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법인세·소득세

판결로 받은 몇 년 전 밀린 임금, 회사가 지금 원천징수해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 밀린 임금이 귀속되는 연도의 근로자 종합소득세 부과제척기간이 이미 끝났다면 회사의 원천징수의무도 함께 소멸합니다. 국세청은 통상임금 판결로 추가 지급하는 임금에 대해 부과권이 소멸한 연도의 원천징수의무는 소멸한다고 답했습니다. 지금은 임금이 몇 년도 귀속인지, 그 연도의 제척기간이 언제 끝나는지부터 확인해야 합니다.

기한

근로자의 종합소득세 부과제척기간은 과세표준 신고기한의 다음 날부터 5년입니다. 예를 들어 2021년 귀속분은 신고기한인 2022년 5월 31일의 다음 날부터 셉니다.

판결금 전액을 지급하는 해의 근로소득으로 한꺼번에 원천징수할 필요는 없습니다. 판결로 받는 임금은 근로를 제공한 연도의 근로소득으로 보아 연도별로 따집니다.

이런 상담이 많습니다

A회사 근로자들은 2021년 정기상여금을 통상임금에 넣어 다시 계산한 수당을 달라는 소송을 냈습니다. 2026년 회사가 일부 패소해 2019년부터 2021년까지 근로분 차액을 지급하게 됐습니다. 회사 담당자는 2019년, 2020년 귀속분까지 지금 원천징수해서 내야 하는지, 근로자별 연말정산을 다시 해야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

판결로 받은 임금은 어느 해 소득인가요?

판결로 받는 밀린 임금은 지급받은 해가 아니라 근로를 제공한 해의 근로소득입니다. 국세청은 법원 판결로 받은 해고기간 임금도 근로를 제공한 연도별로 연말정산해 원천징수해야 한다고 보았습니다(원천세과-649, 2011. 10. 12.). 그래서 같은 판결금이라도 연도마다 부과제척기간이 따로 흐릅니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「국세기본법」도 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 근로자의 종합소득세 부과제척기간이 끝나 부과권이 소멸했다면 회사의 원천징수의무도 소멸한다고 답했습니다(서면-2018-법령해석기본-3482, 2018. 12. 11.). 질의 사안에서 근로자들은 2013년 통상임금 소송을 냈고, 회사는 일부 패소해 2018년 12월경 2010년부터 2012년까지 귀속분을 지급할 예정이었습니다.

국세청은 원천징수가 근로자가 실체법상 지는 납세의무를 지급자가 대신 걷는 절차라는 점을 이유로 들었습니다. 5년 기간을 전제로 2010년, 2011년 귀속분은 2018. 1. 1. 전에 제척기간이 끝나 원천징수의무가 소멸했다고 보았습니다. 반면 2012년 귀속분은 제척기간이 2018. 5. 31.까지 남아 있어 새로 생긴 판결 특례가 적용될 수 있으므로 소멸했다고 단정할 수 없다고 했습니다. 이 회신은 근로자 모두에게 5년 기간이 적용된다는 사실관계를 전제로 한 해석이어서, 무신고 등으로 기간이 다르면 결론이 달라집니다.

판결 특례 1년이 적용되면 달라지나요?

각색 사례에 5년 기간을 대입하면 2019년 귀속분은 2025. 5. 31., 2020년 귀속분은 2026. 5. 31.에 끝나고, 2021년 귀속분은 2027. 5. 31.까지 남습니다. 제척기간이 남아 있던 연도라면 판결 확정일부터 1년 동안 과세관청이 경정 등 처분을 할 수 있어 원천징수의무가 남을 수 있습니다. 현행법은 과세표준과 세액의 계산 근거가 된 거래나 행위가 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해 포함)로 다른 것으로 확정되면 판결이 확정된 날부터 1년의 특례기간을 둡니다. 이 특례는 2017. 12. 19. 개정으로 생겼고 부칙 제2조에 따라 2018. 1. 1. 전에 이미 제척기간이 끝난 연도에는 적용되지 않습니다. 어떤 지급이 판결과 같은 효력을 가지는 행위인지는 개별 사실로 판단한다는 것이 국세청 입장입니다(서면-2022-징세-0302).

귀속연도별 부과제척기간 만료(각색 사례)

  1. 2025. 5. 31.

    2019년 귀속분 5년 만료

  2. 2026. 5. 31.

    2020년 귀속분 5년 만료

  3. 2026년 판결 확정

    2021년 귀속분은 기간이 남아 1년 특례 검토

  4. 2027. 5. 31.

    2021년 귀속분 5년 만료

단순 예시 계산(5년 기간 전제, 국세기본법 제26조의2 제1항)

제척기간이 지난 뒤 원천징수의무를 전제로 한 고지가 나왔다면 다툴 여지가 있습니다. 이때는 연도별 신고기한과 만료일, 판결 확정일을 비교한 계산표가 주장의 중심이 됩니다. 대법원도 소득세 부과제척기간이 지난 경우 소득금액변동통지에 따른 원천징수의무가 성립할 수 없다고 보았습니다.

밀린 임금 원천징수 대응 순서

  • 귀속연도 나누기 - 판결금을 근로 제공 연도별로 나눕니다. 연도마다 제척기간이 따로 흐르기 때문입니다.
  • 제척기간 계산 - 연도별 신고기한 다음 날부터 5년이 언제 끝나는지 셉니다. 무신고나 부정행위가 있으면 7년, 10년이 될 수 있습니다.
  • 판결 확정일 확인 - 판결 확정일과 각 연도 만료일을 비교합니다. 확정 당시 기간이 남은 연도는 1년 특례를 함께 봅니다.
  • 원천징수와 지급명세서 정리 - 기간이 남은 연도분만 연도별로 다시 정산해 원천징수합니다. 소멸한 연도분은 그 근거를 서류로 남깁니다.
  • 고지 후 불복 - 소멸한 연도분까지 고지되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 근로자 중 일부가 다른 소득으로 종합소득세를 신고하지 않았거나 판결이 아닌 합의로 지급하는 경우에는 근로자별 신고 내역과 합의서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원천징수 고지와 종합소득세 부과처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

실무상 착안점

판결금을 받는 해에 한꺼번에 원천징수하면 끝난다고 생각하는 회사가 많습니다. 실제로는 근로를 제공한 연도별로 소득이 나뉘고, 그 연도마다 근로자의 종합소득세 부과제척기간이 따로 끝납니다.

그래서 날짜가 결론을 정합니다. 소송 제기일, 판결 확정일, 연도별 신고기한을 표로 만들어 두면 어느 연도가 이미 소멸했고 어느 연도가 1년 특례에 걸리는지 바로 보입니다. 판결문과 확정증명원은 원본으로 보관해야 합니다.

세무서가 소멸한 연도분까지 원천징수세액을 고지하면, 그 연도의 제척기간 만료일과 판결 확정일을 비교한 자료가 심판청구의 출발점이 됩니다. 연도별 계산표가 있으면 다툼의 범위를 좁힐 수 있습니다.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 원천징수 고지와 종합소득세 부과처분 불복을 수행해 왔으며, 판결금 지급 사안은 귀속연도별 제척기간과 판결 확정일을 대조해 대응합니다.

  • 과세처분 고지 후 조세불복 병행
  • 종합소득세 부과처분 취소소송
  • 후발적 경정청구 및 관련 민사 조정
  • 세무조사 소명·의견서 대응(지방국세청)

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

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출처

2026.10.08 기준으로 조문을 확인했습니다.

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