부가가치세

콘도 공유제 분양을 잔금 전에 회원제로 바꾸면 수정세금계산서를 발급하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 계약금·중도금에 세금계산서를 발급한 공유제 콘도 분양을 잔금청산·소유권이전등기·사용수익 전에 회원제로 바꾸면 계약 해제로 보아 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 과세되는 재화의 공급이 과세대상이 아닌 거래로 바뀌어 당초 공급이 없었던 것이 되기 때문입니다. 변경 합의일이 잔금·등기·사용 개시보다 앞서는지부터 확인하십시오.

계약 종류만 바꾸는 것이니 처음 세금계산서를 그대로 두어도 된다고 생각하기 쉽지만, 그러면 공급하지 않은 재화의 매출세액을 계속 떠안게 됩니다. 반대로 이미 소유권이 넘어간 뒤의 변경이라면 같은 방식으로 지울 수 없으니 변경 시점부터 확인해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

휴양콘도미니엄을 운영하는 H사는 개별 호실 지분을 넘기는 공유제 분양과, 입회금을 나중에 돌려주는 회원제 분양을 함께 하고 있습니다. 2025년 3월 공유제 분양계약을 맺은 고객은 계약금과 두 차례 중도금, 모두 약 6천만원을 냈고 H사는 그때마다 세금계산서를 발급했습니다. 고객이 2025년 12월 잔금일까지 잔금을 내지 못해 소유권이전등기도 하지 못한 상태에서 회원제로 바꾸고 싶다고 요청했고, 양쪽은 2026년 2월 회원권 종류 변경에 합의했습니다. 이미 발급한 세금계산서를 어떻게 처리해야 하는지 문의가 들어왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공유제 분양을 회원제로 바꾸면 이미 발급한 세금계산서는 어떻게 하나요?

잔금청산·소유권이전등기·사용수익 전에 공유제 분양계약을 회원제 계약으로 바꿨다면, 공유제 분양계약은 해제된 것으로 보아 수정세금계산서를 발급해야 합니다. 과세되는 재화의 공급이 과세되지 않는 거래로 바뀌었기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 계약의 해제로 재화나 용역이 공급되지 않은 경우 계약해제일을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여, 붉은색 글씨나 음의 표시로 수정세금계산서를 발급하도록 정합니다.

• 공유제 분양 - 콘도 개별 호실의 지분을 넘기는 방식으로 재화의 공급에 해당
• 회원제 분양 - 입회금을 나중에 돌려주는 방식으로, 회신은 과세대상이 아니라고 전제
• 변경의 의미 - 과세 거래에서 과세대상이 아닌 거래로 바뀐 것이므로 당초 공급은 없었던 것이 됨

중간지급조건부 분양에서 공급시기는 언제였나요?

계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 인도일까지 6개월 이상이고 그 사이에 계약금 외 대가를 나눠 받으면 중간지급조건부 공급입니다. 이때는 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기여서 계약금·중도금마다 세금계산서를 발급합니다.

그래서 공급시기가 이미 지나 세금계산서를 발급한 금액이 있어도, 실질적인 소유권이 넘어가기 전에 계약이 해제되면 그 해제일에 재화의 공급이 없었던 것이 됩니다. 수정세금계산서는 계약금·중도금으로 발급한 세금계산서 전부를 대상으로 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 콘도 사업자가 중간지급조건부 재화의 공급인 공유제 회원권 분양계약을 맺고 대가의 각 부분을 받기로 한 때 세금계산서를 발급한 뒤, 잔금청산일·소유권이전등기일·사용수익일이 오기 전에 재화의 공급이 아닌 회원제 회원권 공급으로 바꾸는 계약을 맺으면 시행령 제70조에 따라 수정세금계산서를 발급해야 한다고 회신했습니다(법규부가2014-491, 2014. 10. 23.).

검토 의견은 계약 해제로 인한 수정세금계산서는 해제 사유가 생긴 것만으로 발급하는 것이 아니라, 해제와 함께 재화나 용역이 공급되지 않은 경우에 발급하는 것이라고 보았습니다. 회신 근거인 시행령 제70조 제1항 제2호와 시행규칙 제18조는 지금도 같은 내용이어서 결론은 같습니다. 잔금을 치르고 등기를 마친 뒤 회원제로 바꿨다면 공급이 이미 이루어진 것이므로 결론이 달라질 수 있습니다.

콘도 분양 계약 변경 수정세금계산서 대응 순서

• 변경 시점 확인 - 잔금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익 개시일보다 변경 합의일이 앞서는지 확인합니다.
• 변경 계약서 작성 - 공유제 분양계약을 해제하고 회원제 계약을 새로 맺는다는 내용을 날짜와 함께 적습니다.
• 수정세금계산서 발급 - 변경 합의일을 작성일로, 비고란에 처음 작성일을 덧붙여 계약금·중도금 세금계산서를 음의 표시로 발급합니다.
• 신고 반영 - 수정세금계산서를 해제일이 속하는 과세기간의 매출처별 세금계산서합계표와 신고서에 반영합니다.
• 경정 대응 - 세무서가 다르게 보면 세무조사 결과 통지 뒤 30일 이내 과세전적부심사, 납부고지 뒤 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 고객이 이미 객실을 사용하기 시작했거나 회원제 입회금 일부를 돌려주지 않는 조건이 붙어 있으면 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 분양계약 해제와 수정세금계산서를 둘러싼 부가가치세 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 회원제 회원권은 왜 과세대상이 아닌가요?
  질의 당시 회원제 분양권은 입회금을 나중에 돌려주는 방식이어서 재화나 용역의 대가가 아니라고 전제됐습니다. 돌려주지 않는 입회금이 섞여 있다면 성격을 따로 따져야 하므로 회원 약관을 확인합니다.
• 수정세금계산서 작성일은 언제인가요?
  계약 해제로 재화가 공급되지 않은 경우 계약해제일을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 붉은색 글씨나 음의 표시로 발급합니다. 회원권 종류 변경 합의일이 해제일이 됩니다.
• 잔금을 치른 뒤 바꿨다면 어떻게 되나요?
  잔금청산이나 소유권이전등기, 사용수익이 이미 이루어졌다면 재화의 공급이 끝난 것이어서 계약 해제에 따른 수정세금계산서로 지울 수 없습니다. 그 뒤 회원제로 바꾸는 거래는 새 거래로 보아 따로 판단합니다.
• 중간지급조건부는 어떤 경우인가요?
  계약금을 받기로 한 날의 다음 날부터 재화를 인도하거나 이용가능하게 하는 날까지 6개월 이상이고 그 사이 계약금 외 대가를 나눠 받는 경우입니다. 이때 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기입니다.
• 고객이 받은 매입세액은 어떻게 되나요?
  고객이 사업자로서 계약금·중도금 세금계산서로 매입세액공제를 받았다면, 음의 수정세금계산서를 받은 과세기간에 그만큼 매입세액을 줄여 신고해야 합니다. 양쪽 신고가 맞아야 이후 확인 요청이 줄어듭니다.
• 세무서가 수정세금계산서를 인정하지 않으면요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지 뒤라면 90일 이내 심판청구를 하고 변경 계약서와 등기부·객실 사용 기록을 근거로 냅니다.

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