법인세·소득세

국내에 등록 안 된 미국 특허 사용료로 낸 원천징수 법인세, 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

특허기술을 국내 제조·판매에 실제로 썼다면 국내 미등록 미국 특허의 사용료도 국내원천소득이어서 원천징수한 법인세를 돌려받기 어렵습니다. 2025년 9월 대법원 전원합의체(2021두59908)는 국내에 등록되지 않았으면 국내 사용을 생각할 수 없다던 종전 판례를 바꿨습니다. 지금은 사용료가 국내 생산 제품에 쓰인 기술의 대가인지 계약서와 제품 자료로 확인하십시오.

종전 대법원 판례만 믿고 이미 환급을 받은 회사가 이번 판결 때문에 곧바로 그 돈을 돌려줘야 하는 것은 아닙니다. 환급 결정이 확정된 사건인지, 부과제척기간이 남았는지를 따로 따져야 합니다.

이런 상담이 많습니다

전자부품을 만드는 E사는 2023년 미국 회사로부터 특허침해소송을 당했다가, 미국에 등록된 특허 30여 건에 대해 전 세계 사용권을 받고 사용료를 내는 화해계약을 맺었습니다. 그 특허는 한국에는 등록되어 있지 않았고, E사는 2024년 사용료 110만 달러를 보내면서 법인세를 원천징수해 냈습니다. 그 뒤 E사는 국내 미등록 특허 사용료는 과세 대상이 아니라는 종전 판례를 근거로 경정청구를 하려 합니다. E사는 원천징수한 법인세를 돌려받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국내 미등록 특허 사용료는 원천징수 대상인가요?

네, 특허기술이 국내 제조·판매 등에 사실상 사용됐다면 국내 미등록 특허의 사용료도 국내원천소득이어서 원천징수 대상입니다. 대법원은 2025. 9. 18. 전원합의체 판결에서 한미조세협약의 특허 「사용」을 특허권 자체가 아니라 그 대상인 제조방법·기술·정보의 사용으로 보아야 한다고 판단했습니다.

그동안 대법원은 특허권은 등록한 나라에서만 효력이 있다는 속지주의를 들어, 한국에 등록되지 않은 특허는 국내 사용을 생각할 수 없다고 보아 왔습니다. 전원합의체는 이 논리가 조약의 문맥에서 확인되지 않고, 기술 사용에는 국경이 없다는 이유로 1992년 이후의 종전 판례들을 변경했습니다. 반대의견 3명은 종전 판례를 유지해야 한다고 보았습니다.

법인세법은 미등록 특허 사용료를 어떻게 정하나요?

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 국내에 등록되지 않은 특허권이라도 그 제조방법·기술·정보가 국내 제조·생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되면 국내원천 사용료소득으로 봅니다. 판결 사안에 적용된 구 법인세법 제93조 제8호 단서도 국외 등록 특허가 국내 제조·판매에 사용되면 국내 등록 여부와 관계없이 국내에서 사용된 것으로 보았습니다.

국내원천 사용료소득을 국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 회사는 지급할 때 법인세를 원천징수해야 하고, 법인세법상 세율은 지급금액의 100분의 20입니다. 조세조약에서 더 낮은 세율을 정하면 그 세율이 적용될 수 있으므로 상대 법인의 거주지국과 조약 적용 서류를 함께 확인해야 합니다.

사용료가 국내 사용 대가인지는 어떻게 가리나요?

대법원은 미등록 특허라는 이유만으로 국내원천소득을 부정한 원심을 파기하고, 그 특허기술이 국내 제조·판매에 사실상 사용됐는지 다시 심리하라며 사건을 돌려보냈습니다. 환송 뒤 이 사건의 최종 결론은 그 심리 결과에 따라 정해집니다.

그래서 다툼의 중심은 사실관계로 옮겨 갑니다. 계약 대상 특허의 청구항과 국내 공장에서 만든 제품의 기술을 대조하고, 사용료 가운데 국내 생산분과 해외 생산분이 어떻게 나뉘는지를 정리해야 합니다. 화해계약 형식으로 낸 손해배상금이나 화해금도 국내 사실상 사용과 관련되면 국내원천 기타소득으로 과세될 수 있습니다.

미국 특허 사용료 원천징수 대응 순서

• 계약 대상 확인 - 라이선스나 화해계약에 포함된 특허 목록과 등록 국가를 정리합니다. 국내 등록 여부와 함께 노하우 제공이 있는지도 봅니다.
• 국내 사용 여부 대조 - 국내 공장 제품에 해당 특허기술이 쓰였는지 기술 자료로 확인합니다. 쓰이지 않았다면 그 근거를 문서로 남깁니다.
• 지급액 안분 - 사용료 중 국내 생산분과 해외 생산분을 매출이나 생산량 기준으로 나눕니다. 안분 근거가 있어야 일부 환급을 다툴 수 있습니다.
• 세율 확인 - 법인세법상 세율과 조세조약상 제한세율을 비교하고 거주자증명서 등 서류를 갖춥니다. 서류가 없으면 높은 세율이 적용될 수 있습니다.
• 경정청구와 불복 - 원천징수세액 납부기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 합니다. 거부되면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등을 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 미국 외 다른 나라 특허이거나 계약에 노하우·소프트웨어가 섞여 있으면 해당 조세조약과 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정거부처분 취소소송과 원천징수 관련 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이번 전원합의체 판결로 무엇이 바뀌었나요?
  국내에 등록되지 않은 특허는 국내 사용을 생각할 수 없어 그 사용료가 국내원천소득이 아니라던 종전 판례가 변경되었습니다. 이제 특허기술이 국내 제조·판매에 사실상 사용됐다면 국내 미등록 특허 사용료도 한미조세협약상 국내원천소득으로 봅니다.
• 특허 사용은 무엇을 기준으로 판단하나요?
  독점권인 특허권 자체가 아니라 특허의 대상인 제조방법·기술·정보를 사용했는지로 판단합니다. 한미조세협약은 사용의 뜻을 따로 정하지 않아 한국 법에 따라 해석하는데, 법인세법은 국내 제조·판매에 사용된 경우를 국내 사용으로 정하고 있습니다.
• 현행 법인세법은 어떻게 규정하나요?
  특허권 등 등록이 필요한 권리가 국내에 등록되지 않았어도 그 제조방법·기술·정보가 국내 제조·생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되면 국내원천 사용료소득으로 봅니다. 사용지를 기준으로 하는 조세조약 상대국 법인의 사용료가 대상입니다.
• 원천징수 세율은 얼마인가요?
  국내사업장이 없는 외국법인에 국내원천 사용료소득을 지급하면 법인세법상 지급금액의 100분의 20을 원천징수합니다. 다만 조세조약에서 더 낮은 세율을 정하면 그 세율이 적용될 수 있으므로 상대 법인의 거주지국과 조약 적용 서류를 확인해야 합니다.
• 특허침해 화해금도 과세되나요?
  국내에 등록되지 않고 국외에 등록된 조세조약 상대국 법인의 특허를 침해해 국내에서 지급하는 손해배상금·화해금 등도 국내원천 기타소득이 될 수 있습니다. 다만 그 특허기술이 국내에서 사실상 실시되거나 사용된 것과 관련되어 지급한 소득으로 한정됩니다.
• 원천징수한 세금은 언제까지 경정청구하나요?
  원천징수하여 법인세를 내고 지급명세서를 기한까지 낸 원천징수의무자는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 외국법인 자신은 원칙적으로 청구인이 될 수 없고, 원천징수의무자 폐업 등 예외가 있을 때만 청구할 수 있습니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구나 국세청 심사청구를 해야 합니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 이 심사청구나 심판청구의 결정을 거친 뒤에 낼 수 있습니다. 세무서가 2개월 안에 답하지 않아도 불복할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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