법인세·소득세

합병하는 두 회사 주식을 모두 가진 법인, 불공정합병 손익은 통산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

합병하는 두 회사 주식을 함께 가진 법인은 한쪽 손실과 다른 쪽 이익을 통산해 실제로 이익을 넘겼는지, 받았는지에 따라 한 규정만 적용합니다. 대법원 2018두59182 판결로 통산 이유, 부당행위계산부인 요건, 불복과 경정청구 기한을 정리했습니다.

네, 합병하는 두 회사의 주식을 함께 가진 법인은 한쪽에서 본 손실과 다른 쪽에서 얻은 이익을 통산해 실제로 이익을 넘겼는지, 받았는지를 따져야 합니다. 대법원은 손실 쪽은 부당행위계산부인으로, 이익 쪽은 익금으로 각각 잡아 둘 다 과세한 처분을 위법하다고 보았습니다. 세무서가 두 금액을 합쳐 과세했다면 그대로 받아들일 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

H사는 비상장 계열사 두 곳의 주식을 각각 10%, 15%씩 갖고 있었습니다. 2024. 6. 한 계열사가 다른 계열사의 사업부문을 분할합병했는데, 넘어오는 사업부문의 주식가치가 높게 평가되었습니다. 세무서는 2026. 5. 세무조사 뒤 H사가 합병법인 주주로서 넘긴 이익은 부당행위계산부인으로, 분할법인 주주로서 받은 이익은 익금으로 보아 두 금액을 모두 더해 법인세를 고지하겠다고 통지했습니다. H사는 한쪽 손실과 다른 쪽 이익이 상당 부분 상쇄되는데 둘 다 과세하는 것이 맞는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

두 회사 주식을 함께 가진 법인, 대법원은 어떻게 판단했나요?

손실과 이익을 통산해 하나의 규정만 적용해야 한다고 보았습니다. 사안은 한 법인이 합병법인 주식 9.01%와 분할법인 주식 13.33%를 갖고 있던 중, 합병법인이 분할법인의 문화예술 사업부문을 분할합병한 것입니다. 세무서는 넘어온 사업부문이 과대평가되었다며, 합병법인 주주로서 넘긴 이익 약 5억 1,104만 원과 분할법인 주주로서 받은 이익을 모두 익금에 넣었습니다.

대법원은 “불공정합병이 이루어진 경우 합병당사법인들의 주식을 함께 보유하고 있는 법인에 대해서는 주가가 과소평가된 합병당사법인의 주주로서 입은 손실과 주가가 과대평가된 합병당사법인의 주주로서 얻은 이익을 통산하여 실질적으로 분여하거나 분여받은 이익이 있는지 밝힌 다음, 그 결과에 따라 부당행위계산부인 규정과 익금 규정 중 어느 하나를 적용하여야 한다.”라고 판시했습니다. 두 금액을 모두 익금에 넣은 처분을 적법하다고 본 원심은 파기환송되었습니다. 대법원은 통산 결과에 따라 어느 규정을 적용할지 다시 심리하라고 했습니다.

왜 손실과 이익을 따로 과세할 수 없나요?

하나의 합병에서 같은 법인에 손실과 이익이 함께 생기기 때문입니다. 불공정한 비율로 합병하면 과소평가된 회사의 주주에게서 과대평가된 회사의 주주에게로 부가 옮겨 갑니다. 두 회사 주식을 모두 가진 법인은 한쪽 재산가치가 줄고 다른 쪽이 늘어, 그 크기가 같은 범위에서는 부의 이전이 생기지 않습니다.

부당행위계산부인은 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 넘겨 세금을 줄였을 때 적용하고, 익금 규정은 순자산이 늘었을 때 적용합니다. 대법원은 두 판단 모두 손실과 이익을 통산해야 실질을 볼 수 있다고 했습니다. 순손실이면 부당행위계산부인만, 순이익이면 익금 규정만 적용될 수 있다는 뜻입니다. 현행 시행령도 조문 번호만 바뀌었을 뿐 같은 구조여서 이 법리는 지금도 적용된다고 볼 수 있습니다.

불공정합병 과세의 다른 요건도 따져야 하나요?

따져야 합니다. 부당행위계산부인은 특수관계인인 법인 사이의 합병에서 주식을 시가보다 높거나 낮게 평가해 불공정한 비율로 합병한 경우에 적용합니다. 자본시장법에 따라 상장법인이 합병하는 경우는 빠지고, 이익을 넘긴 주주가 소액주주라면 적용 대상이 아닙니다.

특수관계인인 법인인지는 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 기준으로 판단합니다. 비상장주식은 시가 평가 자체가 다투어지는 경우도 많아, 통산 주장과 함께 평가 방법과 평가 기준일도 점검해야 합니다. 개인 주주가 같은 합병으로 받은 이익은 증여세 문제로 이어지는데, 「아버지 회사와 제 회사를 합병하면 합병비율 때문에 증여세가 나오나요?」에서 자세히 설명했습니다.

불공정합병 법인세 대응 순서

• 보유 지분 정리 - 합병 당시 두 회사 주식을 각각 몇 %씩 가졌는지 확인합니다.
• 손익 통산 계산 - 과소평가된 쪽 손실과 과대평가된 쪽 이익을 같은 기준으로 계산해 상계합니다.
• 요건 점검 - 특수관계 판정 기간, 소액주주 여부, 상장법인 합병 여부를 확인합니다.
• 과세전 대응 - 세무조사 결과 통지를 받으면 과세전적부심사로 통산을 주장합니다.
• 불복과 경정청구 - 고지 뒤 90일 안에 불복하고, 이미 신고했다면 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병 당시 두 회사 지분 비율과 각 회사 주식의 시가 평가에 따라 과세 대상이 되는 순이익이나 순손실의 크기가 달라집니다. 법무법인 윤성은 합병·분할 등 자본거래 법인세 세무조사 대응과 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 통산하면 세금이 아예 없어질 수도 있나요?
  손실과 이익의 크기가 같다면 그 범위에서는 부의 이전이 없다고 봅니다. 차이가 남으면 순손실이면 부당행위계산부인, 순이익이면 익금 규정이 문제 되므로 남은 금액이 과세 대상이 될 수 있습니다.
• 상장회사끼리 합병해도 같은가요?
  자본시장법 제165조의4에 따라 합병하는 경우는 불공정합병 부당행위계산 유형에서 빠집니다. 상장법인 합병이라면 이 규정의 적용 여부부터 다시 보아야 합니다.
• 특수관계인이 아닌 회사와 합병했다면 어떻게 되나요?
  불공정합병 부당행위계산부인은 특수관계인인 법인 사이의 합병에 적용합니다. 특수관계 여부는 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 기준으로 판단합니다.
• 분할합병도 불공정합병 규정이 적용되나요?
  적용됩니다. 시행령은 합병에 분할합병을 포함한다고 정하고 있고, 이 판결 사안도 다른 회사의 사업부문을 분할합병한 경우였습니다.
• 이 판결은 2019년 이전 법령 사안인데 지금도 적용되나요?
  2019. 2. 12. 시행령 개정으로 익금 규정이 제11조 제9호에서 제8호로 옮겨졌지만, 현행 조문도 자본거래로 특수관계인에게서 분여받은 이익이라는 같은 내용입니다. 같은 법리가 적용된다고 볼 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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