법인세·소득세

물적분할로 넘긴 상장회사 최대주주 지분, 20% 할증해 양도차익을 계산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 비적격 물적분할로 분할신설법인에 넘긴 상장주식은 한국거래소 최종시세가액을 시가로 보고 최대주주 할증은 하지 않는다는 것이 국세청 회신입니다. 물적분할로 분할법인이 받는 주식의 취득가액은 물적분할한 순자산의 시가이고, 상장주식은 거래소 종가가 그 시가입니다. 지금은 분할 전후 최대주주 변동과 분할이 적격인지부터 확인하십시오.

상속세 및 증여세법의 최대주주 할증을 분할양도차익 계산에 그대로 끌어올 필요는 없습니다. 물적분할은 분할법인이 사업부문을 자회사 형태로 바꿔 계속 지배하는 구조이므로, 회신은 경영권이 넘어간 것으로 보지 않았습니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 화학소재와 투자 두 사업부문을 운영하면서 코스닥 상장사 B법인의 최대주주였습니다. 2025년 투자 사업부문을 물적분할하면서 B법인 주식도 함께 넘겼는데, 분할대가 외 조건 때문에 비적격 물적분할이 되었습니다. 2026년 법인세 신고를 준비하던 재무팀은 B법인 주식을 거래소 종가로 잡을지, 최대주주 지분이라 20%를 더해야 하는지 물어 왔습니다. 할증 여부에 따라 분할양도차익이 수십억 원 달라지는 상황이었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

비적격 물적분할이면 분할법인에 어떤 세금이 생기나요?

비적격 물적분할이면 분할법인은 넘긴 순자산의 시가와 장부가액의 차이를 분할양도차익으로 보아 그 사업연도 소득에 넣어야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 물적분할로 분할법인이 취득하는 주식등의 취득가액을 물적분할한 순자산의 시가로 정합니다.

적격 물적분할 요건을 갖추면 받은 주식가액 가운데 양도차익 상당액을 손금에 넣어 과세를 미룰 수 있습니다. 요건을 못 갖춘 경우에만 이 글의 시가 산정 문제가 바로 세액으로 이어집니다.

승계한 상장주식의 시가는 거래소 종가인가요?

네, 물적분할로 넘긴 상장주식의 시가는 한국거래소 최종시세가액입니다. 분할법인이 받는 신설법인 주식과 넘긴 순자산은 같은 값으로 교환된다고 보기 때문에, 양쪽을 같은 기준으로 재야 합니다.

신설법인은 비상장법인입니다. 비상장주식을 상속세 및 증여세법을 준용해 평가할 때 그 법인이 보유한 상장주식은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 계산하도록 정해져 있습니다. 신설법인 주식 쪽에서 상장주식을 종가로 재는 이상, 분할법인이 넘긴 상장주식도 종가로 재야 등가교환이 맞습니다.

최대주주 할증 20%는 왜 적용하지 않나요?

물적분할로 최대주주 지분이 넘어가도 분할법인이 신설법인을 통해 계속 지배하므로 경영권이 이전된 것으로 보기 어렵다는 것이 회신의 판단입니다. 상속세 및 증여세법은 최대주주 주식에 100분의 20을 더하지만, 이는 경영권 가치가 실제로 옮겨 가는 거래를 전제로 합니다.

회신 뒤 법인세법 시행령에는 상장주식을 장외에서 거래하면서 사실상 경영권 이전이 수반되면 종가에 100분의 20을 더한다는 단서가 들어왔습니다. 경영권 이전의 기준으로는 최대주주가 변경되는 경우 등이 시행규칙에 정해져 있습니다. 물적분할은 형식상 최대주주가 분할법인에서 신설법인으로 바뀌므로, 이 단서가 물적분할에도 미치는지는 회신 이후 따로 다퉈질 수 있는 쟁점입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 물적분할로 신설법인에 승계한 자산에 분할법인이 최대주주로 보유하던 상장주식이 포함된 경우, 그 시가는 한국거래소 최종시세가액을 기준으로 한다고 회신했습니다(사전-2017-법령해석법인-0424, 2018. 2. 14.). 물적분할은 하나의 당사자 안에서 이루어지는 조직변경에 가깝고, 경영권 이전에 따른 할증은 맞지 않는다는 이유였습니다.

이 회신은 비적격 물적분할로 분할법인이 계속 신설법인을 지배하는 사실관계를 전제로 합니다. 분할 직후 신설법인 주식을 제3자에게 넘기는 계획이 함께 있다면 판단이 달라질 수 있습니다.

물적분할 상장주식 시가 대응 순서

• 적격 여부 확인 - 분할계획서로 적격 물적분할 요건을 먼저 점검합니다. 적격이면 물적분할과세특례 신청서를 법인세 신고 때 함께 냅니다.
• 기준일과 종가 확보 - 분할등기일을 확인하고 그 날의 거래소 종가 자료를 출력합니다. 휴장일이면 직전 종가 규정을 함께 봅니다.
• 지배관계 정리 - 분할 전후 상장회사 최대주주와 지분율, 신설법인 지분 구조를 표로 만듭니다. 할증 주장이 나오면 반박 자료가 됩니다.
• 신고 - 법인세 과세표준 및 세액신고서에 분할양도차익을 종가 기준으로 반영하고 계산 근거를 세무조정에 남깁니다.
• 다툼 대비 - 할증을 전제로 신고했다면 신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 조사에서 할증 과세가 예고되면 과세전적부심사, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토하고, 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 분할 뒤 지분 매각 계획이 있거나 여러 단계 분할이 얽혀 있으면 계약서와 지분표를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 부과처분에 대한 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 적격 물적분할이면 상장주식 시가를 따로 따지지 않나요?
  적격 물적분할 요건을 갖추면 받은 주식가액 가운데 양도차익 상당액을 손금에 넣어 과세를 미룰 수 있으므로, 분할 당시 바로 세금이 생기지는 않습니다. 다만 나중에 주식이나 승계자산을 처분하면 미룬 금액이 익금으로 돌아오므로 시가 자료는 그대로 보관해야 합니다.
• 분할등기일이 휴장일이면 어느 날 종가를 쓰나요?
  법인세법 시행령은 거래소 휴장 중에 거래한 경우 그 거래일의 직전 최종시세가액을 시가로 정합니다. 물적분할 승계에도 이 방식을 따르는 것이 조문 체계에 맞지만, 기준일이 쟁점이 되면 국세청 해석을 따로 확인하는 것이 안전합니다.
• 상장주식 대신 비상장주식을 넘기면 어떻게 평가하나요?
  비상장주식은 거래소 종가가 없으므로 매매사례가액이 없으면 상속세 및 증여세법을 준용한 보충적 평가액으로 시가를 정합니다. 이 경우 최대주주 할증 규정이 함께 준용되는지 따로 따져야 하므로 상장주식과 같은 결론을 바로 쓰기는 어렵습니다.
• 할증해서 이미 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  최대주주 할증을 더해 분할양도차익을 과다 신고했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 종가 기준 재계산표와 분할 전후 지배구조 자료를 함께 내야 하며, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.
• 분할 뒤 신설법인 주식을 바로 팔면 달라지나요?
  분할 직후 신설법인 주식을 제3자에게 넘기면 경영권이 실제로 남에게 이전되는 결과가 됩니다. 이런 계획이 분할 당시부터 있었다면 조직변경으로 본 회신의 전제가 달라지므로, 할증 여부를 다시 검토해야 합니다.
• 분할신설법인은 그 상장주식을 얼마에 취득한 것인가요?
  비적격분할에서 분할신설법인이 승계한 자산의 취득가액은 그 자산의 시가입니다. 분할법인이 거래소 종가로 양도차익을 계산했다면 신설법인도 같은 종가를 취득가액으로 잡아야 나중에 처분손익이 맞게 계산됩니다.
• 물적분할 할증 문제로 과세 예고를 받으면 어떻게 하나요?
  세무조사 결과 통지나 과세예고 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 분할 전후 지배관계 자료와 회신 내용을 함께 제출해 경영권 이전이 없었다는 점을 다투는 것이 일반적인 순서입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 물적분할로 생긴 지 5년이 안 된 회사가 다시 분할하면 적격분할이 안 되나요?
• 회사를 인적분할할 때 대주주가 받는 새 회사 주식도 20% 할증해 의제배당을 계산하나요?
• 물적분할로 받은 자회사 주식 가액에 영업권도 넣어야 하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기