부가가치세

부동산매매업자가 건물을 팔았는데 소득세에 부가가치세까지 내면 이중과세 아닌가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 부동산매매업자가 건물을 팔면 그 소득에 대한 소득세와 별도로 건물 공급에 대한 부가가치세를 내야 하고 이는 중복과세가 아닙니다. 두 세금은 과세대상이 달라, 대법원도 양도소득세를 부과한 뒤 따로 부가가치세를 부과한 처분을 적법하다고 보았습니다. 지금은 판 부동산 가격을 토지분과 건물분으로 나눠 적어 두십시오.

땅값에 해당하는 부분까지 부가가치세를 낼 걱정은 하지 않아도 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2023년부터 2025년까지 다가구주택과 근린생활시설 건물 네 채를 지어 짧게는 몇 달 만에 차례로 팔았습니다. 마지막 건물을 2025년에 약 18억원에 판 뒤 소득세를 신고했는데, 2026년 세무서가 부동산매매업에 해당한다며 건물분 부가가치세를 따로 고지했습니다. A씨는 같은 거래에 세금을 두 번 매기는 것 아니냐고 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소득세와 부가가치세를 함께 내는 것이 중복과세인가요?

중복과세가 아닙니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「부가가치세법」은 사업자가 하는 재화의 공급에 부가가치세를 매기고, 소득세는 그 거래로 생긴 소득에 매깁니다. 과세대상이 달라 한 거래에 두 세금이 함께 붙을 수 있습니다.

대법원 1997. 4. 25. 선고 96누18557 판결은 부동산 양도가 부가가치세 과세대상인 부동산매매업에 해당하는 이상, 양도로 인한 소득에 대한 소득세와 별도로 부가가치세를 낼 의무가 있다고 했습니다. 세무서가 먼저 양도소득세를 부과했더라도 따로 한 부가가치세 부과처분이 중복과세로 위법한 것은 아니라고 보았습니다.

어떤 경우에 부동산매매업자로 보나요?

부동산 매매를 사업목적으로 나타내 판매하거나, 사업상 목적으로 1과세기간 중에 1회 이상 부동산을 취득하고 2회 이상 판매하면 부동산매매업으로 봅니다. 건물을 지어 분양·판매하는 경우도 포함됩니다.

이 기준에 딱 맞지 않더라도 수익 목적, 거래 규모와 횟수, 보유 기간을 보아 사업활동이라 할 만한 계속성과 반복성이 있으면 부동산매매업으로 봅니다. 대법원 1997. 4. 25. 선고 96누18557 판결은 이 판단에 판 부동산만이 아니라 양도인이 보유한 부동산 전반과 앞뒤 거래 사정을 모두 참작해야 한다고 했습니다.

부동산매매업자의 소득세는 양도소득세와 어떻게 다른가요?

부동산매매업자의 매매차익은 양도소득이 아니라 사업소득으로 종합소득세 대상입니다. 다만 주택 등 일정 자산의 매매차익이 있으면 종합소득 산출세액과 양도소득세율로 계산한 세액 중 많은 쪽을 내도록 한 특례가 있습니다.

부가가치세는 건물 공급분에만 붙습니다. 토지의 공급은 부가가치세 면세이므로 매매대금을 토지분과 건물분으로 나눠 건물분에만 과세해야 합니다. 계약서에 구분 가액이 없거나 비율이 비정상이면 세무서가 기준시가 등으로 안분합니다.

부동산매매업 부가가치세 대응 순서

• 거래 이력 정리 - 최근 몇 년간 취득·신축·판매한 부동산을 날짜순으로 정리합니다. 부동산매매업 해당 여부 판단의 기초입니다.
• 보유 목적 자료 확보 - 거주나 임대 목적으로 보유한 기간이 있었다면 전입 기록과 임대차계약서를 모읍니다. 사업성 부정의 근거가 됩니다.
• 토지·건물 가액 구분 - 매매계약서에서 토지분과 건물분 가액을 확인합니다. 토지분은 면세이므로 과세표준이 줄어듭니다.
• 소득세 신고 정비 - 양도소득세로 신고했다면 사업소득 신고로 바꿔야 하는지 검토합니다. 두 세목의 정산이 함께 필요합니다.
• 불복 제기 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 냅니다. 사업성 여부와 안분 가액을 함께 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신축 주택이 국민주택 규모 이하이거나 상속받은 부동산을 한꺼번에 처분한 경우처럼 면세나 사업성 판단이 달라질 사정이 있으면 건축물대장과 거래 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세와 종합소득세 부과처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 건물 한 채만 팔아도 부가세가 나오나요?
  한 번 판 것만으로는 원칙적으로 부동산매매업이 아닙니다. 부가가치세법 시행규칙 제2조 제2항은 매매를 사업목적으로 나타내거나 1과세기간 중 1회 이상 취득하고 2회 이상 판매한 경우를 부동산매매업으로 봅니다. 다만 앞뒤 몇 년간의 거래를 모두 보아 계속성과 반복성이 있으면 부동산매매업으로 판단될 수 있습니다.
• 땅값에도 부가가치세가 붙나요?
  붙지 않습니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제14호는 토지의 공급을 부가가치세 면세로 정합니다. 따라서 건물과 토지를 함께 팔았다면 매매대금을 토지분과 건물분으로 나누고 건물분에만 부가가치세를 계산합니다. 계약서에 구분 가액을 적어 두는 것이 다툼을 줄입니다.
• 양도소득세를 냈는데 부가세를 또 내는 게 맞나요?
  맞습니다. 대법원 1997. 4. 25. 선고 96누18557 판결은 부동산매매업에 해당하는 양도라면 소득세와 별도로 부가가치세를 낼 의무가 있고, 양도소득세를 먼저 부과했다고 해서 부가가치세 부과처분이 중복과세가 되지 않는다고 했습니다. 다툴 부분은 부동산매매업 해당 여부입니다.
• 부동산매매업자의 소득세는 어떻게 매기나요?
  매매차익을 사업소득으로 보아 종합소득세를 매깁니다. 다만 소득세법 제64조 제1항은 주택 등 일정 자산의 매매차익이 있는 부동산매매업자에게 종합소득 산출세액과 양도소득세율로 계산한 세액 중 많은 것을 내게 하는 특례를 둡니다. 양도소득세로만 신고했다면 정산이 필요합니다.
• 부가가치세 고지에 불복하는 기한은요?
  고지서를 받은 날부터 90일입니다. 국세기본법 제68조 제1항은 심판청구를 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 하도록 정합니다. 부동산매매업 해당 여부와 토지·건물 안분 가액을 함께 다투려면 거래 이력 자료를 이 기간 안에 정리해야 합니다.
• 신축 비용의 부가세는 공제받을 수 있나요?
  부동산매매업자로서 사업자로 인정되면 과세되는 건물 공급과 관련된 매입세액을 공제받을 여지가 있습니다. 부가가치세법 제4조 제1호에 따라 과세되는 공급을 하는 사업자이기 때문입니다. 다만 사업자등록 전 매입세액 등 제한이 있으므로 세금계산서 발급일과 등록일을 함께 확인해야 합니다.

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