부가가치세

면세사업자 번호로 받은 세금계산서, 과세 겸업 정정 뒤 공제받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 면세사업자가 과세사업을 더하면서 매입한 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록 정정신고를 했다면 그 과세기간 첫날부터 면세사업자 번호로 받은 세금계산서의 과세사업 관련 매입세액은 공제됩니다. 정정신고서를 내면 그날 사업자등록을 신청한 것으로 보기 때문입니다. 정정신고일이 과세기간 종료 후 20일 안인지부터 확인하십시오.

면세사업자 번호로 세금계산서를 받았다고 해서 그 매입세액을 모두 포기할 필요는 없습니다. 정정신고 시점이 기한 안이면 과세사업에 쓴 부분은 공제되고, 과세·면세에 함께 쓴 부분만 나눠 계산하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

N씨는 2024년 12월 부가가치세가 면제되는 주택을 지어 파는 사업을 시작하면서 면세사업자로 등록했습니다. 그런데 2025년 초 같은 건물 1층을 상가로 지어 분양하기로 계획을 바꾸면서 2025년 1월부터 6월까지 공사 자재와 설계 용역을 사며 면세사업자 번호로 세금계산서를 받았고, 매입세액은 약 6천만원이었습니다. N씨는 2025년 7월 15일 과세·면세 겸영 사업자로 사업자등록 정정신고를 했고, 이 세금계산서의 매입세액을 공제받을 수 있는지 문의가 들어왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

면세사업자 번호로 받은 세금계산서도 매입세액공제가 되나요?

네, 면세사업자가 과세사업을 더하면서 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 사업자등록 정정신고를 했다면, 그 과세기간 첫날부터 면세사업자 번호로 받은 세금계산서의 매입세액은 과세사업 관련분에 한해 공제됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액을 공제하지 않습니다. 다만 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면, 등록신청일부터 그 과세기간 기산일까지 거꾸로 센 기간 안의 매입세액은 공제합니다.

그리고 시행령은 면세사업자가 추가로 과세사업을 하려고 사업자등록 정정신고서를 내면 그것을 사업자등록 신청으로 봅니다. 그래서 정정신고일이 등록신청일이 됩니다.

정정신고를 늦게 하면 어디까지 공제받지 못하나요?

정정신고일이 매입한 과세기간이 끝난 후 20일을 넘기면 그 과세기간의 매입세액은 등록 전 매입세액으로 공제되지 않습니다. 날짜 하나로 한 과세기간 전체의 공제가 갈립니다.

• 제때 신고 - 2025년 제1기 매입분은 2025. 7. 20.까지 정정신고하면 2025. 1. 1. 이후분 공제
• 늦은 신고 - 2025. 7. 21. 이후 정정신고하면 2025년 제1기 매입분은 공제되지 않음
• 더 앞선 매입 - 정정신고일로부터 거꾸로 센 과세기간보다 앞선 과세기간(이 사례의 2024년 12월분)은 공제 범위 밖

또한 공제되는 것은 과세사업에 쓰인 매입세액입니다. 회신도 해당 과세기간 중 과세사업 관련 매입세액이어야 한다고 덧붙였습니다.

과세·면세에 함께 쓴 매입세액은 어떻게 나누나요?

주택과 상가 공사에 함께 들어간 자재나 설계비처럼 어느 사업에 쓰였는지 나눌 수 없는 공통매입세액은 면세공급가액 비율 등 정해진 기준으로 나눠 과세사업분만 공제합니다. 아직 공급가액이 없는 신축 단계라면 예정사용면적 비율을 먼저 씁니다.

• 실지귀속 구분 - 상가 전용 공사분은 과세, 주택 전용 공사분은 면세로 먼저 나눔
• 공통매입세액 - 나눌 수 없는 부분은 안분 계산
• 신축 건물 - 과세·면세 예정사용면적을 구분할 수 있으면 그 비율을 우선 적용하고, 면적이 확정되는 과세기간에 정산

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 면세사업자로 등록한 자가 2016. 7. 19. 과세·면세 겸업자로 사업자등록 정정신청을 한 경우, 2016년 1월부터 6월까지 재화·용역을 공급받고 면세사업자 등록번호로 발급받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 있고, 과세·면세 공통매입세액은 안분계산한다고 회신했습니다(사전-2016-법령해석부가-0320, 2016. 7. 28.).

검토 의견은 정정신고를 한 날에 사업자등록 신청을 한 것으로 보고, 제1기 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 신청했으므로 그 과세기간 기산일까지 역산한 기간의 매입세액을 공제한다고 보았습니다. 현행 제39조 제1항 제8호와 시행령 제11조 제10항도 같은 내용이어서 결론은 같습니다. 정정신고가 과세기간 종료 후 20일을 넘겼다면 결론이 달라집니다.

면세사업자 매입세액 공제 대응 순서

• 날짜 확인 - 과세사업을 시작하기로 한 날, 첫 매입 공급시기, 정정신고 가능 마감일(과세기간 종료 후 20일)을 적어 봅니다.
• 정정신고 - 기한 안에 사업자등록 정정신고서로 과세·면세 겸영 사업자 등록을 합니다.
• 세금계산서 분류 - 면세사업자 번호로 받은 세금계산서를 과세 전용, 면세 전용, 공통으로 나눕니다.
• 신고와 안분 - 공제받지 못할 매입세액 명세서에 면세분과 공통매입세액 안분 결과를 적어 확정신고합니다.
• 경정청구·불복 - 공제를 빠뜨렸다면 5년 이내 경정청구, 부인 통지를 받으면 30일 이내 과세전적부심사나 납부고지 뒤 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 같은 건물을 주택과 상가로 나누는 비율이 설계 변경으로 바뀌었거나 분양 전에 용도를 바꾼 경우에는 도면과 분양계약을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 등록 전 매입세액과 공통매입세액 안분을 둘러싼 부가가치세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 정정신고를 등록신청으로 보는 근거는 무엇인가요?
  소득세법이나 법인세법에 따라 등록한 면세사업자가 추가로 과세사업을 하려고 사업자등록 정정신고서를 내면 부가가치세법상 사업자등록 신청을 한 것으로 봅니다. 그래서 정정신고일이 등록신청일이 됩니다.
• 제2기 매입분은 언제까지 정정신고해야 하나요?
  일반과세자의 제2기 과세기간은 7월 1일부터 12월 31일까지이므로, 그 기간 매입분을 공제받으려면 과세기간이 끝난 후 20일 이내인 다음 해 1월 20일까지 정정신고해야 합니다.
• 20일을 하루 넘기면 공제가 안 되나요?
  과세기간이 끝난 후 20일을 넘겨 정정신고하면 그 과세기간 매입분은 등록 전 매입세액으로 공제되지 않습니다. 정정신고일 이후의 매입분만 공제 대상이 되므로 마감일을 미리 확인합니다.
• 신축 중이라 공급가액이 없으면 어떻게 안분하나요?
  과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 과세기간에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율 순으로 안분합니다. 건물 신축으로 예정사용면적을 구분할 수 있으면 면적 비율을 먼저 씁니다.
• 면세 전용 매입분도 공제되나요?
  아니요. 주택 부분처럼 면세사업에만 쓰인 매입세액은 정정신고를 제때 했더라도 면세사업 관련 매입세액으로 공제되지 않습니다. 과세 전용분은 공제하고, 공통분은 안분해 과세사업 몫만 공제합니다.
• 공제를 빠뜨리고 신고했으면 어떻게 하나요?
  법정신고기한까지 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 공제 누락분의 환급을 청구할 수 있습니다. 정정신고 접수증과 과세·면세·공통으로 나눈 세금계산서 분류표를 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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