법인세·소득세

미국 회사에서 산 상표와 특허, 대법원은 원천징수를 왜 다르게 보았나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

미국 회사에서 고정 대금으로 산 상표는 한미조세협약상 자본적 자산이어서 대금에 우리나라 과세권이 없지만, 사업에 쓰던 특허는 양도소득 면제 대상이 아니라는 것이 대법원 판단입니다. 2022두33507·2024두65607 판결로 사용료 판단 기준, LLC의 미국 거주자 범위, 원천징수 경정청구 기한을 정리했습니다.

미국 회사에서 상표나 특허를 일시금으로 샀다고 결론이 같지는 않습니다. 대법원은 고정 대금으로 산 상표에는 우리나라 과세권이 없다고 보았지만, 미국 회사가 사업에 쓰던 특허는 조약상 양도소득 면제 대상이 아니라고 보았습니다.

이런 상담이 많습니다

반도체 장비 회사 A사는 2024. 3. 미국 델라웨어주 유한책임회사(LLC)로부터 미국 특허 5건을 미화 150만 달러에, 2024. 7. 미국 법인으로부터 미국에 등록된 상표를 미화 60만 달러에 각각 일시금으로 사들이고, 대금의 20%를 법인세로 원천징수해 납부했습니다. 2026. 9. 두 미국 회사가 경정청구 협조를 요청하면서, LLC 쪽은 상위 구성원 일부가 미국 밖에 있다고 알려 왔습니다. A사 재무 임원은 상표와 특허의 결론이 같은지, 누가 언제까지 청구할지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

두 판결에서 한국 회사와 미국 회사는 무엇을 다투었나요?

2022두33507 사건의 원고는 국내 회사입니다. 2018. 8. 31. 미국 법인으로부터 미국에 등록된 상표를 미화 210만 달러에 양수하고, 2018. 9. 10. 대금을 지급하고 같은 해 10. 10. 원천징수분 법인세를 납부했습니다. 원고가 한미조세협약상 국내원천소득이 아니라며 2019. 1. 15. 낸 경정청구는 2019. 3. 18. 거부되었습니다.

2024두65607 사건은 대금을 받은 미국 델라웨어주 LLC 2곳이 원고입니다. 원고들은 2014. 12. 24.과 2015. 12. 11. 반도체 기술 특허를 국내 회사에 합계 미화 640만 달러에 양도했고, 국내 회사는 대금을 주며 원천징수했습니다. 원고들이 2015. 11. 12.과 2016. 5. 31. 낸 경정청구는 2019. 2. 21. 거부되었습니다.

고정 대금으로 산 상표·특허 대금도 사용료인가요?

한미조세협약 제14조 제4항은 상표·특허 등의 사용 대가(제a호)와 함께 그 재산의 매각 대금 중 「생산성ㆍ사용 또는 처분에 상응하는 부분」(제b호)을 사용료로 봅니다. 대법원은 이 부분이 「‘그 재산 등의 사용으로 양수인에게 발생할 매출액의 일정 비율’과 같이 장래 일정한 불확정적인 조건의 성취를 전제로 지급을 약정한 ‘조건부 변동대가’만을 가리킨다.」고 판시했습니다(판결요지). 영문본의 「contingent on」 표현과, 개인재산 매매소득 원천 규정(제6조 제7항)을 따로 둔 협약 체계가 근거입니다.

두 사건 모두 대금이 조건부 변동대가가 아니어서 사용료가 아니라는 원심 판단을 대법원은 수긍했습니다. 같은 날 2023두54761 판결도 정액기술료와 순매출액 연동 경상기술료를 함께 정한 기술이전계약에서, 정액기술료 중 계약금 5억 원은 사용료가 아니라는 원심 판단을 수긍했습니다.

상표는 면제되고 사업용 특허는 왜 면제되지 않았나요?

한미조세협약 제16조 제1항은 미국 거주자가 「자본적 자산」을 매각해 얻은 소득을 우리나라 과세에서 면제합니다. 협약에도 우리 법에도 정의가 없어, 대법원은 1976년 협약 체결 당시 미국 내국세법을 문맥으로 삼았습니다. 당시 제1221조 제2호는 사업에 쓰이며 감가상각할 수 있는 재산을 자본적 자산에서 뺐습니다.

상표는 당시 제167조의 감가상각 대상이 아니었으므로 자본적 자산이고, 그 양도소득에는 우리나라에 과세권이 없다고 보아 피고의 상고를 기각했습니다(2022두33507). 반면 특허는 감가상각 대상이어서 사업에 쓰던 특허는 자본적 자산에서 일반적으로 제외되고, 일부 특허 이전을 자본적 자산 매각으로 보는 제1235조는 양도차익 계산용 특별규정일 뿐이라며 원심을 파기했습니다(2024두65607). 같은 날 특허·출원 중 발명(2022두66002)과 노하우(2023두54761)도 같은 결론이었습니다.

면제가 안 된다고 곧 과세가 확정되지는 않습니다. 대법원은 세 사건 모두 특허 등이 제6조 제7항의 「무형의 개인재산」에 해당하면 매각된 장소에 원천이 있다며, 해당 여부와 매각 장소가 우리나라인지 환송 후 원심이 더 심리하라고 아울러 지적했습니다. 최종 결론은 환송 후 심리에 달려 있습니다.

미국 LLC에 대금을 주면 조약은 누구 기준으로 적용하나요?

대법원은 한미조세협약 제3조 제1항 제b호 (ii)목 단서에 관한 2012두11836 판결 법리대로, 구성원이 납세의무를 지는 투과과세단체는 구성원이 미국에서 납세의무를 부담하는 범위에서만 미국 거주자로 취급된다고 보았습니다.

2024두65607 원고들은 1인 사원 LLC를 여러 단계 거쳐 LLC와 유한파트너십(LP)으로 이어졌고, 이 상위 두 단체도 구성원 과세를 선택한 투과과세단체였습니다. 원심은 미국 국세청 거주자 증명서 구성원 명단에 두 단체가 적힌 것만으로 대금 전부에 협약을 적용했으나, 대법원은 투과과세단체인 두 단체가 스스로 포괄적 납세의무를 진다고 본 것부터 타당하지 않고, 증명서가 구성원 전부를 확인한 것인지 일부만 골라 적은 것인지도 분명하지 않다며 심리미진으로 파기했습니다. 구성원 일부라도 미국에서 포괄적 납세의무를 지지 않으면 나머지 구성원의 범위에서만 협약이 적용됩니다.

국내 미등록 특허 전원합의체 판결과는 어떤 관계인가요?

대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결은 국내 미등록 특허라도 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 사용료는 국내원천소득이라며 종전 판례를 변경했습니다. 2022두33507 판결은 고정 양도대가가 사용료가 아닌 이상 사용료 원천 규정(제6조 제3항)을 전제로 한 원심 판시는 적절하지 않다고 했고, 국내 미등록 상표는 국내에서 쓰일 수 없다는 원심의 가정적 판시가 전원합의체 판결로 변경된 종전 법리에 근거한 것이라고도 지적했습니다.

현행 법인세법 제93조 제8호는 상표권·특허권 등의 양도소득도 국내원천 사용료소득에 넣어 20% 원천징수 대상으로 합니다. 대법원은 구 국제조세조정에 관한 법률 제28조(2018. 12. 31. 삭제)를 조약 적용 국면에서는 조약상 소득구분을 따른다는 당연한 이치를 확인한 규정으로 보았습니다. 매출 연동 대가는 사용료가 되어 사용지 기준(제6조 제3항)과 전원합의체 판결 법리로 판단될 수 있습니다.

미국 상표·특허 양수 대금 원천징수 대응 순서

• 대금 구조 확인 - 계약서에서 고정 일시금과 매출·사용량 연동 대금을 나눕니다.
• 자산 종류 구분 - 상표인지, 판 회사가 사업에 쓰던 특허·노하우인지 정리합니다.
• 미국 거주자 증명 - 판 회사가 LLC·LP라면 최종 구성원까지 미국 납세의무를 증명할 자료를 받습니다.
• 지급 전 신청서 접수 - 조약상 면제를 적용하려면 비과세·면제신청서와 실질귀속자 증명서류를 받아 관할 세무서에 냅니다.
• 경정청구와 불복 기한 관리 - 원천징수 후 5년 안에 청구하고, 거부되면 90일 안에 심사청구나 심판청구를, 결정 통지 후 90일 안에 행정소송을 제기합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대금이 고정인지 매출에 연동되는지, 넘긴 자산이 상표인지 사업용 특허인지, 판 회사 구성원이 미국에서 과세되는지에 따라 원천징수 세금을 돌려받을 수 있는 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 국제거래 원천징수 경정청구와 조세 불복, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 미국 회사에서 상표를 일시금으로 사면 원천징수해야 하나요?
  대법원은 미국 법인에서 고정 대금으로 산 상표의 대금이 한미조세협약상 사용료가 아니고, 상표는 자본적 자산이어서 그 양도소득에 우리나라 과세권이 없다고 보았습니다. 다만 판 회사가 협약상 미국 거주자여야 하고, 지급 전에 비과세·면제신청서를 받지 못해 원천징수했다면 경정청구로 돌려받는 절차를 밟습니다.
• 미국 회사가 사업에 쓰던 특허를 고정 금액에 사면 세금이 면제되나요?
  한미조세협약 제16조 제1항의 양도소득 면제는 받기 어렵습니다. 대법원은 사업에 쓰며 감가상각할 수 있는 특허는 자본적 자산에서 제외된다며 원심을 파기했고, 특허가 무형의 개인재산이라면 매각 장소를 우리나라로 볼 수 있는지 환송 후 더 심리하라고 지적했습니다. 최종 결론은 환송 후 심리에 달려 있습니다.
• 특허 양도 대금 중 매출에 연동된 부분은 어떻게 되나요?
  대법원은 매출액의 일정 비율처럼 장래 불확정적인 조건에 따라 지급하는 조건부 변동대가만 협약상 사용료로 본다고 했습니다. 이런 부분은 사용료로서 재산이 사용된 곳을 기준으로 원천을 판단하게 된다고 볼 수 있습니다.
• 계약금은 고정이고 나머지는 경상기술료인 계약은 어떻게 보나요?
  같은 날 선고된 판결은 정액기술료와 순매출액 연동 경상기술료를 함께 정한 기술이전계약에서, 정액기술료 중 계약금은 확정적 고정대가로 사용료가 아니라는 원심 판단을 수긍했습니다. 한 계약 안에서도 지급 항목마다 성격을 따로 보아야 한다고 볼 수 있습니다.
• 미국 LLC에 대금을 주면 한미조세협약을 그대로 적용하나요?
  LLC가 구성원 과세를 받는 투과과세단체라면 구성원이 미국에서 납세의무를 지는 범위에서만 미국 거주자로 봅니다. 대법원은 구성원 명단이 적힌 거주자 증명서만으로는 대금 전부에 협약을 적용할 수 있다고 단정할 수 없다며 원심을 파기했습니다.
• 국내 미등록 특허 전원합의체 판결로 양도 대금도 과세되나요?
  전원합의체 판결은 국내 미등록 특허의 사용료에 관한 것입니다. 고정 대금으로 산 양도 대금은 먼저 협약상 사용료가 아니라고 걸러지므로 그 판결이 바로 적용되지는 않습니다. 매출 연동 대가처럼 사용료가 되는 부분에는 의미가 있습니다.
• 원천징수한 세금은 누가 언제까지 돌려 달라고 해야 하나요?
  국내 회사는 지급명세서를 기한 안에 냈다면 원천징수세액 납부기한이 지난 후 5년 안에 경정을 청구할 수 있습니다. 조약상 면제를 적용받지 못한 미국 회사나 국내 회사는 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에도 청구할 수 있습니다. 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 불복합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 미국 회사에서 상표권을 통째로 사면 대금에서 법인세를 떼야 하나요?
• 미국 회사가 사업에 쓰던 특허를 고정 금액에 사면 세금을 떼야 하나요?
• 국내에 등록 안 된 미국 특허 사용료로 낸 원천징수 법인세, 돌려받을 수 있나요?
• 외국 회사와 계약이 해제돼도 원천징수 안 한 가산세를 내야 하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기