양도소득세

자동말소된 임대주택 지분을 배우자가 상속받아도 거주주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 자동말소된 장기임대주택 지분이 같은 세대인 배우자에게 상속되어도 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도하면 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 거주주택 비과세 특례가 적용됩니다. 국세청은 2023년 6월 28일 사전답변에서 부부 공동소유 임대주택이 자동말소된 뒤 배우자 사망으로 지분이 상속된 사안에 소득세법 시행령 제155조 제23항을 적용한다고 보았습니다. 지금은 등록말소일과 거주주택 양도 예정일 사이가 5년 안인지부터 확인해 두십시오.

배우자가 사망했다고 해서 임대주택을 다시 등록하거나 임대기간을 새로 채울 필요는 없습니다. 자동말소로 임대기간요건은 이미 갖춘 것으로 보고, 상속으로 넘어온 지분도 같은 취급을 받습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 부부는 2018년 2월 아파트 한 채를 각각 절반씩 공동명의로 사서 단기민간임대주택으로 등록해 임대했고, 2018년 12월 부부 공동명의로 거주용 아파트를 사서 2020년 10월부터 함께 살았습니다. 임대주택은 2022년 3월 임대의무기간이 끝나 등록이 자동말소되었고, 2025년 2월 배우자가 사망하면서 임대주택 지분 절반은 같은 세대인 A씨에게, 거주주택 지분 절반은 따로 사는 자녀 셋에게 상속되었습니다. A씨는 2026년 7월 거주주택을 팔면서 자신의 지분 절반에 대해 거주주택 비과세 특례를 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 자동말소된 임대주택 지분이 배우자에게 상속된 경우를 어떻게 해석했나요?

자동말소된 장기임대주택의 지분이 동일세대원인 배우자에게 상속되고 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도하면, 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 상속인의 거주주택 지분 양도에 거주주택 비과세 특례를 적용한다고 보았습니다. 국세청은 사전답변(사전-2023-법규재산-0406, 2023. 6. 28.)에서, 부부가 절반씩 공동소유한 장기임대주택이 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 임대의무기간 종료로 자동말소된 뒤 한쪽이 사망해 그 임대주택 지분이 배우자에게, 거주주택 지분은 별도세대인 자녀들에게 상속된 사안에서, 자동말소일부터 5년 이내 거주주택 양도이므로 소득세법 시행령 제155조 제23항에 따라 임대기간요건을 갖춘 것으로 보고 상속인의 거주주택 지분 절반에 같은 조 제20항을 적용한다고 답했습니다. 임대주택의 소유자가 바뀌어도 그 주택이 자동말소 대상이었던 사실과 5년 기한은 그대로 이어진다는 취지입니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 장기임대주택 요건(임대개시 당시 기준시가, 임대료 5% 증액 제한)을 갖추지 못했거나 상속인이 별도세대였다면 결론이 달라질 수 있습니다.

회신 사안에서 거주주택 지분 절반은 별도세대인 자녀들에게 공동상속되었습니다. 상속인 배우자의 특례는 그 배우자가 가진 지분 절반에 대해 판단한 것이고, 자녀들이 상속받은 지분은 각자의 세대 기준으로 따로 봅니다.

거주주택 비과세 특례의 요건은 무엇인가요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 가진 1세대가 거주주택을 양도할 때 거주주택을 1주택으로 보아 비과세 규정을 적용합니다. 회신 당시에는 장기임대주택을 보유한 경우 생애 한 차례 최초로 양도하는 거주주택에만 적용했지만, 2025년 2월 28일 개정으로 이 제한이 삭제되어 그날 이후 양도하는 주택에는 적용되지 않습니다. 다만 거주주택을 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중 양도한 직전거주주택이 있으면 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 특례가 적용됩니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것
• 장기임대주택 - 양도일 현재 사업자등록과 임대사업자등록을 하고 임대 중이며, 임대보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 넘지 않을 것
• 자동말소 특례 대상 - 법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 장기임대주택으로 한정
• 자동말소 특례 - 임대의무기간 종료로 등록이 말소되었거나 의무기간의 2분의 1 이상 임대한 뒤 말소 신청한 경우, 말소 후 5년 이내 양도하면 임대기간요건을 갖춘 것으로 봄

회신 이후 거주주택 특례에서 무엇이 바뀌었나요?

2026년 9월 30일 시행령 개정으로 제23항에 「장기임대주택으로 본다」는 문구가 들어가고, 아파트 매입임대주택에 적용되는 양도기한 요건은 자동말소 특례를 적용할 때 적용하지 않는다는 점이 명문화되었습니다. 결론 자체는 회신 당시와 같습니다. 다만 자동말소된 아파트 임대주택을 나중에 양도할 때의 중과 배제 요건은 별도로 바뀌었으므로, 거주주택이 아니라 임대주택을 팔 계획이면 그 부분을 따로 확인해야 합니다.

상속으로 임대주택 지분을 받은 경우 거주주택 자체의 보유·거주기간은 상속 전 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산합니다. 부부가 함께 살던 거주주택이라면 배우자 사망 전 함께 거주한 기간이 그대로 인정됩니다.

자동말소 임대주택 상속 후 거주주택 비과세 대응 순서

• 말소일 확인 - 임대사업자 등록말소 통지서나 렌트홈 등록 내역에서 자동말소일을 확인하고 5년 기한을 계산합니다.
• 요건 증빙 정리 - 임대개시 당시 기준시가, 임대차계약서, 임대료 증액 내역을 모아 5% 제한을 지켰는지 확인합니다.
• 상속 지분 정리 - 상속등기와 협의분할서로 임대주택 지분과 거주주택 지분이 각각 누구에게 갔는지 확정합니다.
• 직전거주주택 확인 - 이번 거주주택을 임대주택으로 등록한 적이 있고 그 보유기간 중 다른 거주주택을 판 적이 있는지 확인합니다. 그렇다면 직전거주주택 양도일 후의 기간분에만 특례가 적용됩니다.
• 신고와 불복 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 특례 신고서와 임대차계약서 사본 등을 붙여 예정신고하고, 특례가 부인되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택이 아파트인지, 상속인이 상속 당시 같은 세대였는지, 거주주택을 임대주택으로 등록한 적이 있는지에 따라 등록 서류·상속등기·신고 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 비과세 특례 부인에 따른 양도소득세 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 5년 기한은 상속받은 날부터 다시 세나요?
  아닙니다. 5년은 장기임대주택의 등록이 말소된 날부터 셉니다. 상속으로 지분이 옮겨 와도 기산일은 바뀌지 않습니다. 임대주택이 2호 이상이면 최초로 말소된 주택의 말소일부터 세므로, 말소 통지서의 날짜를 기준으로 거주주택 양도 일정을 잡아야 합니다.
• 자녀가 상속받은 거주주택 지분도 비과세가 되나요?
  별도세대인 자녀가 상속받은 지분은 자녀 세대를 기준으로 따로 판단합니다. 회신은 같은 세대인 배우자의 지분 절반에 대해서만 특례를 인정한 것입니다. 자녀가 다른 주택이 있으면 상속주택 특례나 공동상속주택 규정을 각자 사안에 맞게 다시 따져야 합니다.
• 배우자 사망 전에 함께 살던 기간도 거주기간에 넣나요?
  넣습니다. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 같은 세대였으면 상속 전에 같은 세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산합니다. 부부가 함께 살던 거주주택이라면 배우자 지분을 상속받은 뒤에도 그 전의 거주기간이 그대로 인정됩니다.
• 임대료를 5% 넘게 올린 적이 있으면 어떻게 되나요?
  장기임대주택 요건에는 임대보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 넘지 않을 것이 들어 있고, 증액 청구는 계약 체결이나 증액 후 1년 안에는 할 수 없습니다. 자동말소 전 임대 중에 이 제한을 어겼다면 특례가 부인될 수 있으므로 갱신 계약서의 금액과 날짜를 모두 확인해야 합니다.
• 거주주택 특례는 한 번만 받을 수 있나요?
  2025년 2월 28일 이후 양도하는 주택부터는 횟수 제한이 없습니다. 종전에는 장기임대주택을 보유한 경우 생애 한 차례 최초로 양도하는 거주주택에만 적용했으나 이 제한이 삭제되었습니다. 다만 거주주택을 임대주택으로 등록한 사실이 있고 그 보유기간 중 양도한 직전거주주택이 있으면 직전거주주택 양도일 후의 기간분만 특례 대상입니다.
• 자동말소 특례는 모든 임대주택에 적용되나요?
  아닙니다. 현행 시행령은 자동말소 특례를 법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조 제1항이 적용되는 장기임대주택으로 한정합니다. 또 임대의무기간 종료로 말소되었거나, 의무기간의 2분의 1 이상 임대한 뒤 말소를 신청한 경우여야 하므로 등록 유형과 말소 사유를 말소 통지서와 등록 내역으로 확인해야 합니다.
• 특례 신고는 어떻게 하나요?
  거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 재정경제부령으로 정하는 신고서에 장기임대주택의 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록표 등본 등을 붙여 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 예정신고 기한은 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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