법인세·소득세

지방의료원이 자치단체에서 받은 결손보전 출연금에 법인세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 의료업을 하는 비영리법인이 지방자치단체로부터 부채 상환이나 결손 보전에 쓰도록 무상으로 받은 출연금은 수익사업 소득이 아니어서 법인세 대상이 아닙니다. 의료업 자체는 수익사업이지만 진료와 대가 관계가 없는 출연금은 무상으로 받은 자산으로 봅니다. 지금은 교부 결정서의 지원 목적이 진료 실적과 연동되는지부터 확인하십시오.

의료업이 수익사업이라고 해서 병원이 받는 돈이 모두 과세 대상이 되는 것은 아닙니다. 진료와 대가 관계가 없는 무상 출연금은 따로 판단합니다.

이런 상담이 많습니다

A의료원은 광역자치단체가 세운 지방의료원으로, 감염병 대응 기간에 일반 진료가 줄면서 적자가 쌓였습니다. 2025년 자치단체는 A의료원의 금융기관 부채 상환과 누적 결손 보전에 쓰라는 조건으로 출연금 30억원을 지급했습니다. 회계 담당자는 의료업이 수익사업이니 이 출연금도 익금에 넣어 법인세를 계산해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

의료법인이 받은 결손보전 출연금도 법인세 대상인가요?

아니요, 의료업을 하는 비영리법인이 지방자치단체로부터 부채 상환이나 결손 보전에 쓰도록 무상으로 받은 출연금은 수익사업에서 생긴 소득이 아닙니다. 진료라는 용역 거래와 관계없이 제3자인 자치단체로부터 받은 돈이기 때문입니다.

비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 법이 열거한 수익사업에서 생긴 소득으로 한정됩니다. 의료업은 한국표준산업분류상 사업으로서 수익사업에 해당하지만, 그것은 환자에게 의료용역을 제공하고 받는 대가에 관한 것입니다.

자치단체가 병원 운영을 돕기 위해 아무 대가 없이 준 돈은 의료용역의 대가가 아니라 무상으로 받은 자산입니다. 비영리법인이 받은 무상 자산은 수익사업과 직접 관련되지 않는 한 수익사업 소득으로 보지 않습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」의 수익사업 열거 규정에도 무상 출연금 자체를 과세하는 항목은 없습니다.

진료 대가와 무상 보조금은 어떻게 구분하나요?

돈을 주는 사람과 받는 이유가 기준입니다. 환자나 보험자가 진료비로 내는 돈, 자치단체가 특정 진료를 맡기고 그 대가로 지급하는 위탁비는 의료용역의 대가라서 수익사업 수입입니다. 반면 운영 결손 보전, 부채 상환, 시설 확충처럼 특정 진료와 대가 관계없이 지원하는 출연금은 무상 수증으로 봅니다.

이름이 보조금인지 출연금인지 기부금인지는 결론을 정하지 않습니다. 교부 결정서의 목적, 정산 조건, 진료 실적과 금액이 연동되는지를 봐야 합니다. 진료 건수나 병상 운영 실적에 따라 금액이 정해진다면 대가 성격이 섞였다고 볼 여지가 있으므로 따로 검토가 필요합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2019-법령해석법인-125(2019. 4. 3.)에서, 의료업을 하는 비영리내국법인이 지방자치단체로부터 부채 상환, 결손 보전 등에 사용할 목적으로 받은 국고보조금은 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다고 회신했습니다. 도립병원인 의료원이 도에서 출연금을 받은 사안이었습니다.

국세청은 의료용역의 당사자는 병원과 환자이고 국가는 그 거래와 관계없는 제3자이므로, 국가에서 받은 출연금은 업무와 직접 관계없이 무상으로 받은 자산이라고 보았습니다. 의료법인이 국고보조금을 장비 구입 차관 이자 등에 쓴 경우에도 같은 취지로 본 1988년 회신(법인22601-299, 1988. 2. 3.)을 함께 들었습니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로 지원금이 진료 대가 성격을 띠면 결론이 달라질 수 있습니다.

출연금을 받은 뒤 회계와 신고는 어떻게 정리하나요?

출연금을 수익사업 회계가 아닌 그 밖의 사업 회계로 구분해 기록합니다. 비영리법인이 수익사업을 하는 경우 자산·부채와 손익을 수익사업과 그 밖의 사업으로 나누어 기록해야 하기 때문입니다.

출연금으로 갚은 부채가 수익사업 회계에 있던 것이라면, 그 상환이 어느 회계의 자금으로 이루어졌는지 전입·전출 기록을 남겨야 합니다. 이 기록이 없으면 출연금이 수익사업 수입으로 섞인 것처럼 보일 수 있습니다. 회신이 무상 수증이라고 본 이상, 교부 조건과 실제 사용처가 맞아떨어진다는 증빙이 과세 다툼에서 가장 중요한 자료가 됩니다.

의료법인 보조금 법인세 대응 순서

• 교부 조건 확인 - 출연금 교부 결정서, 협약서, 정산 조건을 모아 지원 목적이 진료 대가와 연동되는지 확인합니다.
• 회계 구분 - 출연금을 수익사업이 아닌 회계로 기록하고, 부채 상환에 쓴 자금 흐름을 전입·전출 기록으로 남깁니다.
• 신고서 반영 - 법인세 과세표준 및 세액신고서의 세무조정에서 출연금을 익금에 넣지 않은 근거를 명세로 정리합니다.
• 기존 신고 정정 - 이미 익금에 넣어 법인세를 냈다면 5년 안에 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서로 환급을 청구합니다.
• 불복 대비 - 세무서가 출연금을 수익사업 수입으로 보아 과세하면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지원금의 대가 성격은 교부 조건마다 달라지므로 교부 결정서와 회계 장부를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 의료법인과 공공기관의 법인세 과세 문제와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 의료업은 수익사업인데 왜 과세되지 않나요?
  의료업이 수익사업이라는 것은 환자에게 의료용역을 제공하고 받는 대가가 과세된다는 뜻입니다. 진료와 대가 관계없이 자치단체가 무상으로 준 출연금은 그 사업에서 생긴 소득이 아니어서 수익사업 소득으로 보지 않습니다.
• 자치단체 위탁 진료비도 과세되지 않나요?
  과세될 수 있습니다. 자치단체가 특정 진료를 맡기고 그 대가로 지급하는 위탁비는 의료용역의 대가라서 수익사업 수입이 됩니다. 이름이 보조금이어도 진료 실적에 따라 금액이 정해진다면 대가 성격을 따로 검토해야 합니다.
• 장비 구입용 보조금도 같은가요?
  의료기기 같은 고정자산 취득이나 차관 이자 상환에 쓰도록 무상으로 받은 보조금도 수익사업 소득이 아니라는 취지의 국세청 회신이 있습니다. 다만 사용 조건과 실제 사용처가 맞는지 증빙을 갖춰야 합니다.
• 출연금은 회계에서 어떻게 나눠 적나요?
  비영리법인이 수익사업을 하면 자산·부채와 손익을 수익사업과 그 밖의 사업으로 나누어 기록해야 합니다. 출연금은 그 밖의 사업 회계로 기록하고, 수익사업 부채를 갚았다면 회계 간 전입·전출 기록을 남깁니다.
• 이미 익금에 넣어 법인세를 냈다면요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 교부 결정서와 사용 내역, 회계 구분 자료를 붙여 출연금이 진료와 대가 관계없는 무상 수증이라는 근거를 제시합니다.
• 영리 의료기관도 같은 결론인가요?
  아닙니다. 영리법인은 순자산을 늘리는 거래로 생긴 수익이 원칙적으로 모두 익금이어서 무상으로 받은 자산도 과세됩니다. 이 글의 결론은 수익사업 소득만 과세되는 비영리법인에 한정됩니다.
• 세무서가 과세하면 어떻게 다투나요?
  과세예고 통지를 받았다면 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 검토합니다. 교부 조건과 진료 실적의 연동 여부, 실제 사용처가 핵심 쟁점이 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 공익법인 병원의 행정직원 급여도 공익목적 사용으로 인정되나요?
• 국가 위탁 재보험사업을 하는 공공기관의 재보험료도 법인세 대상인가요?
• 법인으로 승인받은 종중이 묘소 있는 임야를 팔면 법인세가 나오나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기