법인세·소득세

미국 회사가 사업에 쓰던 특허를 고정 금액에 사면 세금을 떼야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

고정 금액으로 산 미국 회사의 특허 대금은 한미조세협약상 사용료는 아니지만, 사업에 쓰던 특허는 자본적 자산이 아니어서 협약상 양도소득 면제도 받지 못합니다. 대법원은 이 경우 특허가 어디서 매각됐는지에 따라 국내원천 여부를 다시 따지라며 사건을 돌려보냈습니다. 지금은 계약 체결 장소와 권리 이전 절차를 진행한 곳을 기록해 두십시오.

고정 금액으로 산 특허 대금을 사용료로 보고 원천징수해야 한다고 단정할 필요는 없습니다. 다만 상표와 달리 특허는 조세조약상 면제가 바로 인정되지 않아, 매각 장소를 따져 봐야 합니다.

이런 상담이 많습니다

전자부품 업체 A사는 2024년 미국 기술회사 B사로부터 차량 센서 관련 미국 특허 5건과 출원 중인 발명 3건을 미화 200만 달러에 한꺼번에 사들였습니다. 대금은 고정 금액이었고 B사는 그 특허들을 자기 사업에 써 오던 회사였습니다. A사는 대금을 보내며 사용료로 보고 법인세를 원천징수했고, B사는 고정대가로 판 특허라 한국에서 세금을 낼 이유가 없다며 환급을 요구했습니다. A사는 경정청구를 할지, 다음 거래부터는 원천징수를 하지 않아도 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

고정 금액으로 산 특허 대금도 사용료인가요?

아니요, 앞으로의 매출이나 사용 결과에 따라 달라지는 조건부 변동대가가 아니라면 한미조세협약상 사용료가 아닙니다. 대법원 2026. 4. 9. 선고 2022두66002 판결은 특허 등을 팔고 받은 소득 가운데 사용료로 보는 것은 그 재산의 생산성·사용 또는 처분에 상응하는 부분, 즉 장래의 불확정 조건에 따라 지급하기로 한 대가뿐이라고 판단했습니다. 위 사건에서 미화 270만 달러의 확정 대가는 사용료가 아니라는 원심 판단이 유지됐습니다.

그래서 사용료 원천 규정, 곧 특허를 국내에서 사용했는지로 원천을 정하는 규정은 이 거래에 적용되지 않습니다. 국내에 등록되지 않은 특허라 국내 사용이 있을 수 없다는 논리도 대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결로 바뀐 종전 판례에 근거한 것이라고 지적했습니다.

사업에 쓰던 특허를 판 소득은 조약상 면제되나요?

면제되지 않습니다. 같은 판결은 한미조세협약이 미국 거주자의 자본적 자산 양도소득을 면제하지만, 사업에 사용되는 특허는 그 자본적 자산에서 일반적으로 빠진다고 보았습니다. 원심은 특허가 자본적 자산이라 면제된다고 판단했는데, 대법원은 이 부분이 법리 오해라며 원심판결을 파기했습니다.

대법원은 협약을 맺은 1976년 당시 미국 내국세법이 사업에 쓰이는 감가상각 대상 재산을 자본적 자산에서 빼고 있었고, 특허는 그 감가상각 대상이었다는 점을 근거로 들었습니다. 같은 무렵 선고된 대법원 2026. 4. 2. 선고 2022두33507 판결이 상표는 자본적 자산이라 면제된다고 본 것과 결론이 갈리는 이유가 여기 있습니다.

그럼 특허 매각대금 과세 여부는 무엇으로 갈리나요?

특허가 어디서 매각됐는지로 갈릴 가능성이 큽니다. 한미조세협약은 무형 또는 유형의 개인재산을 매매해 얻은 소득은 그 재산이 어느 나라에서 매각되는 경우에만 그 나라에 원천을 둔 소득으로 봅니다. 대법원은 특허가 이 무형의 개인재산에 포함될 여지가 있다며, 환송 후 원심이 특허가 여기에 해당하는지와 매각 장소를 우리나라로 볼 수 있는지를 더 심리해야 한다고 했습니다.

위 사건은 파기환송돼 최종 결론은 아직 정해지지 않았습니다. 매각 장소를 무엇으로 판단할지도 환송심과 그 뒤 판결을 지켜봐야 합니다. 그래서 지금은 계약 체결 장소, 권리 이전 서류를 주고받은 장소, 특허 양도등록 절차를 어디서 했는지를 기록해 두는 것이 실무상 대비입니다.

원천징수를 하지 않았다가 과세되면 어떻게 되나요?

원천징수의무자인 국내 회사가 세금을 내야 합니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「법인세법」은 원천징수하지 않았거나 납부하지 않은 금액을 원천징수의무자에게서 가산세 성격의 금액을 더해 징수하도록 정합니다. 국내원천 사용료소득으로 보는 경우 원천징수 세율은 지급금액의 100분의 20입니다.

결론이 정해지지 않은 쟁점이라 일단 원천징수해 납부하고, 면제나 비과세 사유가 확인되면 경정청구로 돌려받는 방법이 위험이 적습니다. 미국 회사가 면제를 원한다면 비과세·면제신청서와 실질귀속자 증명서류를 받아 세무서에 제출하는 절차도 함께 검토합니다.

해외 특허 매입 대금 원천징수 대응 순서

• 대금 구조 확인 - 계약서에서 대금이 고정 금액인지, 매출에 따라 더 주는 부분이 있는지 확인합니다. 조건부 변동대가 부분은 사용료로 따로 따집니다.
• 특허 용도 확인 - 양도인이 그 특허를 자기 사업에 써 왔는지, 판매 목적으로 보유했는지 확인합니다. 사업용 특허는 자본적 자산 면제가 적용되지 않습니다.
• 매각 장소 기록 - 계약 체결지, 서명 장소, 권리 이전 서류 교부지, 양도등록 절차 진행지를 기록합니다. 원천 판단의 사실관계가 됩니다.
• 원천징수 여부 결정 - 결론이 불확실하면 원천징수 후 경정청구하는 방법과 면제신청서 제출 방법의 위험을 비교합니다. 미원천징수는 국내 회사가 책임을 집니다.
• 경정청구와 불복 - 이미 원천징수했다면 5년 안에 경정을 청구하고, 거부되면 심판청구나 행정소송으로 다툽니다. 환송심 결과에 따라 주장을 맞춥니다.

여기까지는 일반 기준이고, 특허와 함께 기술 노하우나 기술지원 용역을 묶어 샀거나 양도인이 국내에 고정사업장을 두고 있으면 계약서의 대가 배분과 사업 구조를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원천징수 법인세 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 특허를 통째로 산 대금도 사용료인가요?
  고정 금액이라면 아닙니다. 대법원 2026. 4. 9. 선고 2022두66002 판결은 한미조세협약 제14조 제4항 제b호의 사용료는 장래의 생산성·사용 또는 처분에 따라 지급하기로 한 조건부 변동대가만 가리킨다고 보아, 특허 매각의 확정 고정대가는 사용료가 아니라는 원심 판단을 유지했습니다.
• 상표는 면제되는데 특허는 왜 다르나요?
  한미조세협약 제16조 제1항의 자본적 자산을 협약 체결 당시 미국 내국세법에 따라 해석하기 때문입니다. 당시 사업에 쓰이는 감가상각 대상 재산은 자본적 자산에서 빠졌고, 특허는 감가상각 대상이었지만 상표는 아니었습니다. 그래서 상표는 면제, 사업용 특허는 면제 대상이 아니라는 결론이 나왔습니다.
• 그럼 특허 매각대금은 한국에서 과세되나요?
  아직 확정되지 않았습니다. 대법원은 특허가 한미조세협약 제6조 제7항의 무형의 개인재산에 해당할 여지가 있고, 그렇다면 특허가 매각된 장소에 원천이 있다고 보아야 한다며 이를 더 심리하라고 사건을 돌려보냈습니다. 매각 장소가 우리나라로 인정되는지에 따라 결론이 달라질 수 있습니다.
• 판매 목적으로 갖고 있던 특허라면 다른가요?
  판결은 사업에 사용되는 특허가 자본적 자산에서 일반적으로 제외된다고 했을 뿐, 다른 용도의 특허를 따로 판단하지는 않았습니다. 협약 체결 당시 미국 내국세법은 판매 목적으로 보유하는 재산도 자본적 자산에서 빼고 있었다고 판결이 설명하므로, 이 경우도 면제를 단정하기 어렵습니다.
• 원천징수를 안 했다가 과세되면 누가 내나요?
  원천징수의무자인 국내 회사가 냅니다. 법인세법 제98조 제4항은 원천징수하지 않았거나 납부하지 않은 금액을 원천징수의무자에게서 국세기본법상 가산세 상당액을 더해 징수하도록 정합니다. 결론이 불확실하면 일단 원천징수하고 나중에 경정청구하는 방법을 검토합니다.
• 이미 원천징수했으면 언제까지 돌려받을 수 있나요?
  원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 실질귀속자나 국내 지급자가 경정을 청구할 수 있습니다. 쟁점의 최종 결론을 기다리다 기한을 넘기지 않도록, 기한 안에 먼저 청구해 두고 결과에 따라 불복 여부를 정하는 편이 안전합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 미국 회사에서 산 상표와 특허, 대법원은 원천징수를 왜 다르게 보았나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기