세금

비상장회사가 주식매수선택권 행사 이익을 줄 때 회사 손금이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 상법에 따라 부여한 주식매수선택권이 행사될 때 회사가 부담한 차액은 손금이 됩니다. 발행주식총수의 10% 범위라는 한도가 있습니다. 차액을 금전이나 자기주식으로 지급한 경우와 신주를 시가보다 낮게 발행한 경우 모두 해당합니다. 다만 손금 규정이 생기기 전에 행사된 분은 소급해 손금에 넣지 못한다는 판결이 있습니다.

네, 상법에 따라 부여한 주식매수선택권이 행사될 때 회사가 부담한 차액은 손금이 됩니다. 발행주식총수의 10% 범위라는 한도가 있습니다. 차액을 금전이나 자기주식으로 지급한 경우와 신주를 시가보다 낮게 발행한 경우 모두 해당합니다. 다만 손금 규정이 생기기 전에 행사된 분은 소급해 손금에 넣지 못한다는 판결이 있습니다.

어떤 주식매수선택권이 손금 대상인가요?

시행령은 근거 법률을 정해 두었습니다. 상법 제340조의2와 상장회사 특례인 상법 제542조의3에 따른 주식매수선택권이 대상입니다. 벤처기업육성에 관한 특별법에 따른 주식매수선택권도 들어갑니다. 소재·부품·장비 산업 특별조치법에 따른 주식매수선택권과 근로복지기본법상 우리사주매수선택권도 마찬가지입니다.

비상장회사라도 상법 제340조의2의 절차에 따라 정관과 주주총회 결의를 거쳐 부여했다면 대상이 됩니다. 반대로 법률상 절차 없이 계약만으로 약속한 주식 보상은 이 조항으로 손금이 되기 어렵습니다. 상장회사 특례에 따른 주식매수선택권은 그 회사 임직원에게 부여한 것만 해당합니다.

한도도 있습니다. 해당 법인 발행주식총수의 10% 범위에서 부여하거나 지급한 경우에만 손금이 됩니다. 한도를 넘은 부분은 이 규정으로 손금에 넣을 수 없습니다. 여러 차례 나누어 부여했다면 누적 수량을 기준으로 관리하는 편이 안전합니다. 행사되지 않고 소멸한 수량을 어떻게 셀지는 부여 계약과 함께 검토해야 합니다.

손금이 되는 금액은 어떻게 계산하나요?

방식에 따라 다릅니다. 행사 시기에 행사가격과 시가의 차액을 금전이나 회사 주식으로 지급했다면 그 지급액이 손금입니다. 회사가 신주를 시가보다 낮게 발행했다면 실제 매수가액과 시가의 차액이 손금입니다. 주식기준보상으로 금전을 지급한 경우에는 그 금액이 손금입니다.

예를 들어 행사가격 1만원, 행사 당시 시가 5만원인 주식매수선택권 1,000주가 행사되었다면 차액은 4,000만원입니다. 신주를 발행해 주었든 차액을 현금으로 주었든 이 4,000만원이 손금 대상입니다. 회사가 갖고 있던 자기주식을 넘겨준 경우에는 자기주식 처분손익 계산도 함께 따져야 합니다.

자기주식을 넘겨주면 양도금액은 실제 받은 행사가격이 아니라 행사 당시 시가로 계산합니다. 그래서 장부가액과 시가의 차이는 처분손익으로, 시가와 행사가격의 차이는 이 조항의 손금으로 나누어 처리하게 됩니다.

규정이 생기기 전에 행사된 분도 손금에 넣을 수 있나요?

대법원은 넣을 수 없다고 보았습니다. 대법원 2023. 10. 12. 선고 2023두45736 판결 사안입니다. 상장회사 임직원이 2015~2018 사업연도에 신주발행형 우리사주매수선택권을 행사했습니다. 회사는 나중에 그 차액을 손금으로 넣겠다며 경정청구를 했습니다. 환급 청구액은 약 1억 7천만원이었습니다.

대법원은 신주를 발행하면 인수가액 납입으로 자본이 늘 뿐 순자산이 줄지 않는다고 했습니다. 그래서 그 차액은 인건비나 그 밖의 손비에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 2022. 2. 15. 개정 시행령이 우리사주매수선택권 차액을 손비에 넣었지만 이는 창설적 규정이라고 했습니다. 시행 전에 행사한 분에는 적용할 수 없다며 손금을 인정한 원심을 파기했습니다.

이 판결은 우리사주매수선택권에 관한 것입니다. 그러나 손금 규정이 법령에 명시되지 않은 주식 보상은 손금이 되기 어렵다는 점을 보여 줍니다. 대법원은 법인세법이 손금을 예시하고 특례를 열거하는 구조라고 보았습니다. 그래서 순자산이 줄지 않는 거래는 열거가 없으면 손금이 될 수 없다고 했습니다. 새로운 형태의 주식 보상을 설계할 때는 시행령 열거 항목에 들어가는지 먼저 확인해야 합니다. 양도제한조건부주식처럼 회사마다 설계가 다른 보상은 특히 그렇습니다.

지금의 손금 조항도 처음부터 있었던 것은 아닙니다. 상법상 주식매수선택권 차액을 손비로 정한 호는 2018. 2. 13. 시행령 개정으로 신설되었습니다. 2017. 7. 26. 시행본에는 없었고, 신설 당시에는 상장회사 특례인 상법 제542조의3이 열거되지 않았습니다. 이 호에 따로 정한 적용례는 없고, 개정 시행령 부칙의 일반적 적용례에 따라 2018. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용됩니다. 과거 사업연도를 경정청구한다면 행사 당시 시행령에 그 유형이 있었는지부터 확인해야 합니다.

해외 모회사가 부여한 주식보상도 손금이 되나요?

일정 요건을 갖추면 손금이 됩니다. 임직원이 해외 모회사로부터 주식매수선택권 등을 받고 국내 법인이 그 행사·지급비용을 보전한 경우입니다. 해외 모회사는 외국 증권시장에 상장된 외국법인이어야 합니다. 국내 법인의 의결권 있는 주식 90% 이상을 직접 또는 간접으로 가져야 합니다. 국내 법인이 상장법인이면 이 규정의 대상이 아닙니다.

주식매수선택권이라면 해외 모회사가 발행주식총수의 10% 범위에서 부여한 것이어야 합니다. 비용 보전은 해외 모회사와 국내 법인이 미리 서면으로 약정했어야 합니다. 행사 뒤에 정산 계약을 만들어서는 이 요건을 채우기 어렵습니다.

주식이나 주식가치 상당 금전을 상여로 받는 형태라면 사전에 만든 운영기준에 따라 지급해야 합니다. 임원은 결의된 급여지급기준을 넘지 않아야 합니다. 지배주주등인 임직원은 정당한 사유 없이 같은 직위의 다른 임직원보다 많이 받으면 안 됩니다.

주식매수선택권 손금 대응 순서

• 부여 근거 확인 - 정관, 주주총회 결의, 부여 계약서가 상법 등 근거 법률의 절차를 따랐는지 확인합니다.
• 한도 점검 - 부여 수량이 발행주식총수의 10% 범위 안인지 계산합니다.
• 행사 내역 정리 - 행사일, 행사가격, 행사 당시 시가, 지급 방식(신주·자기주식·현금)을 정리합니다.
• 세무조정 반영 - 차액을 손금으로, 자기주식 교부분은 처분손익을 따로 조정합니다.
• 경정청구 검토 - 과거 누락분은 시행령 적용 시점을 확인한 뒤 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 주식매수선택권의 부여 근거와 행사 시점에 따라 손금 인정 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 임직원 주식보상 제도의 법인세 검토와 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 벤처기업이 부여한 주식매수선택권도 같은 기준인가요?
  네, 벤처기업육성에 관한 특별법에 따른 주식매수선택권도 손금 대상에 들어갑니다. 발행주식총수 10% 범위라는 한도와 차액 계산 방식도 같습니다.
• 발행주식총수 10%를 넘게 부여했다면 전부 손금이 안 되나요?
  시행령은 10% 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정합니다. 한도를 넘는 부분은 이 조항으로 손금에 넣을 수 없으므로 부여 단계에서 수량을 관리해야 합니다.
• 우리사주매수선택권 차액도 손금이 되나요?
  근로복지기본법에 따른 우리사주매수선택권 차액은 2022. 2. 15. 개정 시행령으로 손비에 포함됐습니다. 대법원은 개정 전 행사분에는 이를 적용할 수 없다고 보았습니다.
• 자기주식으로 지급하면 회사에 처분이익도 생기나요?
  생길 수 있습니다. 자기주식 양도금액은 행사 당시 시가로 계산합니다. 장부가액보다 시가가 높으면 처분이익이 익금이 되고, 시가와 행사가격의 차액은 손금이 됩니다.
• 계약으로만 약속한 성과 연동 주식 지급은 손금이 되나요?
  시행령 열거 항목에 들어가지 않으면 손금이 되기 어렵습니다. 대법원은 순자산을 줄이지 않는 거래는 특례 규정이 없으면 손금이 될 수 없다고 했습니다.
• 손금 처리를 빠뜨린 과거 사업연도는 어떻게 하나요?
  법정신고기한부터 5년 안이면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 다만 그 사업연도 행사분에 손금 규정이 적용되는지 시행 시기를 먼저 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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