세금

합병 때 포합주식에 합병신주를 적게 받으면 부당행위로 법인세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 법인세가 나올 수 있습니다. 불공정한 합병비율로 포합주식과 자기주식에 신주를 적게 받아 특수관계 주주에게 이익이 간 경우입니다. 대법원은 합병법인과 피합병법인에 부당행위계산 부인을, 이익을 얻은 대주주에게 증여세를 부과한 처분을 적법하다고 했습니다. 다만 자본시장법 절차를 따른 상장법인 합병은 제외됩니다.

네, 법인세가 나올 수 있습니다. 불공정한 합병비율로 포합주식과 자기주식에 신주를 적게 받아 특수관계 주주에게 이익이 간 경우입니다. 대법원은 합병법인과 피합병법인에 부당행위계산 부인을, 이익을 얻은 대주주에게 증여세를 부과한 처분을 적법하다고 했습니다. 다만 자본시장법 절차를 따른 상장법인 합병은 제외됩니다.

포합주식이 왜 불공정합병 과세의 대상이 되나요?

포합주식도 합병신주를 받는 주식이어서 다른 주주의 주식과 같게 보기 때문입니다. 포합주식은 합병법인이 합병 전부터 갖고 있던 피합병법인 주식을 말합니다. 여기에 합병비율보다 적은 신주가 배정되면 그만큼의 가치가 다른 주주에게 넘어갑니다.

대법원 2021. 9. 30. 선고 2017두66244 판결 사안이 그랬습니다. 비상장 합병법인이 같은 가족이 지배하는 비상장 회사를 흡수합병했습니다. 합병법인은 피합병법인 주식 16만5,932주를 갖고 있었고, 피합병법인은 자기주식 4만주를 갖고 있었습니다. 두 주식에 합병신주 5만1,050주가 배정돼 합병법인이 자기주식으로 보유했습니다.

과세관청은 합병법인 주식을 시가보다 높게, 피합병법인 주식을 낮게 평가해 신주가 적게 배정됐다고 보았습니다. 그 결과 피합병법인 주주인 두 법인이 합병법인의 대주주인 개인들에게 이익을 나눠 주었다는 것입니다. 원심은 자기주식으로 상당 기간 보유한 이상 다른 주주의 주식과 달리 취급할 이유가 없다고 보았고, 대법원은 이를 수긍했습니다.

결국 같은 가족에게 돌아가는데도 과세되나요?

과세됩니다. 원고들은 개인 대주주가 합병법인을 통해 포합주식과 자기주식을 간접 소유하고 있었다고 주장했습니다. 그러니 자기가 자기에게 이익을 준 것에 불과하다는 논리였습니다.

원심은 받아들이지 않았습니다. 주주는 지분 범위에서 법인 자산에 권리를 가질 뿐 그 자산을 직접 소유하는 것은 아니라는 이유였습니다. 그래서 개인 대주주에게는 증여세를, 이익을 준 합병법인과 피합병법인에는 법인세를 부과할 수 있다고 보았습니다. 대법원은 이 판단에 법리 오해가 없다고 했습니다.

부인된 금액의 소득처분도 정해져 있습니다. 회사 익금에 넣은 금액 가운데 이익을 받은 개인 대주주에게 증여세가 과세되는 부분은 기타 사외유출로 처분됩니다. 같은 이익에 증여세와 함께 상여나 배당 소득세가 다시 붙지는 않는다는 뜻입니다.

회사들의 조세 부담이 실제로 줄지 않았다는 주장도 배척됐습니다. 불공정 비율로 특수관계 주주에게 이익을 분여한 것이 인정되면 그 자체로 제8호 가목에 해당한다는 것입니다.

결국 이 판결은 가족 회사 합병에서 흔히 쓰는 세 가지 방어 논리를 모두 배척했습니다. 같은 가족 지분이라는 주장, 회사 세금은 줄지 않았다는 주장, 계산 방식이 이익을 부풀린다는 주장입니다. 합병 전에 비율을 시가대로 맞추는 것이 가장 분명한 대비책입니다.

익금에 넣을 금액은 어떻게 계산하나요?

상속세 및 증여세법의 합병 이익 계산 방식을 준용합니다. 법인세법 시행령 제89조 제6항이 이를 정합니다. 합병 후 1주당 평가가액과 주가가 과대평가된 회사의 합병 전 1주당 평가가액의 차이를 기준으로 계산하는 방식입니다.

원고들은 포합주식이 있으면 이 방식이 피합병법인 주식 가치를 두 번 반영해 이익을 부풀린다고 주장했습니다. 합병법인 주식가액에 이미 포합주식 가치가 들어 있다는 것입니다. 포합주식을 소각한 경우처럼 빼고 계산해야 한다고 했습니다.

원심은 신주를 배정받아 자기주식으로 보유한 경우를 소각한 경우와 같게 볼 수 없다고 판단했습니다. 대법원도 시행령이 정한 방법대로 계산한 처분이 적법하다고 보았습니다. 합병 뒤 포합주식에 배정된 신주를 어떻게 처리하느냐가 과세 금액에 영향을 줄 수 있다는 뜻입니다. 신주를 곧바로 소각하는 경우와 자기주식으로 남겨 두는 경우를 비교해 두는 것이 좋습니다.

상장법인 합병도 같은가요?

다릅니다. 시행령 제88조 제1항 제8호 가목 단서는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4에 따라 합병하는 경우를 제외합니다. 그 법률이 정한 합병가액 산정 절차를 거친 상장법인 합병은 이 규정의 부인 대상에서 빠진다는 뜻입니다.

또 이 규정은 특수관계인인 법인 사이의 합병에만 적용됩니다. 소액주주등인 법인은 제8호의 주주등에서 빠집니다. 합병 당사 법인이 특수관계인지 판단하는 기간은 합병등기일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지입니다.

특수관계 법인 합병 대응 순서

• 특수관계 판정 - 판정 기간 동안 두 회사가 특수관계였는지 확인합니다.
• 주식 평가 - 두 회사 주식을 같은 기준일에 시가로 평가해 합병비율을 정합니다.
• 포합주식 정리 - 포합주식과 자기주식에 배정될 신주의 처리 방법을 미리 정합니다.
• 이익 계산 - 불공정 비율이 불가피하면 법인세와 대주주 증여세를 미리 계산합니다.
• 과세 시 대응 - 평가 방법과 이익 계산 방식의 적법성을 근거로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 두 회사 주식의 시가 평가와 포합주식 처리 방법에 따라 과세 여부와 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계 법인 합병의 합병비율·세무 위험 검토와 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병비율이 조금만 불리해도 과세되나요?
  상증법은 합병 이익이 합병 후 주식 평가액의 30%와 3억원 중 적은 금액에 못 미치면 과세하지 않습니다. 법인세 계산에도 이 기준이 준용된다고 볼 수 있지만 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다.
• 대주주가 낸 증여세와 회사 법인세는 이중과세 아닌가요?
  과세 대상이 다릅니다. 회사는 이익을 준 쪽으로 익금이 생기고, 대주주는 이익을 받은 쪽으로 증여세가 나옵니다. 회사 익금은 기타 사외유출로 처분됩니다.
• 포합주식에 신주를 배정하지 않으면 문제가 없나요?
  판결은 신주를 배정받아 자기주식으로 보유한 경우를 배정하지 않거나 소각한 경우와 다르게 보았습니다. 다만 신주를 배정하지 않아도 합병비율 자체가 불공정하면 다른 문제가 남습니다.
• 합병 뒤 회사가 또 합병되면 소송은 누가 이어받나요?
  판결 사안에서 합병법인이 상고이유서 제출기간 뒤 다른 회사에 흡수합병됐습니다. 대법원은 변론 없이 선고할 단계라 소송수계가 필요 없다고 했습니다. 단계에 따라 처리가 다릅니다.
• 적격합병이면 불공정합병 과세가 없나요?
  적격합병 요건은 합병 양도손익 과세이연에 관한 것입니다. 주주 사이 이익 분여는 별개 쟁점이어서 적격합병이어도 불공정 비율이면 문제 될 수 있습니다.
• 합병비율을 감정 받아 정하면 안전한가요?
  비상장주식은 상속세 및 증여세법 평가가 기준이 되는 경우가 많습니다. 감정 결과가 그 평가와 다르면 근거를 따로 설명해야 합니다. 평가 방법을 미리 정해 두십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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