법인세·소득세

과세이연받은 주식교환 차익을 무상증자하면 주주 배당세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

법인세 과세이연을 받은 주식양도차익이라도 회계상 잉여금으로 계상되었다면 자본전입으로 주주가 받은 무상주는 의제배당입니다. 대법원 2026두30733 판결의 잉여금 해석과 의제배당 제외 대상, 원천징수와 주주 대응을 정리했습니다.

네, 회계상 잉여금으로 잡힌 금액이라면 법인세 과세이연을 받았더라도 자본에 전입해 주주가 받은 무상주는 의제배당이 됩니다. 대법원은 의제배당의 '잉여금'을 세무조정을 거친 잉여금으로 좁혀 읽을 근거가 없다고 했습니다. 법인세를 아직 내지 않은 이익이라는 이유만으로 원천징수를 건너뛸 수는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2019년 보유하던 자회사 주식을 다른 회사의 신주와 맞바꾸고, 생긴 주식양도차익에 대해 법인세 과세이연을 받았습니다. 회계팀은 이 차익을 자본잉여금으로 처리했고, 2025. 12. 이사회는 이 잉여금 일부를 자본에 넣어 주주들에게 무상주를 나눠 주기로 했습니다. A사는 법인세도 내지 않은 돈이라 배당이 아니라고 보고 원천징수를 하지 않았습니다. 2026. 9. 비슷한 사건의 판결 소식을 들은 A사 대표는 지금이라도 원천징수를 해야 하는지, 주주들에게 어떻게 알려야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 과세이연 잉여금의 자본전입을 어떻게 판단했나요?

의제배당이 맞다고 보고 회사의 상고를 기각했습니다. 원고는 2010년 보유 주식 전부를 다른 회사에 넘기고 그 회사 신주 9.3%를 받았습니다. 이때 생긴 주식양도차익 약 277억 원은 조세특례제한법에 따라 법인세 과세를 이연받았고, 회계상 자본잉여금으로 계상되었습니다. 2015년 원고가 그중 약 240억 원을 자본에 전입하자 주주들은 무상주를 받았습니다. 세무서는 원천징수분 배당소득세 약 35억 원과 지급명세서 미제출 가산세 1억 원을 고지했습니다. 대법원은 의제배당 규정의 잉여금은 “기업회계상 의미로 해석하면 충분하고, 이와 달리 이를 세법상 세무조정을 거친 후의 것으로서 법인세 과세대상이 되는 잉여금으로 축소하여 해석할 근거가 없다”고 했습니다. 판결은 상고기각으로 확정되었습니다.

법인세를 내지 않은 이익인데 왜 배당으로 보나요?

의제배당은 회사 안에 쌓인 이익이 주주에게 돌아가는 경제적 효과를 보고 과세하기 때문입니다. 무상주는 현금이 아니지만, 주주는 실질적으로 현금배당을 받은 것과 같은 이익을 얻는다고 봅니다. 조세특례제한법 제38조의 과세이연은 회사가 받은 주식을 처분할 때까지 회사의 법인세 납부 시기를 미루어 주는 제도입니다. 그 이익이 기업경영의 성과라는 점은 달라지지 않으므로, 주주 단계의 의제배당 과세까지 막지는 않는다는 것이 이 판결의 결론입니다. 세법은 잉여금을 따로 정의하지 않아 기업회계와 상법상 의미를 따르고, 세법에 특별한 규정이 없으면 기업회계를 존중합니다. 현행 소득세법 제17조 제2항 제2호도 판결이 적용한 구법과 같은 구조입니다.

의제배당에서 빠지는 자본전입은 무엇인가요?

상법상 자본준비금 중 시행령이 정한 것과 재평가적립금을 자본에 넣는 경우입니다. 시행령은 법인세법 제17조 제1항 각 호의 금액, 즉 주식발행액면초과액, 주식의 포괄적 교환·이전차익, 감자차익, 합병·분할차익을 들고 있습니다. 다만 출자전환 시 시가 초과 발행액, 일정한 자기주식 소각이익, 적격합병·분할차익 중 일부 등은 다시 의제배당 대상으로 돌립니다. 여기서 말하는 주식의 포괄적 교환차익은 교환으로 완전모회사가 되는 회사에 생기는 금액입니다. 주식을 넘긴 주주 회사가 얻은 양도차익은 이 목록에 없으므로 자본준비금으로 처리하지 않는 한 의제배당 대상이 된다고 볼 수 있습니다. 조직재편 과세 문제는 「주식교환 대가로 자기주식을 주면 시가와 장부가 차이에 법인세가 붙나요?」에서 자세히 설명했습니다.

무상주를 받은 주주는 무엇을 해야 하나요?

배당소득으로 신고 대상인지 확인하고, 회사가 원천징수를 빠뜨렸다면 그 부분을 정리해야 합니다. 자본전입으로 받은 무상주의 의제배당 금액은 원칙적으로 액면가액으로 계산합니다. 회사가 원천징수를 하지 않았다면 세무서는 원천징수의무자인 회사에 세액과 가산세를 고지하고, 회사는 주주에게 그 금액을 구상하는 문제가 생깁니다. 개인 주주는 다른 금융소득과 합쳐 금융소득종합과세 대상이 되는지도 보아야 합니다. 법인 주주라면 의제배당 금액이 법인세 익금에 들어가므로 수입배당금 익금불산입 요건을 함께 검토합니다.

과세이연 잉여금 자본전입 대응 순서

• 잉여금 원천 확인 - 전입할 잉여금이 어떤 거래에서 생겼는지 계정별로 추적합니다.
• 제외 대상 대조 - 시행령이 정한 자본준비금에 해당하는지, 다시 과세 대상으로 돌린 금액은 아닌지 대조합니다.
• 원천징수와 지급명세서 - 의제배당이면 무상주를 줄 때 원천징수하고 지급명세서를 기한 안에 냅니다.
• 주주 통지 - 주주별 의제배당 금액을 알려 종합소득 신고나 법인세 신고에 반영하게 합니다.
• 이미 고지받았다면 불복 - 고지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 전입한 잉여금이 어떤 거래에서 생겼고 회계상 어떤 계정으로 처리되었는지에 따라 의제배당 여부와 원천징수 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 무상증자·자본전입의 의제배당 검토와 원천징수 처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 주식발행초과금을 자본에 넣어 무상증자해도 배당세가 붙나요?
  원칙적으로 붙지 않습니다. 주식발행액면초과액은 의제배당에서 빠지는 자본준비금입니다. 다만 채무 출자전환으로 시가를 넘겨 발행한 부분은 다시 의제배당 대상입니다.
• 이익잉여금을 자본에 넣어 무상주를 주면 어떻게 되나요?
  이익잉여금의 자본전입은 의제배당 제외 대상에 들어 있지 않으므로 주주가 받은 무상주 가액은 의제배당이 됩니다. 회사는 무상주를 줄 때 배당소득세를 원천징수해야 합니다.
• 무상주의 의제배당 금액은 시가로 계산하나요?
  잉여금 자본전입으로 받은 주식은 원칙적으로 액면가액으로 계산합니다. 무액면주식은 자본금에 전입한 금액을 새로 발행한 주식 수로 나눈 금액입니다.
• 과세이연받은 회사가 나중에 주식을 팔면 법인세는 따로 내나요?
  과세이연은 회사의 양도차익에 대한 법인세 납부를 처분 때까지 미루는 것이어서, 받은 주식을 처분하면 이연된 법인세 문제가 생깁니다. 주주 단계의 의제배당과는 별개입니다.
• 원천징수를 안 하고 몇 년이 지났다면 지금 바로잡을 수 있나요?
  세무서 고지 전이라도 원천징수분을 납부하고 지급명세서를 내면 가산세 부담을 줄일 여지가 있습니다. 기간과 금액에 따라 결과가 달라지므로 납부 전에 계산해 보는 것이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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