하고 있던 상가 임대사업자등록에 업종을 추가하는 과정에서 업종이 비주거용 건물 임대업으로만 올라가 있었습니다. 세무서는 2025년분 종부세에서 주택임대업 사업자등록이 없다며 두 채를 합산했고 D씨는 고지된 세액을 냈습니다. D씨는 2026. 9. 합산배제 신고를 다시 하면서, 이미 낸 지난해 종부세도 돌려받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사업자등록 요건은 무엇이 바뀌었나요?

합산배제 임대주택은 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자 등이 과세기준일 현재 사업자등록을 한 상태에서 임대하는 주택 가운데 요건을 갖춘 주택입니다. 2026. 2. 26.까지는 이 사업자등록을 「주택임대업 사업자등록」으로 정해 두어 업종이 다르면 요건을 갖추지 못한 것으로 볼 여지가 있었습니다.

개정 시행령은 「소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 사업자등록」으로 바꾸어 업종 제한을 없앴습니다. 실제로 주택을 임대하면서 사업자등록 업종 분류만 잘못된 경우에 종부세가 부과되던 문제를 풀려는 개정입니다.

2026년분 종부세부터 적용되나요?

부칙은 개정규정을 이 영 시행 이후 과세표준과 세액을 신고하거나 결정·경정하는 경우부터 적용한다고 정합니다. 2026. 6. 1. 과세기준일의 2026년분 종부세는 12월에 결정·고지되므로 새 규정이 적용됩니다. 합산배제를 받으려면 9. 16.부터 9. 30.까지 보유현황 신고를 해야 하고, 처음 신고한 다음 해부터는 변동이 없으면 생략할 수 있습니다. 과세기준일 현재 임대를 시작했다면 신고기간이 끝나는 9. 30.까지 사업자등록을 해도 과세기준일에 등록한 것으로 봅니다.

2026년분 납부고지서를 받으면 합산배제를 신고한 주택이 과세표준에서 빠졌는지 세액 계산 내역으로 먼저 확인합니다. 그래도 합산되어 있다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 하거나, 납부기한이 지난 뒤 경정청구로 바로잡을 수 있습니다.

이미 낸 지난해 종부세도 돌려받을 수 있나요?

종부세를 부과·고지받은 사람도 경정청구를 할 수 있고, 기한은 그 해 납부기한이 지난 후 5년입니다. 부칙 문언이 「결정·경정하는 경우」를 적용 대상으로 정하고 있어, 2026. 2. 27. 이후 경정하는 지난 연도분에도 새 규정을 적용해야 한다고 볼 여지가 있습니다.

다만 과세관청은 과세기준일 당시 시행되던 규정을 적용해야 한다고 볼 수 있어 결론이 갈릴 수 있습니다. 2022년분까지처럼 2023. 1. 1. 전에 고지된 연도분은 고지받은 종부세의 경정청구를 허용한 국세기본법 개정 규정이 어디까지 미치는지도 함께 따져야 합니다. 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다툴 수 있으므로, 연도별 기한을 놓치지 않도록 오래된 연도부터 먼저 청구합니다. 세무서가 2개월 안에 답하지 않아도 그다음 날부터 불복할 수 있습니다. 경정청구서에는 연도별 합산 대상 주택과 그 해 요건을 갖춘 자료, 업종 말고는 배제 사유가 없었다는 설명을 함께 붙입니다.

업종 말고 다른 요건은 그대로인가요?

그대로입니다. 매입한 장기일반민간임대주택이라면 임대를 시작한 날이나 최초 합산배제 신고 연도의 과세기준일 기준 공시가격이 수도권 6억원, 수도권 밖 3억원 이하이고, 10년 이상 계속 임대하며, 임대료 증가율이 5% 이하여야 합니다. 임대료 요건을 어기면 그 해를 포함해 연속하는 2개 과세연도까지 합산배제에서 빠집니다.

2020. 7. 11. 이후 등록 신청한 아파트 장기일반민간임대주택, 조정대상지역에서 1주택 이상 세대가 새로 취득한 주택 등은 업종과 관계없이 제외됩니다. 업종 문제만 해결되면 되는지, 다른 제외 사유가 있는지를 함께 따져야 경정청구의 실익을 판단할 수 있습니다. 구청 임대사업자 등록이 자동말소된 주택은 사업자등록과 별개로 합산배제 대상이 아니며, 이 경우는 「자동말소된 임대 오피스텔을 다시 등록하면 종부세 합산배제가 되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

종부세 합산배제 사업자등록 대응 순서

• 배제 사유 확인 - 지난 고지서와 세무서 안내에서 합산배제가 빠진 이유가 업종인지 확인합니다.
• 등록 상태 점검 - 구청 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록이 과세기준일에 유지되었는지 봅니다.
• 다른 요건 대조 - 공시가격, 임대기간, 임대료 증가율과 제외 주택 해당 여부를 연도별로 정리합니다.
• 경정청구 - 납부기한이 지난 후 5년이 끝나기 전에 연도별로 경정청구를 냅니다.
• 불복 - 거부 통지를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합산배제가 빠진 이유가 업종뿐인지와 다른 요건을 갖추었는지에 따라 돌려받을 수 있는 연도와 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 종부세 합산배제 경정청구와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주택임대업이 아닌 업종으로 사업자등록해도 합산배제가 되나요?
  2026. 2. 27. 이후 신고하거나 결정·경정하는 분부터는 소득세법·법인세법에 따른 사업자등록만 있으면 됩니다. 업종이 주택임대업이 아니라는 이유만으로는 합산배제에서 빠지지 않고, 다른 요건을 갖추면 됩니다.
• 2026년분 종부세에 바로 적용되나요?
  적용됩니다. 2026년분은 6월 1일 과세기준일 기준으로 12월에 결정·고지되므로 개정 시행령 이후의 결정에 해당합니다. 다만 9. 16.부터 9. 30.까지 보유현황 신고를 했어야 합니다.
• 이미 낸 지난해 종부세도 돌려받을 수 있나요?
  종부세를 고지받은 사람도 납부기한이 지난 후 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 부칙이 결정·경정하는 경우부터 적용한다고 정해 지난 연도분에도 새 규정을 주장할 여지가 있지만 해석이 갈릴 수 있습니다.
• 2021년분 경정청구는 언제까지 하나요?
  2021년분 종부세 납부기한은 2021. 12. 15.이었으므로 5년이 지나는 2026. 12. 15.이 마지막 날입니다. 2023. 1. 1. 전에 고지된 연도분은 경정청구 규정의 적용 범위를 두고 다툼이 생길 수 있어, 기한 안에 먼저 청구해 두는 편이 안전합니다.
• 업종 문제만 해결되면 바로 합산배제되나요?
  아닙니다. 매입 장기일반민간임대주택은 공시가격 수도권 6억원·수도권 밖 3억원 이하, 10년 이상 임대, 임대료 증가율 5% 이하를 갖춰야 하고, 2020. 7. 11. 이후 등록 신청한 아파트 등은 제외됩니다.
• 합산배제 신고는 해마다 해야 하나요?
  처음 합산배제 신고를 한 다음 해부터는 신고한 내용 중 정해진 사항에 변동이 없으면 신고하지 않아도 됩니다. 주택을 추가하거나 임대 조건이 바뀌었다면 그 해 9월에 다시 신고합니다.

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